Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329763.2
Sequence Length
3087 nt
GC Content
0.5112
AAGCCCGGCACAGGCUGGGUCUGCAGAUGGCGUCCGAGUGCACAGUGGCCAGUGUGAUUCCGCAGUCUUGGGCUGUUCGGCCAAGCGCCCACCGGACGUGGGACGCUGGAGGGUCAGCAGCGUGGAGUCCUGGCCUUCAGCGUCCGCGGCUGGGAAAUCGGCCAUCGCCACGGCGGGAACUAGGACUGGCUGCGUCCCGGCCCUUCCCCAUCCGUCCACCGGACUCGUGGGCGCCCGCACUGACUGUGAUGUAGUUUCCUGACCUCUGACACGUAUUGUCUCAAGAUUAAAGGAAUCAGGAGCUUCUUUUGCUGUUCUUCUGUUUUGGAUGCAUUGGAAGGUCCAGAUUUGGAACAAGUCUCUCUAGAGAUUGAACAGAGCUGCGCCUGGAACCCGCCGCAGGGAGGAGACCUGAAGACCAGAGGAAACACAGCAAAUCUGUCUUCUGAGACUUUGCCCUUCUCCAGGAAGAGCACUCAGGAGACCAGGAAAAUGGCCACAGGGCUCCUGAGAGCCAAAAAAGAGGCGUUCGUGGCAUUCAGGGAUGUGGCUGUGUACUUCACCCAGGAGGAGUGGAGGUUGUUGAGCCCUGCUCAGAGGACCCUGCACAGGGAGGUGAUGCUGGAGACUUAUAACCAUCUGGUCUCACUGGAAAUUCCAUCUUCUAAACCAAAACUCAUUGCUCAGCUGGAGCGAGGGGAAGCGCCCUGGAGAGAGGAGAGAAAAUGUCCACUGGACCUCUGUCCAGAAUCGAAGCCAGAAAUUCAACUUAGUCCCUCCUGCCCUCUGAUUUUCUCCAGUCAGCAAGCUCUCAGCCAACAUGUGUGGCUGAGUCAUCUCUCUCAGCUGUUUUCAAGUUUAUGGGCAGGAAAUCCUCUCCACCUGGGAAAACACUAUCCAGAAGAUCAGAAACAACAGCAGGAUCCAUUCUGCUUUAGUGGCAAAGCAGAAUGGAUUCAAGAGGGAGAAGACUCCAGACUCCUGUUUGGGAGAGUAAGCAAAAAUGGCACUUCAAAGGCACUUUCCAGCCCACCUGAAGAACAACAGCCAGCACAGUCCAAGGAAGACAACACAGUGGUGGAUAUAGGGUCCAGCCCUGAACGGAGGGCAGAUCUAGAGGAAACAGACAAAGUAUUGCAUGGUUUAGAAGUCUCAGGAUUUGGAGAAAUCAAAUAUGAAGAGUUUGGGCCAGGCUUUAUCAAGGAGUCAAACCUCCUUAGCCUCCAGAAGACACAAACUGGGGAGACACCUUACAUGUACACUGAGUGGGGAGACAGCUUUGGCAGUAUGUCAGUCCUCAUCAAAAACCCAAGGACACACUCUGGGGGAAAGCCUUAUGUGUGCAGGGAAUGUGGGCGAGGCUUUACGUGGAAGUCAAACCUGAUCACACAUCAGAGGACACACUCAGGGGAGAAACCUUAUGUGUGCAAGGAUUGUGGACGAGGCUUUACUUGGAAGUCGAACCUCUUUACACAUCAGCGGACACACUCAGGGCUCAAGCCUUAUGUGUGCAAGGAAUGUGGGCAGAGCUUUAGCCUGAAGUCAAACCUCAUUACCCACCAGAGGGCGCACACUGGGGAGAAGCCUUAUGUUUGCAGGGAAUGUGGGCGUGGCUUUCGCCAGCAUUCACACCUGGUCAGACACAAGAGGACACAUUCAGGAGAGAAGCCUUACAUUUGCAGGGAGUGUGAGCAAGGCUUUAGCCAGAAGUCACACCUCAUCAGACACUUAAGGACACACACAGGAGAGAAGCCUUAUGUAUGCACAGAAUGUGGGCGUCACUUUAGCUGGAAAUCAAACCUCAAAACACACCAGAGGACACACUCAGGGGUUAAACCUUAUGUCUGCCUGGAGUGCGGGCAGUGCUUUAGCCUGAAGUCAAACCUUAACAAACACCAGAGGUCACACACGGGGGAGAAGCCAUUUGUAUGUACGGAGUGUGGGCGAGGCUUUACCCGGAAAUCAACCCUGAGCACGCACCAGAGGACACACUCAGGGGAGAAGCCAUUUGUAUGUGCUGAGUGUGGACGAGGCUUUAAUGAUAAGUCCACCCUCAUUUCACACCAGAGGACACAUUCAGGGGAAAAGCCUUUUAUGUGCAGGGAGUGUGGCAGAAGGUUUCGGCAGAAGCCUAACCUGUUUAGGCACAAGAGGGCACACUCAGGUGCCUUUGUGUGCAGGGAGUGUGGGCAAGGCUUUUGUGCUAAGUUAACUCUCAUUAAACACCAGAGAGCACACGCAGGGGGGAAGCCUCAUGUGUGCAGGGAGUGUGGGCAAGGCUUUAGCCGGCAGUCACACCUCAUUAGACACCAGAGGACACAUUCAGGAGAGAAGCCUUAUAUUUGCAGAAAGUGUGGACGGGGCUUUAGUCGGAAGUCCAACCUUAUCAGACAUCAGAGGACACACUCAGGAUAGAAACUUUAUGUGUAUAGGGAAUGUGGUACAGCCUUUAGCCAGGAGUCAUACUUCAUCAGACACCAGAGGACACACACAGUGCUGUGGCUUUUUCAGCCAUUGCUAGAUACCAAAGUGGAGACAUUCUGUGUGUGAUUAUGCAUGAGACUGUACUGGUAAGACUUGUAUCUCCAUCCACCUGAAGGAGAAUUGCUGGCUCAUUUUCAGGAGCCCUGCCCUUCCUCACUGUGGAUGGUGGGUUGUGGAAACCCGGUCAGGUAAUGAUAGUGGCAGGAGGCAGUCAAAUGCCCAGGCAGAUAGGGGUGGGUACCUGGUGAAACCCAACCUUAAAGCUGAAGACAGUCCCGGCUAAAUCCUCAUACUGAAUUGAGAACCUGUCUUCCCAUUUGGUGUGCUUUCCUCCGAUUGAUCCCAACCCUUCACCUAUUUUACGUAUACCUGCCCUUUCCUAAUUGGUUUUUACACUGCUGUGCCCACCUUUUGAGUGGUGCCUUUGCAUACUUACAAAUCAGUCAACGUGUAUUCCCCUAUUCUGAGCCCAUAAAAGACCCAGACUCAGCUGCAGUGAGGAGAGAAAUCACCCUGCUGUGGGGGUUGGGGACCACUCCCUGCAUCCCCUCUCCACUGAGAGCUGUUCUUUUGCUCAAUAAAAUUCUUUUCUACCCAUCCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1077.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1132.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 1011.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((....)))))))........((.((..(((((((((((.(((((((((....(((.(((((((((.(((......))))))))..)))))))((((((((.((((((((..((.....)).))))))))))))))))..((((((((...((((((((((....))))..........))))))..))))))))....(((((..((((...))))..)))))....))))))).(((((......(((((((.((((((.........(((((..........(((((.(((.(((((..(((.((((.........)))))))..))))).))).)))))......((((((....))))))...(((.((...)))))...(((......)))..)))))........))))))...............((((((((((....(((.(((((...))))).)))))))))))))))))))).....)))))...(((((((.((((...............)))).)))))))..)).))))))))))).))))((((((.(((((((((((((((((((......))).((((....)))).(((((.((((((............)))))).)))))(((...)))..(((((((((((...(((.((((((.....)))))))))........(((((.(((((..........(((...)))))))).)))))....(((........))).((((.(((((((((((((((((.......(((....((..(((((((((((.......))))).((((.((((((((.(((((((((..((((.((((.(((....))).)))).((((...........)))).))))..)))..)))))).((((((((((((((((......))))))))))))))))..)))))))).))))((((((....))))))))))))..)).....)))..(((((..(((........)))....)))))........(((.(((.((....(.....)...)).))).)))...((((((...))))))..)))))))))).....)))).....))).))))......)))))))))))((((((....((((((..(((....))).(((((((((..(((((.....((((((......))))))))))).(((((..........((((((......(((((((..(((((((((((((((((((.....))).))))..))))))).(((((((......(((((..(((((.....))))).)))))..(((((...((((.(((...(((((((((.......(((((.....)))))....(((((..