Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001326420.2
Sequence Length
2164 nt
GC Content
0.5494
AGACAAGAUGGCGACGUCCGUGGGGCACCGAUGUCUGGGAUUACUGCACGGGGUCGCGCCGUGGCGGAGCAGAUGCCAGAAAAAUCCACACUGCCCCUGCCCGAACCAUGUUCCUGCUGCGUCCCCUGCCCAUUCUGUUGGUGACAGGCGGCGGGUAUGCAGGGUACCGGCAGUAUGAGAAGUACAGGGAGCGAGAGCUGGAGAAGCUGGGAUUGGAGAUUCCACCCAAACUUGCUGGUCACUGGGAGGUGGCUUUGUACAAGUCAGUGCCAACGCGCUUGCUGUCACGGGCCUGGGGUCGCCUCAAUCAGGUGGAGCUGCCACACUGGCUGCGCAGGCCCGUCUACAGCCUGUACAUCUGGACGUUUGGGGUGAACAUGAAAGAGGCCGCUGUGGAGGACCUGCAUCACUACCGCAACCUCAGCGAGUUCUUCCGGCGCAAGCUGAAGCCGCAGGCCCGGCCUGUCUGUGGCCUGCACAGCGUGAUUAGCCCAUCGGAUGGAAGGAUCCUCAACUUUGGGCAGGUGAAGAACUGUGAGGUGGAGCAGGUAAAGGGGGUCACCUACUCCCUGGAGUCGUUCCUGGGCCCGCGUAUGUGCACAGAGGACCUGCCCUUCCCACCAGCCGCGUCGUGUGACUCCUUCAAGAACCAGCUGGUCACCCGGGAAGGGAAUGAGCUCUAUCACUGUGUCAUCUACCUGGCCCCUGGGGACUACCACUGCUUCCACUCCCCCACCGACUGGACUGUGUCCCACCGGCGCCACUUCCCAGCUGUGGGGGCCACCAACGUGGGCUCCAUUCGCAUCUACUUUGACCGGGACCUGCACACAAACAGCCCAAGGCACAGCAAGGGCUCCUACAAUGACUUCAGCUUCGUGACGCACACCAAUAGAGAGGGCGUCCCCAUGCGUAAGGGCGAGCACCUGGGCGAGUUCAACCUGGGCUCCACCAUCGUGCUCAUCUUCGAGGCCCCCAAGGACUUCAAUUUCCAGCUGAAAACAGGACAGAAAAUCCGCUUUGGGGAAGCCCUGGGCUCGCUCUAGAGUCUCUUUCCUGAUUAUGGCUGCUAAGGGAUCUUUUCCAAACAGAGUGAGGGUCUUUUCAAGAGGGAGGCCCAUGAGGCCAUCCAGGUAAGGGCCUGCCUCAGCGUGGUUGGGAGUCUGACCAGGUAGGACUUGAAUGAUUCGGCUACCACCUGUUCCAGAGGUGCAGACAAGAGGUGGCGAGAGCCCCCAUCAUGCCCCUCAACCUAUCCCGUUCCUUCUGCCUACAAAUAAAAAGUGCAGGCUGGAAUGAUCUCAGUCACAUUUGGAUCUUUUUAAACACUGUAUAGACGGAAGAGCCUGCAUUCCUGACCGAACCUUCAGUUGGUCUCGGUUGUCGUUUUUUCUUGCUGCUCCUCCCCCCAUCACCUGAGCUGUUUUCUGUUGGCCCCUUUUGUUUUUUGGCCUUAACGCUCCUGCUGCACAGGGUGAGGUGCCUCCUUGGCACAGACUGUGGAUGCCUCUCCCCCAGCAGAGCCACACAGCCUUCGUGACAACUGCUUUCCGUUCCCACAUUCACCUCAUCCUGCUCUUUAGAAAAAGCAGUCUUUGUGCUUGUGGCUGAACGCAUCACCCUGGACUCUGCUAGUGUCUUCUGAGGACACUGAUGACACUGAUUAAUGAUACAGACCUUUGCAGGACCUGAUGAGUGACCCUUCUGGAGCUGGCCAGGUCCUCUGCAGCAGGCAAGACCAAUCAAUCACUGAACCUGCCUCAUGGCACCAGAGUGAACAGGGCAGGCAGGUAGUAGGCCCAGCUGGGGAAAUGGGAGAGUUCCUGUCCCCCUCCACAUAUCCCUACAUGAAAUAUGGGAAAGUUGCUGCUAUUGAUUCAGGGUCUGUCUUGGAGGCAGAGGACCCUUGGUGGAUAGUUGGUCAGUGCCUGGAAAACCUGUCCCAGUUUAUCAGGAACGCAGGCCUGGGGAGCCCCCAGUGGCGGGGACAGGGCCAGAUUUCAUGUUGACCCUGGGGAUGCUGUGAAUUUCUCCUGCAGGAGAGACAUCAUUGAAUUUUUUCAACUGUAUCAGUAGCACAGUAUUUUUGUAUGAAAAGUGGGAGACUUCUGAACAGUAAUUCAUUUAAUUGCAAAGCAUUUUGAAAUAAAAAAAAUCAAACUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-806.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -844.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 782.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((((.((((((.((..((........))....)).))))))))))).(((...)))..(((((((((((....((((.((((((..(((((....((((..(((((((((((.((.((.......)).)).)))..))))))))))))..)))))..)))))).)).)).(((((((.((((((((((.....))))(((..((((...)))))))...))))))(((((((....))))))).....(((((..((....))..)))))((((.(((((((((...((((((.....)))))).((.((((...)))).)).)))))))))..))))))))))).))))).))))))((((.(((((((((..(((((((...((((...(((.........))).)))))))((((((((((((((.(((((((((..((((((((((...(.(((((.....))))))((((..(((((((.((.(((......((........))((((........))))..((((((((((....(((((((.....)))))))((((((..(((.(((((.(.(((.((((((((((......((((((((((((((.(.((....(((.....)))...))).)))))).....))))))))......)))......)))).))).)))).)))))..))))))).)).)))).))))))(((((((.(.((((...(((.(((...)).).)))...))))).))))))))))))...)))))))....)))).((......))))))).)))))........(((((...((...))..)))))..........))))))))))))..............((((((.(((((.((.((......))