Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329145.2
Sequence Length
4438 nt
GC Content
0.4178
CAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGGACUUGAGUUCUGUUAUCUUCUUAAGUAGAUUCAUAUUGUAAGGGUCUCGGGGUGGGGGGGUUGGCAAAAUCCUGGAGCCAGAAGAAAGGACAGCAGCAUUGAUCAAUCUUACAGCUAACAUGUUGUACCUGGAAAACAAUGCCCAGACUCAAUUUAGUGAGCCACAGUACACGAACCUGGGGCUCCUGAACAGCAUGGACCAGCAGAUUCAGAACGGCUCCUCGUCCACCAGUCCCUAUAACACAGACCACGCGCAGAACAGCGUCACGGCGCCCUCGCCCUACGCACAGCCCAGCUCCACCUUCGAUGCUCUCUCUCCAUCACCCGCCAUCCCCUCCAACACCGACUACCCAGGCCCGCACAGUUUCGACGUGUCCUUCCAGCAGUCGAGCACCGCCAAGUCGGCCACCUGGACGUAUUCCACUGAACUGAAGAAACUCUACUGCCAAAUUGCAAAGACAUGCCCCAUCCAGAUCAAGGUGAUGACCCCACCUCCUCAGGGAGCUGUUAUCCGCGCCAUGCCUGUCUACAAAAAAGCUGAGCACGUCACGGAGGUGGUGAAGCGGUGCCCCAACCAUGAGCUGAGCCGUGAAUUCAACGAGGGACAGAUUGCCCCUCCUAGUCAUUUGAUUCGAGUAGAGGGGAACAGCCAUGCCCAGUAUGUAGAAGAUCCCAUCACAGGAAGACAGAGUGUGCUGGUACCUUAUGAGCCACCCCAGGUUGGCACUGAAUUCACGACAGUCUUGUACAAUUUCAUGUGUAACAGCAGUUGUGUUGGAGGGAUGAACCGCCGUCCAAUUUUAAUCAUUGUUACUCUGGAAACCAGAGAUGGGCAAGUCCUGGGCCGACGCUGCUUUGAGGCCCGGAUCUGUGCUUGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGAUGAAGAUAGCAUCAGAAAGCAGCAAGUUUCGGACAGUACAAAGAACGGUGAUGGUACGAAGCGCCCGUUUCGUCAGAACACACAUGGUAUCCAGAUGACAUCCAUCAAGAAACGAAGAUCCCCAGAUGAUGAACUGUUAUACUUACCAGUGAGGGGCCGUGAGACUUAUGAAAUGCUGUUGAAGAUCAAAGAGUCCCUGGAACUCAUGCAGUACCUUCCUCAGCACACAAUUGAAACGUACAGGCAACAGCAACAGCAGCAGCACCAGCACUUACUUCAGAAACAGACCUCAAUACAGUCUCCAUCUUCAUAUGGUAACAGCUCCCCACCUCUGAACAAAAUGAACAGCAUGAACAAGCUGCCUUCUGUGAGCCAGCUUAUCAACCCUCAGCAGCGCAACGCCCUCACUCCUACAACCAUUCCUGAUGGCAUGGGAGCCAACAGAUCUGGCAAGUCUGAAAAUCCCUGAGCAAUUUCGACAUGCGAUCUGGAAGGGCAUCCUGGACCACCGGCAGCUCCACGAAUUCUCCUCCCCUUCUCAUCUCCUGCGGACCCCAAGCAGUGCCUCUACAGUCAGUGUGGGCUCCAGUGAGACCCGGGGUGAGCGUGUUAUUGAUGCUGUGCGAUUCACCCUCCGCCAGACCAUCUCUUUCCCACCCCGAGAUGAGUGGAAUGACUUCAACUUUGACAUGGAUGCUCGCCGCAAUAAGCAACAGCGCAUCAAAGAGGAGGGGGAGUGAGCCUCACCAUGUGAGCUCUUCCUAUCCCUCUCCUAACUGCCAGCCCCCUAAAAGCACUCCUGCUUAAUCUUCAAAGCCUUCUCCCUAGCUCCUCCCCUUCCUCUUGUCUGAUUUCUUAGGGGAAGGAGAAGUAAGAGGCUACCUCUUACCUAACAUCUGACCUGGCAUCUAAUUCUGAUUCUGGCUUUAAGCCUUCAAAACUAUAGCUUGCAGAACUGUAGCUGCCAUGGCUAGGUAGAAGUGAGCAAAAAAGAGUUGGGUGUCUCCUUAAGCUGCAGAGAUUUCUCAUUGACUUUUAUAAAGCAUGUUCACCCUUAUAGUCUAAGACUAUAUAUAUAAAUGUAUAAAUAUACAGUAUAGAUUUUUGGGUGGGGGGCAUUGAGUAUUGUUUAAAAUGUAAUUUAAAUGAAAGAAAAUUGAGUUGCACUUAUUGACCAUUUUUUAAUUUACUUGUUUUGGAUGGCUUGUCUAUACUCCUUCCCUUAAGGGGUAUCAUGUAUGGUGAUAGGUAUCUAGAGCUUAAUGCUACAUGUGAGUGACGAUGAUGUACAGAUUCUUUCAGUUCUUUGGAUUCUAAAUACAUGCCACAUCAAACCUUUGAGUAGAUCCAUUUCCAUUGCUUAUUAUGUAGGUAAGACUGUAGAUAUGUAUUCUUUUCUCAGUGUUGGUAUAUUUUAUAUUACUGACAUUUCUUCUAGUGAUGAUGGUUCACGUUGGGGUGAUUUAAUCCAGUUAUAAGAAGAAGUUCAUGUCCAAACGUCCUCUUUAGUUUUUGGUUGGGAAUGAGGAAAAUUCUUAAAAGGCCCAUAGCAGCCAGUUCAAAAACACCCGACGUCAUGUAUUUGAGCAUAUCAGUAACCCCCUUAAAUUUAAUACCAGAUACCUUAUCUUACAAUAUUGAUUGGGAAAACAUUUGCUGCCAUUACAGAGGUAUUAAAACUAAAUUUCACUACUAGAUUGACUAACUCAAAUACACAUUUGCUACUGUUGUAAGAAUUCUGAUUGAUUUGAUUGGGAUGAAUGCCAUCUAUCUAGUUCUAACAGUGAAGUUUUACUGUCUAUUAAUAUUCAGGGUAAAUAGGAAUCAUUCAGAAAUGUUGAGUCUGUACUAAACAGUAAGAUAUCUCAAUGAACCAUAAAUUCAACUUUGUAAAAAUCUUUUGAAGCAUAGAUAAUAUUGUUUGGUAAAUGUUUCUUUUGUUUGGUAAAUGUUUCUUUUAAAGACCCUCCUAUUCUAUAAAACUCUGCAUGUAGAGGCUUGUUUACCUUUCUCUCUCUAAGGUUUACAAUAGGAGUGGUGAUUUGAAAAAUAUAAAAUUAUGAGAUUGGUUUUCCUGUGGCAUAAAUUGCAUCACUGUAUCAUUUUCUUUUUUAACCGGUAAGAGUUUCAGUUUGUUGGAAAGUAACUGUGAGAACCCAGUUUCCCGUCCAUCUCCCUUAGGGACUACCCAUAGACAUGAAAGGUCCCCACAGAGCAAGAGAUAAGUCUUUCAUGGCUGCUGUUGCUUAAACCACUUAAACGAAGAGUUCCCUUGAAACUUUGGGAAAACAUGUUAAUGACAAUAUUCCAGAUCUUUCAGAAAUAUAACACAUUUUUUUGCAUGCAUGCAAAUGAGCUCUGAAAUCUUCCCAUGCAUUCUGGUCAAGGGCUGUCAUUGCACAUAAGCUUCCAUUUUAAUUUUAAAGUGCAAAAGGGCCAGCGUGGCUCUAAAAGGUAAUGUGUGGAUUGCCUCUGAAAAGUGUGUAUAUAUUUUGUGUGAAAUUGCAUACUUUGUAUUUUGAUUAUUUUUUUUUUCUUCUUGGGAUAGUGGGAUUUCCAGAACCACACUUGAAACCUUUUUUUAUCGUUUUUGUAUUUUCAUGAAAAUACCAUUUAGUAAGAAUACCACAUCAAAUAAGAAAUAAUGCUACAAUUUUAAGAGGGGAGGGAAGGGAAAGUUUUUUUUUAUUAUUUUUUUAAAAUUUUGUAUGUUAAAGAGAAUGAGUCCUUGAUUUCAAAGUUUUGUUGUACUUAAAUGGUAAUAAGCACUGUAAACUUCUGCAACAAGCAUGCAGCUUUGCAAACCCAUUAAGGGGAAGAAUGAAAGCUGUUCCUUGGUCCUAGUAAGAAGACAAACUGCUUCCCUUACUUUGCUGAGGGUUUGAAUAAACCUAGGACUUCCGAGCUAUGUCAGUACUAUUCAGGUAACACUAGGGCCUUGGAAAUUCCUGUACUGUGUCUCAUGGAUUUGGCACUAGCCAAAGCGAGGCACCCUUACUGGCUUACCUCCUCAUGGCAGCCUACUCUCCUUGAGUGUAUGAGUAGCCAGGGUAAGGGGUAAAAGGAUAGUAAGCAUAGAAACCACUAGAAAGUGGGCUUAAUGGAGUUCUUGUGGCCUCAGCUCAAUGCAGUUAGCUGAAGAAUUGAAAAGUUUUUGUUUGGAGACGUUUAUAAACAGAAAUGGAAAGCAGAGUUUUCAUUAAAUCCUUUUACCUUUUUUUUUUCUUGGUAAUCCCCUAAAAUAACAGUAUGUGGGAUAUUGAAUGUUAAAGGGAUAUUUUUUUCUAUUAUUUUUAUAAUUGUACAAAAUUAAGCAAAUGUUAAAAGUUUUAUAUGCUUUAUUAAUGUUUUCAAAAGGUAUUAUACAUGUGAUACAUUUUUUAAGCUUCAGUUGCUUGUCUUCUGGUACUUUCUGUUAUGGGCUUUUGGGGAGCCAGAAGCCAAUCUACAAUCUCUUUUUGUUUGCCAGGACAUGCAAUAAAAUUUAAAAAAUAAAUAAAAACUAAUUAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1197.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1290.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 1244.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((....(((.((((((((((((((((...((((((...((((..(((((((((((.(((.((.((((..(((((((((.(..((((((((..((........))......((((((.((.....((((((......))))))....))...))))))(((..((...(((((.(((((.(((.........))).)))))))))).))..))).))))..))))..)..)))))))))..)).)))).))))))))........((((........))))((((((.(((((((.....((........))..(((((((((((((.(((.....(((.(((((.(((.(((((((((.((((......((..(((((...(((((.(((.......))))))))(((((((....(((.((((((((((((.(((..((....((.(((...(((..(((......))).)))...........(((..((.((((..((...((.((((....)))).))...))..)))).)).)))))).))....))..))).))))).)..))))))))).))))))).......((((((((...((((((((((..(((((.((...)).)))))((((((((((..(((..((.((.