Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329806.2
Sequence Length
4447 nt
GC Content
0.4270
GGAAGGCGCUGCACAGACUAGCAAAGGCUGUUUCUUUUACCUGACUGAGGUCACUGCAUCAGCUGAAGGCAGACGAUGUGCUUAAGCCUGAGUGGAGCAGAGAUGGGCACCAGUUGCGUCUUGAAGUGCCAUCAGCUGUAACCAAAGUUCCACAUCCCAAGACGACAGCCAGGCGUUCCUGCCCUCAAGAACUGAAGACAAUGGAGCUCUCUGAUAGUGACCGACCCGUCAGCUUCGGUUCCACAUCAUCCUCGGCCUCUUCCCGCGACAGCCAUGGUUCCUUCGGCAGCAGAAUGACCUUAGUUUCAAAUAGCCACAUGGGCUUGUUUAACCAGGAUAAGGAGGUAGGGGCCAUAAAACUGGAGCUGAUUCCUGCCAGGCCGUUUUCCAGCAGCGAGCUGCAGAGGGACAACCCCGCCACGGGGCAACAGAACGCGGAUGAGGGCAGCGAAAGGCCACCCAGAGCGCAGUGGAGAGUGGACUCAAACGGGGCACCCAAGACGAUCGCAGACUCGGCCACGAGCCCCAAGCUCCUCUAUGUGGAUAGAGUUGUUCAGGAAAUUCUGGAAACCGAAAGGACUUAUGUACAAGAUUUAAAAAGCAUCGUAGAGGAUUACCUUGACUGCAUCAGGGACCAAACAAAACUUCCCCUGGGGACCGAAGAAAGAUCAGCCCUUUUUGGAAACAUACAGGAUAUCUACCACUUCAAUAGUGAACUUCUGCAAGAUUUGGAAAACUGUGAAAAUGAUCCUGUGGCCAUAGCAGAGUGUUUUGUGUCCAAGAGUGAAGAGUUCCACAUUUAUACCCAGUAUUGCACUAACUAUCCAAGGUCCGUGGCUGUGCUAACAGAGUGUAUGAGGAACAAGAUACUGGCCAAAUUCUUCAGGGAGCGUCAGGAAACUCUGAAACACUCGCUGCCUCUGGGGUCCUAUCUCUUGAAACCAGUUCAGCGGAUUCUCAAGUAUCAUCUCCUUCUGCAUGAAAUAGAAAACCACCUUGAUAAGGACACAGAAGGCUAUGAUGUGGUGCUUGAUGCUAUAGACACAAUGCAGCGAGUCGCCUGGCAUAUCAAUGACAUGAAGCGGAAACACGAGCACGCGGUCCGGUUACAGGAGAUACAGAGUUUGCUCACUAACUGGAAGGGGCCAGACCUGACCAGCUACGGGGAACUGGUGCUUGAGGGAACCUUCCGCAUCCAGCGAGCCAAGAAUGAGCGGACGCUCUUCCUCUUCGACAAGCUGCUGCUCAUCACGAAGAAGAGAGAUGACACGUUUACAUACAAAGCUCACAUCCUGUGUGGCAACCUCAUGCUUGUGGAGGUGAUUCCAAAAGAGCCGCUCAGCUUCAGCGUCUUCCACUACAAGAAUCCCAAGCUGCAGCACACAGUCCAGGCCAAAUCCCAGCAAGACAAACGCCUCUGGGUUCUGCACCUAAAGAGACUGAUUCUGGAGAACCAUGCAGCCAAGAUUCCAGCUAAGGCCAAGCAAGCAAUCCUUGAAAUGGAUGCCAUUCAUCAUCCAGGCUUCUGUUACAGUCCUGAGGGAGGGACGAAAGCACUGUUCGGCUCUAAAGAAGGUUCUGCUCCAUAUCGGCUGAGAAGAAAAUCUGAACCUUCCUCACGGUCACAUAAAGUUUUGAAGACCAGUGAAACAGCACAAGACAUCCAAAAGGUUUCUAGAGAGGAAGGAUCUCCCCAGCUGUCUUCAGCAAGGCCGUCUCCUGCCCAGAGAAAUAGUCAGCCUAGCAGUUCUACCAUGAUCAGCGUGCUUCGAGCGGGUGGAGCUCUCAGAAACAUCUGGACCGAUCACCAGAUCAGCACAACUUUUGGAAAUGGCUGACGAUGCAGCCCGGAUUGUACUGUAGCACAUGUUGGCAUCAACAGUAUAUUUUCUCAUGCUGAGUGUCUUCAUGUUUCAUGUAAGUCAAUCUUACUUGAAAGUUUUUAGACUUUUAACACGAUGGCCAUAACCUGACAAUAGUGCCCACACCUUAAGAAAUGCAAUAAUCCUUUCCUGUUAUCCAGAAGGCCCAGGUAGUUUUAUCCUGUGACUCAAAGGCAGCAAGGAGACUUUUUCACAUUUUAAAAGGCAACGAAAGCUGUUGAAAGAAUUAUGCUUAUAUCUCACAUUUUGGUUAUAUUUGUGGUAACACCUUAGGAUAACGUAAGCCAGAGAUCUGUAAAUUGGACUGCAGUCUGAGGUGCCCAUUUUAGGGUUUUUGUGCUAGUAUUCUUUUAUGUCAUUUUGAUGCAGAAAUUGUGUGACUGUUGAAAAUUAAAAUGUAGCGGGACCCAUUUUCUGUACGCAGAACCCUUUACCUGUAUUCCUGGACAAGGCCUAGAGAACGAGCUGCUCAUCAUGUUUCUAAUAUAAUUUCUGGGGUGAAAUGAAUGAUUUCCUUACUGGCUUAGAGAAAACCAAGGUCAAUAAAAUGCAGAUUGACUUAACUAUUAGAAAAGAUGGGAUGACUUCUGGGAACCACUUAACUCUUCAAAUGACUGUUGAAAGAGAAAAAGCAAAACUGAAAUCCCACCAGACCAUUUUGUGUGCCUGUUUCUAAUCGAUACAAAGUUAAGCAUGAGCUAAAAUCAGACAAAGCACUUUAAAUUUAUCCUUUCCAGAGCGCUUUGCACAUGCACCCUCCUGAGUUUGGGAUUCUGCCAAAUGACCAACUUGAUCCUGGCCCUGAGGAGUCAUUGGCUGCAGGAAUAGGGCAAGAAUCUAUUUCCUAAACUACACAUAACAUGGGAGCCUUUUUUUCGUUGUUUUCAGGUAUAUUAAAGAAUGAAAUCUUUGGUUACUAGGUGCUGACUAAUAAAUAACACCUUUUAUAUUCUGACCAUUUGUCACAUUUCAUUGUGAUACUGUAUACUGAUCUAACUCCUUAUGAAAGGCAACAAACAAAAAUAAGACAUUGAAUAAAAAGCAAAAUCAAAGAAGCUAAAGAGAAAAAUGAAGGCAGAUAUAUUGCAACUUUAUAACAUAUUCUAUUUUAUUGAAGACUGCAAUUAAUGCAGCAAGAAUGCUUUCUCAAGCGGUGGCCUUUGUAUUCUCAUUUUAAUCAGGUGUACAUUCUAUGGCCUCUCCCCCAUGCUGUUAGUUUCUAUUUUAAAAGAUACAAUAAUAUAUGUAGGGAAAGGGGCCUGGGCUCUUCAUUUAAAGGUAAGCAGUAAUAUUGAGUAAGUGACAUAAUUCUUUUUCUCUUUGUUAAGUCCUAUGCCUCUUUUUCUUAACUGUAAAACAUAGAAUAUGAGCGUUUUUAUCUUACAAAUAGGUACCUAAGGCAUGUGAUUUUAUUUUUAAAUAACAAAAAAUAACCCAAGUUUCUUGCUUCUCCAAAGUAUUCUUCUCAUAGCUUAUAAAAGAAAGUCCACAUUGAAUAGCAUGGUCUGGGAACAUUCCUUCUUUAUUGUGUUUAUUUGAACAUGAUAUGAGUUUCCAAGAUGAAAUGAUCAAAAAAGAUAAGUACCACAAGAAAGUUUUUUUGUUUGGUUGGUUUUUUUGUUUGUUUGUUUUUUUCUUGAGACUGAGUCUCUCCCUGUUGCCCAAGUUGGAGUGCAAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCCACCUCCCCGGUUCCAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUUGAAUAGCUGGGAUUACAGGCGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUGUUGUUAGUAGAGGCGGGGUUUCAUCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGAUCUCAUGAUCCGUCUGCCUCGGCCUCCCAGAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGCCCGGCCAAGAAAGUAUGUUUUUAGAGGUGUGUGUAAGUGCAUUUGUAUUACCUAUGAACAAAAUUACCUGACUCUUGUCCCAGGAAAGCUGUUUCGCAUUUUCGCUUUUUGAUUGGUAUUAUCCAGUUCUAUGUAGUUCAUAUUAUUGUUCUGUCUGACUCUCAGAAAUUACUUCUUCACGCCAGUGUCUUGUUGCAUGACUUUGAUGUCACCUAUAGGAAUACACCUCACUGCACGUAAGUGGGUAUCUUACUGUAUAAAAGGUCUACAUGGCUUUAGGUUUUAGGACAAAUGUGUAGAUUUAUAGACCAUUUCUGUUGGCCAGGACACAGAUUUUGAGAGCUGUGUGUAUAUAUAUAUAAUCAUGUUUGUAUUUUUUUCCUGAAAGUUAUCAAUUGCUUUUGUUUAAAACAGUUUGUUUUAGAGGUGGGGUGGGGAUGUAUAUAACGAGGAAAAGUUAUAUGUACUUUAAAGUAUGUCAAGUUCUUACUAGUUUCCUGUACUGAAGGUUCAAUUUUUUUUAUAUAAGUUUACUUUUCACCUGCUCUAUUCUUUGUGGGGAAAAAAUGCAUCUAGAAAAACAUAGUUUAAAUACUGUAUAUAAGAUAAUGAAAGUUAGUAACGUCCAUUAUUUAAUAAAGUUUGUAAAGUACAAGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1211.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1294.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 1401.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((..(((((((......((((.((((((((.((((((((((((((((((....((((((((..(((.(((.(((...((..(((.((.((.(((..(((((((.(((((((((((..(((.....((((........))))...)))..))))))).))))..))......)))))....(((((((((...((((..(..((.......))..)..))))...))))))))).........))).)))).)))..))...)))))).))))))))))).))))..))))))))))...((((((((.....))).)))))...))))...)))))).)).))))......((((.(((..((((((((...((((.(((..((((....))))...(((.....)))(((....)))....))).)))).....))))).))).)))...))))((.(((((((((((((((((.....(((((........(((........))).......))))).........((((((((.((((((((((((......(.((((((...((((((((((((((....((((((..((((.((.((((....)))).)).((((((((.