Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001324052.2
Sequence Length
4846 nt
GC Content
0.3766
ACGUGACGGGCCCGGCUGUAGCGGCGGCGGCCGCGGCGUCUUAAGCGGCGCCCAGUGCAGGAUGGUGCUGGAGGCGGCGGCGGCCGUGGUGGCGGCAGCGUCGUUGGCGGCAGCGGGAGUGGGUGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCCCGCGGGUGGUAUAAAAUGGCGGAUUUCGAAGAGUUGAGGGAUCUCCAGUACAAUGUUGAAUAGAAGCUGUGAUGGGGGCAUCCUGAUCUUGUUCCUGAUUUUAAAGGGAAUGCUUUCAAAGUUUCACAAGUGGCUGUACCAUUUUACAUCCCUACCAGCAAUGUAUGGAGUGAUCCAGUUUCUCAGCAUCCUCGCCAGCAUUUGGUGUUAUCAGUGUUUUUCAUUUUAGCCAUUCUGCCCAUAGAGCCAGUUGCAUUAACAUCCUUUGCCAAAUAAUGUUAUCACUGGAAAUAUGAGAUAUGAGACCUCCUAGAAAUUCCUCUGAGAGUCAAGCUUAGAAUAUGGUUUCUAGUUUUAGGGUUUCUGAACUACAAGUAUUACUAGGCUUUGCUGGACGGAAUAAAAGUGGACGCAAGCAUGACCUCCUGAUGAGGGCGCUGCAUUUAUUGAAGAGCGGCUGCAGCCCUGCGGUUCAGAUUAAAAUCCGAGAAUUGUAUAGACGCCGAUAUCCACGAACUCUUGAAGGACUUUCUGAUUUAUCCACAAUCAAAUCAUCGGUUUUCAGUUUGGAUGGUGGCUCAUCACCUGUAGAACCUGACUUGGCCGUGGCUGGAAUCCACUCGUUGCCUUCCACUUCAGUUACACCUCACUCACCAUCCUCUCCUGUUGGUUCUGUGCUGCUUCAAGAUACUAAGCCCACAUUUGAGAUGCAGCAGCCAUCUCCCCCAAUUCCUCCUGUCCAUCCUGAUGUGCAGUUAAAAAAUCUGCCCUUUUAUGAUGUCCUUGAUGUUCUCAUCAAGCCCACGAGUUUAGUUCAAAGCAGUAUUCAGCGAUUUCAAGAGAAGUUUUUUAUUUUUGCUUUGACACCUCAACAAGUUAGAGAGAUAUGCAUAUCCAGGGAUUUUUUGCCAGGUGGUAGGAGAGAUUAUACAGUCCAAGUUCAGUUGAGACUUUGCCUGGCAGAGACAAGUUGCCCUCAAGAAGAUAACUAUCCAAAUAGUCUAUGUAUAAAAGUAAAUGGGAAGCUAUUUCCUUUGCCUGGCUAUGCACCACCGCCUAAAAAUGGGAUUGAACAGAAGCGCCCUGGACGCCCCUUGAAUAUUACAUCUUUAGUUAGGUUAUCUUCAGCUGUGCCAAACCAAAUUUCCAUUUCUUGGGCAUCAGAAAUUGGGAAGAAUUACUCUAUGUCUGUAUAUCUUGUACGGCAGCUUACAUCAGCCAUGUUAUUACAGAGAUUAAAAAUGAAAGGUAUUAGAAACCCUGAUCAUUCCAGAGCACUAAUUAAAGAAAAACUUACUGCAGAUCCUGAUAGUGAAAUUGCUACAACUAGCCUUCGGGUAUCCUUGAUGUGCCCUUUAGGAAAAAUGAGGCUGACAAUCCCAUGCCGUGCAGUGACUUGUACACAUCUGCAGUGUUUUGAUGCUGCCCUCUAUCUACAAAUGAAUGAGAAAAAGCCCACCUGGAUUUGUCCUGUGUGUGACAAAAAAGCUGCCUAUGAAAGUCUAAUAUUAGAUGGGCUUUUUAUGGAAAUUCUCAAUGACUGUUCUGAUGUAGAUGAGAUCAAAUUCCAAGAAGAUGGUUCUUGGUGUCCAAUGAGACCGAAGAAAGAAGCUAUGAAAGUAUCCAGCCAACCGUGUACAAAAAUAGAAAGUUCAAGCGUCCUCAGUAAGCCUUGUUCAGUGACUGUAGCCAGUGAGGCAAGCAAGAAGAAAGUAGAUGUUAUUGAUCUUACAAUAGAAAGCUCUUCUGACGAAGAGGAAGACCCUCCUGCCAAAAGGAAAUGCAUCUUUAUGUCAGAAACACAAAGCAGCCCAACCAAAGGGGUUCUCAUGUAUCAGCCAUCUUCUGUAAGGGUGCCCAGUGUGACUUCGGUUGAUCCUGCUGCUAUUCCGCCUUCAUUAACAGACUACUCAGUACCAUUCCACCAUACGCCAAUAUCAAGCAUGUCAUCAGAUUUGCCAGGAGAACAAAGAAGAAAUGAUAUUAAUAAUGAACUGAAGCUUGGAACAUCUUCUGAUACUGUGCAACAGUGAAUACAAAAUAAAACAAAUAAUUUGUAUUUAUGGAGUGGAAAACAGCUUAUUUCAAGGAAAAAUAUGACUGCCUUAUUAUUGCUAGUGCCAUAUUGUCAGGUGCGAAUGGUGCUCAAAAGUUGUAUCAUUAAAAUUUGAAAGUGCUAAACAUUUACAUAUUUAAUCAUGUAGCAGUUAUGUUUUGUUAAAAGUUUAUGACUCAAAUAAGGAAAAUGUGUUGUCAUCAAUGAGAAAAAAUCUAAUGAGUCAAUUUCACAGUGAAGCACUUAAAAUUUUUAAAUUAAAAUUUUAUCAGUGUUAAUAAAAUAAUGUUAACACUACCUGCUUUUUAGUUAAAAGUAAUUGAGCAUUUUCAACCAUGAAAUACUUCGGAGGGCAUAAAAAUAUAUCAGUAUGACACGCUGCAGUUGAAACUUAUGGUGAAAUAAGAAACAGCAUUUUGCUAAACUUACGAAACAAGGCAGUAAAAUUUUAAUCACUACUGAUGAAACUUGAUUUUAUAUAAGAGUUUUAAUAUUCUGCUUAAAAUGUAAAAUGCAAGAAGACUUUGAUGGUUUCGUUUUUUGUUAGAAAGAAUAACAUCUAAAAUACCAUAUCAAACUUCACUGUUAGUACUUGAGAAAAAAAUGGUUUCAGUGAGAGAAAUAUUUACAUUAAACAGGUUUUAUAUAGACAGCACCCUUGUAAUGCUUGGUAAACAAUCUAGAAUUCCAACCAAUAUUUUAGAAAAAUUUCUAGGUAUUUUAUUAUGGUGUUGUAUAAGUCACCACAUUCAAUUUUCCGUGGAUGAGGUAUCAAUAUACAGAUAAGUAAAUCUCUUAAUUGUUUUCUAAAUAAACUUUAUAUUUACCACACACAUGAAAUCAUCAAAGAGAAUUACAGUACAUCUGAAGAACUGGAAUUGAAAUAACAAAAAUAGGAUCCUCAGUGGGUAUUCUCUGGUGAUAGAGCUUCAAUUUUUAAUUUCAAUUAAAAUAAAUAGGCUUGAUAUAAUUUUCAAACUGUUUUAUAUCAAGCUUGCGUAUUUUAAUUGAAAUUCUGAAAUUGAAAUAGUUGAACAUUUAGAAAAUGAGCAUUUUUGAGUGGCUUGGCUUCAGUACACAAUAUUCCAACACCAUUGUCAAUACUUAGCGUUAUAAAAAGGUUUCAGUUACUAACAUGAACUGAGAGAUACAGCAAAUAUUAAAGAUGAUUGAACAUAUGAAACUGAAAAACUAUAAAAAGGUAGAAGCUAUUGUAAAAAUGAAGAAAACUGAAAAACUGAAAAGAUAAGAAGUUACUGUAAAAAGAAAACGGUUAUACCAUUUGAAGCAGAACAAAAUGUUCCAAUAAACUUUUUUUACUUAAUAAUAGAAAUAUUGAAAAUGCAAAACUCUGAAGGUAUUACAAGGGCUAGACAAAUUUUGAAUUGUUUGGCAUAAGAAGGGAGAGGAUUUAUUGAAUAUUAUUAAUAUGAAGACAAAAUCUGCUUAUUGAGAUAUCUCACCUAUUAUCAUUUUAAUAGAGAAGUCAUUGGAAAAGUUUGUUGUAAUUCUCUUUGGUUUAGUAUUGGCUCAAACCACUGUGUCAUAUAGCUAGUGACAGACAUAUGAAAUGAAAAAUUACAGCAAGCUGGGUGCGGUGGCUUAUGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUCACUUGAGCUCUGGAGUUCAAAACCAACCUAGGCAACAUAGCGAGACCCUCUCUCUACAAAAAAAAAAUAAUAAUAAUAAUUAGCUGGGCAUAGUGACACACACCUGUAGCUCCUGCUUCUUGCGAAGCUGAGGCCAGAAGGUAAAGGCUACAGUUACCUAUGAUUGUGCCUCUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAGACUCAGUGUCUCCCAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAUCUGUAGCAACAAUUUUCAAAAAGGCUUUAGAAAUCGUUGGAAUGAUUUCUUUCAAAUGAUUGGUGCUAUAGCUUGUAUCACUUGAUAAGCAUUUUUGUAAUACCCUUAUUUGGAGAUUAUAAGAGAAUAAAUAUACUUAAAUUUUUUGAGUUAUAAAUUCAUACUGGUUAGUAGAUAUUUUAAAUGUACCCACUGAUAUUCUCUAUUUUGCAUAAAAGCAUAAUGUCAGACUUUCUCUGUGUGGUGGUUAUAUUCGGGGUGUCUCUGAAUGCCAGCAUAAAAAUUCACGGAAUUGAAUAGAAAUUGGCCUGUCUUAAUGACCUAUGGUUUCUUUUUUAAUGUUUUGAAAUAAUUAAAGAGAGUUUAGUCACACAGGGAGGUCUAGGUGAACUGAUGUUGAAGUUUAUUACUAGACUUUUCAGACCUAAAAAUUUUAUUUAUUGUUAUUACUUGAAUAUGUCAAAAGUAUAUUACUGGACAACCUUUUACACAUUCCUCUUUCUAAAAUCGAAUUGGACAAUUACAGUUCUCUGGUUCAGAAAAUUACAUUAGCUCAGAACCCAGUAACCCUUGAUAACCCUGUUAGCGCAGCAAUUCCCGAGUGUGUGCUUUGUGCAGAGCGUUGGACUAUGUACUGCUCUUGAUGUGGGGACAGCGGGGACAGAGAGCUGUCAUUGAAAUAGACAUCUGUUUAAGAAGCGAUACUUAGAUGAACCUCUGUAUUUCUGAAAAAUAAAUGUGAAAUAUCUUAAGAGCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1342.