((((......))))..))))).((((.(((.((..((((.((.(((....))).)).)))).......((((((((((((((..(((((....)))))..)))))...((((((.((...((.(((((...)))))))...)).)))).)).....((((((((((..((((((((..((((.((((((((((((((((.((((.......)))).))))))...))))..))))))...)))).......((((...((.((((.((((((((((((.((((((....(((....))).....))))))))).......((.(((((.....(......).....))))).)).))))...))))))))).))..(((((((((........((((...........))))........((((......)))).(((((((((((.(((((.((((.(((((..(((...((...(((((...........)))))...))...)))..)))))...)))).)))))(((((((((((((((((.((((((........(((((.(((((..((.(((......))).))((.....)).......(((.(((((((((..(..........((((((((((((.(((....((((((....(.(((((..((((......))))..))))))...).)))))((((.(((((((....)))))))...))))....(((((.((((((((......)))))))).)))))...))).))))))..(((......))).......(((((...........)))))..((((((.((((....)))).))))))..(((.((((((((..(((....))).))..))))))))).............((((...(((..((..((((((((...((((((.....)))))).))))))))..)).)))))))....)))))).........)..))))))))).))).........))))).)))))..)).)))).))))))..)))......))))))))................(((((((((.((.((((((.....)))))).))..........((((....))))))))))))).....((((..((((((.(((.((..(((((.(((.((((((((.(((.((((....((.(((((........)))))..))..)))))))..)))))))).(((((.....)))))))))))))........)).)))...))))))..)))))))))))))))(((((((((..(....)..)))).)))))...((((....)))).)))))))))..((((........))))..))))))))))))....)))))))))).)))).)))))))))).))))......)))))))))..))))))).)))))....)))))))....(((...(((((((....).)))).))....)))..........)))))..)))))))))))))..))))).............)))))))))....((((((.((.((....)).)).))))))((((((((((((....)))))).))))))))))))))))))...........)))))))))......))))))))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((....))))))),{{{,{,((({(({{(,(((({(,{({((({{{{{(,,,{{{{{((({{{||||||,.}}}}..|||||||||||}|({{(((((((((((((((((..((.....)).))))))))))))))))}}((((((({...{((({{{{{(...,||||,.....,,..}|})}}..}}}))))),,,{{{{,{,,((((...))))..)))))|||,{|({,,..{{|||..{,,{{((((({,{,((((((({,...}|||||.,}}....|}}}}|||({({(((({,,((({(((({{{{,,,,,||},}}}..}}}||,|}|{{,{(((...,,((((((....)))))),..))}},})),))))||..,}}}}}}{{|{,,,,...))}}}}}},||}|))),..})}|},,,,((((((((((((....(((.(((((...))))).))))))))))))},))}...,|{{{{{{{.,,||((((((.((({.....,...,.}}..)))).))))))).)))})))))}}}|||{||||,,{,||,||||||{{{{{{(((({|{({{((,{...{{|||,,||}}|,((({{.{({{(({,{,........}}}))),)),}|(((...})),.(((((((((((...{{{.