((((...........((((((((((((((((...........)))))))......(((((((......((((((((...((........))....))))).....)))......)))))))(((((.......(((((((((.(((....(((........)))..(((((((((((((.((((..(((......)))..)).)).)))))....).).)))))))))))))))))))))))....)))))))))....(((((....))))).....((((((...((((..((.........))..))))..)))))).........((((((..(((((((.................((((...))))...)))))))..)))))))))).))))))))..........((((((((((.(((.((((((((((((..((.((((((((((..((((((.((..(((((..(((((((...(((.(((((((((....((((..(((......)))..))))....((....(((((((..((((...))))..))).))))....)).....))))))))).((((((.((...((..(((....)))..))..)).))))))(((((.(((..((((((((...((.(((((...))))))).((((((.((((.(((((....)))))...))))..(((.((((..((((..(((((((((((....(((((((((((...(((((((.(((...(((.((((....((((...((((((((.....))))..)))).((((((.((((((((..(((...((((((((..(((.......)))..).))).))))....(((((........)))))(((((.(((((....(((((.((.((((((...(((........)))........((((.((((......(((((((((......)))((.((((((((..((((.((........))..)))).(((......))).(((.(((.....))).)))...)))))))).))....)))))).....)))).))))))).))).))))).)))))))..))))).)))))))).))).)))))).(((((..((...(((((.(.((.((((....)))))).)..)))))...)))))))....))))......))))..)))...))).))))))).)))))))(((((..(((((...((((((........)))))).)))))..))))).....(((((.....)))))(((((((((....)))))))))...((((..(((((.((..(((((((.......((((..((((((.........(((((((((..((....(((.((((.........)))).).))....)).))).))))))........))))))..))))........)))))))..))..)))))....)))).......)))).....)))))))).........)))..))))))))..)))..(((((........)))))..)))))).((((((((..(((((((..(((((((.....((((.((((((((.(.(((((((((((((((((.(((..........((((((((.......(((((....)))))))).....((.((..(((.....)))..)).)).....)))))))).)).)))....)))))))))))).).))))))))))))......))))))).....))))))).((((((((.........))))))))...........))))))))...((((((((((((.((((..((((((((.......))).)))))............(((((((((((((((....)))).))((((.(..((((.(((((((((((((.(((((.((...........(((((.((((...............)))).))))))).)))))..........((((((.......))))))...............(((((((.((((.....((((((((.....((.(((((......((((..((((.....(((((.(((((((((((.......(((....(((((((.(((((......)))))(((((..(((((...............))))).........)))))...(((((((......)))))))..))))))).....))).......))))))).........................((((((((((..((((((((((((..............(((.....((((((.(((((..................)))))..))))))...)))((((((((.(((((((...(.((((..((((......((((((((.((....(..(((.(((((((((((..(((.((((((((((.(((........))).))..)))))...))))))..)))))))((((((.(((.(((((((.((((.((.(((((((((((((.(((.....................(((((.(((((((......((((..(((((...((((((.........)))))).)))))..))))......))))))).)))))(((((((........)))))))......))).)))))))......)))))))).))..)).))).)))).)))))))))......)))).)))..)(((((((......