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 1414.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((...(((((((((.((.((.((((((((.(((((((.((((.((.((......)).)).)))).))))).)).)))))))).)).)).)))))((((....))))..)))).((((((((.((.((....)).)).))))))))(((((((((((((((..((....(((.(((((((((((((((((.((((.(((((....((((((....((((((((((((((((........)))).....))).))))))))).))))))...((.((.((((......)))).))))..))))).))))))))..))))).....)))))).)).)))))..))))).......(((((.((((((((((((((..(((((((((((...(((((.(...((((((..(((...)))..)))))).))))))...))))((.(..(((((((.(((((((((..((((((.......))))))....))))))))).....)))))))..).)).((((((((((.(((...(((((...(((......(((........)))....)))(((((((((((((((.(((....))).)))))....))))((((((((.(((....)))...)))))))).....((((.((((((..((((...((((.(((...((((((..........))))))..))))))))))))))))).))))))))))..(((((((((((.(((((....(((((...((((((((((((.(((((((((((((.((..(((.((.......(((((((.((((.(((((((((((((.................(((((..(((((.....((((..(((..((((((((.(((.((((....(((....((((((...((((..((((((((((((((((....)))))))...((..(((.((.(((((((((........((((((....))))))........)))))))))...)).)))..))......))))).))))...)))))))))))))))))))))))))).))......(((((((......))).)))).....)))..))))...))))).)))))..(.((((((((....))))).))).)......(((((.(((((....))))))))))((((((((((((.....((((....))))..(((((((..((((...((((((...((((((..(((((..((.(((.((.(((.(((((((................((((((((((((((((((((((((((((.......(((((...((((((((((((((((((.......((((((...(((((((((.((((...(((((.(((..........)))..))))).....(((.(((............))).))).))))))).))))))....((((....))))....((((((.......))))))..............))))))........)))))))))).))..)))))).....(((((((....))))))).(((..((.......))..)))((((((((((.(((..(((((((.....).))))))...(((.........))).......))).)))))))))))))))..)))))))).....))))))))).(((...))).....))))).))))))((((((((.((....)).))).)))))...)))..)))).))).))))).))..)))))............))))))))))))...))..)).)))))))))).).)))))))))))))).)))).......(((((.(((((.(((......(((((..(((..((((((((..(((((.(....((((......))))....).))))).))))))))((((...(((.((..((..((((((((..........)))).))))..))..)).)))...))))......((.....)).))).)))))......))).)))))..)))))))).))))......................(((.(((....))).))))))))))........))..))).........))))))))))..))))).(((....))).....))))).(((((((((((.((.......)).))))))))))).)))))))...)))))....)))))..(((((...((((((((...(((((..