((((.(..((((((...)))))..)..).)))).))))..)))....))))).)))))..........((((((...)).))))..)))))))))).))).))))).........)))))....)))))))))))))))(((((......))))).................((((((...)))))).(((((((((.(((((((.............)))))))......)))))))))..........))).))))).)))))).)))))).((((........))))............))).)))).....(((((((....)))))))...........(((((...((((((((..(((((...................)))))...)))))).)))))))))))))))))))).....)))))).))))...))))))............))))))))...))).))))))))....((.(((.((((.(((((((((..((((((.(.(((......(((..(((((..(((...((((.........))))...)))......)))))..)))..........(((((.(((((..((((((.....((((((....(((((((((....((((((((((((((......(((((..((((((...(((((...)))))..))))))....((((((..(((.(((.((((............))))))).)))))))))..))))).....((((((..(((((((.......(((((((.((((((((.((((((((..(((((..(((.((.((....)).)).)))((((((....))).))))))))..))(((((((((((((((.(((..........))))))..))))....(((((((((((((.(((((.((((((.....(((((((..((((((.........((((((((((((((......((((((((((..((((.((((...))))))))......))))))))))...)))..((((((...(((((....))))).....((((((...((((..(((((..((.(((((((((.............))))))))).)).((((((((...))))))))..............(((((((((((((..((((.(((((..((((..........((((.((((........))))...)))))))).))))).)).))...)))))))))))))......)))))..))))...))..)))).................(((((....((((((..(((.(((((.((......)).))))).))).))))))...)))))))))))((((((...((.((((..((((((((((...........))))))))))....)))).))...))))))...((((((((((..(((((((((((......(((((.((((((....(((.((((.((((.(((((((.((((((...((((((((((((...(((((((((.(((.(((...........))).)))...)))))...((.((((....)))))).((......))))))))))).))))))).)))).)).))))))).))))........((((((((((..........)))))))))).....(((((((((((((((((((((((((((((......))))))((((.((.(((........))).)).))))..((((((((((((((((.......))))))))..(((........)))...)))))))).))))))))..((((((((((((.(((((((......(((..(((((((((.....(((.(((..........))).)))..........(((......))).)))))))))..))).......)))).))))).....))))))))))...((((.......))))...((((((.((((((((((((((((.....))))...))))))...(((((((....)))))))(((((.((.......)).))))))))))).))))))..(((((((((.((((....)))))))...))))))))))))).........................((((((((((.((((((........)))))))))............)))))))(((((((.((((((((((.........(((((....)))))...(((..(((((.........)))))..)))))))))).)))..))))))).........(((((..((.((....)).))..)))))....))))))))....(((((((.....(((.((........)).)))....)))))))(((((........)))))..)))).))).)))))))))))......))))))).....))))..).))))))))).....((((......)))))))))))))))..............(((((((..((((((.(((((((.....((((...))))...)))))))..))))))................((((((....)))))).))))))).............))))))..)))))))...)))))).)))...................(((((((((...(((((((...)))))))...(((((((......)))))))....((((((((((...