Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001324060.2
Sequence Length
1379 nt
GC Content
0.4220
CAAACCUACCCAACCCAUCCAGGAGCUGCUACACAUUGAGGAAGGGGCAGAAUGAAUGCUGGGAAGCAACUACAAAGAACACUGCACAAUAUGGUUUCUAGUUUUAGGGUUUCUGAACUACAAGUAUUACUAGGCUUUGCUGGACGGAAUAAAAGUGGACGCAAGCAUGACCUCCUGAUGAGGGCGCUGCAUUUAUUGAAGAGCGGCUGCAGCCCUGCGGUUCAGAUUAAAAUCCGAGAAUUGUAUAGACGCCGAUAUCCACGAACUCUUGAAGGACUUUCUGAUUUAUCCACAAUCAAAUCAUCGGUUUUCAGUUUGGAUGGUGGCUCAUCACCUGUAGAACCUGACUUGGCCGUGGCUGGAAUCCACUCGUUGCCUUCCACUUCAGUUACACCUCACUCACCAUCCUCUCCUGUUGGUUCUGUGCUGCUUCAAGAUACUAAGCCCACAUUUGAGAUGCAGCAGCCAUCUCCCCCAAUUCCUCCUGUCCAUCCUGAUGUGCAGUUAAAAAAUCUGCCCUUUUAUGAUGUCCUUGAUGUUCUCAUCAAGCCCACGAGUUUAGUUCAAAGCAGUAUUCAGCGAUUUCAAGAGAAGUUUUUUAUUUUUGCUUUGACACCUCAACAAGUUAGAGAGAUAUGCAUAUCCAGGGAUUUUUUGCCAGGUGGUAGGAGAGAUUAUACAGUCCAAGUUCAGUUGAGACUUUGCCUGGCAGAGACAAGUUGCCCUCAAGAAGAUAACUAUCCAAAUAGUCUAUGUAUAAAAGUAAAUGGGAAGCUAUUUCCUUUGCCUGGCUAUGCACCACCGCCUAAAAAUGGGAUUGAACAGAAGCGCCCUGGACGCCCCUUGAAUAUUACAUCUUUAGUUAGGUUAUCUUCAGCUGUGCCAAACCAAAUUUCCAUUUCUUGGGCAUCAGAAAUUGGGAAGAAUUACUCUAUGUCUGUAUAUCUUGUACGGCAGCUUACAUCAGCCAUGUUAUUACAGAGAUUAAAAAUGAAAGGUAUUAGAAACCCUGAUCAUUCCAGAGCACUAAUUAAAGAAAAACUUACUGCAGAUCCUGAUAGUGAAAUUGCUACAACUAGCCUUCGGGUAUCCUUGAUGUGCCCUUUAGGAAAAAUGAGGCUGACAAUCCCAUGCCGUGCAGUGACUUGUACACAUCUGCAGUGUUUUGAUGCUGCCCUCUAUCUACAAAUGAAUGAGAAAAAGCCCACCUGGAUUUGUCCUGUGUGUGACAAAAAAGCUGCCUAUGAAAGUCUAAUAUUAGAUGGGUAAGUAUAUCCCUUUUAACAGCUGAUAUGGACUAAUACAACAGCUGUUGGCAAUGCCUUUGUUCACUACAACUUACUGAACUAAAUUCUAAAUAAAUUCUACUCUAGCAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-338.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -368.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............((.....))...(((((.((((((..(((((((((((.....((((....))))............(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.(...(((((..(((...((((.(.((.............))).))))...)))..)))))((((((((((.(((....))).)))))....)))))).))))))))....))))).)))))....)))).))).))))........((..((.((((...((((.....((..............))...))))...(((((((((.........(((((...((((..(((....(((..((......))...)))..)))..)))))))))......))))))))).....(((.((((..(((((......)).)))..)))).)))...(((((((....).))))))..............)))).))..)))))))))).......))))))))))).)))))).(((((((....))))))).....((((((((((((((((((........((((((....))))))........))))))(((....))).......((((.(((((((.((((((.((((((((....(((((((.........(((((((..(((((((((.((.(.((((((.((((.((...((((((((..(((((.....(((((....)))))...((((((...(((((.(((((....)))))))))).....)))))).....((((((((((((((..........((((.(((((.....(((((.((.........)).))))).....)))))..))))..........)))))))).))))))..((((....(((........)))....))))....)))))...))))))))...)).)))).))................(((((.(((..........)))..))))).....(((...(((((((.......(((((((((((((((....(((...((((....)))).)))((((((.......)))))).)))))).......(((((.......)).)))((((((....))))))...))))))))))))))))..))).(((..((.......))..)))..))))).)).)))))))))..)))))))..........)))))))..)))))))).........)))))).))))))).)))).((((((((...((........)).))))))))(((...))).((((.....)))).....))))))))))))................)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
................(((((((.(((..,.,,(((({{(({((((((((...(((((((({({.,....((({{,{..((((((((..{{(((,,{{({({.((((((((((((({{(.,.,,{,,...,,((({,{({((((,(({{{..,{(((({.((,{{({,,.{(((.....)}}|{||{|||.{{{....,}|{|}|||,,{,{{|.|(((((((,({{....}}|,,,||}|||||,,{{.{{{(,{{{{{,,{{,,,.,||,,|||,,...{(((({.......,,.}}}))}.,)))}))}})}}}|||||{|||,,,.,,,.,||{||...||||..|||,,}}|||}|{,..,}.,},.}})),.}))),,),}))},,,,,....,,,,|||}|(({,.(((.((((..(((((......)).)))..)))).)))...)))}|}),))})))|||||....,{{{,{{{{{{.{((.((((,,,.((({...,,{{{{||,|{{{..{(((((((((((((((....)))))))...,,..{,,.,(,(((((((((........((((((....))))))........)))))))))...|||,,,..,,..}}}.))))).))))...})))}}||||||||||||}}}}}}}}.}},,....(((((((......))).))))..||}|||{,{{,..((((((((..(((((..{{,(((((....))))).,.{(((({..,(((((.(((((....)))))))))),}...)))))}.....((((((((((((((.,........((((.(((((.,..,(({({.,{.........}}.,,))).....)))))..))))........,.)))))))).))))))..((((.,,.(((........))).,,.)))).,}.))))).,.))))))))...}},)))},||....}}})})},.....,}}...})).)))))))))))))..,|,,.||}|,||,..............(((((((((...))).))))))....{{{{....}}}|{{,,(((({(,...,..))))})...,)),....,},|||||......}))}),,)))))))).})))))....}}).)))))))).....)))))),}}.))).},,,)}..}),,....)))...))))))),{||,,,{{{.|,|||||{...(((({{.......{((((....)))))(((||....,,,)),....((((((((...((........)).))))))))|||,..)),}}}|||||,|}},......,}}},.......................,,},.....
Back