(((.(((((((....((((.((((((((.........)))))))).....(((((((((((...((.((((...((((((.....(((((...(((((.((((........))))..)))))........(((((.((((...(((((.....((....)).....)))))..))))))))).(((((((((......)))))))))..((((((((((......))))))))))..))))).....)))))).)))).)))))))))))))((.((((....))))..))))))..........))))))).)))...))))).....(((((......)))))....((((...)))).............))))))))...))))).((((....))))....(((((((((((((..((((...........))))...))))))))).)))).....(((((((((...(((((.(((((.......)))))...)))))))))..))))).(((((((..(.((.((.......)).)).)..)))))))..................)))))))))))....))))).))).))))))))))........((((((((..........)))))))).......(((((((((.....((((((((((((((((((...(((((((.....((((..((.((((..(((((((((.((((.......)))).))))................))))))))).))..))))..(((((((..((((((..(....((.((((.((.(((...(((......)))...)))..)).)))))))..))))))))))))).....(((((((((.((((((((((((((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..))))))))))))))))..))))))))).....((..(((((...)))))..))...)))))))...))))))..)))))..........)))))))....))))))))).............((((((((.(......))))))))).......(((.((((...)))).)))............................)))))))))))......)))))))))).)))))..((((............))))(((((.........)))))))))))))))......(((((...)))))...(((((((((((((.(((......(((((((((((((.......((((((((((((((((((((((((((((........))))))))).......((((((.....(((((((((((.((((((...(((.....)))...))))))))))).....((((((......))))))..(((((((((.(..((((((((((((((.....(((((((((....))).)))))).(.((((((.......)))))).)..............))))))))))))))...).)))))))))..((((((..((((((....)))))).(((.((((.((((......(((((((....)))))))..((......)).....(((.((((...)))).)))..........................((.(((((((((.........((((((((....(((((.((.........)).))))).....)))))))).........)))))))))..)).)))).)))).)))......)))))))))))))))))).......................(((((((.(((((..............(((((((((....))))))))).......))))).)))))))((((((........))))))..))))))))))))....))))))).........((((..(((.(((((((...))))))))))..))))...((((((((.(((((((((.((((((.(((((.(((((((.((((.(((......))).))))..)))........))))))))).)))))).))))))))))))...))))).......(((((......)))))((((((((....(((.....)))...)))))))))))))))))))))....))).))))))))))))))))))...((((((((((((((((((........)))))))..)))))))))))............((((((((.((((.((.((((((((((((...((((...))))((....))..........(((...(((.......)))..)))((((.(((((((((((((((.((.............)).)))).................(((((((..(.(.(((..((..(((((.((((...((.(((....))).))...)))))))))..))))).).)