Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329148.2
Sequence Length
4932 nt
GC Content
0.4238
CUAUGUCUGAUAGCAUUUGACCCUAUUGCUUUUAGCCUCCCGGCUUUAUAUCUAUAUAUACACAGGUAUAUGUGUAUAUUUUAUAUAAUUGUUCUCCGUUCGUUGAUAUCAAAGACAGUUGAAGGAAAUGAAUUUUGAAACUUCACGGUGUGCCACCCUACAGUACUGCCCUGACCCUUACAUCCAGCGUUUCGUAGAAACCCCAGCUCAUUUCUCUUGGAAAGAAAGUUAUUACCGAUCCACCAUGUCCCAGAGCACACAGACAAAUGAAUUCCUCAGUCCAGAGGUUUUCCAGCAUAUCUGGGAUUUUCUGGAACAGCCUAUAUGUUCAGUUCAGCCCAUUGACUUGAACUUUGUGGAUGAACCAUCAGAAGAUGGUGCGACAAACAAGAUUGAGAUUAGCAUGGACUGUAUCCGCAUGCAGGACUCGGACCUGAGUGACCCCAUGUGGCCACAGUACACGAACCUGGGGCUCCUGAACAGCAUGGACCAGCAGAUUCAGAACGGCUCCUCGUCCACCAGUCCCUAUAACACAGACCACGCGCAGAACAGCGUCACGGCGCCCUCGCCCUACGCACAGCCCAGCUCCACCUUCGAUGCUCUCUCUCCAUCACCCGCCAUCCCCUCCAACACCGACUACCCAGGCCCGCACAGUUUCGACGUGUCCUUCCAGCAGUCGAGCACCGCCAAGUCGGCCACCUGGACGUAUUCCACUGAACUGAAGAAACUCUACUGCCAAAUUGCAAAGACAUGCCCCAUCCAGAUCAAGGUGAUGACCCCACCUCCUCAGGGAGCUGUUAUCCGCGCCAUGCCUGUCUACAAAAAAGCUGAGCACGUCACGGAGGUGGUGAAGCGGUGCCCCAACCAUGAGCUGAGCCGUGAAUUCAACGAGGGACAGAUUGCCCCUCCUAGUCAUUUGAUUCGAGUAGAGGGGAACAGCCAUGCCCAGUAUGUAGAAGAUCCCAUCACAGGAAGACAGAGUGUGCUGGUACCUUAUGAGCCACCCCAGGUUGGCACUGAAUUCACGACAGUCUUGUACAAUUUCAUGUGUAACAGCAGUUGUGUUGGAGGGAUGAACCGCCGUCCAAUUUUAAUCAUUGUUACUCUGGAAACCAGAGAUGGGCAAGUCCUGGGCCGACGCUGCUUUGAGGCCCGGAUCUGUGCUUGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGAUGAAGAUAGCAUCAGAAAGCAGCAAGUUUCGGACAGUACAAAGAACGGUGAUGCGUUUCGUCAGAACACACAUGGUAUCCAGAUGACAUCCAUCAAGAAACGAAGAUCCCCAGAUGAUGAACUGUUAUACUUACCAGUGAGGGGCCGUGAGACUUAUGAAAUGCUGUUGAAGAUCAAAGAGUCCCUGGAACUCAUGCAGUACCUUCCUCAGCACACAAUUGAAACGUACAGGCAACAGCAACAGCAGCAGCACCAGCACUUACUUCAGAAACAGACCUCAAUACAGUCUCCAUCUUCAUAUGGUAACAGCUCCCCACCUCUGAACAAAAUGAACAGCAUGAACAAGCUGCCUUCUGUGAGCCAGCUUAUCAACCCUCAGCAGCGCAACGCCCUCACUCCUACAACCAUUCCUGAUGGCAUGGGAGCCAACAUUCCCAUGAUGGGCACCCACAUGCCAAUGGCUGGAGACAUGAAUGGACUCAGCCCCACCCAGGCACUCCCUCCCCCACUCUCCAUGCCAUCCACCUCCCACUGCACACCCCCACCUCCGUAUCCCACAGAUUGCAGCAUUGUCAGUUUCUUAGCGAGGUUGGGCUGUUCAUCAUGUCUGGACUAUUUCACGACCCAGGGGCUGACCACCAUCUAUCAGAUUGAGCAUUACUCCAUGGAUGAUCUGGCAAGUCUGAAAAUCCCUGAGCAAUUUCGACAUGCGAUCUGGAAGGGCAUCCUGGACCACCGGCAGCUCCACGAAUUCUCCUCCCCUUCUCAUCUCCUGCGGACCCCAAGCAGUGCCUCUACAGUCAGUGUGGGCUCCAGUGAGACCCGGGGUGAGCGUGUUAUUGAUGCUGUGCGAUUCACCCUCCGCCAGACCAUCUCUUUCCCACCCCGAGAUGAGUGGAAUGACUUCAACUUUGACAUGGAUGCUCGCCGCAAUAAGCAACAGCGCAUCAAAGAGGAGGGGGAGUGAGCCUCACCAUGUGAGCUCUUCCUAUCCCUCUCCUAACUGCCAGCCCCCUAAAAGCACUCCUGCUUAAUCUUCAAAGCCUUCUCCCUAGCUCCUCCCCUUCCUCUUGUCUGAUUUCUUAGGGGAAGGAGAAGUAAGAGGCUACCUCUUACCUAACAUCUGACCUGGCAUCUAAUUCUGAUUCUGGCUUUAAGCCUUCAAAACUAUAGCUUGCAGAACUGUAGCUGCCAUGGCUAGGUAGAAGUGAGCAAAAAAGAGUUGGGUGUCUCCUUAAGCUGCAGAGAUUUCUCAUUGACUUUUAUAAAGCAUGUUCACCCUUAUAGUCUAAGACUAUAUAUAUAAAUGUAUAAAUAUACAGUAUAGAUUUUUGGGUGGGGGGCAUUGAGUAUUGUUUAAAAUGUAAUUUAAAUGAAAGAAAAUUGAGUUGCACUUAUUGACCAUUUUUUAAUUUACUUGUUUUGGAUGGCUUGUCUAUACUCCUUCCCUUAAGGGGUAUCAUGUAUGGUGAUAGGUAUCUAGAGCUUAAUGCUACAUGUGAGUGACGAUGAUGUACAGAUUCUUUCAGUUCUUUGGAUUCUAAAUACAUGCCACAUCAAACCUUUGAGUAGAUCCAUUUCCAUUGCUUAUUAUGUAGGUAAGACUGUAGAUAUGUAUUCUUUUCUCAGUGUUGGUAUAUUUUAUAUUACUGACAUUUCUUCUAGUGAUGAUGGUUCACGUUGGGGUGAUUUAAUCCAGUUAUAAGAAGAAGUUCAUGUCCAAACGUCCUCUUUAGUUUUUGGUUGGGAAUGAGGAAAAUUCUUAAAAGGCCCAUAGCAGCCAGUUCAAAAACACCCGACGUCAUGUAUUUGAGCAUAUCAGUAACCCCCUUAAAUUUAAUACCAGAUACCUUAUCUUACAAUAUUGAUUGGGAAAACAUUUGCUGCCAUUACAGAGGUAUUAAAACUAAAUUUCACUACUAGAUUGACUAACUCAAAUACACAUUUGCUACUGUUGUAAGAAUUCUGAUUGAUUUGAUUGGGAUGAAUGCCAUCUAUCUAGUUCUAACAGUGAAGUUUUACUGUCUAUUAAUAUUCAGGGUAAAUAGGAAUCAUUCAGAAAUGUUGAGUCUGUACUAAACAGUAAGAUAUCUCAAUGAACCAUAAAUUCAACUUUGUAAAAAUCUUUUGAAGCAUAGAUAAUAUUGUUUGGUAAAUGUUUCUUUUGUUUGGUAAAUGUUUCUUUUAAAGACCCUCCUAUUCUAUAAAACUCUGCAUGUAGAGGCUUGUUUACCUUUCUCUCUCUAAGGUUUACAAUAGGAGUGGUGAUUUGAAAAAUAUAAAAUUAUGAGAUUGGUUUUCCUGUGGCAUAAAUUGCAUCACUGUAUCAUUUUCUUUUUUAACCGGUAAGAGUUUCAGUUUGUUGGAAAGUAACUGUGAGAACCCAGUUUCCCGUCCAUCUCCCUUAGGGACUACCCAUAGACAUGAAAGGUCCCCACAGAGCAAGAGAUAAGUCUUUCAUGGCUGCUGUUGCUUAAACCACUUAAACGAAGAGUUCCCUUGAAACUUUGGGAAAACAUGUUAAUGACAAUAUUCCAGAUCUUUCAGAAAUAUAACACAUUUUUUUGCAUGCAUGCAAAUGAGCUCUGAAAUCUUCCCAUGCAUUCUGGUCAAGGGCUGUCAUUGCACAUAAGCUUCCAUUUUAAUUUUAAAGUGCAAAAGGGCCAGCGUGGCUCUAAAAGGUAAUGUGUGGAUUGCCUCUGAAAAGUGUGUAUAUAUUUUGUGUGAAAUUGCAUACUUUGUAUUUUGAUUAUUUUUUUUUUCUUCUUGGGAUAGUGGGAUUUCCAGAACCACACUUGAAACCUUUUUUUAUCGUUUUUGUAUUUUCAUGAAAAUACCAUUUAGUAAGAAUACCACAUCAAAUAAGAAAUAAUGCUACAAUUUUAAGAGGGGAGGGAAGGGAAAGUUUUUUUUUAUUAUUUUUUUAAAAUUUUGUAUGUUAAAGAGAAUGAGUCCUUGAUUUCAAAGUUUUGUUGUACUUAAAUGGUAAUAAGCACUGUAAACUUCUGCAACAAGCAUGCAGCUUUGCAAACCCAUUAAGGGGAAGAAUGAAAGCUGUUCCUUGGUCCUAGUAAGAAGACAAACUGCUUCCCUUACUUUGCUGAGGGUUUGAAUAAACCUAGGACUUCCGAGCUAUGUCAGUACUAUUCAGGUAACACUAGGGCCUUGGAAAUUCCUGUACUGUGUCUCAUGGAUUUGGCACUAGCCAAAGCGAGGCACCCUUACUGGCUUACCUCCUCAUGGCAGCCUACUCUCCUUGAGUGUAUGAGUAGCCAGGGUAAGGGGUAAAAGGAUAGUAAGCAUAGAAACCACUAGAAAGUGGGCUUAAUGGAGUUCUUGUGGCCUCAGCUCAAUGCAGUUAGCUGAAGAAUUGAAAAGUUUUUGUUUGGAGACGUUUAUAAACAGAAAUGGAAAGCAGAGUUUUCAUUAAAUCCUUUUACCUUUUUUUUUUCUUGGUAAUCCCCUAAAAUAACAGUAUGUGGGAUAUUGAAUGUUAAAGGGAUAUUUUUUUCUAUUAUUUUUAUAAUUGUACAAAAUUAAGCAAAUGUUAAAAGUUUUAUAUGCUUUAUUAAUGUUUUCAAAAGGUAUUAUACAUGUGAUACAUUUUUUAAGCUUCAGUUGCUUGUCUUCUGGUACUUUCUGUUAUGGGCUUUUGGGGAGCCAGAAGCCAAUCUACAAUCUCUUUUUGUUUGCCAGGACAUGCAAUAAAAUUUAAAAAAUAAAUAAAAACUAAUUAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1325.