Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001324090.2

Sequence Length

1855 nt

GC Content

0.4911

CUCUCAGGCACACAACCCAGCACAGCAAGGCAGUCACACCAAGGCGGUCCCCAGCGCGCUGCCUCCGCCGUUCCCCGCCCCCUCGCCUCUGAGGCUGCCCGGAUAGCUGCCUGAUCCAAGGCCCAGCAGCUUCUGCCUUCCGGAUCCCCACCGACGGACGGAGGCAGCCCACCUGCAGGACCGGGGCGCUGUCGGUCCACGUGGCCGCUCUGGAGCAGGUUGGAGUUGGCAGCGGGCUGCGCUGCAGGGACAGGCGCGGCGGACAGCCCCGGGGGCAGCGGCGGGGUCCUGUCUGGGAGAGGACAGGGUUGCGGCGGGCGGAACGGUGUCUCCUUCACUUCGCCCUCCAGCUGCUGGAGCUGCAGCCCGACCGCGAGCGUGCCAAGCGGCUUCAGCAGCUAGCGGAGCGGUGGCGGCGGCCCCCCUCAGGACACCACCAGAUUCCCCUCUUCCCGCGGCCUCGCCAUGGCGACCCACGGACAGACUUGCGCGCGUCCAAUGUGUAUUCCUCCAUCAUAUGCUGACCUUGGCAAAGCUGCCAGAGAUAUUUUCAACAAAGGAUUUGGUUUUGGGUUGGUGAAACUGGAUGUGAAAACAAAGUCUUGCAGUGGCGUGGCUUGGCGUGGUGAUGCUUGUGAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGAAUUUUCAACGUCCGGUUCAUCUAAUACAGACACUGGUAAAGUUACUGGGACCUUGGAGACCAAAUACAAGUGGUGUGAGUAUGGUCUGACUUUCACAGAAAAGUGGAACACUGAUAACACUCUGGGAACAGAAAUCGCAAUUGAAGACCAGAUUUGUCAAGGUUUGAAACUGACAUUUGAUACUACCUUCUCACCAAACACAGGAAAGAAAAGUGGUAAAAUCAAGUCUUCUUACAAGAGGGAGUGUAUAAACCUUGGUUGUGAUGUUGACUUUGAUUUUGCUGGACCUGCAAUCCAUGGUUCAGCUGUCUUUGGUUAUGAGGGCUGGCUUGCUGGCUACCAGAUGACCUUUGACAGUGCCAAAUCAAAGCUGACAAGGAAUAACUUUGCAGUGGGCUACAGGACUGGGGACUUCCAGCUACACACUAAUGUCAAUGAUGGGACAGAAUUUGGAGGAUCAAUUUAUCAGAAAGUUUGUGAAGAUCUUGACACUUCAGUAAACCUUGCUUGGACAUCAGGUACCAACUGCACUCGUUUUGGCAUUGCAGCUAAAUAUCAGUUGGAUCCCACUGCUUCCAUUUCUGCAAAAGUCAACAACUCUAGCUUAAUUGGAGUAGGCUAUACUCAGACUCUGAGGCCUGGUGUGAAGCUUACACUCUCUGCUCUGGUAGAUGGGAAGAGCAUUAAUGCUGGAGGCCACAAGGUUGGGCUCGCCCUGGAGUUGGAGGCUUAAUCCAGCUGAAAGAAACCUUUGGGAAUGGAUAUCAGAAGAUUUGGCCUUAAUAUAUUUCCAUUGUGACCAGCAGCAGGCUUUUUUCCCCCAAGAAGAUGAUCAAAACAAAGGAUGAUCUCAACAAGAGCUGUAUUUUAAGUAUUUAGACAGUUCUUUGUUAGCUGGUUUCUAGUUGGUUAUCUAGUUACCAAUGCUGCAGUCCUGCAGUCACCUAUACAUUAUUUAAAUGUAUUUAACUGUUAAAUGCGCUACCCACCAAUAAUGAAAUAGACCUUUAUGAAAACUGUGCAAUUGUGUGCAUGUUUGUUUUUAUGUUCCUUUAGAAAACAUUGACUGUUACCAUUGAAUGAGAUGGAUCAGUGGAUAUUAAGAUGAGGUUACAAAUUUUGUUAAGUUCAGCCAUUAUUACUUUUGGUAUCCCAGAACAUGACAAAUUAUGAAUAAAACAAGUAUACAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-640.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -675.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 478.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((((((((....((((((...((((((....((((((((((.....((((((((((.(((((((((((((((..((.(((((((.(((((.(((....((.(((((.(((...((...(((((((((((((((((..(((........)))))))))((((((((((((....(((((((((((.((.....))))).)))))))).))))).))).)))))))).)))))))...))..))))))))))..))).))))).))))))))).)))))..((((((((......))))))))....((.((((((...((((.......)))))))))).))(((((((((((((((.((.((........)).))...)))))))))))))))...)))))))))).)))))).....((.((......)).))......(((..(((.((..((((....)))).)).)))..)))...)))).......(((((...........))))))))).))))))....)))))).......((((((..(((((.((((.(((...(((((((.(((((((((((((((..(((((.(((....))).)))))(((.(((.(((.......))))))))).(((((....)))))...))))).)))))))))).........(((..(((.....)))..)))((.((((((((((((........)))).((((((((((((((((((..(((((..