Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329911.2
Sequence Length
4098 nt
GC Content
0.5307
GCUUGCUGCGCGCUGCCGGCGCUCCUUCCUCCUCGGCUCGCGUCUCACUCAGUGUACCUUCUAGUCCCGCCAUGGCCGCUCUCACCCGGGACCCCCAGUUCCAGAAGCUGCAGCAAUGGUACCGCGAGCACCGCUCCGAGCUGAACCUGCGCCGCCUCUUCGAUGCCAACAAGGACCGCUUCAACCACUUCAGCUUGACCCUCAACACCAACCAUGGGCAUAUCCUGGUGGAUUACUCCAAGAACCUGGUGACGGAGGACGUGAUGCGGAUGCUGGUGGACUUGGCCAAGUCCAGGGGCGUGGAGGCCGCCCGGGAGCGGAUGUUCAAUGGUGAGAAGAUCAACUACACCGAGGGUCGAGCCGUGCUGCACGUGGCUCUGCGGAACCGGUCAAACACACCCAUCCUGGUAGACGGCAAGGAUGUGAUGCCAGAGGUCAACAAGGUUCUGGACAAGAUGAAGUCUUUCUGCCAGCGUGUCCGGAGCGGUGACUGGAAGGGGUACACAGGCAAGACCAUCACGGACGUCAUCAACAUUGGCAUUGGCGGCUCCGACCUGGGACCCCUCAUGGUGACUGAAGCCCUUAAGCCAUACUCUUCAGGAGGUCCCCGCGUCUGGUAUGUCUCCAACAUUGAUGGAACUCACAUUGCCAAAACCCUGGCCCAGCUGAACCCCGAGUCCUCCCUGUUCAUCAUUGCCUCCAAGACCUUUACUACCCAGGAGACCAUCACGAAUGCAGAGACGGCGAAGGAGUGGUUUCUCCAGGCGGCCAAGGAUCCUUCUGCAGUGGCGAAGCACUUUGUUGCCCUGUCUACUAACACAACCAAAGUGAAGGAGUUUGGAAUUGACCCUCAAAACAUGUUCGAGUUCUGGGAUUGGGUGGGAGGACGCUACUCGCUGUGGUCGGCCAUCGGACUCUCCAUUGCCCUGCACGUGGGUUUUGACAACUUCGAGCAGCUGCUCUCGGGGGCUCACUGGAUGGACCAGCACUUCCGCACGACGCCCCUGGAGAAGAACGCCCCCGUCUUGCUGGCCCUGCUGGGUAUCUGGUACAUCAACUGCUUUGGGUGUGAGACACACGCCAUGCUGCCCUAUGACCAGUACCUGCACCGCUUUGCUGCGUACUUCCAGCAGGGCGACAUGGAGUCCAAUGGGAAAUACAUCACCAAAUCUGGAACCCGUGUGGACCACCAGACAGGCCCCAUUGUGUGGGGGGAGCCAGGGACCAAUGGCCAGCAUGCUUUUUACCAGCUCAUCCACCAAGGCACCAAGAUGAUACCCUGUGACUUCCUCAUCCCGGUCCAGACCCAGCACCCCAUACGGAAGGGUCUGCAUCACAAGACAGAGGCCCUGAUGAGGGGAAAAUCGACGGAGGAGGCCCGAAAGGAGCUCCAGGCUGCGGGCAAGAGUCCAGAGGACCUUGAGAGGCUGCUGCCACAUAAGGUCUUUGAAGGAAAUCGCCCAACCAACUCUAUUGUGUUCACCAAGCUCACACCAUUCAUGCUUGGAGCCUUGGUCGCCAUGUAUGAGCACAAGAUCUUCGUUCAGGGCAUCAUCUGGGACAUCAACAGCUUUGACCAGUGGGGAGUGGAGCUGGGAAAGCAGCUGGCUAAGAAAAUAGAGCCUGAGCUUGAUGGCAGUGCUCAAGUGACCUCUCACGACGCUUCUACCAAUGGGCUCAUCAACUUCAUCAAGCAGCAGCGCGAGGCCAGAGUCCAAUAAACUCGUGCUCAUCUGCAGCCUCCUCUGUGACUCCCCUUUCUCUUCUCGUCCCUCCUCCCCGGAGCCGGCACUGCAUGUUCCUGGACACCACCCAGAGCACCCUCUGGUUGUGGGCUUGGACCACGAGCCCUUAGCAGGGAAGGCUGGUCUCCCCCAGCCUAACCCCCAGCCCCUCCAUGUCUAUGCUCCCUCUGUGUUAGAAUUGGCUGAAGUGUUUUUGUGCAGCUGACUUUUCUGACCCAUGUUCACGUUGUUCACAUCCCAUGUAGAAAAAUAAAGAUGCCACGGAGGAGGUUGUAGGCUCAGCCUCUGAUUUUUUUUUUCCUGUGAUGGUGCUUUAUGUAGCAGAGGGCAGGAGCGCUCAGCAGGACGCAGGCUGUGCCUCUGCGGACACUUAACACUAAGUGGUGAGCGGGUCUAGAGUGGAGCAAGGUGCCCUGAGAAGACAAUAGUGGGGUGGGGGCACAAUCAGUCAGGACGGCAACUUGGCCUGUGUCACCAAAUCCCAAGACUGUUUUCCACUCCUCACCUCUGUGACUGCAGAAAUUGGAUACUCUGUUCACUCGAUGGUUCUAAAAACUGCAUUGAGAUUAUGUUUGUUUCGGGUGAAUUCCUGGACAAGACCGAGGAUGACUGCCAUCUCCUGGCAAGACGCUCAGGUAGUUCUUUUGCUUUAAAAGGCAGAUAUUGAAAACUGGAAUUUUUUUUUUUUGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGACUGGAGUGCAGUGGUGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGCUAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACACGGCGCACACCACCAUACCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGUGAAGGGGUUUUACCAUGUUGGGCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCUGCCCGCCUCAGCCUCCCACAGUGCUGGGAUUACAGGUAUGAGCCACCACGCCCGGCCCAUUUUUUUUUUUUUUUUGACAACUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGGGUCUUGUUCCAUUGCCCAGACUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCACAGCUCACUGCAGCCAGUAAUCCUCUUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGUUGAGACUACAGGUUGUACCACUAUGCCCUGCUAGUUUUUUCAUUUUUUGUAGAGAGACGGGUCUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCCAAGCUGGAGUGCAGUAGCACGGUCUCAGCUCAUUGCAAGCUCCGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGACUCCUGUGUAGCUGGGAGUACAGGCACCUGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUUAUAUAUUUUUUUAGCAGAGACAGUGUCUCACUGUGUUAGUCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCAGCAAGGCGGGUCUUGCUGUGUUUCCCAGACUAGACUGGUCUUGAAUUCCAGGGCUCAAGAGAUCUCCCACCUCAGCCUCCCACAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCGCCACACCCAGCCUAUUCAAAAUUUUUUUUUCUUAGAGACAGGGUCUUUGUUGCCCAGGCUGGACUGCAGUGAUACAAUCAUAGCUGACUGAAGCCUCAAAUUCCCAGGCUAAGGUGAUCUUCUCACCUCAGCCUUCCAAGUAGCUGGGUCCGCAGAUGCAUGCCAGUACACCCAGCUCAUUUAAAAAAAAAUUUUUUUCUUUUUUGAGAGUCUUGCUUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCACCUCCCGGCUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCCGCCACCACACCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCAUGAUCCGCCUGCUUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCGCGCCCGGCUCAUUUUAAAAUUUUUGUAGAUCAGUGUACUGUUGUAAAAAAAAAAAAAUAAGAAAAAUAAAAAAUAAAUUUUUGUAGUGAUAGGAUCCCACUGAGGCCAGAGAAUAGGGUCUGGAGACAAAGGAGCAUUCACUUCAGCCUCUGACUGGUGGCAGGCCAAGUCUUUAUUUACAUAGGGUGUAACCAAAUAGGAAACCUCUAAAGGGUACUUAAACCCCAGAUUUUCUACACAGGGCACUUGCUUGAGCCUCAUCCCGCUUUCUGGAAUGUACUUUUGCUUCAAUAAAUCUGUGCUUUUGUUCCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1442.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1516.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 966.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((..((((.((((((((((((((..(((((.(((....(((.((........)))))..)))...))))).........(((((.....)))))....((((((.....(((((((((.....)))((.(((((((.((((((..((((((((..((...((((((((.((((((.(((.((((((((((...))))(((((..(.((((...((((....))))...)))).)....)))))(((((((.(((((((.(((.((((((((......))).(((((((((((((.((((((((((((.(.(((.(......((((((((((....((((((.(.(((..((((((((.....))))))))(((.(((...((((((...((((((....((((..(((((((((.(((((((...(((((.....((((((((((...((.((.....))..))...))))))))))..)))))....(((((.....(((((((((((((.....((((.......)))).((((.(((.((((((.(((((((((.(((((....(.....)....))))).......))).)))))).).))).))...))).))))...))))))...))...)))))...)))))((((((((.((.......((((((((..............((((((.((((((((....((((..(.....((..((.((((((.((......)).)))))).))..)).....)..))))...((((.(((((.........)))))))))................))))))))..))))))....(((((((.(((........))).)))....)))))))))))).....)))))).)))))).))))).)...))).)))))))))..))))))))))))...)))..))).((.(((.(((((((((..((((.(........).))))...)).)))))))))).))...(((...((((.(.(((.(((((.(((((.(((((.(((.....((..((((((((...))))).))).))......)))))))))))))))).((((((((((.(.....)))))))))))((((((..((((.(((((......)).)))....))))..)))))))).)))).)))).)))))).).))))))(((((((((((((....((((((((.(((((((..(((((((.(((((((((((.((.(((((((.(((((.((((((((((((..(((((((((((....((......))..)))))))..............))))..)))))))))........(((.((((..((....))..))))...))).((((.....(((.((((((((((.(.(((....))).).))))))))))...)))....))))...........(((((((((((((((.............)))))).((..(((...))).)).))))))))).......)))))))).))))))).)).........))))))....))))).....))))))))))))))))))))))........(((((((...(((.(((.((((.((..((((....)))))))))).))).))))))))))..............((((.((((((((................))))))))...))))....))).))).).))))))