Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329786.2
Sequence Length
4106 nt
GC Content
0.3955
AGGAGAGCGGGCUUCGGGCACUUGACAUGGCGGCAGUGGCGGCGACUGCAGCAGCGAAGGGGAAUGGGGGCGGCGGUGGCAGGGCCGGGGCCGGGGACGCCAGCGGCACGCGGAAGAAGAAGGGCCCGGGGCCCCUGGCCACGGCGUACCUGGUCAUCUACAAUGUGGUGAUGACAGCCGGGUGGCUGGUUAUAGCGGUUGGUCUGGUCCGAGCAUACCUGGCUAAGGGUAGCUACCAUAGCCUUUAUUAUUCAAUUGAAAAGCCUUUGAAAUUCUUUCAAACUGGAGCCUUAUUGGAGGAAUUGUUCCAUCUUCUGUUGUCCUGACUUCUUUCCAGGUGAUGUCAAGAGUUUUUCUAAUAUGGGCAGUAACACAUAGCGUCAAAGAGGUACAGAGUGAAGACAGUGUCCUCCUGUUUGUUAUUGCAUGGACGAUCACGGAAAUCAUCCGUUACUCCUUUUAUACAUUCAGUCUAUUAAACCAUCUGCCUUACCUCAUCAAAUGGGCCAGGUACACACUUUUCAUUGUGCUGUACCCAAUGGGAGUGUCAGGAGAACUGCUCACAAUAUAUGCAGCUCUGCCCUUUGUCAGACAAGCUGGCCUAUAUUCCAUCAGUUUACCCAACAAAUACAAUUUCUCUUUUGACUACUAUGCAUUCCUGAUUCUAAUAAUGAUCUCCUACAUUCCAAUUUUUCCCCAGUUAUACUUCCACAUGAUACACCAGAGAAGAAAGAUCCUUUCUCAUACUGAAGAACACAAGAAAUUUGAAUAGUUCCUGCUUUCUGCACCUCCCACCAAAACAAACUUUUCAAUGAUCAAAAAAUGCUGCAGAUUUUUUGAGUUCCCAAUACGUUUCAUAGAAAAUAAGUAAGAACUAUUUUUAAAAUAUUCAAACAAAACUAAAACAAAAAUCCAGUGUCACAUGGGCCUGAGAUUUUAUUUUAGAAAAAGGUUGUUACAUAAAACACCCUGGCCAGUUCAUUUCAGCAUGCUCUUUCAACCAGAAGUUCUUAAUAUUUAUGAUGGCACUAGAAAGGGAUUUGGCAUUUUAUGUCCUUCUGUGUCCUUCAUGUAUCUGAUCAAUGAAGACCUGUAACACUAAGUACUUGAGAGUUACAGUCUGAAUAAUGAAGUCGUACCAGCUGAAUAGCCCAGCUUGCAGUAUAGUUAUGUUUCAGUCUGCAGUGUGUUUAGCAUUCCCUUGUCAAAGUGCUUGACUGCAUGCUGGAAACUUUGUAUUUUUGAAGCGGCAAACUCUGUUCUCUGGAAUGCUCUGAAGUUAUGGCUGGGACCUAUCCCCUCACAUCUAAUGAAUGAAUUAUAAAAUGUAUAUGUCUAUGAAGCUUCGGGGUAGUGCCUGUAAUCAGAAAACAACUUAGAACCCUUUUGUUUGUUUCCAAUUGAGUCAUUACUGCCUGCCACUAAGAAACGUGCUUGAAUCUAAUAAGUAUGUGUGUACCGUAAAGAAUAUAUCUUAUCUGGAGCUCAGCCUCAAUCAUGUCUUAACAAAAUGACAGGUCUCAGAAAGGGGGAGCUCAAUAGCUCAAAAGUGACAAGUCCUUUUCACAGCACCAUUCUCAGAACACCUCUGAGUAACGUGUUUGCCAGUAGCUAUUCUCACUGAUGCACUGAUGGCCCUGAAGAAGCGGAUCCAGUCACAUAGGAAAGGAGGCUGUGUUAGUGAAAGCACAUGGAAGGUGUUGCUUUAGAAAGGUAGUCAGGAAAAACAUUCAGGAAUAGAUUUAUACACCAUUAUUGUUUUAUUUUUAAAUUUUCAUUCACUCUUCUGUUUGGAUACUUUUGCUAAUUAACUUCCUAUGUUAAUUUCCACCAAGCUAUAAGUCCAUAGUCAGUAAAACAUUCCCCUUGGGCUGUCAUGAGCUAAAAGCAGUGUCAUCUCCGCAUGUUGGAGCAGCCAAGAAAUAGUUUGGUACUACCGACAUUGUCUAAUCCAUGUCACAUCCUCAUACAAUUUAAUUGCUCAACCAUGCAUUUAAAACUCCUCAAGAAAGGAUUGGUACUGCAACUGUAGGUAAACUGAAAAAAAAUAAGAAAGAAAGAGUUGGAUGAAAAUGUGAAAGCCCAAGUUUAGAUGUGCAUUAAGUAUUAAAUAGCACAGUAUCUUCUUCAUGGAGCCUUUUUUCCUCCCCCAUCCCCUGCAGCUGCCUUUUUUUGGGGGCAGGGUGGGGGUUGAUGUUGAACUUUAAGAGUUUAAAAGUUUAGCUUAUUGAGUAGUUGUCAUUUAAAAUAUAAUUGCGAAUAUCAGAAAACUCAUACUGGAAAACUAAAUUUUUUUUUUCUCUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCAGCUCACUGCAAGCUCCACCUCCCGGGUUCACGCCAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCUGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGCAUGAGCCACUGCACCCAACCCCUGGAAAACUAAAUUUUUAAGUGCUUAUUUUUAUAGAAGUUUGAAAAUUUAAUGCAGGCAGGUGUGUAAUAAAUUAUUUUUGAAUUGAACAUUAAAAUUCUGCUUCUUAAAGUCAGCACUCAACUUGGACAUGUUGAAAUUAGAAUCUAUUCUUGUAUUUGAUAGACAAAAUAUGUGGGAAAGAUUUUUUGCAUGACUUUUCUCUCAUUUUAUUCUUCCAUAAUGUAUUUCUACUAUAAAAUAGAAUCAACUUGGGUUAUAUUUGUCAUUUACUUUGUUCUGUUAGAUUUUUUCAGUUGUUUUUGGAAAAAUUCUAGAAAUCAGGAUGAAAAAUGCAGCUUUUCCAGGGUUGCUGGACUGGGGGUUUUAUUUGGGCCUCCUUAUUAUAAUUUGUCACUACUUAUAAAAAACAUUCUGUUGCAAACAGUGGUGUUGCAUUGAAUUGAACUUUGGCAAUGAGAACACAGCACACAGCUCCCUUUUCAAAAAGGGUCUCAACCCCAGUGUGUAUUUUUGUACAUCAACAUUUAGAAUACUUAUGGCAGAUAAGUAAGGCAUGUCACUGUGUCCUUCAGUAACCUCUCUCAGUAACUGGUUUCUUUAUCCCUAACAUGAAUUCAUUUCUCCUUUGAAGUCAUUUAUUAUUUUAUAAAUUGAGAACAACCACACCACCAAAUGUCACACCUUCUUAUAAAGUGUGAACAAGGAAGGUCAUGUUUUUGUGGGUAUUUUGUCAGACUUAGAGGUUUCAUUUCAGGGCAUAGUCAAAGGCAUCAUCCUCCCAACUACCCACUUGAUUAUGUAUUUCAGAUCCCUCCGUGGGGGCCUUCUUCUGACAGAGAAUUCUUUGAGGUCCGCAGUAGUGCUUUUGUCAGCACAGACUGCUAAUCUACAUCUUGCUGCGUUCUGUUUGCUGAGGUUGGGCUUAUUCAUUUAACACAUACCAACCAUUAUCCAGAGGCACCAUGGAGAGUUAGUCAUGGAAUAAAGCACUGUCCUUGCAGAUGAAAAAAGUCUCCAGAGCAGACUUCUGACAGGAAAGGUUUAGAUGCUGGAGAGUUGAAGAGGUGUAAGAAGAGAUCGUGCCCUCAUUUUUCACUUAUUUUUUUGGUUAUUCAUUUAUAAUAAAAGGUUGGCAUUGAUAUGGUACAACCUGCAAAUUACUUGCAGUUCUGAGUUUCAGAUAAAACAUUAUAAAACAUUAAAUUCAAUACAUACUGCUCCUUUGAAAUUUGGGUAAAAAAUUGUACAACCGUAUAUAUAGUCAUUUUUGUAUUUUUUCUAUGUUGUGAAAACCAAAAUUGUAAUUUUAUAAGUCUUUGAUUCACUAAAAUUAUAUAAUUUAAAUGUAUUUUUUGUAUAUUUAGAAAUAAGGAGUCCAGAGACUACGCUUAACUUUCUAUGCAUGCAUUUGAAAGCUGUUUUUACCUGAUAAUGUAGUAAUAAGUUGUAUUCAUAAAAUACUGAUCUGUGUUGCAUUUCAAAAUAAACUGGUGUGUGCUCUGCCUGGAUUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1089.69 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1173.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 1146.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((((.(((((((.(.((((((((.....((((((((((..((((((.((((((.((.(((((((((((((.((((((((.(.((.(.(((...(.......)....)))))).).)))))))).))))...))).)))))).(((((((((((((((.((((((((((((((...((((.....).)))..)).))).)))))))))((((.((.......)).)))).....(((((...........)))))((((((((((...(....)...))))))))))((((((......((((.((((((((((((((((((.(((((..((((((........(((((((((((((.((((.......((((.(((..((....))..))))))))))).)))))))))((((((((..(((((.....)))))................)).))))))....))))..((((.............))))..(((((((((........))).))))))....((((((((..((.((((((.....((((((.(((((((((........))))...))).)).))))))....)))))).))..)))........)))))....)))).))..)))))))))...((((((..(.((((((...