Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330129.2
Sequence Length
2200 nt
GC Content
0.5123
AGUCCCUGACGUGUCGGGGAGGAGCCGGGCGCGGAGGUACGCUGAGUGGAGCUCGGGGCUGCGUAGGGGAGCUGAGCCGAGCGGCUGGGCGGGCCUGGCCGGGCCGGCGGAGGGGAGACGUCGGUUGAGCGGCGGCGAACAUGCGCUUUUGACACAUUGGAGGCUUUCUUGAUCAUGGAUGGUGAAGAUAUACCAGAUUUUUCAAGUUUAAAGGAGGAAACUGCUUAUUGGAAGGAACUUUCCUUGAAGUAUAAGCAAAGCUUCCAGGAAGCUCGGGAUGAGCUAGUUGAAUUCCAGGAAGGAAGCAGAGAAUUAGAAGCAGAGUUGGAGGCACAAUUAGUACAGGCUGAACAAAGAAAUAGAGACUUGCAGGCUGAUAACCAAAGACUGAAAUAUGAAGUGGAGGCAUUAAAGGAGAAGCUAGAGCAUCAAUAUGCACAGAGCUAUAAGCAGGUCUCAGUGUUAGAAGAUGAUUUAAGUCAGACUCGGGCCAUUAAGGAGCAGUUGCAUAAGUAUGUGAGAGAGCUGGAGCAGGCCAACGACGACCUGGAGCGAGCCAAAAGGGCAACAAUAGUUUCACUGGAAGACUUUGAACAAAGGCUAAACCAGGCCAUUGAACGAAAUGCAUUUUUAGAAAGUGAACUUGAUGAAAAGGAAUCUUUGUUGGUCUCUGUACAGAGGUUAAAGGAUGAAGCAAGAGAUUUAAGGCAAGAACUAGCAGUUCGGGAAAGACAACAGGAAGUAACUAGAAAGUCGGCUCCUAGCUCUCCAACUCUAGACUGUGAAAAGAUGGACUCCGCCGUCCAAGCAUCACUUUCUUUGCCAGCUACCCCUGUUGGCAAAGGAACGGAGAACACUUUUCCUUCACCGAAAGCUAUACCAAAUGGUUUUGGUACCAGUCCACUAACUCCCUCUGCUAGGAUAUCAGCACUAAACAUCGUGGGGGAUCUCUUACGGAAAGUAGGGGGCAGUAAACGGCUUUGACCCCGCUCCUCCUCCUCCUGGUCUGGGCUCCUCGCGUCCAUCGUCAGCGCCGGGUAUGCUGCCUCUCAGUGUGUGAGUGCCUAGCCUCCAGGUGGGGGCUCCUGCCCUCCUCCAACAACCCAGGACACCCACGCCUCACCCCUCGGUGCCUGGGCCCAGCCCCGUGCCCCUCCGUCUGCCUCCGCACGGCUGGCAGAGGGCAGGCUGCAUGCAGUGGCGGCUACUGGGCCCUGCCCAGCCCCGGAACUCUGCGCGAUAUCAAUACUGGCUAUUUUCUCUUCUCGCCGUAGUGCCGUUGGUUUCACAUGAUUGCACUUUUGUGGGUCGCAAGGUGAUACAUACGUGUAUUACUUGGUCACUGGAUGCAGAAGUACCCAUUCAUCACACCUGCCCCAUAGCCCCCACUCUGCUGUACUGAUAGGAUUUAGUUGUGUUUUAGGACAUUGCAAAUCUUCUAGAAGUUCUCCCCCAAAUCAGGUCAAUGUGUGCCCUCCUGAGCUCCCACCCAGGCAUCUCCAGUGCUCAUGAUCAUGUGUCCCCCAACUCCACCCCUCACAGUUUGGGCCUGUUUCUGGCAAAGAGUCAGGAAGGUUACUGAAUUAGGGAACAUUUUCUGCACCUUCUGAUUUUACUUAAGCAGCUACCAUUCCAUGGACUUGCCUCCCAGAGCAGCACAAUGCCCGUCUGAGCCCCACGUGGCAGGAGCCUCUGGGACGGGGCACACACAGGCCCAGCCUCUGUGCUGUCUCCUCCUCCGUGCGCCUCAGACUCGGGGUGAGGGAGGCGGGCAGCCUCUCGCCAGCCUUCCCGUCCUUCAGUUCAACGACAUCUUUGGAGUGUUUUUGUUUUCUCUUCCAAGGGCCGUCCCGUUGUGUUAGGAAGGGUGAGUGGCUGGUUCCAGGGUGGGCCGGUGCCAGCUCCGGGGUGGACUGAACAGCGGCGGCUGUCCCUGUGCAUCCUUUGAUUACUCUCAUGCUGCAUUUACUGUUUACAUUUGUUUUAUUGUACAUAGGUUUGUAAACAUUAUUGCCUGAGAUAUUUGUAUAUAACUUGGGCUUUGUAGCUUUUAUUUAUUCAGAACGCAUACGGCAUGUUAAUGACUCUGAUGGUGUCCUCCUCUGGGCAGCUGUAUAGGAUCAUCAUGUGGUUACAAAAAAUACUUCCCUCAAAAAAAUUCUUUUAAUGUGGAAACAAUAAAUUUCACAGAAAAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-752.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -794.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 433.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.((((((..((((.((((..((((((((((((.(.(((.(((((((((((((((((((.((((((((.(((((.((((..((((((((((....)))))((((((((((..(((..(((((.((((.(((......((((((...(((((((((((((......(((.(((((((.(((.((....(((((((............(((((((...(((((((...(((((....))))).....))))))).((((((...))))))..(((.((((........((((.....))))((.((..(((...(((((((..((((......(((((...(((((............(((((((((.((.......))................((((....))))........((((...((((....))))....))))....))))))))).......((((.((((....((..(((.(((((((((.....((((((.....(((...((.((((((((((((.(((.....((..((((......(((.....))).......((((((((......(((((.(((.(((((((...((((.(((......))))).((((((..(((....)))..)))))).....))...))))))).))).)))))......)).)))))).............(..(((((...)))))..)........))))..)).........))).))))).))))))))))))...)))))).....))))).).)))..)))...))))))))))((((((((((.......))))))))))(((.((((((...)))))))))(((.((((((((.....)))))))))))..))))).))))))))))))))))..))).)).)).(((....((((((((....))))))))....)))