Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329430.2
Sequence Length
4010 nt
GC Content
0.5623
GCACAGACUCAAAGCCCCGCGGGCGAGCUCAGCAGCCCGGAGCGACCGCGGCCCCGCCGCCUCCCCCGCGAGUCCCGGCGAUGCGGCCCGGCCUGUGAGCGGCCGGCGACCCUGGGACGCCCCGCCGCACAACUACCUCAACGCCGUGCCGCCCCCCUCCCGCCCCCAGGUUUUUGCACUGCCAUAGGGCGCCCCCGUGAGGCGCUUCGCCCCCCACCAUGUUCCAGCGCCUCUCCAGCCUCUUCUUCAGCACCCCCUCGCCCCCCGAAGACCCCGACUGCCCCCGCGCCUUCGUGUCGGAGGAGGAUGAAGUGGACGGCUGGCUCAUCAUUGACCUGCCGGACAGCUACGCGGCUCCACCCAGCCCCGGGGCCGCCCCUGCCCCCGCGGGCCGCCCUCCGCCCGCGCCCUCCUUGAUGGACGAGAGCUGGUUUGUUACCCCUCCCGCCUGUUUUACGGCAGAGGGGCCUGGACUCGGUCCCGCCCGCCUCCAGAGCAGUCCCCUGGAGGACCUCCUCAUCGAGCACCCCAGCAUGUCCGUUUACGUCACCGGCAGCACCAUAGUGCUAGAGCCCGGGUCCCCUUCCCCGCUCCCGGACGCGGCCCUGCCUGACGGCGACCUCAGCGAAGGGGAAUUGACGCCCGCCCGCCGCGAGCCGCGGGCCGCGCGCCACGCCGCUCCUCUCCCAGCGCGGGCGGCGCUGCUGGAGAAGGCGGGCCAGGUGCGGCGGCUGCAGCGGGCCCGGCAGCGGGCAGAGCGCCACGCGCUGAGCGCCAAGGCGGUGCAGCGGCAGAACCGAGCCCGCGAGAGCCGUCCGCGCCGGUCCAAGAACCAGAGCAGCUUCAUCUACCAGCCGUGCCAGCGCCAGUUCAACUACUGAGCGUCCACCGGCCGCGCCACGAACCCCUUGCCGAUCCCGAUCCCUGUCGGGCUCCUCCGACUCCUCGGGCUGGACACCGAAACCUCCCUUCUUAAAGCGUGUGAGGUUGGGUGAUAGCCGUUCCUUCCCCGACACCCUCAAUUUCCCCAUCUCUGAUCCUCUAAUCUGCCUCUGAACCCAUUCACCCUUCACCCUCACUCCUGGUCCCCAUACCCAGCAUCUAAUCAUCCAUGCCCCCUACUCCUGGCCCCUCCAUCCUUUCUUCUCUGGUCCCCAUCCCUGUCUCUCCCUUUCACCCUUGCCCUCCAGUCCUCUACCUCUGGCCUGCCCCUAUUUCUGAAAGCUUCUUCCAGUCCCUGAUCUGGCUCAUUCCCCACCUUCAACUCCCACCUUACAUGUCUCACACUAUCCCAUGGUUGGCAUUACACUCACUCCUGUUCCCUUAUUCUUCAUUCCCAGUAAUUCCCUACCAAAUGGUGGGGACCCUGAGCCCAGCUCUGACCAGGUAGAGCCUGUGCAGCCUGGGCUGCUGUCAUUGCCCUCCAGUAAGGGCUCAGGGUUUUGCUUUUAGUCUCCCCUUCCUUCUGCCUUGGGGGCGGUACUCUGUGGAGCUGCUUAGGCCUGGAAAGGUACAGUAUGUAGAAGAGGACUGUGAGACGUGAGUUAGAGGGAGAAGAUGGAGGGAAUCUAGGGAACGAGGCAGCCUAUUGGAGAUGCGGACAGGACAGACACGUUGAGAAGCUGCAGGGAGCAGGGCACCAAGGGAGUGUGCACUGUGCUUGCUCAGAGAGGCCAAACCCUGCUCCCAGGCUGAAGCCUGGAGUCUGCCCCCACUUCCCUUUUCUAUAAUCCACCCUUCUGCAGGCCCUGAAAUCUGAAGGGCUUAGUUAGUACCUUGCCACUCUACCCCCAACACGUCACCCGAGUAGAAGCUGGGCAAGGCCCUACCAUCCUGGCCGUCUGUUCACAAGCCCAAGGUGCUAGAACUAGCUUAGGAGACAUGCAGGCCACAGGGCUUCUAGGCAGGGAAAGGGCACACACCCUAGGUCAGCGUGCAGAGCAGUGAUGCUGGAGGACACACCAUGGGGUGAAGCCAUCCCAAGGCUGACAGCUCAGUCUUCACCUUGCCUCUGGCCUUGUAUUUCACACCCUGCUCAGUAUGGCUAGCCAGCAGUCCUGAGUAGGAGUCCAGGACUCCCACUGUCUCAAUCUGCAAAUUGUUCCUAUCCAGGUUCAGGGCCUUCAGGGGGCCUCUUUUCAUUUUCUCCCACAGGCCUCUCUUUCUUUCUAGGUUGCUGGGGAGAAAUGGGUACCCUAUGAUCCCCCUCCCCUUCUCCUCCAGUAAAUACCUGGAAGAGGGAACCUGAAUCCCUGGGGGAGACAGAAGGGGCAGGGGCCACCAGCCUCCCCUUCUUGUGGUGAGACUGAAUUUUGGGCUCAGACACCAGCAACAGCCUCUUGGGAUGCCCUGAGUUGCUUCCCAUUUCCUCUUUCUAGCCGUCCUUUUCUAGUGUGUGCUCACUCUUCCUAGGAACUUUUAAGACUUCUUGGUACCUAUGAACAUAGGUCCUCCCCUCACCCCAACUCUAGGUUUCCAGGCCUCACAGCCAAGCUGAAGCUUGGAGAAAACUCUGCAUUCCCAUGAGGGCAAAGGCAGCUGCCCUCCCUGACCCUAUAGCCCCAGGCCUCAUGGGGGGUAUGUGGGGAAGGGAUGGGGUAUCCCCAUGGAUGCUGGGAUGAGGACAGAGGAAGACCUGAUGGGGUCUCCUAUUCCAGGGAAUAAGCCAAAUUAACACUAAAAACGGAUCAAAGCUCCCACGCCAGUCCACUAGGGCCCCAGUAGUUGACAGCCUUGCUCCUCUCCCAAGUUCUCCUUCAGAACCUAGUUGCUUUUAUUCUUCCAGCUACCACUUGGGCACUUCACAGCCAGCCUAGGGUCUUCGGCACCUCCAAGAGCUGAAUCUCCCUCCAACCCUUCUUGCCUACUCCUCACUGCCAGCUGGGACCUAGGCUCAGUCCUGUGUGGUGCCCAUGAUCCUUCUGGUGGGGGAAGAGUUUAAGUUAUAGGGCAUUUGGCUCAAAUUUUAAAAGGCCUUUUGUUUACCUAUAUUUCUGGAGGCUCCUGUAUUCUAGAACCCAAUCUCUCACCUGCUUGGUUGCAAGGCUCAUAUUUUUUUGUACCUUUCCUAUAGAUUCUGUAGCAUUUGAGUGUGGCAAUAUUUUAAUUGUGUAUAGAUUUCUAAGAACCAACACUACUCAGUCUCCUGCUAGUCUGACUCCUGAAGCAUCAGCCCUUGUCAUACUGUAUUGACUGUGUACGUGCCUUUCACCUUGAGCAUGCUUCAGGAUUUUUUUUUAAACCACAGAACUUGAAUACAUGAGGGAACCAGAGUUCAAAGUCCUAUGCAACCUUAGGAGGGGGUUAGAGAGUCUGUUUUGAUUGAUGUUUUCUGAGGCCCUAGAGGAGUUUGUAUCAAUUUGUGAGUAUUAAUGUCAGUACUACCAGCACUUUGCCAAAACUGUCAGAGGGACCCGUUUCUAGAGUGAGUCCCAGUUACAUCAAACAGUGACUUCCAGUUAUUCCCCAGUAAGUCUGAGUGGUUCCUUCAAGCUGGGUGUCUUUCCAGCCUUUGCCAGUCUAGCCCCAGCAGGGCACCGUGUAUGAAUGCAGUUUGGUGCUGUUUUAGAGUAUGCCUGCUCCCCAGCCCCCUGCCUGGAACCCUCUGAGCAACUUGCUCUGACCUAUAAUGUCUUAGGUGCAACACGGACCCCACCAGAGCUCUUGGAUACCCCCCUAGAUCCAUGUGGCUUUAUGUGAGGGGACUGAAUGCAGACACACCAUAGCCCCCUUCUACUACUUUCCCUCUCGCCCUGCCACCUAGUUCCACAUGGAACCAACAAGUUGAGUGCAUCCCUGUUGGGUGUUUUGUGUUGAGACUGGCUGAAAUGAGGAGACUUUGACCAUGUGACGUGUCAACAGACUCAAGGAGACAACCACCUCAACUGGGUCAUGUGGCAUGCCUGUGUAUGUGUGUAACAGAAUUCUGAUUGUUAGACUGUAAUGCUAUUCCUCUAUGGGAGAAAAAAAUUAAUAUAAAGAAAAACAAAUAAAAAUAUAUUUAAAGCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1452.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1518.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 1149.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((......((((((....((((.........))))..))))))...(((((.(((......)))...)))))..(((((.((((...((((((((.((((.((...)).))))..))))).........)))..)))).)))))(((((((((((((...(((.........)))...))))).......((((((((...................))))))))((((((((((((....((........)).....))))....(((..((......))..))).((((((((((((((...((..((((.((.(((....))))).))))..))((...((((((((..........))))))))....))...(((((((........)))))))........((((((((...(((((..((((.((((((..(((........))).)))))).(((((..(((......)))..)))))..(((....)))((((....))))....))))..))))).))))))))..))))..(((((((((....))))).((((..(((.......))).))))..((.(((((((..(((....)))((((((((...((..((((((.