((((((.....))))))|||,.....,,{((((.(((((..........{{|.,,}}}))))).)))))....{{{........}}}.((((.(((((((((((((((((.......,{{,,,,((..(((((((((({.{....})))))|((((.((((((((.(((((((((..((({.((((.(((....))).}))}.(((({,......,.))))).})}}..))),.}))))).((((((((((((((((......))))))))))))))))..)))))))).))))((((((....))))))))))))..)).....))),.(((((..(((........)))....)))))........(((.(((.((....,.....}...,}.))).)))...,(((((...))))))..)))))))))).....)))).....))).))))......))))))))))){(((({....((({{{..||{....}}}.(((((((((.,{((((.....((((((......))))))))))),((({{..........((((((......{{{{{((..((((((((((((((((((,.,,|||,,.)))).,}}}}}}}.,....(({,,{{,{,{{|,.|||||....,)))},.}))))}||||{,,.,||||}|||,,.|||((({{,{{{....{||||.....}))))|||.{((((..((((......))))..))))},.,{(,{(({(({.((((.((,(((....))).}).))))}}},}}.|||,{{{{,(((((..(((((....)))))..))))),..,{{{{(|(({..{,{((({..{,||||}}....||||,,,.}},.|,,({{{{{{{{{.|{((|(({{.,(({{.((((((((((((((((.((((.......)))).))))))...))))..))))))...)))).....}}||||.,,||.|((||{{{(((({,(((.((((((....(((....))).....))))))))).....,.{{.|||||.....,.,,.,.}.,...))))},)).}))},,}}}))))))),)).,(((((((((........{({{...........|||}.....},,{(((,,....)))}.{((((((((((.,,,|||||||,{{|||.}|||},,||...(((({...........})))|,,{||{{|||||||||}||||}}}}|,|||,.({((((((((((((((.({(({(,.......(((((,((({,..{{.(((,.,,..|||||}{{,{,..||.,,,,..{((,{(((({(((,,(....,.....{|{{{,||||||.|||....({{{{|....{.(((((..((((......))))..)))))}...|.|}}}}((((.(((((((....)))))))...))))....(((((.((((((((......)))))))).))))).,,}}},||||||,{(((((((,(,((..{,...(((((...........)))))..(((({{,((({....)))).)))))),.{{(,{((({{((..{{{....))).)),.))})}||||...........}}||{{...{{{.,{{..{{((((({,,,((({{{..,,,))))}}.}}))))}}..)).)))))))..{|||||}|.,.,,..,,|..}}}})))}}.}}}....},,,,}))}),)))))..}}.)))).))))))..))).{{{{{|.,}}}}}.,{,||,.,,,,.{,.|||||{{{|,((.{(((((.....)))))}.))......,...||||}...,,}}))))))))),,..,((((,.(((((|.{{||{{,{,,,,,.,{{.((((((((.((,{((((....((.(((((........)))))..))..)))))))..)))))))).(((((.....)))))|||{||||,.}|}},,}||}||||||}|}}}..|}))))))))))}}|((({(((((..{....)..))))}.)))}...((((....}})).))))))}},..((((........))))..}))))))))))),,,})))))))))),)))).}}}}}},}},.}}}},.....}}}}})))}.}))))))).}})}}...,))}}}}},,,.,||,},{|{{{{{....|,}}}},||....))),,}}}},...})))),.}))))))))))))..})))),,,........,.}||}}}|||.,{.(((({{.((.{{....)).})})))})){(((({|(((({....)))))).)))))))))))})))))}},}},}}}}}}))))),,,,......}}))},))),)}))}.
Back