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1426.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 1421.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((..((((((((((.(((((((((...((((....))))((((((....(((((((((......)))))))))...))))))...(((...(((((((....((((......))))....)))))))...)))...(((.(((((((.........)))).))).)))..(((.((..(((((((((((((.....((((((.((((((((((...................((((....((((((((..............(((..((((......))))..))).......))))))))....)))).....(((((.((((((.(((......))).))))))..)))))....((((((....))))))........)))))..))))).))).)))(((((..(((((((..(((((((....)))))..)).)))))))..)))))..((((....((((((.((((((.((........)).).)))))...))))))))))......(((...........))).((((........))))((((((.(((((((...(((((..(((..(((.(...(((((((((.(((.....(((.(((((.(((.(((((((((.((((......((..(((((...(((((.(((.......))))))))(((((((....(((.((((((((((((.(((..((....((.(((...(((..(((......))).)))...........(((..((.((((..((...((.((((....)))).))...))..)))).)).)))))).))....))..))).))))).)..))))))))).))))))).......((((((((...((((((((((..(((((.((...)).)))))((((((((((..(((..((.((.((((.(..((((((...)))))..)..).)))).))))..)))....))))).)))))..........((((((...)).))))..)))))))))).))).))))).........)))))....)))))))))))))))(((((......))))).................((((((...)))))).(((((((((.(((((((.............)))))))......)))))))))..........))).))))).)))))).)))))).))).).)))..((((.(.......)...)))))))..)))))(((....)))......(((((...((((((((..(((((...................)))))...)))))).))))))))))))))))))))....))))))))))))).)))))..........((((((.(((((((((((((....(((((((.((((..(((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((......(((((((....((..((((((((..((((.((((.(((((..(((((((((((..........((((((((.(((..((((((.(((....))).)))))).)))...(((.(((((...((((((..((((......(((((...)))))((((((((......))))))))...((((......)))).(((((((((((..((...(((....(((.......)))......)))..)).)))))).)))))...........((.(((.(((.(((((.((.......((((((((....)).))))))....))))))).))).))).))....(((((((....)))).)))...(((((((.(((((((((..(((((((..(((......)))..)))))))(((.(((.((((............))))))).))).....(((((((..((.((((.(.......).)))).)).........)))))))..(((((((.((.(((...(((.((.((....)).)).)))))))).))).))))..(((((((.(.(.......(((((((.(((..........))))))..)))).....)))))))))))))).)))).......(((....)))....(((((.(...((.....))....).)))))....((((((((((..((((.((((...))))))))......))))))))))......)))))))....(((((....)))))..........(((((((.(((((((..((.(((((((((.............))))))))).)).((((((((...)))))))).............