Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001329938.2

Sequence Length

2283 nt

GC Content

0.5296

AGCAGUGUGUGUGCAUGUGUGUGUGUGUGAGAGAGAGAGGGAGAGGAGCGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGAAAGGGAGGGAAGCAGAGAGUCAAGUCCAAGGGAAUGAGCGAGAGAGGCAGAGACAGGGGAAGAGGCGUGCGAGAGAAGGAAUAACAGCUUUCCGGAGCAGGCGUGCCGUGAACUGGCUUCUAUUUUAUUUUAUUUUUUUCUCCUUUUUAUUUUUUAAAGAGAAGCAGGGGACAGAAGCAAUGGCCGAGGCAGAAGACAAGCCGAGGUGCUGGUGACCCUGGGCGUCUGAGUGGAUGAUUGGGGCUGCUGCGCUCAGAGGCCUGCCUCCCUGCCUUCCAAUGCAUAUAACCCCACACCCCAGCCAAUGAAGACGAGAGGCAGCGUGAACAAAGUCAUUUAGAAAGCCCCCGAGGAAGUGUAAACAAAAGAGAAAGCAUGAAUGGAGUGCCUGAGAGACAAGUGUGUCCUGUACUGCCCCCACCUUUAGCUGGGCCAGCAACUGCCCGGCCCUGCUUCUCCCCACCUACUCACUGGUGAUCUUUUUUUUUUUACUUUUUUUUCCCUUUUCUUUUCCAUUCUCUUUUCUUAUUUUCUUUCAAGGCAAGGCAAGGAUUUUGAUUUUGGGACCCAGCCAUGGUCCUUCUGCUUCUUCUUUAAAAUACCCACUUUCUCCCCAUCGCCAAGCGGCGUUUGGCAAUAUCAGAUAUCCACUCUAUUUAUUUUUACCUAAGGAAAAACUCCAGCUCCCUUCCCACUCCCAGCUGCCUUGCCACCCCUCCCAGCCCUCUGCUUGCCCUCCACCUGGCCUGCUGGGAGUCAGAGCCCAGCAAAACCUGUUUAGACACAUGGACAAGAAUCCCAGCGCUACAAGGCACACAGUCCGCUUCUUCGUCCUCAGGGUUGCCAGCGCUUCCUGGAAGUCCUGAAGCUCUCGCAGUGCAGUGAGUUCAUGCACCUUCUUGCCAAGCCUCAGUCUUUGGGAUCUGGGGAGGCCGCCUGGUUUUCCUCCCUCCUUCUGCACGUCUGCUGGGGUCUCUUCCUCUCCAGGCCUUGCCGUCCCCCUGGCCUCUCUUCCCAGCUCACACAUGAAGAUGCACUUGCAAAGGGCUCUGGUGGUCCUGGCCCUGCUGAACUUUGCCACGGUCAGCCUCUCUCUGUCCACUUGCACCACCUUGGACUUCGGCCACAUCAAGAAGAAGAGGGUGGAAGCCAUUAGGGGACAGAUCUUGAGCAAGCUCAGGCUCACCAGCCCCCCUGAGCCAACGGUGAUGACCCACGUCCCCUAUCAGGUCCUGGCCCUUUACAACAGCACCCGGGAGCUGCUGGAGGAGAUGCAUGGGGAGAGGGAGGAAGGCUGCACCCAGGAAAACACCGAGUCGGAAUACUAUGCCAAAGAAAUCCAUAAAUUCGACAUGAUCCAGGGGCUGGCGGAGCACAACGAACUGGCUGUCUGCCCUAAAGGAAUUACCUCCAAGGUUUUCCGCUUCAAUGUGUCCUCAGUGGAGAAAAAUAGAACCAACCUAUUCCGAGCAGAAUUCCGGGUCUUGCGGGUGCCCAACCCCAGCUCUAAGCGGAAUGAGCAGAGGAUCGAGCUCUUCCAGAUCCUUCGGCCAGAUGAGCACAUUGCCAAACAGCGCUAUAUCGGUGGCAAGAAUCUGCCCACACGGGGCACUGCCGAGUGGCUGUCCUUUGAUGUCACUGACACUGUGCGUGAGUGGCUGUUGAGAAGAGAGUCCAACUUAGGUCUAGAAAUCAGCAUUCACUGUCCAUGUCACACCUUUCAGCCCAAUGGAGAUAUCCUGGAAAACAUUCACGAGGUGAUGGAAAUCAAAUUCAAAGGCGUGGACAAUGAGGAUGACCAUGGCCGUGGAGAUCUGGGGCGCCUCAAGAAGCAGAAGGAUCACCACAACCCUCAUCUAAUCCUCAUGAUGAUUCCCCCACACCGGCUCGACAACCCGGGCCAGGGGGGUCAGAGGAAGAAGCGGGCUUUGGACACCAAUUACUGCUUCCGGUGAGACUGGGCCCACAUGGGAACCAACAUCUACUGCCUGCCUACUGCCCAAUGGCUAGGUCAGGCCCCAGAGCCAAGCCACACUCAACAGAGGGUCCCUGAUGCUAUUCACAAACAUCUCCAGGAAGAAGACUGAAAAUCUCUCACAGAGAUUUUCUCUGUGAAAUCUCUUUCUGUUUUCCUGGGAGUCCCACUGUUUUUCCAUAGGCUAACUCUGGAAGGAGCUGGCUGAAGUAAAUGAGGAAAACUCUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-799.