Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329095.2
Sequence Length
2580 nt
GC Content
0.5682
GUUUCCCUAUCGGCGGCAGCGGGCAAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCCGCGGUGGCGGCGUGGGGAACAUCUCGGCAGCCACCGCGCUUCUCCCGCUGGAGCGGGCGUCCAGCUUGGCUGCCCUCGGUCCUUCCCUGCCACGUUUCGGGUCGCCCUGCACCCCCCACCCAGGCUCGCUUCUCUUCGAAGCGGGAAGGGCGCCUUGCAGGAUCCUGCCGCCCCUCCAACCGGAUCCUGGGUCUAGAGCUCCCCAGAGCGAGGCGCUCGCCAGGACUCCUGCCCCGCCAACCCUGACCGCCGGGGGGUGCCCCCGGGACGUAGCGCCGCGGAGAGGAAGCGGCAAAGGGGACCAUGCGGCGCCUGACUCGUCGGCUGGUUCUGCCAGUCUUCGGGGUGCUCUGGAUCACGGUGCUGCUGUUCUUCUGGGUAACCAAGAGGAAGUUGGAGGUGCCGACGGGACCUGAAGUGCAGACCCCUAAGAAUUGAAAACAGUUUGCAGCUGACACCUGAGCCUACCCAUUUCGUUCUGAAUGCAAUUUCAGCAGCCCACUGUAGCUCCCCUGCUCUCCCUCCCAGGCAUGGAACAGCCAUGGCCCAAGAUGAGUCGUGUCCACCUUCGGACGCUGACUGGGACGACCUGUGGGACCAGUUUGAUGAGCGGCGGUAUCUGAAUGCCAAAAAGUGGCGCGUUGGUGACGACCCCUAUAAGCUGUAUGCUUUCAACCAGCGGGAGAGUGAGCGGAUCUCCAGCAAUCGGGCCAUCCCGGACACUCGCCAUCUGAGAUGCACACUGCUGGUGUAUUGCACGGACCUUCCACCCACUAGCAUCAUCAUCACCUUCCACAACGAGGCCCGCUCCACGCUGCUCAGGACCAUCCGCAGUGUAUUAAACCGCACCCCUACGCAUCUGAUCCGGGAAAUCAUAUUAGUGGAUGACUUCAGCAAUGACCCUGAUGACUGUAAACAGCUCAUCAAGUUGCCCAAGGUGAAAUGCUUGCGCAAUAAUGAACGGCAAGGUCUGGUCCGGUCCCGGAUUCGGGGCGCUGACAUCGCCCAGGGCACCACUCUGACUUUCCUCGACAGCCACUGUGAGGUGAACAGGGACUGGCUCCAGCCUCUGUUGCACAGGGUCAAAGAGGACUACACGCGGGUGGUGUGCCCUGUGAUCGAUAUCAUUAACCUGGACACCUUCACCUACAUCGAGUCUGCCUCGGAGCUCAGAGGGGGGUUUGACUGGAGCCUCCACUUCCAGUGGGAGCAGCUCUCCCCAGAGCAGAAGGCUCGGCGCCUGGACCCCACGGAGCCCAUCAGGACUCCUAUCAUAGCUGGAGGGCUCUUCGUGAUCGACAAAGCUUGGUUUGAUUACCUGGGGAAAUAUGAUAUGGACAUGGACAUCUGGGGUGGGGAGAACUUUGAAAUCUCCUUCCGAGUGUGGAUGUGCGGGGGCAGCCUAGAGAUCGUCCCCUGCAGCCGAGUGGGGCACGUCUUCCGGAAGAAGCACCCCUACGUUUUCCCUGAUGGAAAUGCCAACACGUAUAUAAAGAACACCAAGCGGACAGCUGAAGUGUGGAUGGAUGAAUACAAGCAAUACUAUUACGCUGCCCGGCCAUUCGCCCUGGAGAGGCCCUUCGGGAAUGUUGAGAGCAGAUUGGACCUGAGGAAGAAUCUGCGCUGCCAGAGCUUCAAGUGGUACCUGGAGAAUAUCUACCCUGAACUCAGCAUCCCCAAGGAGUCCUCCAUCCAGAAGGGCAAUAUCCGACAGAGACAGAAGUGCCUGGAAUCUCAAAGGCAGAACAACCAAGAAACCCCAAACCUAAAGUUGAGCCCCUGUGCCAAGGUCAAAGGCGAAGAUGCAAAGUCCCAGGUAUGGGCCUUCACAUACACCCAGCAGAUCCUCCAGGAGGAGCUGUGCCUGUCAGUCAUCACCUUGUUCCCUGGCGCCCCAGUGGUUCUUGUCCUUUGCAAGAAUGGAGAUGACCGACAGCAAUGGACCAAAACUGGUUCCCACAUCGAGCACAUAGCAUCCCACCUCUGCCUCGAUACAGAUAUGUUCGGUGAUGGCACCGAGAACGGCAAGGAAAUCGUCGUCAACCCAUGUGAGUCCUCACUCAUGAGCCAGCACUGGGACAUGGUGAGCUCUUGAGGACCCCUGCCAGAAGCAGCAAGGGCCAUGGGGUGGUGCUUCCCUGGACCAGAACAGACUGGAAACUGGGCAGCAAGCAGCCUGCAACCACCUCAGACAUCCUGGACUGGGAGGUGGAGGCAGAGCCCCCCAGGACAGGAGCAACUGUCUCAGGGAGGACAGAGGAAAACAUCACAAGCCAAUGGGGCUCAAAGACAAAUCCCACAUGUUCUCAAGGCCGUUAAGUUCCAGUCCUGGCCAGUCAUUCCCUGAUUGGUAUCUGGAGACAGAAACCUAAUGGGAAGUGUUUAUUGUUCCUUUUCCUACAAAGGAAGCAGUCUCUGGAGGCCAGAAAGAAAAGCCUUCUUUUUCACUAGGCCAGGACUACAUUGAGAGAUGAAGAAUGGAGGUUGUUUCCAAAAGAAAUAAAGAGAAACUUAGAAGUUGUCUCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1033.