((..((((((((((....)))))))))).))))))))).)))))))))).....)))).....)))).).))))))).))))))))...))))))))))))....))))))))))....(((((...))))))))))))))....)))))))).....))))).))..)))))))).....))))..(((((((((.((((....((....)).....)))).))))))))).)))).))).((((.......))))))).)))))))))))))).).)))))))))))))...(.((((((.((((((.(((........((((....))))....(((((.(...((((((....))))))...)))))).))))))....))).)))))).)))))..)))))))))))))))))))))))))))).......................))).))))))).)).)))..)))).))))..)))))))))).))))))))))....((((..((((.....))))..)))).....(((((...)))))..............))))))).))))))))))(((......))).((....)).((((((((((((.((((((((.......))))).........((((.((((((((.(((((((....((....))..))))))).)).)))....))).))))...((((((..........))))))(((((.((((......)))).))))).........((((((........)))))).(((((((((...))))))))).))).))))))).)))))(((((........)))))))))..)))))))))))).))))))))....)))))).)..)))))....))))))).))))))))))))))))))))).)))).)).((((..(((.(.......).)))..))))....(((((......))))).(((.((((((((...(((...)))...)))))))).))).)))))))..))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{{((({{,{,{,{,.}}...((((.((((((({,((((((((((((((((((....((((((((..(((.(((.(((...((..(((.((,((.((({{((({{{{.(((((((((((..(((.....((((........))))...)))..))))))).))))..||......))))}....(((((((((...((((.,{.,{(.......))..)..))))...))))))))).....,,,.))).))})})})..))...)))))).))))))))))).))))..))))))))))...((((((((.....)))},)))}...)))).,})))))}.}).))))......((((.(((..((((((((...((((.((({.((((....))))...{{{....||||({{.,,,))}....))).)))).....))))).))).)))...))))||}||,((((((,((((((({....,(((({,..,{{{((,{{,,....|,|{{{{{{{||,,,..}}}}((((((....)))))),,|(((((,....,}}|||,,{...,(((({((((,(((,.,.(((,,(,,{{,{.((,((((....||||,|,.,{,||||||,,,..........,,{{||{|||,({(({{{..{.....,,})}}}}))......,{{{{{,......((((,,...|}|}..}||||}}....,}},,},,.}))))...,,})))))))}|||...}}.}},|}||||||}|||..},||,....,}}}))).,,|,((((..(((({,,((.,(((.,,(({((((.{{{.(((,{{{{{{{{{{{|||{{{{|{{|{{(((((((({......,|||||||{{,{(((({...,}))))....,{|{||({,,{(({.{((,,,,{,.,,||..,},,,|}}}|)}},..{{{{{{(((((,.(((((((..,,.....,.......{{||...,})),,.)))))))...,}},}))))})))))}||,.,.,.....,,||||||||,{{|{((({((((((((.,{{.((((((((((..((((((.((..(((((..(((((((...(((.(((((((((.,..((((..(((......)))..))))...,{{{...{((((((..((((...}))),.))}.))))..,,)}.....})))))))).((((({.((((((,..(((....)))..,,.}))))).)))}}{{(.{{{.,{(((((((...((.(((({...))))))).{{(((,{(((({((((({{{.|||||,{{|,||,{((({((({..{{{({{(,,,{{,,|||}...,,||||||{||,..{{{((((.(({...{{(,((({..,.,....,.|{|||||,.,{.,||||..}}}|.((((((.((((((((..(((.,,({{({{{...{{{..,|}..}}}.,|.,}}.})))....(((((........))))){((((.(((((....(((((.((.(((((((..,{{.,,.,{{{|||.....,.,({,,.,,||......,|||||}|.||....,},((.((((((((..((((.((........))..)))).(((......))).(((.{,({....))}.)))...)))))))).))