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -841.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 756.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((.(.((((((((.((..(.(((((((..((((.((.(.(((((..((((((((((((((((.(((.((((.((((((((((((((.((.......(((((((((((.((((((((.(((((.(((((((((((.(((.((((((((((....(((..((((((.((....)).))).))))))((((((.(((((...........................))))))))))).(((((..((((((..(((((.(((((..(.(..(((.((.((..((((..(((((((.(((((((((.((.((.(.((((((...(((.((((....)))).....((((....((..................))....))))..))).)))))).).))))...)))))))))..))))...)))..((....))..................(((((((...((.((((....))))))))))).))..))))..)).)).)))..))..)))))))))).)))))))))))(((........)))..))))))))))..)))..))))))))))).))))).))..))))))..)))))))))))....((((((((..((((((((((.((((((((.......))))).................................(((.((((....))))..)))))).)))))).)))).....................(((.....)))((((..............))))))))))))..........)).)))))))).))))))(((.(((.(((((((........)))))))...((((...........((((((((.....((((......(((.....))))))))))).)))).))))..(((.((.(((((..((....)).))))).)).)))(((((.((....)))))))......(((...(((((((((...))).)))))).))).))).)))))))))).))))(((.(((....))).)))..))))))))))))....)))))).)).))))...))))))).)..)).)))))))).).)))))).)))....(((((((((((((((....(((((...((((((((.((((..(((((((((.((((..((((.(.((((((.((((.(((.(.((........)))))).))))))..((((((((......((((....))))((((((..........))))))...(((....)))...)))))))).(((.((((((................)))))).)))...)))).).)))))))).)))))))))..))))((.(((.(((......((.((((((....((((...........))))..)))))).)).))).))))))))))))).........((((...((((((((...(((......))).)))(((((((((.............))))))))).(((((.......)))))....)))))...)))).(((((.((((((((.......((((..........)))).(((((......)))))((((((((.((((((((((....))))((((..((((((....(((((((((......(((((.....)))))..(((....)))..........)))))))))....)))).))..))))((((((......((.((......)).)).....)))))).(((.((((((((((.((((((.....(((..(((....))))))...........))))))...(((......)))...)))))))))).)))((....)).)))))).)).)))))))))))))))))))))))).)))))))))......((((((...(((((.((((....(((((.....((((((......)))))).)))))))))))))).(((((((...((((...))))...))))))).))))))..(((.(((....)))..))).........(((((((((..(((....))))))).)))))...))))))............((((((..(.(((.((....((((...((.((.((((((((((((..((.......(((((((((...)))))))))....))