(((..((((((.((((((.((((((.....))).))).))))........))))))))(((((.(((((((((((((((((.((((((((((((...((((((.(((..((((((.....))).)))((((.(((((.....)))))..))))....))).))))))...))))).)))))))))))).............))))..))).))))).))))).))).))))))..)).))))).)))....)))))))))...........))))..((((((....)))))))))))))))).....))))))))....(((.......)))...(((((((.((((((((((..((((((((((((((((.(((..((((((.((.((...((((...((((((((((((((((((....))))..................(((......)))..((((..........)))).......((((((.(((((((((..........(((...)))........(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((.....((((........))))..............................(((((...((........))...))))).........(((((..((((((((.........(((....((((((((....))))))))..)))(((((((..(((..(((((...)))))..))).)))))))((.......)).....))))))))..)))))....))))))))...................)))))))(((((((....))).)))).))))).)))..)))............))))))))).)))..)))))..))))))))).)))))))))...))))))...)))))))...)))))))...))))..))...))...)))))).((((((.((((((((((..((....((((..(((...)))..)))).....)).....))))))))))((((((..((.(((.(((((..((((.(((.....(((.....(((((((((((.((((((((((.((((...((((.(((((((((((((....(((((..................))))).((((((((.((((..........))))...)))))...))).))))))))))..)))))))((((((.((((((((..((((((((...((((((((..((((......))))...(((((((.((......))))))))).((.....)).(((((((....)))))))(((((((....)))))))...))))))))..)))))))).......(((((((((((.((.(((....))).)).))))))))).))...((((.......))))...))))))...))))))))..)))))))))))))).))))))).............((((((.((((..((((((((((.((((((((((((((((((..(((.................))).)))))).))))))...))))))))))))))....))...)))).)))))).((((((((...((((.....)))))))))))).))))..)))..)))...))))..))))).)))))..))))))..(((((.((........)).))))).....((((...((...((((.....((.(((....))).))....)))).))...))))......((.((((((....))))))))..((((((.........(((((((((((((....((((...))))..)))))))))....))))........)))))).....))))))(((((((.(((.(((........)))..))).))))))).))))))))))))))))(((((((....)))))))((((.(((((..((((..(((....(((((((((((......))))........................((((....((......))..)))).....)))))))...))).....))))..))))))))).......(((((((((((((...((((..((((((((..(((((((.((((((((.(((((..((((((((...((((((..........))))))...........(((..((.((............)).))..))).)))))))).....))))).)))))))).).......)))))).))))))))..))))..))))(((...((((............))))...)))..........)))))))))..........)))..)))))))))).)))..))))(((((((((((((((((((((((((...........((((((((.((((((((((.((((((((......)))))...(((....)))