((((........((((((((((((((......((...(((((((((((((...)))))).................((((((((((((((((.(((((........................(((((.(((((((((((((.......)))))))))..............)))).))))).))))).)))))))))...)))).)))........((((((..(((((((((.(((.....)))))).)))))).))))))....(((.((((......)))).))).(((..(((((((((((((((..((((.....))))(((((((((((((((..(((((.(((..(((((.((......)).)))))))))))))((((((...........))))))........)).)))))).)))))))...(((.(((((..((((....((((((((((.......)))).))..))))..))))..))))).))).(((((.....))))).....(((((.....))))).)))))))))))............))))..))).........))))))).)).....)))).))))))))))......(((((....((....))..((..((((.....))))..))..(((.((((((((((((.((..((((((((.((((((..(((((...))))).))))))....))))....)))).)))))))........(((((((((.......)))))))))..........((((.....))))..))))))))))((((...((((...........)))).)))).......)))))(((((....)))))....(((((..((((.((((.(((..(((((((((((.....))))))....((((....((((((.....)).))))..)))).)))))..)))..)))).))))...)))))...)))))))))))..))))))..(((((((((.....))).)))))).)))))).))))))))..))))....))))))...)))).))))).)))))).....(((((.((((((((((((((((((((((((.......((..(((((((.......)))))))..))))))))....(((((((((((((((...((.(((.((((((..((.....(((...))).(((.(((....(((((((((((..((((((......)))))).)).)))))).))).......))).)))............(((((.(((........))).)))))))..))))))...))).)).)))))..))))).))...)))...............)).))))).))))))))))).)))))(((((.(...(((((((((((........))).)))))...)))....).))).)).......)).))))))))))))...)))))........((((((.(((((((((..((((.(((...(((((((...((((((((((.((.((.((((...((..(((...((((........)))).)))..))...)))).)).)))))))))))).....)))))))((((((((...))))))))(((((((.(((((((((((((.((.......)))))))))..)))))))))...)))))))...)))))))))))))..))))))....((((((((......((((.....))))...)))))))).....................(((.(((((..((((...(((((...((((.......)))).)))))...))))..).)))).)))....(((((......))))).)))))......))))))))..(((..((((((((((((..((((((..(((((.(((((...((((((..(((..((((((((((.((((.(((........))).))))..)))..))))))).))).)))))).))))).)))))(((((........)))))....(((((((.((((.((((((........))))))..)))).)))))))....(((((......((((..(((((((........(((....)))........))))).))..))))........))))).......((((((((((((((((((((......))))))))).)))))....)))))).))))))..)).))))))))))....)))((((((((((((......(((..............((((((((((.......((((...))))......)))))))..)))..............)))....)))))..(((.....)))((((((....))))))......)))))))((((((....))))))............(((((((.....))))))).).)))))))..)))))).(((((.((........)).)))))..................(((.....)))