..))).))))))))))))).(((...((((((((.((.....)).))))))))..))).))))....)).))).)..))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((((({({({(((((({(({,(,(((((((,({((({(.((,({(((.(((((,(((((,(((((,({((({,,((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((((.(((((((((((.(((.((((((((((....{((,{((((((.((....)).))).)))}})|||{{{.|{{{{.................,,..,.....))))))))))}.(((({.,((((((..(((((.(((((..(.{..(((.((.((..((((..(((((((.(((((((((.,..{((({((,,,{||.|||,|{{({,{{||||..,{.((((....((..................))....)))).}).)))))))}}}...},...)))))))))..))))...)))..(({{...|..........}}},....({(((((..,{(,{((,...,)})))}))))).)}..))))..)).)).)))..})..)))))))))).))))))))))|(((........))),.})))))))))..))).,))))))))))}.))))).))..))))))..))))))))))).....{{...}}..)))))))))))).((((((.,....,))))))})))))))}}))........})).))))))),||..,((({{{{,,,)}))))}......{({,,.......}...,.,,.........(({.....)))..)))))))))).)))||,{{.,,|||}}...,.}||||,,|.}}}},}}}{{{,.......||}.(((((((........))))))}....,{{{,,{...,..}|||||,{,.....{|||},,,,.,||,},,,|||||||||||,,||}{((((({{,({((.,,,,,}}}|.,,}))})),||.|,,||{((((({((,..,||}|||}.{{{{|||{,,||{,|||{{,,,||||{{|||{|||||,|,.|}},,,|||||,||{,||||{{..,,.,({{(((({.,{{{||||,{},|||...))|.,,{{{{.,||,||||||{{{{||{|,|,},}}...,|||,,{{|,,{{{(((((((((((.(((((({.,(({,..,,..||,..||||}}|((({{((({(((.{,(((,{(,(((({{.((((.{{{.,.{{..,,,)..,)}))),)}}))},.,|||||||}}}...,|||...,)}))(({{||..,,....,,})))),...(({{,,,,,,..}))))))}}}|||,,,{,||}}}}},.}}}..)}}.}}))))})))..}))))})},)),.)))}}))))))))}}))},{{{(((.({{,..,.|{(,{((((({{..{,((...........}||,..}}}}|}.||,||{.(((((.((({{,{(,,,......})|))))).))))}...(({,..{{({...}))|,||||{({,,...,,......})))))),..,{{{{.......))))),,}.}}},.,}})))),||||{.||||||{,.,}}}}}||,....))}}}}.))),.||}}}.},.})))}})||||||||.{(((({{(((.,{.|,,|({{{..{,{{||,.|,{{{{|||||,|||..|{|{{....,|||||..(((....))).)},,,,},,}}))))))},},,)))},}},,|}}}((((((......((.((......)).)).....)))))).|||.((((((((((.{{{{({.....{{{..(((....)))})).......,,..}})))),{,{{.......}))...)))))))))).|}|{{,,..,}.}||}}|,||.|||||}}}}|}}},}}}}},)},,.,|}}}},}}},..,}|,,,{{...|||||.|,,{{{,,(((((.....((((((......)))))).)))))))))))}))}|||||||}},((((...)))}.,,))))}}}.|||}||.,(((,(((....)))..}}}.........(((((((({..(((....))))))).))))),})))}}})..}}},,.,|{.((((((..{.(((.((....{(({....,.{{,(((((((({(((..((,,.....(((((((((...)))))))))....}},,))}.))))))))))}},.{{{,,,{{((((((.((.....)).))))))))}.))),))))....)).))).}..)))))),.