(((((....))))))))))))))))))))))))............)).)))))))...))))))...............((((......(((((((.......(((((((....)))))))......))))))).......))))......))))))))............))))))))))))))..........(((((((((.(((((((((((((...(((((.((.......)).)))))..))))))))))........))).)))))))))...((((((...(((((.......))))).)))))).........))))))).......)))))))...)))))).(((((((((........))))..))))))))))))))).)))).......(((((.(((((((((.......((((.....)))).......)).)))))))..)))))....(((((((.....((((((....))))))..))))))).....)))))))))........)))))).(((((.....)))))........(((((((.(((((((((((((((......(((.((..(((((....)))))..)).))).(((((((..(((...((((......)))).))).))))))).....(((((((((((..........))))))))))).((((((...)))))).....))))))))))))))).....)))))))....((((..((((.((((((.....))))))..))))..))))...........((..(((((((((.((((..........)))).)).)))))))..)))))))))))))..)))))..((((((((((((....))))))).)))))...))).).)))))))))))....)))))))).))).))(((((((((....))))))))).........)))))))))).((((........))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{(((((((({{{{(((({,((((((((((.(((((,.,,{(({.{(((({.{(((((,{((.{(((,((.(((({{(((((((((.{..{{{{((((.{((........}|.,....((((((.{,..,{,((((((......))))))...|}}...))))))(((..((...(((((.(((((.(((.........))).)))))))))).))..))).}}))..))))..,..})))))))},,)).))}).)))),,,,........,{((........)))|((((((.(((((((.....{{...||...|||.,.,,{{{((((({.{{(,,,{{({,.,.,,({({({(((((((({{((((.....(({{{((,,.,.,(((((.(((.......))})))))|(((((({...{{{{{,,,{((((.....}}}},||..|||.,{,...|},..(((......))}..{{{{.{{,,{...,.{....{((((.......}}}}},,,,.})),)}))}}.{({{,{,{.{{({,{{{{.......,}|.},)}),},).)}})))))))}..)))),))}....,,,{{{((((...((((((((((..(((((.({...}).)))))((((((((((..(((..((.((.((((.{..,(((((...)))))..,..}.)))).))))..)))....))))).)))))..........((((((...)),})))..)))))))))).))),,,|||{{,......}}})},.,,}.))))))))))))))|}}}...{{{|.||{..{,,{..,........((((((...)))))).((((((((({(((((((..,........,.)))))))....,.)))))))))....,}}}..))).)))))}}),})).)))))).|||,},.},..|||||,..{,.,.,...,...}|||.||,.(((((((....)))))))....,},}.,.(((((...{{((((((..(((((......{,...,,......)))))...)))))).,,))))))))))))))))))}..,.}))))}.{(((((((..,......((((,....},)))).{((.((((.{{..{{{,.......}}))}}.))))..))}...,}}})}))}||.{{....))..}))))}.))})))))}.})))....,))))|,,}}}},...}||,.,,.,.,,,,,,.}}|||......,{{..,{{|,,......((((((....(((((((((.,{{((((((((((((({......((((({.((((((...(((((...)))))..))))))....((((((..(((.(((.((((............))))))).)))))))))}.})))).....((((((..(((((((......,(((((((,((((((((.((((((((,,({(({..(((.((.((....}).)).)))((((((....))).)))|||||,.||(({{,,,,(((((((.(((..........))))))..}}}},...{(((({(((((((.({(((.((((((.....(((((((..((((((.........((((((((((({({..,.,,((((((((((..(((,{((((...))))))))......))))))))))...