......))))))((((((......))))))..........(((((((.......((((((...........)))))).(((.(.((((((.((((((((((((((.......((((((.......((((((((((((((((((((((......))).............))))))))))(((((((((.(((((((((((((((........(((((....)))))))))))(((((.(((((......)))))..)))))...............(((.(((((..((....((((((....................))))))..))..)))))))))))))))).)...))).)))))).((((.((.((((..((((.......(((((.......)))))))))..)))).))))))..(((((((((((((((.((((.(((.((.....)).))))))).........((((..((((((((.(((((.(((((((((((..((((((..(((((((((((.((((((.....)))))).(((((((((((((........................................))))))))))))).......))))...)))))))..)).)))))))))))........))))..)))))))))))))..)))).......((((((((((((.((.......(((..(((((((((((.....))))))))))).))))))))).))))))))....))))))))))).))))((........))........))))).))))......)))))))))))))))))).)))))))).).)))...............))))))))))))).)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.((.{((({{{,,(((,{(({{.((((((((.....((((((((((..((((({{((((((.((.(((((((((((((.((((((((.{,((.,.(((.{.{..........,,)))})},),)))))))).))))...)))}}))))).(((((((((((((({.(((((((((((({(...{({(,....}.}))..}).))).))))))))}(((({(,.......}}})))},....{(({{..|.....,..}}|||({(((((({|...{,...|...})))))))}}{(((((......((((.(((((((((((((({((({((({{,,{({({{,{|{{,,,{{{{(((((((((.((((.......((((.(((..((....))..))))))))))).))))))))),{(((,{,,.(((((.....)))))..{||{,,,,.........,}||||....|.||,{(({(...,,,,......||||,|(((((((((........))).))))))..,,,{{(((((.{(({((((((.....((((((.(((((((((......}.)))}..,)))},).))))))....))))},..,.................,..}})},......,}}}},}}}...{{{{{{..|.||||||,,,||||........((((((((((((((.....{{{...(((((((((({((...}))))}.{,,{{{{{(,((,{,,(({,{{{(((((((((.((({{..,||,..................,{{{,.,,{,{{{{{{{{{..,.,,,))))))))},,.........,.,||}},))}},.}}}}}.))))))))}...,,,,.,,,........((((((..(((((((((.(((.....)))))).)))))).))))))....(((.((((......)))).))).(({,{{((,(((({{,,(((,,,,({.....}|}},........,.,{|||.|||{{.{||,,{{||{.{||,....,}.})))))))))))})})))})}}}.,,,,{,{{..(((,,((((((.((,,....,,.}).))))))))))..},.,}}}.,,}||,,.(((((.......))))},|{{{,,,{{|,.|,{{{{{{..|{{((,{{.,,,{((({,.....{{{{{,,,}})}})),)}))))))))},}.,}}},...,)))))})}}...,,,),)))))))).,},....))))},)))))))))......(((((..,.{,...,},..|{..||{{.....)}}}..}}..{(,{((((((((((((.({..((((({{(,((((((,.,(({....}}},),)))))),...,))}...,)))).)))))))........(((((((((.......))))))))).......,,.{{({.....))))..)))))))))}((((...(({({{,........}})),)))).......)))))(((((....)))))....(((({..{{{{,{{{{,|(((((..,.((((((.....))))))