....)))))))).)))))).)))))).).)))).)).)))))))))))))..((.((((((....)))))).)).(((((((.....)))))))......(((.(((((((......)))))))..))))))))...))).)))).)))...)))))))))).))).))).))))))))))))))(((.((...(((((((...((((..................)))))))))))....)).)))))..)))))))))))))).)))).))).))..................))))))...)))))).))))).)))))))))..))))..))))).((((......)))).((((((....))))))(.(((((((...((..(.(((((((.(((((((.(((((((....((((((.((((((((....((((((.......)))))).)))))).))..))))))....)))))))...........(((((....)))))..(((((((((((((...(((((((.............))))))).....((((..((((((......))))))..)))).((((((..((((((((.((((((.....)).))))..(((((((((((......((((((...(((..(((.(((.........))).))).))).))))))..(((((((((((((((((((.((.......))))))))))..))))((((...)))).....((((((((..(((((((.........((((((((.......((......))......))))))))...........((((....))))(((((((((.((((((((((((((.(((...((.(.((((....)))).).)).))).)))).....(((((......))))).....(((....))).....)))))))....((((((.(((((((((......((((((((((((((.(((((((((.((..((((((((((...)))...))))))))).)))).((((((((((((((((((...........((((((..(....)..))))))((((((((.((((....)))).)))).)))).............((((.((((..(((...............((((((((...))))))))((....)).(((((((((((((.........))).)))))..)))))((((...))))....)))..))))))))(.(((....))).)((((((((......(((....)))......))))))))..................((((((((((..((((((((((((...(((((((.(((....))))))))))...(((((((........((((((.....)).))))))))))).((((((......))))))...((((((.(((((.((((.......))).).))))).)))))).......(((((...(((.........))))))))..))))))((((((......(((....)))......)))))).......................))))))..)))))))))).....))))).)))))))))..........))))(((((...((((((.....(((((.((((((.....)))))).)))))...((((((((((((.((..(((.((((((.(((..((((((.........((((((........))))))((((((...((..((..(((.(((.(((((((((((((.((.......)))))))))..)))))))))...)))..)).)).))))))....(((........)))((((((((......((((.....))))...))))))))................((.((.((((.......)))).)).))((((..((((.(((((....))..))).))))..))))((((((....)))))).))))))..))).)))))).)))..)).)))))))).)))).......)))).)).)))))...))))).))))))))))))))))))))))).))))))............))).))))))))).)))))))..))))))))))))))))).))))))))).......((((...))))..)))))))).....))))))......)))))))))..)))).(((((((..(((...((((......)))).))))))))))..)))))))))))))).)..))...))))))).).(((((((((..................))))....)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{...(((((..((((.(((((((((...(((((.(((.((((........(((((((((((((((((((,.{(((((((..,..((((..{(,.(((..(((...{,((((((,,(((((((.,(((((((((((((.((.{..(((.(({,((((((..((({{{,.,,{(..(((((.((.((.(.(((.,.,...((((..(((((.,{.{(((...{{({....))}}...))))......)))))...))))..}))).).)).))..))))).)))),,...))).))))))))).))),.)).},))))))).)))))..,((((((........)).)))),..)))...)))))))))))..)))..))).))..)))).......,,.,{{{{(({{{....,|}.}})}))|}.||((((((.{......).)))))).}|{{{{...}))),.,}}.,)))).),)))}.)))).))))))),.)))))))){{{{,..((((((((((..((((.......)))}{(((({((((((((((.(((((((((.{{(((,..,{..........))))).......))).)))))).).)))(((({{((.((((.......))))....})),})))}.....((((((((((,((....,{.((((((((..,...........((((((.((((((((....{(((,.({.,..({..((.((((((.((,..,..)).)))))).}}.,||,..,,|}.,,))}},|({{.{|{||}|||,,,}})))))}))}................))))))))..))))))....{{(((((.(((........))).)))