Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329790.2
Sequence Length
1630 nt
GC Content
0.5589
AGACGGACGGUGGCCAGGGAUCAGGCAGCGGCUCAGGCGACCCUGAGUGUGCCCCCACCCCGCCAUGGCCCGGCUGCUGCAGGCGUCCUGCCUGCUUUCCCUGCUCCUGGCCGGCUUCGUCUCGCAGAGCCGGGGACAAGAGAAGUCGAAGGCUCCCCGCCAGAUGGGCAAUCCCCAGAUGGACUGCCAUGGUGGCAUAAGUGGCACCAUUUACGAGUACGGAGCCCUCACCAUUGAUGGGGAGGAGUACAUCCCCUUCAAGCAGUAUGCUGGCAAAUACGUCCUCUUUGUCAACGUGGCCAGCUACUGAGGCCUGACGGGCCAGUACAUUGAACUGAAUGCACUACAGGAAGAGCUUGCACCAUUCGGUCUGGUCAUUCUGGGCUUUCCCUGCAACCAAUUUGGAAAACAGGAACCAGGAGAGAACUCAGAGAUCCUUCCUACCCUCAAGUAUGUCCGACCAGGUGGAGGCUUUGUCCCUAAUUUCCAGCUCUUUGAGAAAGGGGAUGUCAAUGGAGAGAAAGAGCAGAAAUUCUACACUUUCCUAAAGAACUCCUGUCCUCCCACCUCGGAGCUCCUGGGUACAUCUGACCGCCUCUUCUGGGAACCCAUGAAGGUUCACGACAUCCGCUGGAACUUUGAGAAGUUCCUGGUGGGGCCAGAUGGUAUACCCAUCAUGCGCUGGCACCACCGGACCACGGUCAGCAACGUCAAGAUGGACAUCCUGUCCUACAUGAGGCGGCAGGCAGCCCUGGGGGUCAAGAGGAAGUAACUGAAGGCCGUCUCAUCCCAUGUCCACCAUGUAGGGGAGGGACUUUGUUCAGGAAGAAAUCCGUGUCUCCAACCACACUAUCUACCCAUCACAGACCCCUUUCCUAUCACUCAAGGCCCCAGCCUGGCACAAAUGGAUGCAUACAGUUCUGUGUACUGCCAGGCAUGUGGGUGUGGGUGCAUGUGGGUGUUUACACACAUGCCUACAGGUAUGCGUGAUUGUGUGUGUGUGCAUGGGUGUACAGCCACGUGUCUACCUAUGUGUCUUUCUGGGAAUGUGUACCAUCUGUGUGCCUGCAGCUGUGUAGUGCUGGACAGUGACAACCCUUUCUCUCCAGUUCUCCACUCCAAUGAUAAUAGUUCACUUACACCUAAACCCAAAGGAAAAACCAGCUCUAGGUCCAAUUGUUCUGCUCUAACUGAUACCUCAACCUUGGGGCCAGCAUCUCCCACUGCCUCCAAAUAUUAGUAACUAUGACUGACGUCCCCAGAAGUUUCUGGGUCUACCACACUCCCCAACCCCCCACUCCUACUUCCUGAAGGGCCCUCCCAAGGCUACAUCCCCACCCCACAGUUCUCCCUGAGAGAGAUCAACCUCCCUGAGAUCAACCAAGGCAGAUGUGACAGCAAGGGCCACGGACCCCAUGGCAGGGGUGGCGUCUUCAUGAGGGAGGGGCCCAAAGCCCUUGUGGGCGGACCUCCCCUGAGCCUGUCUGAGGGGCCAGCCCUUAGUGCAUUCAGGCUAAGGCCCCUGGGCAGGGAUGCCACCCCUGCUCCUUCGGAGGACGUGCCCUCACCCCUCACUGGUCCACUGGCUUGAGACUCACCCCGUCUGCCCAGUAAAAGCCUUUCUGCAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-607.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -636.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 515.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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