((((((............((((....)))).(((((((((((((((..(((((((((.(........)))))......((((((.((((..((.......))..))))..)))))))))))..))))))......((((...........)))))))))))))((((.(((((((((.((((((((..........))))))((((((...((((((..((..(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).))))(((......))).((((((((.....((.(((((....)))))))..((.((.(((((...(..(((.......((((((..((((.((.(((.((...)).))).))..))))..))))))....)))..)...))))).)))).(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..))))))....(((((((.....)))))))))))))))))))..)))))))))).(((((((...))))))).(((((((((((.((((((((.((((....)))).(((((((.(((.((.(((((......))))).))..))).(((((.((.((((....)))).))..)))))(((....))).)))))))......))))))))...))))).))))))((((((......))))))..(((((..........)))))..((((((((((((...............))))))).)))))(((((((..((((........))))..))))..)))(((.....(((((.....(((((((.....)))))))...)))))....)))......)))))))...))).))))))))).))))))))))))..))))))))..(((((((...((((((...............((((.(.(((((......)))))).))))((((((((((((((((((...(((((....))))).)))).)))))....)))))))))..)))))))))))))((((.(((.......))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.......((((((((....((((((..,(((,,({{{{((((((((((,.,,.({{{((((((.((((((({(((((((..((.(((((((.(((((.(((....((.(((((.(((..,((...(((((((((((((((((..(((........)))))))))((((((((((((....(((((((((((.((.....)))))}}))))))).)))))},)).)))))))).))))))),,,))..))))))))))..))).))))).))))))))).))))))}{(((((((......)))))))}....((.((((((,..((((.......)))))))))).))(((((((((((((((.((.((........)).))...))))))))))))))).,,)))))))))),)))))),...,,,,||,,,{{{{,,{,......{{{..(((.((,.((((,...)})}.}}.}}}..|||,,,|,}|||{{,,.{((((.........,.)))))|||},}|||||{,..,})))),,.,....{{||,..,{{||,{{||||{{{|||{{((((,{{(((((((((((({,.,{{((|{{,,|||||}|||}}||((|{||,,||}),.,,,}||||||||,||,,,,,})))}.),..}))))}|))))))))}}}||,....{{|,.,||||,..,}|||}}|||}||{{{|||||||.......,)))}.((((((((((((((((((..(((({..((((((............((((....)))}.{{{{{{{{,{{,{,|,,||,{{{{({(({{{{,..,||}}}|{{{{{((((((.((((..((.......))..))))..)))))),,}))}}))||||{....|||||,,||...,,,}))))}}))))))|((({.(((((((((.((((((((,,.....,,.)))))){(((((...((((((..{({.(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).})))|{{......)),.((((((((.....((.(((({....})))))).....{{.{((((...{..{{|,,,....((((((..((((.{(.(((.(,...}).))).})..))))..))))))....}}},,|{{,}}}}),)))),(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..)))))),...(((((((.....)))))))})))))))))))..)))))))))))))))}}}.)))).,....{(((({{{{{|}||{(((((,(((,....||||{({(((({,,,,.,|}||||({{..{{|||}|,|{{{||,.(((((.((.((((....)))).))..))))),{{....}}}.,))))))......,)))))},,}}})))),)}}}})}|||||}},,....|}|(({,(((,........}}),)))},((((((((((((...,,{,....,,}}))))))))}}))),,,((((..((((........))))..))))..|{{(((....,|||||...,,(({((((,,...}}|||||,{,|}}}),,,,)))}.....,,,,))}}}}},,})}}.,}}}}.}},,,.))))))..)))))))).|{(((((({{{(((({(,,,........,,,.((((.{.(((((......)))))}.)))){|||{{{{{{{{||||{{||,{,,{{||,,|}||||}|||.,,},...,,}))))}}}}..))))}))))))},,,,|.,,|}}}}},.,},.,,,..