....)))},.,,((((,(,...{{.....)}.))))}).)))},})),.)))).))))...))}}}.,,)))))))))}),,)))))).,|||||{|{|,,...))))})))),.)))))).))))))))..))))....)))))}...}))).))))),,))))).....{((({.((((((((((((((((((((((((.......((..(((((((.......)))))))..))))))))....{{{((((((((((((...((.(((.((((((.{({.(({{({,...,||,(((.{{,....({((((((({{..((((({......)))))).,}.})))))}})}.......))).)},...,,,,,,,..{((((.(((........))).))))}....))))))...))).)).)))))..))))).))...}}}...............))}}}))),,)))))))))).})))}(((((.(...(((((((({((........)}}.)))))...)))....}.))).)).......)).))))))))))))...))))).....,,.((((((.(((((((((.{(,((,((({,,(((((((...((((((((((.({.((.((((,{{((.,(({...{{{|.,,,...,)),,.,}}..}},,.}})).)}.},)))))))))).....)))))))|(((((((...)))))))}{((({((.(((((((((((((.((.......)))))))))..}))))))))...)))))))}}.)),))}))})))},.)))))).}}}((((((((......((((.....))))...))))))))..................||,{{{,(((({..((((.{.(({{{.,,((({,{,....)))).)))))..,))))..).)))).)}}.||,({{{{......))))}.)))))......)))))))).,||{,,(((((((((({(..(((({{.{(((((.(((({.,.{(((((..{{{,,{(((((((({.((((.{{{........}}}.}})}..)}}..)))))}}.})).)))))).})))}.)))))|((((........))))}....{((((((.((((,((((((........)))))),.)))),))))))}.,|,{||||,,....{{{(..{{(((({........(({....})}........))))).}}..))))........}))}}.,..,{(((((((((((((((((((((......))))))))),}))))....)))))))))}))),,)).))))))))))}}}.,}},..((((((((.....}}}}}})),,,,((((((((((,(((((({{{.,..,{{,,{(,|{{{{{{{{||{{||{{{{,{.{({{{{.{{({(((((((..(((((.(((({....|..((((((....)))))).},.....,,,||((((((....)))))}...,....,|||({((({(,.,,,|}}||}|{((||{{{{((((((((((..{({{((((((...(({..((((......((((({.{({((((.,,,,,{{{.....,))}}||{{((((......))))),,}},......,,,,{{.{{...{(((((((.{{......},)))))},)}.}).,||}}))))}..,|.))))}.....})))})).))))))}.,|||..})))))))))....|}}}}..............{{{{{,,|{||.||....,|||||}.,,..|}))|{||||}}}}}}}.|{{||.,..))}})||||,,(((((.(((((......)))))..)))))..}}}}......})))).)))))..)))))))||||,|....,,,,,..,}},,,...}}}}}}......||||}}|,||||||}}.},..})),)))},,..,,|}||}|,,|}}|||,.},,..{({((({,,..,.}}}}}}||,.,||}}.||}|||,{{((({((((((((((.{((({(,({((.{{{.,,.,,,,))).}}}},}}}||{{..((((((((.(((((.{((({{({((({.((((((..((((((({{{,.((((((.....)))))).{((((,,,|||||..................,,,,,,,,,.......,,....,))))}})))))}}......,))),..)))))))..)).)))).}}}}.}}}},,,..})))..)))))))))))))..}}},...,,,.((((((((((((.{{...,,,.|,...(((((((((((.....))))))))))).})}))))))}})))))))...,))))))))))).},,,}),}}}}}},}}},}}}}}.)))))})),)}))}.}))))))))),,,,,,,||{||,,,,,,))}))}}},.}}},......}))).)).)))))).)))..........
Back