(((((.(((.(((((.....((((..................))))..)))))...))).))))).))))))).)))))...))......)))).))))))........))))).)))......................)).))))))....(((((((...)))))))..((((..(((((....))))).)))).......)))))))))))..((.((((((((((.(((.(((......((((((((..(((...((((.((((((..(((((............((((((((((.((...((((((.....((((...))))......))))))....)).))))))))))..............))))).))))))))))))).)))))))).....))).))).)))))).))))))..((((....))))...((......))..)))))...)))).)))).))))))))))..))).))))......)))))))))............(((((.(((((((((.((((((((...((((......))))....)))..))))).)))))))))))).))....(((((.......((((((((((((((((.......))))))))..(((........)))...))))))))....)))))..((((((((((((.(((((((......(((..(((((((((.....(((.(((..........))).)))..........(((......))).)))))))))..))).......)))).))))).....)))))))))).....))).))))))).....((((((.((((((((((((((((.....))))...))))))...(((((((....)))))))(((((.((.......)).))))))))))).)))))).))))).))))))(((((((((((...(((((..(((...((.........................))...)))))))).)))))))))))..)))))))..)))).......((((((..((((((.((((((((((.........(((((....)))))...(((..(((((.........)))))..)))))))))).)))..))))))))))))........((((.((((......((((((.....)))..)))...)))).))))..........((((((.(...((((((((((((....(((((........))))).....)))..........((((((...(((....)))...))))))....((.((((.((..((.((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((..((((((.(((((((.....((((...))))...)))))))..))))))................((((((....)))))).)))))))(((((.(((((((((((.((..(((.((((.(((...((((((.(.(((.(((((((....)))))))....(((((((...)))))))..))).).)))))).))).)))).)))..)).))))))((((...(((((......)))))...))))..........(((((((((((((((((((.((((.(((.............((((......(((((((.......(((((((....)))))))......))))))).......)))).........))).)))).)))))))))))))))))))))))).)))))...............((((((((((...(((((.((.......)).)))))..))))))))))))))..)))).))))..)))))..((((......))))...)))).)))))).......(((.....))).....)))))))))..)))))).))..........)))))))))...).)))))).)))))))(((((....))))).((((.(((((((((.......((((.....)))).......)).)))))))..)))))))))(((((((.....((((((....))))))..))))))).......((((..((.......)).)))).((((.....))))))))))))..)))))).(((((((((((((((......(((.((..(((((....)))))..)).))).(((((((..(((...((((......)))).))).))))))).....(((((((((((..........))))))))))).((((((...)))))).....))))))))))))))).........((....))...........)))).)))))...))))))))))...))))))...((((((((((((((((((((......))))..(.(((((((((((((.......))))..))))))))).).....(((((((....)))))))((((((((((.((..(((((.((((..((((((............