Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329728.2
Sequence Length
3328 nt
GC Content
0.4525
CCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCAGUCACUGAGCGCGCGGCGCGGGAGCUGCUGGCAGUCGCUGCGUCUCUGGCGAGGGAGCGCCGCGCCUGGGGAGGAGGCGGAGGCAGCGGCUGGAGGAGCGCGAGCGGCGGUUUCCUUGCCCGGGGCCGCGGGAAGGCCGACCGACUGCCGCGAUGGAGCAGCUAUCAGAUGAAGAAAUUGAUCAUGGUGCUGAAGAAGACAGUGACAAGGAAGAUCAGGACCUGGACAAAAUGUUUGGAGCCUGGCUUGGAGAACUAGACAAACUCACUCAGAGUUUGGAUUCUGACAAGCCCAUGGAACCAGUAAAAAGAUCUCCUCUUCGCCAGGAAACAAACAUGGCCAACUUUUCUUACCGCUUCUCCAUAUACAACUUGAAUGAAGCUCUGAAUCAGGGAGAGACUGUGGAUCUGGAUGCCUUGAUGGCUGAUCUUUGCUCUAUAGAGCAGGAGCUCAGCAGCAUUGGUUCAGGAAACAGUAAGCGUCAAAUCACAGAAACGAAAGCUACUCAGAAAUUGCCUGUUAGCCGACAUACAUUGAAACAUGGCACCUUGAAAGGAUUAUCUUCUUCAUCUAAUAGGAUAGCUAAACCUUCCCAUGCCAGCUACUCCUUGGACGACGUCACUGCACAGUUAGAACAGGCCUCUUUGAGUAUGGAUGAGGCUGCUCAGCAAUCUGUACUAGAAGAUACUAAACCCUUAGUAACUAAUCAGCACAGAAGAACCGCGUCAGCAGGCACAGUGAGUGAUGCUGAAGUACACUCUAUUAGUAAUUCCUCCCAUUCCAGCAUCACUUCCGCAGCCUCCAGCAUGGACUCUUUGGAUAUUGAUAAAGUAACACGCCCUCAAGAGCUGGAUUUGACACAUCAAGGGCAGCCAAUUACUGAGCAUGCUAUUUCUCUGAGAUGUUCCAGCAAGCAGGCCAAGCGUCAUAUUGACUUCACAGAAGAACAGGCUGAGCUGACACCUCACUCCUAUCUGGACAGGGAAACCUCCCUUCUUCUGAGAAACAUUGCAGGAAAACCUUCUCAUUUGCUGACCAAGGAAGAACAGGCAGCAAAAUUGAAAGCUGAGAAGAUCAGAGUUGCCCUAGAGAAAAUUAAAGAGGCACAAGUGAAAAAGCUGGUGAUCAGAGUCCACAUGUCUGAUGACAGUUCUAAAACAAUGAUGGUGGAUGAGAGGCAGACAGUAAGACAAGUACUGGAUAACCUGAUGGACAAAUCCCACUGCGGUUAUAGUUUAGACUGGUCACUGGUAGAAACCGUUUCUGAAUUACAAAUGGAGAGAAUCUUUGAAGACCAUGAAAACUUGGUUGAAAAUCUUCUUAAUUGGACAAGAGAUAGCCAAAACAAGCUUAUAUUUAUGGAGCGUAUAGAAAAAUAUGCACUUUUCAAAAACCCACAGAAUUAUCUUUUGGGGAAAAAAGAAACAGCUGAGAUGGCAGAUAGAAACAAAGAAGUCCUCUUGGAGGAAUGUUUUUGUGGAAGUUCUGUAACUGUACCAGAAAUUGAAGGAGUCCUUUGGUUGAAGGAUGAUGGCAAGAAGUCCUGGAAAAAGCGUUAUUUUCUCUUGCGAGCAUCUGGUAUCUACUAUGUUCCCAAAGGAAAAGCAAAGGUCUCUCGGGAUCUGGUGUGCUUUCUCCAGCUGGAUCAUGUCAACGUUUAUUAUGGCCAGGACUAUCGGAACAAAUACAAAGCACCUACAGACUAUUGUCUGGUGCUGAAGCAUCCACAAAUCCAGAAGAAAUCUCAAUAUAUCAAAUACCUUUGUUGUGAUGAUGUGAGGACACUGCAUCAGUGGGUCAAUGGGAUCCGCAUUGCAAAGUAUGGGAAGCAGCUCUAUAUGAACUACCAAGAAGCCUUGAAGAGGACAGAGUCAGCCUAUGAUUGGACUUCCUUAUCCAGCUCCAGCAUUAAAUCGGGAUCCAGUUCUUCCAGCAUCCCAGAGUCUCAGUCAAACCACUCCAAUCAGUCUGAUAGCGGAGUUUCUGACACCCAGCCAGCAGGACACGUCCGUUCCCAGAGCAUUGUGAGCUCCGUAUUCUCUGAAGCCUGGAAACGAGGCACUCAGUUGGAAGAGUCCAGCAAGUCUCAGGUGCCAAAUGAGAAGGCCAGCACAGCUAAGGCCUGCGCCCCUGAAGCAGCCAAGACAGGGUCAAGUUAAGGUCAGGGGUUGUUCUCUGGAAACACAUUAACCUCGGUGACGCCUGUAUCCCAAUCUCACAGACUAAUCUUUUUGUGUAAUUUUAAAAGAAACAUGUGAAUGUCCGGAUGGCUAUUAGAAUUCAGCCCUAUAAUGAGCCUUCUAGUUCACUAACCCAUGCAUUCUCGAUGUCAUUCAAAAUUGAAAACAAAUGGUUUAUCUUGGAUCCUCAAAGUUUGUUCAAAGAGCCUAAAAGAUGUACCUAAAGUUUUUAAAACAAGGGUCCUUCCUUUCCUCUUUUCAAAGUACCUGAACCACCAUCGUGCAUGAUUAGCUCCACGAAAUAAACUACCAGAUGUGAUCAUUUCAGCUACCCAGAUGGGUUGGUUGUUGGCAAAUGCUAGCUGCCAUUUCUUGAUACAUUUUCUUUAUUCUAGCCUUCCAGAGCUUCCUCUUAAUUUCUUCUGGCUUUUUCUGUAUGAUAUUUUUACAGUCUUUUGCUAUAAUGUUUACAAAGCAUUUCUUUAUGUAUUUUCCAGUAAAACAAAUGUAAAGAAUGUCCCCCCUUUACCUGCAUUGCUGGACUUCUGUGCAUGUUGGAUGCAAUUGUCUCACACCAACACGAGUGUGUGUGUCAAGCUUAUUCAUUCCUGUGUGACUGUGCACGCCUGCUCAACAUUCUCAUACUCUCCUGUGUCAGCUUACUAGCAUCAAAAAGCCAUCCUCAUUCCACCAGGAAGCCCUCCUAAACCCAGUUAUAGCAUCUGCUUGAUGUGGAUGCAGUCAUGGACUGAAAGGUAAACUGGAGCCAUCACAUCUCCCCUUGGAAGUCCAGUGCUCAGAGGACCGCCACAGAGGGUUCCAUGUAGGGCAGGCUGUGUCAAAGUCAUACAGCCAAGGUCAGAAGUCAUGCAUCCUGUCACCAUUCAAACAGCUUUUGCAGCCGGACAUUUUUCCUAGAUUGUUAGAUGGUCUAGCUAUUUUACUGUGGGGUAAAACAAGUUUUCUGUUUCCUUCUUGCCCGCACAAUCAGAUUUUAGCCUUCCUGACAUUGUCCAUCUUUAUGAUCACCACCAACUUCUGCAUCCUUUUCAUGCAUGUCCCAGACUCCCUGCUUUUUAGUUUUACACAAUCAAAGCUUACCUCUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-954.97 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1016.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 953.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((..((((.((((..(((..((((((...(((((.((((..(((.((.....)).)))..)))))))))...((((.(.(((((((((.((.....)).)))).))))).).))))((((.(((..(((((((.(((((.(((((((((.((((.((((......))))))))..))))).)))))))(((((.....))))).((((((((((.((((((.((((((...(((((.((.((.(((((.....((((((((((((.((((((.(((((..((((((.((((.....(((((((.....)))))))..))))..)))))).....................(((((((((((((........).))))..............(((((.((((((....(((.....)))(((((...))))).((((((.(((((.(((((((.......(((((.((((((((....))))).))).))))).....((((((.((..(.(((((((((.......((((((((....((((.(((....(((((.(((.((..(((.(((((.....(((((....(((.((.(((.((((((........)))).)).))).)))))...))))).........(((((...((((((((....(((......((((((((((.......((.(((.((((.....(((((.((.((((.((((((....)))))).))..)))).)))))........((((((((((...(.(((((((((((...............................))))))))))).)...)))).((((.((..((.((((((..((((((.......(((((((.....((((((....(((..(((((((((((((.....)).)).))))....)).)))..)))))))))....)))....))))..))))))..)).))))))..)).)))).)))))).......(((.....))).(((((....)))))..(((((.((....)).)))))....((((((((((((((.((...........))))))))).........)))))))....)))).))).)).......)))))))))).....)))....)).))))))....)))))..((((....)))).........))))))))..)).))).)))))........(((.(((.((((((((((..((((.......))).)..))))...))))))))).))).)))))))....)))))))).........(((((((..(((....)))(((((((((((((.(((...((((.(((........)))))))...)))..)))).))...))))))).((((((......)))))).)))))))....(((.(((((.....))))))))......((..(((((((((.((((.(((((((((((((..(((((...)))))