((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))))......((((((...((((((........(((((.((((((((..(((....((.(.((((((((((((((.(((..(((....((((........))))..))).))).))))..))))))))))).))(((((((.........((((.((((((.....(((.....)))..)))))).))))((.(((((...(((((....(((((...)))))...)))))....)))))))......((((.((((.(((((((.(((((.((((................................................((((((((((((((.((((.(((......))))))).)))).....((((....))))...))))))))))...((((((........))))))..)))).))))).))))))))))).))))..))).)))))))..)))))))).)))))........)))))).))))))..(((.((((.....)))))))..(((((.....)))))....)).)))))))))))(((((((.(.(((((((.((((..((....)).......((((((((((..(((......(((((..........))))).....)))..)))))..))))).....(((((.((((((.(((((((((...)))))))))....((.(((((.((........(((((((((((((((.(.(((..((.....)).))).).)))))))..))))).)))........)).))))).))....((((....)))).))))))...))))).))))..)).)).))).).)))))))...)))))))))))((((((((..((((...((((............))))........((((((.(((.(((((((((((...))))...))))))).))).)))))).((((.((((((((.((((........)))).)))))..))).))))(((((...))))))))).))))))))))))...))))))))).))))....(((((((((..(((((((....)))))))......((((....))))((((...))))..)))))))))((((((....(((((((..(((.......)))..)))))))...)))))).)))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((((((.((((((.((..((,.....,,)}....)).)))))))))))..((((((((.((((..({{((...........))))..)))))))..)))))..{{{(({(({({{(({((((.(((({((((((.{{.{{{(({((({{{,,{{||}||||}.||,{|,(({((,{,{(,{(({{{{(((,....}|||(((..((((...))))))),..{((((((({{.,{(((((({(((..{,(((,{((,{((((,,..}}||}.|||||.|{(((((((,{,,((({(,...,||||||.((.((({...)))).)),||||}||}|,,|||||||||.|{|{|,({{{.}}{||||,{|||.{{{{..{{{{||||||||||,|||||........,||,.||,|,}|},{{{((((((((,...||||,,{{.((((((((((,,.,.|||{|||||,},,,}},,,....(((((..,,.,(((....|||||..|..}))||,{|,|}||},}}||||{{((((((((....(((((((.....)))))))((((({,,(((,(((((.(.(((.(((((((({(,.,...((((((((((((((.(.{({.,.{({.....})).},,}).)))))).....))))))))...,..}))}....})))).))).)))).)))))..))))))}.)).))))}}))}}}{{{||||,{.{|{|...|||,|||...)),)}))),}}))))}.||||||}((((....)))),)))))},}}},,,......},,,|||.}|||}.......,|||||..}||.,,)),,)}))),,,....,},)))),||,},}}|.|||.}}}|,,,,}}}.})))|(((((..((.,.((((.((((((.(((,.(((((({...})))))),.)))..)))))).)))}.{|{||(({{((((.|.....{{{(...(((....}})....}}},....|)}})))))..((({{{((||{.{{{{{|,{{{|{.{{{{{|{|,..|||{|...,((({,.{{||||,..|||||||||||||||||,..||||}||||||.{{{|(((|..,,}}}..|||||}||{((((.(((({.(((.,...((.(((((.((,.{((({...})))).,.))))))).}}..((((.((((.(((((((.((((.{(,,.....}}.}))}}}}}.........,{{{{{.{{{{{,,..........||{|||||,,||||,((((.(((......}}))))).,}}},....{||{....})}|,,||||}}|||},...((((((,{......))))))..))))}),))},}}))))))))).)))).,))})))))))))),,..,,,,.)),)))))},,,})},...})))))},.|{{,|{{{,,,..||||||||}|{||{....,))))).|,|||||.,.|}||||}|}}}}}}))})},.}})))}}},,||..,..,,}},,,.((((((((((..(((......(((((.{,....,}.))))).....)))..)))))..))))),,}})}}))),}))))),(((((((({...}))))))))....{{{(((({.,{....,,|.((({{((((((((((.(.(((..{(.....)).))).).)))))))},|)))),}||{..{,,{,||.|||||,||.,||||||,,.|}.|||},,.)}),.,,))))))),},|||||||}{,(({{{((({..{{({((,,..||||||||||.,((,(,,,({{(.....,..,,,,)))).,,,,}},||||||.{{{.((((((({(({.,.,}))))}})))))).))).)})})),||||,||||||||,|||{,||,,,}}))),,))))),,,)}}))))|||||.,.})))))})),))))))||||.|,,.}}}}.,})),.)))))))|||||{(((,.(((((((....)))))))..,,.,((((....))))((((,.,|||,.,}}}}}||||((({{,..,,|||||{,..,||.,,,,,,)))..}}}}}},...}))},,.)))))))........................
Back