..))))))).))))))))))).)))).....)))))..))))))).)).))))..)))))))).(((((((((((..............)))))))....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((..,((({(((((.((.((.((((((((,{((((((.((((.((.((......)).)).)))).)))))).).)))))))).)).)).))))){((({{{.}}}),,))}}.((((((((.((.((....)).)).)))))))){(((((((((,..((((((,,..,{,.{{(((((((((((((({.((((.(((((....({{(((,{{{((((((((((((((((........)))).....))),,)))))))).}}}})),,.{(,((.((((......)))).}))}..))))).))))))))}.,)))).....)))))).)).}))))|.,,{{|{||,,,.(((((.{(((((((((((((..(((((((((((...(((({,(...((((((..{{{...,}}..)))))).})))))...)))).,....{,(({{{,.{((({{.{,{{|||{|{||,..,||,,||,,,,|||}||(((((({.{(((((({{{{{{.{{,,{(((,.,{({,{,(((({,.{(,{,{,...,{{,,|||,|||}...|||,.}}}}}|||(((((((.(({....}}).))))).,..)))})}|}}}}}}||....,}))}.,}}}}||{,||||.|||,.||||{{{{.|}},||{,||||{|,,,|(((({........,,}}}))}..||||||||||{{((((((((({{.......((((({{{(((,{{(((....((({(,..{{{{{{{{{{|||,{|||{{(({({|,||......,||,|||,,{{{{{(({((({,,((((((((({,,.{,..{,,{{|,.,,....(((((((....},,)})}}..,,,,,{,((((((.(((.((((....((({...,{{{{{|,.|{{{..((((((((((((((((....)))))))...,,..{,,.,(,(((((((((........((((((....))))))........)))))))))...||{,,,..,,..}}}.))))).))))...})))}}}}}}})}))))))))))))).}},,....(((((((......))).)))).,|||,||{{||||..,{||||{{,,,...,.{{{(((((....))))).}}}.}......{{{{{.((|{{,,,.)))}))))))|{|||{{{{{,.....,((((....||}|{,(((((({..(({{.{{((((({..,((((((.,{{{{{..{|.{{{.{{.{{{.|||||{{||,,............{(({{(((((({(((((((((((((({({{.{{,,{,,,({{,((((((({{(((((((((.......((((((.{{({.,,|||,.,,,....,{(((.{((,.........)))..))))},,,,.{{{,,.,............{{(((((((.,,))).)))))}....((({....)))),,,.((((({.......))))))...,)),...,,,.))))))........)))))))))}.||.,|))))}..,..(((((({....))))))).(((..((.......}}..)))((((((((((.{{{|.{((((({.....).)))))}...{{{..,...,..||||{,....})).)))))))))),}}},..})))))}}.....)))}}}))),|||,...,,.....)))))}}}})))|{{{{|((.((....}),)))}}})}}.,,||||,|}||.||},}}}}}.,,..}}))}......,,..,.})))}})))))}.,||,..}},|}))))})}|,,,}}}||}}}}}})))},|||,|,....(((((.(((((.(((,{,...{,,((,..{{..((((((((.,(((({.{....((((......))))....}.))))).)))))))).,,,..{({((({(,{{,...{||{|||.,,|,...,|}||.}}}..,)},,))|}}|,,.|}},}}}}},||}}}..,}|)))|}},,}..,,..))).)))))..))))}.,|,,{{{,,,,,.................(((.(((....))).)))|||||||......,,|...,,..........}}}}}}}}}},,)}}},.{||,,,,)}},,,|,}}})),|((((((((((.{,.......},.))))))))))),))))))}...}}}}}....}}}})..,{{{{...((((((({.,,,{(({.,(((.(((((((....{({,.,{{{(({({{..,{{,.||,||||,.....(((((((((((...({.((((.,.((((({.,.,.(((((.,.,,{{{{,{{,..