Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001324088.2
Sequence Length
1587 nt
GC Content
0.4549
CUCUCAGGCACACAACCCAGCACAGCAAGGCAGUCACACCAAGGCGGUCCCCAGCGCGCUGCCUCCGCCGUUCCCCGCCCCCUCGCCUCUGAGGCUGCCCGGAUAGCUGCCUGAUCCAAGGCCCAGCAGCUUCUGCCUUCCGGAUCCCCACCGACGGACGGAGGCAGCCCACCUGCAGGACCGGGGCGCUGUCGGUCCACGUGGCCGCUCUGGAGCAGAUUCCCCUCUUCCCGCGGCCUCGCCAUGGCGACCCACGGACAGACUUGCGCGCGUCCAAUGUGUAUUCCUCCAUCAUAUGCUGACCUUGGCAAAGCUGCCAGAGAUAUUUUCAACAAAGGAUUUGGUUUUGGGUUGGUGAAACUGGAUGUGAAAACAAAGUCUUGCAGUGGCGUGGAAUUUUCAACGUCCGGUUCAUCUAAUACAGACACUGGUAAAGUUACUGGGACCUUGGAGACCAAAUACAAGUGGUGUGAGUAUGGUCUGACUUUCACAGAAAAGUGGAACACUGAUAACACUCUGGGAACAGAAAUCGCAAUUGAAGACCAGAUUUGUCAAGGUUUGAAACUGACAUUUGAUACUACCUUCUCACCAAACACAGGAAAGAAAAGUGGUAAAAUCAAGUCUUCUUACAAGAGGGAGUGUAUAAACCUUGGUUGUGAUGUUGACUUUGAUUUUGCUGGACCUGCAAUCCAUGGUUCAGCUGUCUUUGGUUAUGAGGGCUGGCUUGCUGGCUACCAGAUGACCUUUGACAGUGCCAAAUCAAAGCUGACAAGGAAUAACUUUGCAGUGGGCUACAGGACUGGGGACUUCCAGCUACACACUAAUGUCAAUGAUGGGACAGAAUUUGGAGGAUCAAUUUAUCAGAAAGUUUGUGAAGAUCUUGACACUUCAGUAAACCUUGCUUGGACAUCAGGUACCAACUGCACUCGUUUUGGCAUUGCAGCUAAAUAUCAGUUGGAUCCCACUGCUUCCAUUUCUGCAAAAGUCAACAACUCUAGCUUAAUUGGAGUAGGCUAUACUCAGACUCUGAGGCCUGGUGUGAAGCUUACACUCUCUGCUCUGGUAGAUGGGAAGAGCAUUAAUGCUGGAGGCCACAAGGUUGGGCUCGCCCUGGAGUUGGAGGCUUAAUCCAGCUGAAAGAAACCUUUGGGAAUGGAUAUCAGAAGAUUUGGCCUUAAUAUAUUUCCAUUGUGACCAGCAGCAGGCUUUUUUCCCCCAAGAAGAUGAUCAAAACAAAGGAUGAUCUCAACAAGAGCUGUAUUUUAAGUAUUUAGACAGUUCUUUGUUAGCUGGUUUCUAGUUGGUUAUCUAGUUACCAAUGCUGCAGUCCUGCAGUCACCUAUACAUUAUUUAAAUGUAUUUAACUGUUAAAUGCGCUACCCACCAAUAAUGAAAUAGACCUUUAUGAAAACUGUGCAAUUGUGUGCAUGUUUGUUUUUAUGUUCCUUUAGAAAACAUUGACUGUUACCAUUGAAUGAGAUGGAUCAGUGGAUAUUAAGAUGAGGUUACAAAUUUUGUUAAGUUCAGCCAUUAUUACUUUUGGUAUCCCAGAACAUGACAAAUUAUGAAUAAAACAAGUAUACAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-495.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -527.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 352.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((....((((((...((((((....((((((((((((.(((...(((((((((((((((....((..((((......))))..))(((((..(((((((......))))..))).((....))..))))).........))))).))))))))))....)))..))))))(.((((.(((.((((....((((((...((((.((......)).)))).))))))((((....)))).....)))).)))..)))).).....(((((...........))))).....))))))....)))))).......((((((..(((((.((((.(((...(((((((.(((((((((((((((....(((.......)))......))))).)))))))))).........(((..(((.....)))..)))((.((((((((((((........)))).((((((((((((((((((..(((((..((((((............((((....)))).(((((((((((((((..(((((((((.(........)))))......((((((.((((..((.......))..))))..)))))))))))..))))))......((((...........)))))))))))))