...))))))).....)))))).....(((((((..((((..(((.((((((.((...(((((.(.((((((......(((((........))))))))))).).)))))(((....)))...((((....)))))).)))))).)))))))..))))))))))).))).))))))..))......))))))))).)..)).))))))...............((((((...((((....))))))))))...)))))))...)))))..))...))))..((((.((((....)))).)))).((((((.((....))))))))(((((((.....)))))))........))))))))))).(((((...((......)))).)))...))))))))...(((((.....)))))(((........))).))))))))))).....(((((.(((........((.((((.(((.....((((....(((((.((((...))))...)))))...))))......((((.((((((.(((((((.((((.((.((..(((.........)))..)))))))).)))).))).....((((((....))))))...(((((.........)))))((((((((...)))..)))))..(((((((.....(((..(((........)))..))))))))))))))))))))............))))).)).))))).)))))....(((((......((((((...........))))))....))))).)))))(((((((.((((((((.((.........(((((......)))))........)).))))).))))))))))....((((((((....(((.((((((.....(((..............))).....)))))).)))....)))))))).....)))))))))))))))).)))))..)))))).......(((((.....((..(((((....(((((..((........))....))))))))))..)))))))..((((.((((((....)))))).)))).....)))).)).))))))))))...))))))))).))).))))..........))))))....)))..)))).....((((......((((.............))))........))))...((((((((..((...((((((..........)))))).))..)))))))).....(((((((..(((((((.(((.(.((((((.......).))))).).)))............((((((((((.(((((((((((((.((((......((((((.((((...(((....)))........((..(((((........((((.....)))).............((((((((.....))))))))(((..((((((..((((......((((.........))))))))...))))))..)))..)))))..))))))))))))...)))).)))))))).))).)).))))))))))...(((..(((.(((.((((..((((..........))))....))))....))).)))..))).((((((.((((((.(............((((((((((((((.......))))......)))))).)))).((((............))))....).))))))..))))))............)))))))....)))))))......))))..)))......((((((........))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{.,{{.,{({{{(,{((.,{(,{{(,,.(((((.((((..(({.((.,...)).)))..))))))))).,.{|||}|.|{,|||||,,{({{{{.}|{||||{||{{{,{,||||{{{{,,{{{{((((((({{((((.(((((((((.((((.((((......))))))))..))))).)))))))|.{(((({.(((({{{((({{{{{,{,(({{{,{(((((({,.{{(((,,{,(,.,,((((({.,,(((((((({,,.(((({{{(((((..((((((.((({..,..(((((((.....)))))))..))))..))))))...{{,.,,,,......,.,,(((((((((((((........).))))..............(((((.((((((....(((,,...|}}{{{{{...))))|{((,.{(.(((((.(((((((.,{,,,.(((((.((((((((....)))))}})).)))))..|,.((((((.((..(.(((((((((.......((((((((....((((.(((...,(((((.(({.((,.(((.(((((.....(((((....(,{(((.{({.{{{{{{........}))},|}.}}}.)))},...))}}),,,..,,,,{((((...((((((({....(({......((((((((((.,..{,,{({(({{((((,{,..(((((.((.{{((.((((((....)))))).))