Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329748.1
Sequence Length
1552 nt
GC Content
0.6128
GCGGCGGGCGCGGCGCGAUGUGCGAGCGGGCGGCGCGCCUGUGCAGGGCCGGCGCGCACAGGCUGCUCCGGGAGCCGCCGCAGCAGGGCCGGGCGCUGGGCGGGCUGCUGCGCUGGGUGGGCGCCAGGAUGGGCGAGCCCCGGGAGUCGCUGGCCCCCGCCGCCCCCGCGGACCCCGGCCCAGCCUCGCCGCGCGGGGGCACCGCCGUCAUCCUGGACAUUUUCCGCCGUGCGGACAAAAAUGAUGAUGGGAAGCUGUCCUUGGAGGAAUUCCAGCUCUUCUUUGCAGAUGGCGUCCUUAAUGAGAAAGAACUGGAGGAUCUCUUUCACACGAUUGACUCUGACAACACCAACCAUGUGGACACCAAGGAGCUGUGUGAUUACUUUGUGGACCACAUGGGUGACUAUGAGGAUGUCCUGGCCUCCCUGGAGACCUUGAAUCACUCUGUCCUGAAGGCCAUGGGUUAUACCAAGAAGGUAUAUGAGGGUGGGAGCAACGUGGACCAGUUUGUGACCCGCUUCCUCCUGAAGGAGACGGCCAAUCAGAUCCAGUCGCUGCUGAGCUCAGUGGAGAGUGCGGUGGAGGCCAUCGAGGAACAGACCAGCCAGCUCCGACAGAACCACAUCAAACCCAGCCACAGCGCGGCACAGACCUGGUGUGGAAGCCCCACUCCCGCCUCUGCCCCCAACCACAAGCUCAUGGCUAUGGAACAAGGCAAGACCCUUCCAUCUGCCACGGAGGAUGCAAAGGAAGAGGGUCUGGAAGCCCAGAUCAGCCGCUUGGCAGAGCUGAUUGGGAGGCUGGAGAGCAAACACCUGCAGCUGGUCCGGCAGGAGAUGGCCGUGUGCCCCGAGCAACUGAGCGAGUUUCUGGACUCUCUGCGCCAGUAUCUGCGGGGGACCACUGGCGUGAGGAACUGCUUCCACAUCACUGCCGUGAGGCUCUCAGAUGGCUUCACCUUUGUCAUCUAUGAGUUCUGGGAGACAGAGGAGGCGUGGAAGAGGCACCUGCAGAGCCCCCUGUGUAAGGCGUUCCGGCACGUCAAGGUGGACACACUGAGCCAGCCUGAGGCCCUCUCCAGGAUCUUGGUGCCAGCUGCUUGGUGCACGGUGGGACGGGACUGACAGCCUCCCAGAGGCCCGUGGAGGAGCCCACCAGCCCCUUCUUCUUGUGAAGGAAAUCCCGUUUUUUUCUAGACAGACACUUUGGUGCAGAAGCUUCUUUUCAAUCCAUCCUCCACAAGAAGGUGUUUCCCUGUUGUUAAGUGAAGGAGGCCGCCCCUGCCCCCACCUGAGAAGGCAGAGCAGUGUCUGUGCUGCCAGGUCCUGGUGAAGCCCAAGGUUGAAGGGGGCGGCUUCCUGGAGCCAGCACCCCUGCCUCCUGGUCCUGGCCUCUCCCCUACCCCUCACAUGGCCACGCAUGACCCACACUGACCACACCCUGCCCUCUUCGGUGACAUUCUUCUACCUAGUAGGAGUCAUGCCCCUGUAGUGCCCAACCUAGCCAGGUAGCCACCACUGUGCCCAGGCGCCAAAUAAACCCUGGUUGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-644.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -671.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.(.(((.(((.((((((.((.(((.((((....))))...))).)).))))))...))).))).)..)))))))....(((((((((((.(((..(((((((..(((((((((((((((((..((((.((...((((.((.((((((((..(((((((((((((.....(((...)))...))))((((((((..(((((((.(((.((((((((((((.(((.((........))))).))))))).)))))..)))((....)).((........)).)))))))(((................)))((.((((((((((..(((.(((...((.((((((..((((((((.(((.(((..............))).)))..))))))))((((....((((.(.(((.((....)).))).)))))...))))..(((((....((((((((((((((((.....))))))...((.((((.(((..(((((((((((((((.((((((.....(((..((((..(((..........((.((.((((((....)))))).)).))((((((...)))))).((......)).)))..))))..))).....................)))).)))))))).)))))((((.....))))