|||..((((((...(((((....})))).....,....,.{{(((.{{(((((..((,(((((((((.............))))))))),)}.((((((((...)))))))).............{((((,(((,(((({...,,{(((,,..|||...........||||.,||}}}...))),)))}}.))))))),}))))},}||....,|||||||||,|||{{.....,,,,..))))}..))},.,}}|||}}....,},.....(((((....((((((..(((.(((((,({....,,)}.))))).))).))))))...))))))))))).,{{{|,..{(,({{{,.((((((((((,{........,)))))))))).,,.,,)),,}...}}}}||{{.((((((((({..(((((((((((......((((,,((((({.,,.(({.{{{|.{(((.(((((((.((((((...((((((((((((({.({{((((((.{((.(({..,,,.....,))}.}}}...}}}}}...,{.{{{{....})))}},||,.,}},,,}.)))))))},)))))).)))).)).))))))).)))}........{(((((((((,,.....,,.)))))))))}.....,,{((({{((((((((((((((({{{|{,..,,,.,}}}}|{{(({|,.,{({{{.{{{{{||,,,.,|,...,,..,||||||||,||}}}.....)))))}...(((........))).,,,,,,,}}).)))))))}..{(((((((((,..,(((((,........{,,(((({({{{.{{{{{{{,|||,.........}}},}|}..........{{{......))),))))))}}}..}}},,,,...,,,,.}))))}....)))))))))}..,{({{,,,....)))},..((((((.((((((((({{(((((.....)))),.,)}}},,...(((((((....)))))))(((((.,(,,.....)).))))))))))).))))))..(((((((((.((((....))))}))...))))))))))))}....,,,.,,.,,....,....,,|,{((((.{{{.{({{{{...,....})))))))}..}))}),},},||||||.{((((((.((((((((((,........(((({....)))))..,{((..(((((.........)))))..)))))))))).)))..))))))},}|},....,|{|({{({{(({|{,|}.||,{||,....}|)|,}}}}},...,{{{{{{,....{{{.||.,,},,..,}.}}}.,.,|||,,},,|{{|.|,,,,,}))))),}}}}),)),.}))))))))))......))))))).....))))..,.)))))))))}}},.{{{|......)))))))))))))))..............(((((((..,{((({.{{{{(((,....((({...))}}...))))}}}..}))))|,...........,,,.((((((....}))))}.)))})))|,.....,.....))))))..)))))))...)))))).))).........{{{{{,,...,|||||||{{,.(((((({...}))))))...(((((((......)))))))....{{((((((((.,,{{{{,.,,,},,,,))))))))))}}}}}}}}}............}}.})})))),..}))))}{{{{.{{.......,},}|},....{((((({.......(((((((..,.||}}}}}..,,,.}}})))),},....,,..,,,}}}}},}}},},....,,,,..,)))))))))))))),,,{{,,,,,,{{{{{{{{,,..{(((((((((.,.(((((,({,,.....)).))))).,)))))))))}..,,,|,.}}},)))},,))),..{(((({...(((((.......})))).)))))).........}))))))}}}}...))))))}...)))))).(((((((((.{,...,})))}.,)))))})))))))))))})}.}},...(((((.(((((((((.......((((.....)))).......)),}))))))..)))))....(((((((.....((((((....)))))).,))))))).....)))))))))........)))))),(((((.....}}},}...}}}},|((((({.{((((((((((((((......({{.{{..(((((....)))))..)).}}}.(((((({.,{{{.,{((({.......}},,)))}))))))}.....{((((((((((.,.....,,.))))))))))},(((({{...}))))),,,..))))))))))))))}.,,,.))))))}.{{{((,{..{{{{.((((((.....))))))..}}))..,)))}}.,,}||||||{{{(({({{{{{{{{,.....}||,,,{{{{{(({{{{{{{{...,,.,)))),,}),})))}}.,,,...(((((((....))))))){{||{{{{{{,{{..{{{|{.{|{{..{{{{{{,.....|,....(((((((((....))))))))).....||{,.,,,,,,))),.||}}}}}}}}.))))}..,,}}}}}}}}}}..,,,,,,,.,,,,...,,..
Back