..)})).)))))......({,,,.||{(((...(.(((((((((((.{,,.......................,}}.))))))))))).),,.)))),{(({.{{..{({({(((,..{({{,,.,|,,..,,((({{.....((((({....{{{..{{{{{((((((({.....)).)).)))}....|},}}},,)}}))))))..,.}}},...}}||{,,,,)))},||.||||||,.}|,}}}},})}}}}.}}}}}.|||..,,,}},.(((({....})))}|||||||,|,.....,,}|||,...,||{{{({(((((((.((..,......,.)))))))))...,,...})}))))),.,.)})},}))}},,,,....)))))))))).....}}}....)),)))))}....))))}..((((....)))),,.......)))))))).})).})).))))),.,,,,..(((.(((.((((((((((.,,(((.......))).,..))))},.,)))))))).))).)))))))....)))))))).........,{(((({..,||{{,.,{{((({{{,..,{||}||,...|{{||{{{....,,..}}}}}}},||}},..,,,},},...}}}}}}},({((((,.....}))))).}}}}}},....(((.(((({.....))))))))......((..(((((((((.((((.(((((((((((({.,(((((...))))}.}.))))))).....)))))).....(((((((..(((,.,(((.((((((.((...(((((.{.((((({.,...,{({{{,.......}}}}})))))).|.))))|(({....})},.,|{{{....)))))).)))))).)))))))..))))))))))).)))}})))))..)).,,...))))))))).)..)).)))))}...............((((((...((((....)))))))))).,.)))))))...))))).,,}...))))..,{{{,(({{....,,)),)})},|{{{((,{{....)}||}}},(((((((.....)))))))..,,,,..))))))))))).({(({...,|......}})),,))...))))))))..,|{|{{.....}}))}||,.,,,,...}}},)))))))))))...}}|||,|}|,|.}}}}}}.,,.,.,||,.|}}}|,||||.}},|{{{|||||.,||})))|||||||||||||,|..,,,,||,|},|||,|}|}}||||,||||.||.||}.|||,,,,.,.,,|}}|||.||||}}..,)}|))).,}}.|{{|||,|{,||||||,,.,,{(({{{{.....}||||((((((({...}}}..||}}|{{{{{{{{{,.}},|||..,((,,{||{,.}}}.,|||||||||,.,,}}})))}..........,}}}.,}))}},))))},,,,,.,,.{((((,,....{{{{||}},}..,,,..}}||||.,..}}}||,}}}|,((({(((,{,{(((((.{(.........(((((......))))).,,...,,||{|}}},,||||}}}|||....((((((((....(((.((((((.....(((..............)))..,..)))))).)))....))))))))...,{|||,,,,}))))},,}.}}}},..}},,}}}}}}..,.}}||))}}}}}..{{|{{....{{{{{..,,.....,,.}),.,,))))}}}}}|(((....)))}((((.((((((....)))))).)))).....}}}}.}}.}}}))}})}),)}))},)))||||,},})}),......}},))))))}},,)||,,,|||,,,,{{((({...,,{({{..{{{{{,{,,,||||||,....,,|||,,..{{{|||||,,{{..,||||||,,,,,,....}}}))),))..)))))))),.,.,{((((((..((((({{.{{(.{.(((((,.,,....)}))))),).))},...........((((((((((.{((((((((((((.((((......((((({,((((...(((....)))........((..(((((.,,,{...,|||,....,,}}.............((((((((.....))))))))(((..((((((..((((......((((.........))))))))...))))))..)))..)))))..))))))))))))...)))).)))))))).))),}}.))))))))))..,,||||||||||,.{{{{..{{({..........}}}),,,,)))},,,((({,....,}}..{{,((({(({.((.({{(..({({...((((((((((((({,{....,)))),.....}))))).))))...}))}.}))))).}.}))))}.})}}}{{|....,))}.........,,,,)))))))....)))))))},,.,.)}))..))}||....|{{{{{........}}))),.....},},,.
Back