Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001329099.2

Sequence Length

1401 nt

GC Content

0.4111

AGAGAUUGGGCUGUUUCCUCACUGAUACAUAUCCCUUCACACUUCUAUAAUUUAACUCUCUCAACUGCAUGUGAAAGAUCUUAGCUGAAGAUGACUGACAGUGUUAUUUAUUCCAUGUUAGAGUUGCCUACGGCAACCCAAGCCCAGAAUGACUAUGGACCACAGCAAAAAUCUUCCUCUUCCAGGCCUUCUUGUUCUUGCCUUGUGGCAAUAGCUUUGGGGCUUCUGACUGCAGUUCUUCUGAGUGUGCUGCUAUACCAGUGGAUCCUGUGCCAGGGCUCCAACUACUCCACUUGUGCCAGCUGUCCUAGCUGCCCAGACCGCUGGAUGAAAUAUGGUAACCAUUGUUAUUAUUUCUCAGUGGAGGAAAAGGACUGGAAUUCUAGUCUGGAAUUCUGCCUAGCCAGAGACUCACACCUCCUUGUGAUAACGGACAAUCAGGAAAUGAGCCUGCUCCAAGUUUUCCUCAGUGAGGCCUUUUGCUGGAUUGGUCUGAGGAACAAUUCUGGCUGGAGGUGGGAAGAUGGAUCACCUCUAAACUUCUCAAGGAUUUCUUCUAAUAGCUUUGUGCAGACAUGCGGUGCCAUCAACAAAAAUGGUCUUCAAGCCUCAAGCUGUGAAGUUCCUUUACACUGGGUGUGUAAGAAGUGUCCCUUUGCAGAUCAAGCUUUAUUCUGAAGAAUAAACCUAGCUGGCAUGCUGGUGUGUACCUGUAGUCCUAGCUAUUUGGGAAGCUGAGGUGGGAGGGUCGCUUGAGCCCAGGAGUUUGAGGCUGCAGUGAGCUAUGAUUGUGCCACUGUACUCCAGCCUGGGAGAUAGAGCAAGACUCCAUCUCUAAAAAAAAAAAAAAAUGCUAAUGUGAGAAUAUAAAUUGUGGGAAAUGAGUGAGGGCAAGGUGGUACUUCCUCCUUCUGAGCUCUUCACACGUAAUGCAAAAACCCGGUCUUAACUGAUUUUGUUUUUUUUCUGAGUAUGCAUAUAUGUGGUUGAAUGAACCAAUGUGUGAUUGUAUCUUUUCCAUUAUGUGACUGUUUGACCUGCAUAUUAAUUUCAAGAUAGCAGUCAAUUCGAUAAGGCAUUUUCAUAGAGGAAAGUUUACAGAAACAGUUUAUGUGGUUGGAUCACCAAAUUAUCUUAGGUACUAAGGCCUCAAAAAUAAGAAAAACUUUAUUAUUUCUCCUCAGUAGAGUUUGGACAUACAUAAGGAGAGAAGGUACAGUGAUGAAGGAGACCAUAAUUCUGUAGUGUUGAUGAUCCUGGAUUAUAAUCUUUUUCUCUUUAUCUUUCAUAGUUUUUUUAAAAACAUGGACUGUAUCUUAUCUACCACUAUAUCCCAAAUACCUAAGAUAGUGCUUACGUUCAGUGACUAUUAAAUAAAUAAAUGGAUGAAUUAAAAAGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-400.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -427.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 260.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((......))))).(((((((...........(((...((((((((((((..((((.(((((((((((....(..(..(((((((((...((((((...............)))))).((((((...))))))(((.(((.(((((..((.((((((((((((((..............(((((((...(((.(((((....))))).))).((((((((.(((.(.((((.(((.(((.(((((....)))))))).)))..))))).)))))))))))...(((((((.....((((((...)))))).((((....))))..((((((..(((((....)))))))))))..))))))).....(((((((....)))))))((((..((....(((.((.(.((((..(((..((((........))))..)))...))))))))))...))..)))).....))))))))))))))...))))))).))....)))))))))))...(((((((.((((.....))))..)))))))......)))))....))))..)..)..)))))))))(((((........))))).....(((((((((((((((((...)))))).((((((.......(((((.((((((.((..(((.(((((((((....))))...(((((((((..(((.(((....))).)))...)))))))...))))))))))..)))))))).)))))..)))))).)))))))))))((((((.((.........))))))))...(((...)))(((((.(((.....))).)))))......................)).))))...))))))))))))..)))((((((((((((.((.....)).))))....)).))))))((((((.((((((((..((((......))))..))))))............(((((((.(((((.....))))))))))))..((((..((((((.(((((.((.((((((((.(((.((((........)))))))))))).........))).)).))))).))))))..))))...(((.....)))..((((....))))(((((((((((((.....................((((((((((..........))))))))))(((.(((.....(((((.((((((((((((.((((((((..(((((((..................)))))))..))))))))))........((((.(((((....))))))))))))))))))).))).))..))).)))....))))))))))))))))))))))))))))(((((.........)))))................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{(((......}}}}).(((((((........,,.((({..((((((((((((..{{((,({(((((((((....(..(..((((({(((.,,((((((..{..........,.)))))).((((((...)))))),,.{({(((((((..((.{(((((((((((((..............(((((((,{,(({.(((((....))))).})).((((((({{(((.,.((((.(((.(((.(((((....)))))))).)))..))))).)))))))))))...(((((((...,,((((((...}))))),((((....))))..(({{,({{(((((....))))))))})),,))))))).....(((((((....)))))))((((..((....(({,((.(.((((..(((..((((........))))..)))...))))))))))...))..))))..}}.))))))))))))))...)))))),,)}....)))))))))||{{{(((,,,,.,,,,}}}}})))}..}}}}},,.},,..))})),..,))))..)..)..)))))))))(((((........))))).....(((((((((((((((((...)))))).((((((.......(((((.((((((.((..((,,(((((((((....))))},.(((((((((..(((.(((....))).)))..,)})))))...))}}))))))..)),))))).)))))..)))))).)))))))))))((((((.((.........))))))))...{{,...,}|(((((.(((.....))).))))),.....................,},))))...))))))))))))..,}.|||||{{{((((.((.....)).))))....)),)}}))}((((((,((({{(((.,((({...,,.}}}}..)))}},...,,,.,.,|||||{{{{.(((((.....)))))))))))),,((((.,((((((.(((((.((.(((((((,,(((.((((........)))))))))))}........,))).}).))))).))))))..}))))}}|}}}}}.,}}}||{{{{...,))}.(((((((((((((,,.,((.......,,,,{|..,,,{||||||......,}}.)))}}}||||({..,{,.....(((((.{(((((((((((,((((((((..(((((((....{,..........,.)))))))..))))))))}),,,,,,..((((.(((((....))))))))))))))))))}.))).))....,.,,)},,,)))))))))))))))}))}))))))))){{{{{.........}}}}}................