..{{,.((((....))))..)),)))).))).))))).)))))))..))))}.)))))))).))).)))))).(((((..{{.,.||||{,|.{|,{(({....}))))}.}..}}})).},))})))}..},))))},...{||||.,|,|,.{|||.|||||||,||}||||(((((..(((((...((((((........)))))).)))))..)))))..,..(((((.....))))),{(((((((....)))))))}}...{{{((,{{{{{.{(..{{{{{((,....,.{{{(..(({{((........,(({{((({,..{|,},|||,.((((,,....,,.)))).}.}}....||{||||,|||||,,{,,,..}}}}}}..}))},.......)))))))..}}..}}}}}||,,,|||.,.....|}}|,.,,.,}}}}||}..{{{{{{{||}..}}|||}}|{,|||..,,||,..,}}}..))),}}})}})))}((({|,,,.}||(((((,.(((((((.....{{{{.((((((({.{.(((((((((((({{{{{.{((..........(({(((((,......{((((....))))}},|....,{{,(,.,({{,,...}}}.,})}))...,.}))))}}}.}}.})),,..)))))))))))).}.})))))))}}}}......))))))).,,,,))}}}}}.((((((((.........))))))))..........,||||}|||,{,.,|||(((((...,{{{..((((((((.......)))})))))...,,}......||...|}}||{(({{{{{{,|||{||{{{({,.,,.{{..{|{|||{{{,,,{((,{{.|}}.......{.((((((.((((.,,........,,..)))).))))))|.,,,||,,{{{{,{(((((((((({{,,(((...{{.{{,,,.{{,({((((,,{((,{{{{,,,..|||{{||||,.,,{(,|{{{{.,.,,,{|||,,||||.....,{{{{.|||{(((((((.,..{..(((.{{{(((((((.{((((......))))|{((({..(((((...............))))).........})))),..(((((((......)))))))..}))}}))}}...}))..,....))))))).,,,..,.......,,,,..,{,..,,,{({(,,,..{{{{{{{{{{,..(((((..((((((((,....,(((((,.((((({{,.{{,...,,,.}}},})))).{||||,....)))}},.{{{{,,,,}})}..,))}})})))))))),))}}}.,,...,,|}}||||||,..,,..(((((((,,({({((,(((((((.(((........))).))..)))))}},),,)))..)))))))((((((.(((.((({,{{,((((,{{,(((({{(((,(((.((,.....,,.,},.}}}..}}}}|((((.(((((((......((((..(((((...((((((.........)))))).)))))..))))......))))))).))))|(((((((........))))))),....,|},.}}}))}}......})))}}}}.}}..,,}))),)))).)))))))))...,,,.,,..}}}||||||{{{|,,,,,.||,.((((((((((....)))))))))).)})}}}}}||||},|,{||{,||{,.,{||....||{{{{(((({....))))))}.})))}},))))))),})))}))))))}..}}}}|||||..,))))))))}))))),,..}))))}))))}}})))})}))},})))))))..,,,)))).,||{{||||{,{{{(.,,,((,,,,||.....||}|,||||||}},.,}|||.{{,|||......,||}||}|||,,..,.)}})))}}..}}))))))}..,},,,,,,||||{|,|||{||,||||,,,,,,.((((....)))).,..(((((.(...((((((....))))))...)))))),))))))....})}.))))}},|||},..,}}}}}.))))))))))))}))))}}||{{.,,.....,},}}},......))).))))))).)).)))..))))}}}))..)))))))))).)}))))))))...}|||{..{{{(.,,..}}})..}}}),.,},{((({...}))))..............)))))))})))))),},{(((......)))},{,,,,|,.,,,,{|||||{|,|||,{,((||||...)))))}.,,....,(((({{,{{{,((,{{,({{,..,,,|,||}|)},))}},}}}}}}}},..}))))))))))).,|||,|}}}}}}.}},||||||{|,,,,|}||}}|..},}}},|||{{{{{{{{{{{((((((........)))))).{((((((({...})))))))},|||{|||||||,,}||{(((((........)))))))||{{|,,,,}}}}}}}.,|||,}}},},.}}}}}},},}}||||{{,..|||||,.,,,,,,,}))))})))))))})))))}))}|||{..,,|}|}}}}}}})})),..},,.....(((((......))))).{{{.((((((((...(({...}))...)))))))).}},.))))}))..)))})..}}},.
Back