|{,...|||||,,..,,,,,.....{((((.{({,,..|{{{{.....{{...,)),,,..}))}}..})))))))).(((((((((......)))))))))..((((((((((......))))))))))..})))).,...}))))),)))}.}}))))))))))),,,|||,,,}})),,}})})),,....,,....))))))).}}),,,)))||||...(((((......)))))...,|||,...})))....,,,}..}}.))))))))...,}}}}.,{{,.,,,)))}}}..(({{{((((({{{.{((((......},,}},}}}...}))))}}}),)}}),....|||{({({{.,..{{||.(((((.......)))))...}},,.}}}}..}}}},,{((((((..(.((.((.......,}.)).)..))))))}.,.....,,,........)))))))))),..,{|{(((((...{{(((((((((..,....((((((((..........))))))))....,,.))))))))}.}},...))))))))|||})))|||.{{||||,.....||)))))).}}}.}}.|}}}}}||||||||||.||||||,,|{((((((({{({...,,.,.,,,,,..........,}..{(((((,.{((((({.,(....({.((((.((.(((...(((......)))...)))..)).))))}}},,)))))))))))))..,|,(((((((((.((((((((((((((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..))))))))))))))))..))))))))}..,}}}...,||||||}}}}},..|||}}}}}})})}}}}}}}|}}|||}}}},.,,,,}},}}}.{||{||,{{||||{||,,{,.........((((((((.(......)))))))))....,,}},}},.}},..)}}}.)))..,,.,,}}})))},}}}}}},......))))))))))}.....})))))))))}.)))))..,}||,,..........,}},{((((.........)))))))))))))}},..,,.((((,...))))),..(((((((((((((.(((......(((((((((((((,{{,{{.(((((((((((((((((({(((((((((........))))))))).......((((((,,.,,{{{(({{{{{,.{|||||,,.{{,.....})),|,}}}||||,,,,}))}.((((((......))))))..(((((((((.{..((((((((((((((..,..(((((((((....))).)))))).{.((((((.......)))))).},|,.....,.},..))))))))))))))...}.)))))))))..{{({{{..((((({....}))))).(({,((({{((((...,..{((((((....}))))}}..,,..||,|}||....{{{.((((...)))).))}..............,.......,,,,{{,{{{(({(((,,.......{{{{{{|{,|||({{{{.||...{{,.{{||.,||,}|||.,|||}||||,,.....},))))))))).,)).})),.)))).)))..,.}})))}}}}}}}}})))))).......................(((((({.(((((..............(((((((((....))))))))).......))))).)))))))((((((........))))))..})))))))))))....)))))))......{{{((((,..((,(((((({...}))))))})),.,,}|...,{{({{{({{,(({{,...,|}|}},||}||}|}}}}}}}},||,|||,.....}}}.,}}},{({{.....)))){{{|,|||{..,{{{{{|||,,,)))))))})))),))},...(((({......)))))((((((({....(((.....)))...})))))))}))))))))))))....))).))))))))))))))))))...((((((((((((((((((........)))))))..)))))))))))............{((({{(({((({.,{.((((((((((((...((({...})))((....}}..........{((...{({.......))}..)))((((.(((((((((((((((.({.............)).)))),.,,....,,|||....(((((((,,{,(,(((..{{,.((((,,{(((...{{,||,....})),)}...))}))))})..))))},),}..})))))).})))))))))).)))).....)))),.,))))))),))}))))..))))}}},.(((((((((((..............)))))))....)))).....
Back