}...)))})))))))).....}})}}).))))))({({.((({{{|,}.{{|((((((|,{|{{{|...,....,.,,((((....)))){(((((((((..{(({.(........}.)))}...)).)))))))),||||.,{({,..,|||,,{||(({|.(((.(((((.(((((.(((.....((..((((((((...))))).))).)).,....)))))))))))))))).{|||,{||{|,|....,})}))))))))|,{{||}}|||,}|||{,......}}.|||....))),.{|}||,|||.,.,))),)).))((((({...)))))))))))).,.).))))}(((((((.(((((((..(((((((,(((,(((,(({.((.{((((((.(((((.(((,((((((((..(((((((((((....{(......))..)))))))..............))))..))))))))}....,,,.{{{,((((..((....))..)))).,,,|,.((((..,,.(((.((((((((((.(.(((....))).).))))))))))...)))..},))))..,,...,,..{((((((((((((((((.,,.{,....,}..)))))},)))),.........,))))))))},...,,)))))))).)))))))})}....,....,,,))).,,.,))))}}.,.)))))))))))))))))))))|(((((((((((.(((((((((((((.(((({{{,.((({....})))||.|||,.......,)))).,....)))))))))))}.,.((((((((................)))))))),.,(((((((((((((((((.,................({{.((((.....))))..}||.{{(((((....{(({{{.{{.((((((....)))))).||.(((((((.....)))))))...||.(((.(((((((......)))))))..})),{{||,....,|..{{{{|||.......},||||||,,||||||..|,,,...,,,{|||||||...}}}}}},.,|.},,,,.}}})}|}},,...})))))),,.....,,},.).)))))))))))))))))),)))).))))},)))))),...,)}))))))))}))}.})))))).))))).))))))))},.))))..))))),|,{{{{....}}}}.((((((....)))))){.(((((((...((..(.(((((((((((((((.(((((((.,..((((((.((((((((....((((((.......)))))).)))))).))..))))))..,.)))))))...,,,,,...(((((....)))))..,(((((({{{{||,,.(((((((.,,......,,..))))))).....{(((({((((((......)))))))))),}.|||||{,.((((((((.((((((.....)).)))).,{({{{((((((,....,))))}|....{{..{||,{{{.........,,|{|||{{{,((,((((..(((((((((((((((((((.((.......))))))))))..))))((((...)))).....((((((((..(((((((......{{,((((((((.......((......))......)))))))).,,,....,,.,,,,....}},,(((((((((.(((,,(((((,((({(((...({.{.((((....)))).}.)).,,,.}}}|,||||{((((......))))}.....|||.,,,)}},,,,.}))}}))}}}.{(((((,(((((((({......((((((((((((({.(((((((({.((..{{{{{||||,.,,|||..,||||||||},|}}}.||||{|||||||{|||||....{,,,,,.((((((..(....)..))))))((((((((.,(((....}})},)))).)))),,,,,{,.....,}.,}}||||,{(({{{,..........||((((((((...)))))))){{{{.{((((({((((....))))..}}.)))))(((.(((((.(((((((....((((((((((...{{,{(((,.(((....))).}((((((((.,,...(((....)))...,,.))))))))....................))))}}((((((...))))))....(((((((.(((....))))))))))...(((((((........((((((.....)).))))))))))).))))))))))...((.....)).))))))).))))).)))..,,..||{|{|.,})))))),},....,,)|||,,}}||||........|||{{{{{{{{{.,,.,,)))),.....|||,,,,}}),,....,|||||{{....,,,.....|||,....})})}..{{|||,,,...))))})))))).}}))))))|..........|||}{{(({..,,,{{{,.....(((((.((((((.....)))))).)))))...,{({((((((((.((..(((.((((((.(((..((((((......,{(((({{{....,}}.}})}}}((((((...((..((..(((.(((.(((((((((((((,{(,....,.))}))))))..}))))))))...)))..)).)).))))))..,.(((.,......}})((((((((......((((.....))))...))))))))................||,||,((({,......)))),)).}}{(((..((((.(((((....))..))).))}).,)))|((((((....)))))),))))))..))).)))))).)))..)).)))))))).}}},.......,))).}}.)))))...))))).))))))))))))))})))))))).}))))}............))).))))))))).)))))))..))))))))))))))).)))).))))),}}}}}..{(((...)))}..)))))))).....)))}}}......}}}}}))))..}}},.(((((((..(((...((((......)))).)))))))))}..)))))))))))))).)..))...))))))).}.(((((((((..,,,.......,,,...))))....)))))...
Back