........((((((.(((((...(((.(((.((((..((((....)))).....)))).))))))..))))).))).))).....))))))))..))))).))))))))...........))))))...)))))..)))).((((....)))).....))).)))))))...)))))))).....))))))))((((((((((.((((((....((((((((((((...............(((((((..(((..........(((...)))...(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))((((((........))))))...........((((((.....(((((((((.((((..((((((......))))))....((((((((.......(((((((.((((((......((((...((.((((.....(((((....)))))..)))))).))))..(((....)))(((((...)))))(((((((........))))).))))))))....(((.(((((((.(((((..........))))).).))))))..)))(((((.(((..((......))...))).)))))..................)))))))......(((((....)))))(((((........(((.(((....))))))....))))))))))))).........(((.(((((((.(((...)))))))).)).)))..))))..))))).))))))))))((.(((.((((((........)))))).)))))..)))))).))).)))..)))))))))))))))).)))))))))..)))))).)))).......(((((......)))))...))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.,,,,,,,...({{{,{,||||((({{..((,(((,((,((,...(((((,,,|},||.,,..{(((((((.((((({..(((((.((((..,(({(((((.((((.((...)).))))..))))).........}}}..)))).)))))........(((((...(((.........)))...))))).......((((((((..,,..........},...)))))))).(((((((((.(((((...((.((((.,..,.(((((....((........)).).))))).}..,)))).)).))))).))).)))))).(((....)))..})))))...))).)))))||,,..,,,||,,,|||||}}}...,))})}{((((({.,......)))))))..,,,.,.((((((((...(((((..((((.((((((..(((........))).)))))).(((((..(((......)))..))))).,{{(....)))((((....))))....))))..))))).))))))}}..{{{{,.{((((((((....))))}.((((..(((.......))).))))..((.(((((((..(((....)))((((((((...((..((((((.(((..((((({{((((((.((((((.....))).))).))))........))))))))(((((.(((((((({((((((((.((((((((((((...((((((.(((..((((((.....))).)))((((.(((((.....)))))..))))....))).))))))...))))).)))))))))))).............)))}..))).))))).))))).))).))))))..)).))))).)))....)))))))))..........,)))}..((((({....|))))).,,.,}|||}...}}))||||}.,,,,,,{.,,,,..,,,...{{{{{{|.||||||(((|,.{{{{{{{{{{{{{{{{|{{{..{||||,.{{{{{,{{{(({{{{(((({..,,((((({(({....,}},.................,|({.,.,,..|||{(((({.,.......||||.......{((((({((({,{{{{,......{{{{((,,,{{{,...,{,,,(((((((,...{((((({(({((((,(((,((.((((,((((.((,(({{{((((,{(({.{{{(,,{{(((({,..,||...,,{(((,.((.{{..{{{{{......{((((({{{{{.....,.,,||,}|}.,,..,......,{((,{,{.,.{{{,...,.,,.,{{{....,(((((((....)))))))|(((((((((({(,.(((..(((((...))))).||||,}}}}))}||.......|||{,..,},.}))))}))))),...||||,|||.{{((.{......{{{{{,.,,)))))}......,.))))}))},.)))))})),,})),..}},,.,..)