(((((((((....))))))))).....((((.......)))).)))))))))).)))))..))))))))))))..))))))).))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{(((,,{(((({({{{,{{,,.{{{|.,,((((....)))}((((((....(((((((((......)))))))))...)))))).,{{{,...((((((({,{,((,..,...{{({{{(,.,.||..|,,||,,.}||||..((((((.........(((((((..{({..(((.{(..(((((((((((((.....((((((.((((((((((.................,.((((....((((((((,,............(((..((((......))))..)))..,,...))))))))....)))).}...({{{{.((((((.(((,....,))).))))))..})))).,{.((((((....)))))).}......)))))..))))).))).)))(((((..(((((((..({(((({....}))))..}}.)))))))..)))))..{{((....((((((.((((((.((........)).).)))))...))))))}}))......(((...........)}}..(((........)))|((((((.(((((((...(((((..(((..(((.,.,.(((((((((.(((.,.{{((..,,,,({(((((((((((({{((((.....((({{((.....,(((((.(((.......))))))))|(((((({...((((,{,{{((((.....}}}}||,..}||.{{,...}}}..(((......)))..{{{{.{{,,{...,,{....{((((.......}}}||,,,,.})),)}))}}.{{{(.{.{.{({{.||||.......,)}.),))).),).)))))))))))..)))),))}.....,,{{{((((...((((((((((..(((((.({...}).)))))((((((((((..(((..((.((.((((.{..,(((((...)))))..,..}.)))).))))..)))....))))).)))))..........((((((...)),})))..)))))))))).)))},,|||,,,......}}}))..,.}.))))))))))))))||||...{{{|,||(..{,,{...........((((((...)))))).((((((((({(((((((..,........,.)))))))....,.)))))))))....,,},..))).)))))})),))).)))))).))).).)))..{{{{,........,...}}},)))..))))){((....))}......(((((...,{((((((..(((((......{....,}......)))))...)))))).}})))))))))))))))))),...))))))))))))).}}}}).}},..((({|...,}.}}}}..)))))))........)))))).,,||,,..(({{((((..{{(({(((({((,{({{{{{{{{{{......|{(((((...|{{||{,,,(({{((((......})))..,,.(((((((((({..||,.....|({{(({{.,{|..{{((((,({{..,,|||,}}|}}}.|||...(((.(((((,..((((((..((((......(((((...)))))((((((({......})))))))...((((......)))).(((((((((((..,{...(((....(((.......)))..,.,.}}}..,..)))))).)))))...........{(.(((.(((.(((((,{(,......((((((((....)).)))))}..,,}}))))).))).))).)}....(((((({....}))).)))...(((((((.,,..,{(((...||||{(((((,...{{{{{(((((.((((((.{(..{((,.,((.{..((({.,,,.((((((({,,,{{(,.((((..,({((....))))..))))},,}}..,},,,.((((.{((({,{{,{{{.(({,(({..(((.((.((....)).)).)))))),)})))}))))...)))).),))))))}...|,))))..}.)}))))..}}..)))))).))))|,..{{{{{{,{,|||,.}.}})}||,||..,{,.,,,|||}}}}|||||}},..{{.....||....}||||......((((((((((..(((,{((((...))))))))......))))))))))...}},)))))))....(((((....}))))..........,,(((((.(((((((.,((,(((((((((.............))))))))),)}.((((((((...)))))))).............(((((.(((.(((((.....((((.,.,|,,........,..})}}..)))))...))).))))).))))))).))))),,,},......)))).))))))