..))))...))).)))).))....))))))))))..)).))).((((.((........))))))..((((((((.....(((((((((((((....))))))).(((....))).(((((...((((((((((.........((((.(((((((((.((((((..(((((((((((.(((((((..((((.(((((((....)))))...))..))))..)).))))).).))).)))....((((....)))).)))).)))))).((((.((((((.((((((..((((((((.((((.......)))).)))))))).((((((...(.(((.((((((.((....)).))).))).))).)..))))))..((((....))))))))))..)))))).)))).((((....)))).)))))))))..))))..((((........)))).))))))))))..(((..((((......))))..)))(((((.......))))).......((((......))))...(((....)))....)))))))))))....)))))))).......))))))))...))))))..))))))))))))))))))))...((((.((...(((((.((((...)))).)))))...))..)))).((((...))))...))))))))).....)).)))))))).))))....)).))))(((((...................))))).(((((((...((((((................))))))......((((((...))))))))))))).))))..)))))).)))))))..))))))).)).).)))))).))).)).......(((.....)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.(.(((.(((.((((((.((.(((.((((....))))...))).)).))))))...})).))).)..)))))))....(((((((((((.(((..(((((((,.((((((((((((((((({{.((,(((..,{(((.((.((((((,(,.{,.(((((((((,....{(((...,,,..)))})||||||||..,|{((((,{{..{|{{,{{{(((({,,,}}}}}......|}}}}|}||||||,}||||,,{{|({|..{{|{(,{{{{{{{.,|.||,||}},||,....}}}},}}}.}}))){{,{{{{{{(({(..{{,{{((,,,({.{{((((..((((((((.(((,(((,,,,.....,....))),)))..))))))))((((.,.,((((.(.(((.((....)).))).))))),..))))..(((((....((((((((((((((((.....)))))},{.(({((((.(((..(((((((((((((((.((((({.....(((..((((..(((...{{.,.{{({.((.((((((....)))))).)).),((((((...)))))).|}}.,.}}...)))..))))..)))................|,...}))).)))))))),,))))((((.....))))..))))...))).)))}.)).},,))))))))))..))|,}}.(((,,((........))))))..{{{{((((....{(((((((((((((....))))}||,(((.,..,)).}.|||},|((((((((((....,,...((((.(((((((((.((((((..(((((((((((.(((((((..((((.(((((((....)))))...,},}))))..)).))))).)}})).))),.,.((({....}))).)))).)))))).((((,{(((((.((((((,.((((((((.((((.,....,)))).)))))))).((((((...(,{((.((((((.((....)).))),})).)))},..))))))..((((....))))))))))..)))))),)))).((({....}))).)))))))))..))))..(({{....,,,.,}),.))))))))))}.|||..{{((.,,.,,))})..))}}|||||||,,,,}}||||,{..,.||,,}}}}},,})),|,{{{..,.))),,|||},,,)))))}....))))))))......,))}))))),,.)))))),.)}}}||||||||||||||,,,..((((.((,,.(((((.((((...)))).)))))...)}..)))).{({{...)))},..)))))))))}}}}})).)))))))),))}).))))).))))}))),............,,.,{,.||,,..(((((({...{{{{{{.........,......)})))).....,((((((...))))))))))))).)})),.)})))),,)))))),,))))))).}).}.)))))).))).)).......(((.....)))..
Back