}),)))),))})))}}))),}..}),))))),.)),)),)))}}})}))))}..)))),)),.,,))))))))).)),}})).}}))...)),)))..||||,.|||{||||||..,,,,,,|||{|.|||...})}.,))}),,,|||},....}}}}||||||((((((..({{(((.(((((..((((.{{(..{{,,({,,,.....{(((((((.(((((((({{{((((...((({,(((((((((((((,...(((((................).))))).|{{(((({.((((..........))))...}}}}},...)}.)))))))))}..))))))){(((({{((((((({..((((((((...((((((((..((((......)))}.,,(((((((.({......)})))))),.{{....,)).|((((((....))))))|(((((((....)))))))}..))))))))..)))))))).......,{(((((((((.({.(((....))).}).))))))))).}}...(({{.......)})}...})))))...)))))))}..)))))))))))))).)))))))...........,,(((((({((((..{(((((({{{(((((((((((((((((((..(((.................))).)))))).))))))...)))))))))))))).,}})....,,))})))))).{(((((((.,{((({.....}))))))))))),)))).)))}..))}...))))..))))).)))))..)))))}..{((((.((,,,{{{{,|}.}}|}}.....((((...((...((((.....((.(((....))).}}....)))).}}...}))}......((.((((((....))))))))..,{{,,,...,,,,,}.|||(((((((((.,..((((...)))),.))))))))}...,,,,},,..|,,,,}|||},,..,}|}},||||{{((,({,,(((,,.,,,.,})),.}}).))))))),})}))))})))))}))|({{{{{...,)))))))||||,|{|||,.||||,.||{,{|.|||||||||{{......)))}.....,..................((({....((......))..))))...,))))}}}},}})}},..,,||||,,}}}}}}}}},.({{{{,,,,,|||}|.,,...((((..((((((((..(((((({.((((((((.(((((..((((((((...((((((........}.))))))...........(((..((.((............)).))..))).)))))))).....))))).)))))))).}.......)))))).))))))))..)))){((((((((...((((............))))...)))...)))))}.|||||||}|{....},..})))}}))))))}}}}.))}..))))))}})),|))))},.,{{{{((({{,..{((((((((((..,,((((((((..(((.(((((({.....,|,|,|,|,{{||..|||,.,.,...,((({{{.(((((({{((((((({({({{(((((((({|,,|,....||||.,,.,,..}))),}.}},.|||,...,},,..,)}))))))))))))}.,,..........{{{||{{{|||.......({(((({..||||{,,|.,,,,,,.,,.,,,,.|||||{{{{{{{{,.|,{{{{{{.,{{{({(({{{{{{(({.,,,..})))))|,,,,.,}}|||,,{(,,((((((......)))))).,},|||..||},..,}}|}}|}|||(((({{{,,,....|||||{}|},,((((((........))))))...}.}}}}}}..{{{.....}}}{|,||||||},,..((((((......))))))....|{(((((,.((((..,,,|||}.((((((..,...((((...{(.({((.....(((((....)))))..}})}}}.)))).,||.....,|.(((({...))))),|(((((........))))).}|}}}}|}.((((((.(((((((.(((((.........,))))).}.)))))}..))).)))}})}}...))))))...,..))))))))))))},....}))))))..||...|}......(((((....)))))...,,.}},,.),}|,.{{{....))),))}}}}})}).)))))))).......)))))))}..},....|,|.{{((((,,{{((((({,,{{(........)))...)))))).))))))))),,,},)},,)}|}}|.||}|}}.}}}}))))))).)))..})))))))...)))))))))))..........}}}},,,,,....,,{{{......}}}},...))...
Back