(((((((.........))).)))))))).)))))))))))))))))..)).)))))))))).)))((((.......))))))))).))))))))))))))...))).)).((.((((((....)))).)).))......(((((.((((...............))))))))))).))))).))).))))))))))))))))))).)))))(((((((((((((((((((.(((((((((...((((((...)))))).))(((....)))...............(((..............)))((((((((((..((.((((....((((((((....)))).)))).)))).))..))).)))))))...))))))).))))))..................)))))))............))))))...(((..(((((((.((.(((((....))))).))))))))).))).)))))))).((......))...))))).)))))...))))).)))).)))).)))))).))))))..(((.....)))......)))).)))).))).))).)))(((..(((((((.....))))))))))..........((((((.(((((.((.(((...((((..(.((((.((((((.((.......((((..(((...(((((((.....(((((((((((((.((((.(.(((....))).))))).((((((...(((.((((((.(((....(((((((...(((((.(.((((((......))))))).))))).))))))).....(((((((..(((.((((......(((((((.(((((((((...............)))))))))..)))..))))....)))).))).....)))))))...))).)))))).)))...))))))(((((.((.(.(((((....))))).)..)).)))))..(((......))).((((((.....((((((((..(((........)))......)))))))).....(((((((.(((......))).)))))))..)))))).........))))).))).....))))).....)).)))))..))))))).......)).)))))).)))))..))))...)))..)).)))))..))))))........(((((((..(((((((........)))))))....)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.(((.((((((..((((.((((..((((((((((((.(.(((.((((((((((((((,((((.((((((((.(((((.((((..(((({(((((....)))))((((((((((..(((..(((((.{{((.(((......((((((...(((((((((((((....,((((.(((((({{(((.((....(((((((............(((((({...(((((((...(((((....))))).....))))))).{{((((,.,}}||||,,{{{.||||..,,,,..,|||.,,..}},|{{.{{...,,...(((((((..((((......(((((...(((((............(((((((((.{{|{.....,,....,{{.......,.,{|{,.|||.,,......,.{(((.,.((((....})}}.|..)))}....))))))))).||||,.,..|,{{{{....}}},{{{,{((((((((.....((((((.....{{{..,((.((((((((((((.(((.....((..((((..,...(((.....)))..{,..,{((((..,.},}},}||||..(({.((((......)))).})}..||||.||{.((((((..(((....)))..)))))).(((((((((((.((({,(..((....))....)))).,}))}}}))))))....{..{{{{{.,,)}))),.,.....}..))))..)).........))).))))).))))))))))))...)))))).....))))).}.)})..))),..,,.}},,{((((((((((((.......))))))))))))|.(((((,...}))))),,.((((((((((((.....)))))))))))..))))).)))))))))))))))).,}},.)).}).{{{....{{((((((....})))}}}}...,)))(((((((......,,.,}).)))))))).)))))))))))))))))..)).)))))))))).)))}|{{........}).))))).))))))))))))))...))).)).((.((((((....)))).)).)).....,(((((.((((...............))))))))))}.))))).))).))))))))))})))))))).))))){(({({(((((((((((((.(((((((((,..{(((((...))))))}),{((,{{,{,((({({......,,..{{{............,,))))}}||||}}|.|}},||.,.,{{{{,(((,...)))}))}}|,{(((((((({....}))))))))).))))))).))))))..................)))))))....,,,.....}}}))},..((,.,(((((((.((.(((((....))))).))))))))},}},.)))})))),|,......)}...}}))}.)))}},,})))))}}})).)))).)))))).))))))..{,,.....}}}......)))).)))).))).))).))){{{.,(((((((.....))))))))}}.....,....((((((.(((((.((.(((...((((..{.((((.((((((.((,......((((..(((...(((((((..,,.(((((((((((({.((((.(.(((....))).))))).((((((...(((.((((((.(((..{.(((((({,,.(((((.(.((((((......))))))).))))).))))))).....(((((((,,(((.((((.,....(((((((.(((((((((.{............})))))))))..))}.,))))....)))).))).},,.)))))))...))).)))))).)))...))))))(((((.((.{.(((((....))))).,..)).)))))..{((......}}}.((((((.....((((((((..(((........)}).,,...)))))))).....(((((((.(((......))).)))))))..)))))).........,))))},)).....)))))},...)).)))))..)))))))......,)}.)))))).))))}..))))...)))..)).)))))..))))))........{{(((((..(((((((........)))))))....))))))}
Back