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 734.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.....((((((((.((((((((((((.((.((.(((((....))))).)).)).))((((((((...((.((((((((..((....(.(((((....))))).)....)).))))))))...))...))))))))........((((.((...))))))....(((...((((((((.....))))))))..)))))))))))....))))))))))((((((.(((((..(((((((((((((.((((.(((..((((((.(((..((.(((((...((((....(((..((((((((((...))))))((.((...))))))))..)))..))))...))))).))..)))))))))..)))...(((((((...)))))))...)))).))))))))))..(((((.(((((((((((((....)).)))))).(((((.....)))))(((..(((.....)))..)))...((((((....))))))))))).).))))(((((((.((((((..((((((((......)))))(((....)))..((((...((((((.((((((((.(..(((....(((((((((......((((((((((......)))))).))))(((((((..((((((((((((((....(((((.(((((((.(..((((.....)))).(((((((((..........((((.....)))))).)))))))((.(((((..(((((..((........))..)).)))..))))).))...).)))))).).)))))(((.((((((..(((...)))................................(((((.((((((((((((...(((...))))))))))........((.((((.........(((((((((...........((((((((((..((........(((((((((....))).)))))).(((((.((((........)))).)))))........)).)))))..))))).))))))))).)))).))(((.((((.((((((((((((((((....(((((....(((.(((((.....(((((((.(((....))).))))))).))))))))....))))).....)).)))))))..)))))).)..)))).)))....((((((..(((((.....(.(((((.....))))).)....)))))(((((((.((((.((.((((((...)))))).)).(((((....))))).(((((((((..((((((.(((((.(((((((.((((..............)))).)))))))..(((((((((........).)))))))).)))))..(((((...(((.(((...((((.((((.(((((((.........))))))).)......(((((((.((((((..((..((((.(((.((((((......)))))).)))))))..)).....)).))))))))))).))).))))...))))))...)))))...............(((.(((((((((((((..((........))..).))))).))).)))).)))((..((((((((((((((((((((.((((.(((((((..(((...(((((....((((..((((......)))).))))....))).)).(((((...))).)))))..))))))))))).)))).).))))..)))))..(((.....)))....(((((((......)))...))))...(((..(((.......................)))..)))(((......))).....))))))...))......)))))).)))))))))........))))))))))))))))).))))).).))))(((.((((((.((.....((((((....)))).))(((((((.....))))))).)).)))))).))).)))))).))).))))))).)))))))))).((.....)).)))).(((.((((((......))....(((((((....)))))))...))))))).....(((.((((.......(((..(((((.((((..(((....)))..)))))))))))))))).)))..((((.....))))...)))))))))(((((((((.(((.(..((((......))))...).))).)))..(((...))).)))))).......)))..).)))))))).))).)))))))...(((((((.((((((((.((((....(((((((..(((..........((((.....))))..........)))....))))))).)))).)))..))))).)))))))(((((((.....)))))))..((((....)))))))..)))))).)).)))))...(((((((......))))))).)))..))))).((((((((((((.....)))))))).....))))....((.