..,.....))))).)))....|.....},..,.......)).)))))},...{((((((...))))))},,((({..(((({....)))))})})),,,},..))))))))))),|||||,,,|{|{{{,,,(((((((({{.(........,}}}})))))}.||.,,|},||,,.,,,}||.,.,,,(((((({{{{{(({{{((((((....{(((,.,|}))).,..,.},}}}|.||||}|||||||,|||{{{...((((({((((({{,.{{{{(({{{.{((.{{{,,,,.....,|)}).}})...}},}}.,.,,.{{{{....})))}},||,.,,,,,,,.}))))))},)))))),)})),))}))))}}),),))}}......})}||||||,..........,||||||{{{((((((.(((((((({{,((((,,,...}}}}.,..}}}..))))).}}}}}}}}||||,}|,...{(({{.......{{{{((({{(((({{(,,,....})))))),..(((........)))...,}}})))).,,,)))))..((((((((((...,(((((,........{,,(((({({{{.{{{{(({,|||..........}}},}|}..........{{{......))).))))))}}}..}}},,,,...,,,,.,))))}....))))))))))...,|}}}.}}}}})).....((((((.((((((((({{(((((.....)))),.,)}}},,...(((((((....)))))))(((((.,(,,.....)).))))))))))).)))))).}}}||.|}}}}|||,...}})},.))}},}})))))))),|,.....,...,,||,......,,,{{|{(((({,|{|{,,{(({{,|{{{..,|||||||,,|||||{{{,.,,{{{{{{((((({.((((((((((,........(((({....)))))..,{((..(((((.........)))))..)))))))))).)))..}}|||||{{{{{{{{{,.{{((((..((({{{,.{(({({{.....|||,.,,,}}}}..|,{{{{{.....{{{.{{.,,,,,..}},}}},,.,}|}},},.,(((.({{{.{{||,|,{{{{,,.,,..,,,|,,,||||{,...{||,,,,}}}...))))}}...,|||{{{.{{.,.((((......)))),)),)))))).............,,{({{{({,,.,{{{{.,{{||||,....((({...)}}}...}}}},))..})))}|{{{{{{{{{{{{{{{{(({(({....||}}||.|||||||{,..,,...,,,.}}},.,,}))}}})}}},}}}}}}||}|,|..,|,,.({{{{({....}}||))),,..(((((({...}))))))...(((((((......)))))))..,}}||||||||,}}}||}}},,{{|,,,.||))))),,)}}},}}},}...........,}},}},})))}.},)))).}}}}}}}..}}}}}...))))}}..|||||||.,.}}}}|||||||,,..,}}.}}},,,}},},})))),},...,}}}}}}))}}}}}}})))),)})}}},}}}||}))}}}}|{{{{{{((((({(((((((({.,,,,,{(((((((((.{,((({{,(({{.....||,}}}}}.|)}}}|}||||{{{((((.....}}},.,,}},},{{{{......}}}}.{{{|...((((((((.,,..(((.....})),.....,,)))))))),,|}}|,,,,||||}}||||,.,,}}}.,)))}}}},,,,|||||||||{{{,...}},,}{{(((.{{({((({{..,,..,((((.....))))..,,,,,))})}})))}..}}}}|,,..(((((((.....((((((....)))))).,))))))){{,{,||{{({|||,,,{{{{.||,||,.,{{{|,,,.,))),}.,.)})}})))}||}}||||(((((((((((..,...({{.{{..(((((....))))).,)).}}}.(((((({.,{{{.{{{(({....,,,}},,)))}))))))}.....{((((((((((.,,....,,.)))))))))}|,(((({{...}))))),,,..)))))))))))},,......,}}}||}.,,}||},......,,}))},},)))},.)))))})))}.,}))))},..,|||||{{{({{{{{{{|||{,,,,,.}}},|{{{({((({{{{{{{{..,,,.,)))),,}},})))}}.}|,,,.(((((((....))))))){{((((((((.{{..(((((.((((..((((((......,.....(((((((((....))))))))).....{(((.......)))}.)))))))))).)))))..}}))))))))))..}}))))).}}}}..})},.
Back