((((.(((((((((.((((((((..........))))))((((((...((((((..((..(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).))))(((......))).((((((((.....((.(((((....)))))))..((.((.(((((...(..(((.......((((((..((((.((.(((.((...)).))).))..))))..))))))....)))..)...))))).)))).(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..))))))....(((((((.....)))))))))))))))))))..)))))))))).(((((((...))))))).(((((((((((.((((((((.((((....)))).(((((((.(((.((.(((((......))))).))..))).(((((.((.((((....)))).))..)))))(((....))).)))))))......))))))))...))))).))))))((((((......))))))..(((((..........)))))..((((((((((((...............))))))).)))))(((((((..((((........))))..))))..)))(((.....(((((.....(((((((.....)))))))...)))))....)))......)))))))...))).))))))))).))))))))))))..))))))))..(((((((...((((((...............((((.(.(((((......)))))).))))((((((((((((((((((...(((((....))))).)))).)))))....)))))))))..)))))))))))))((((.(((.......))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((((((....((((((...((((((....((((((((((((.(((.(.(((((((((((((((....((..((((,....,))))..)){((({.,(((((((,.....}})}.,)))}||,...)}..}}}||.........))))).))))))))))....)))..))))))(,((((,(({,((({.,{.((((((...((((.((......)).)))).)))))),||(..,,))),.,},.))}}.)))..)))},)|||,.{{(((.,.........})))),..,.))))))....)))))).......{(((((..(((((.((({{((({{,(((((((.(((((((((((((((,...{((..,,...}))..}}..))))),})))))))))||||,,...(((,.{,,{{{,,||{{{|{(((.((((((((((((........)))).((((((((((((((((((..(((({..((((((............((((....)))}.{{{{{{{{,{{,{,|,,||,{{{{({(({{{{,..,||}}}|{{{{{((((((.((((..((.......))..))))..)))))),,}))}}))||||{....|||||,,||...,,,}))))}}))))))|((({.(((((((((.((((((((,,.....,,.)))))){(((((...((((((..{({.(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).})))|{{......)),.((((((((.....((.(((({....})))))).....{{.{((((...{..{{|,,,....((((((..((((.{(.(((.(,...}).))).})..))))..))))))....}}},,|{{,}}}}),)))),(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..)))))),...(((((((.....)))))))})))))))))))..)))))))))))||||,,..}}))))}},.,{||{||||{|}|||((((({(((.....{(({{(,((((,,,....|}||||({{..{{{{|,|,{{{{||..(((((.((.((((....)))).))..))))),{{....}}}.,)))))).......))))),,}}}}))))}),,}})}}}|||}},,....|,|(((.(((.........))).)))),((((((((((((...,,{,....,,}}))))))))}}))),{{((((..((((........))))..))))..|||(((.....(((((.....(((((((.....)))))))...)))))....))),,.,,,))))))}..}}))})}}}))))).)))))}))))))..)))))))).|{(((((({{{(((({(,,,........,,,.((((.{.(((((......)))))}.)))){|||{{{{{{{{||||{{||,{,,{{||,,|}||||}|||.,,},...,,}))))}}}}..))))}))))))},,,,|.,,|}}}}},.,},.,,,..
Back