((((....)))).))..))))))(((((((.....)))))))(((((((((....)))).))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((.((((((((({(((..((((.(.((..((((((.((.((,{((((((((.((.((((,....,)))})).))))))))))).)).))))))..)).).))))..)))).)))))|(((.(((({{(((((.........(((({{{{((.({{(,{({{.(({{|((((((((.....)))))))).,{((|(((((.((((.((((({,((.(((((((((((..((..((((((((((.((((.(((..((((((.(((..((.(((((...((((....(((..((((((((((...))))))((.((...))))))))..)))..))))...))))).))..)))))))))..))),..(((((((...)))))))..,)))).))))))))))..))..)))...(((((((((....)),,)))))))))))))).)).).)))))))))))).)).|.}}},,..{{{{{{....}})))},,,{{{{,..{,{((((,,,{,,,....((((((((......))))),||}...||)}|||||..,{{{{{{,{{{{{{{({({{((.....}|||||||{......((((((((((......)))))).))))||||||,,.{{{|||{,{{((,({,,{(((((.((((({{.,.{((((.....))))}((((((({{..........((((.....)))))),}))))))((.(((((..((({{.,({......,|)}..}}})))..))))).))...},}||||}.}.}||||((({{,{,{|.,(({...|}}..,}}}},}}},},}},,,,{{|{|,,|,..||||||||||}.,,||{{||,|{{..(((((((|((((......,,||}}{{{....,....,...,))}.....,,,,,.))))))).,,}|}}}..|{{{{{(((((((((....))).)))))}.(((((.((((........)))).)))))..,,..{{{,{{{{,|{{(,(((((((({,.,,||||||{.,{,.,,||}||(((({,||,|||||....,((((.,{{(,,.|||||}}},}|||,|||}|||}..})))}))})))),}}})))))},..|||||{{.{{{{.||||||{{{|||,||{{.{||||.}}}.......|||||}|||{.,,....,,{{({{{{.,||}}|{|||.|,((((((((((.((((.((.((((((...)))))).)).(((((....))))).(((((((((..((((((.(((((.(((((((.((((..............)))).)))))))..(((((((((......,,}}}})))))).})))}..,{{{(...{((,({{,,.(({({{(({{{(((({{.........}}}}}||||,,,,,||{{(((({((((((..((..((((.(((,((({((......)))))).))))))}..)).....)}.))))}}}}}}}||||,|,|||,.||||},...,}}}}..............{{((.{{(((({((((({..((,.,.....}}..),,)})).))).)))},}||(|.,|{,||{(((((({(((((((.(((,{(((((((..(((...(((((....((((..((((,.....}))).))))....))).)),(((,....)))}}})))..))))))))))).)))).),)))),,}}}},.,}))),,,.,))}...|,||{,{...|{{||},..,,}}..}))),...,..,.......,,,},..,,....}})}.||}}||,||||,..},,...}}|,.,}.,})...}},)))))).)))))))))........)))))))))))))).,},}))}})}|{|{((((.((((((.((.....((((((....)))).))(((((((.....))))))).)).)))))).)))))},..{(((({....))))))},,,}}}}|{|}},..)),}}}}.}}||||,,}},,..}})}..,}|((((((....))))))|.,{(((..,,.....)))))|.}}}}.}}}|||}}}||,({((,({{(((.{{.||,..,,))})),)))).)))}|,|||{||{.....))))},.))))),|||(((((((((.(((.(..((((......))))...).))).)))..(({...})).})))))}}}....,))))).,)))),))}),)))},),})},....((((((......)))))))))))))))).)))}............))).)))))).....|{{{,,,{{({{(((.(((((({,{,......,..,.((((((((((((({{(((((.....(((.((((....)))).)))....))))),}}...(((((((((((......)))))}}})))).(((((...)))))..((({{{..,,}))}}},))).))))))))))...)))))))))).....))).}}}|||||{.....,,,,,..(((((((((....)))).))))),,.
Back