Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330220.3
Sequence Length
2714 nt
GC Content
0.5372
GUCUUGCGGGCUCCCUCGGGUACCGGCGCUGCCGCACCCCGCCGCGCUCCCGCACCCGCGGCCCGCCCACCGCGCCGCUCCCGCAUCUGCACCCGCAGCCCGGCGGCCUCCCGGCGGGAGCGAGCAGAUCCAGUCCGGCCCGCAGCGCAACUCGGUCCAGUCGGGGCGGCGGCUGCGGGCGCAGAGCGGAGAUGCAGCGGCUUGGGGCCACCCUGCUGUGCCUGCUGCUGGCGGCGGCGGUCCCCACGGCCCCCGCGCCCGCUCCGACGGCGACCUCGGCUCCAGUCAAGCCCGGCCCGGCUCUCAGCUACCCGCAGGAGGAGGCCACCCUCAAUGAGAUGUUCCGCGAGGUUGAGGAACUGAUGGAGGACACGCAGCACAAAUUGCGCAGCGCGGUGGAAGAGAUGGAGGCAGAAGAAGCUGCUGCUAAAGCAUCAUCAGAAGUGAACCUGGCAAACUUACCUCCCAGCUAUCACAAUGAGACCAACACAGACACGAAGGUUGGAAAUAAUACCAUCCAUGUGCACCGAGAAAUUCACAAGAUAACCAACAACCAGACUGGACAAAUGGUCUUUUCAGAGACAGUUAUCACAUCUGUGGGAGACGAAGAAGGCAGAAGGAGCCACGAGUGCAUCAUCGACGAGGACUGUGGGCCCAGCAUGUACUGCCAGUUUGCCAGCUUCCAGUACACCUGCCAGCCAUGCCGGGGCCAGAGGAUGCUCUGCACCCGGGACAGUGAGUGCUGUGGAGACCAGCUGUGUGUCUGGGGUCACUGCACCAAAAUGGCCACCAGGGGCAGCAAUGGGACCAUCUGUGACAACCAGAGGGACUGCCAGCCGGGGCUGUGCUGUGCCUUCCAGAGAGGCCUGCUGUUCCCUGUGUGCACACCCCUGCCCGUGGAGGGCGAGCUUUGCCAUGACCCCGCCAGCCGGCUUCUGGACCUCAUCACCUGGGAGCUAGAGCCUGAUGGAGCCUUGGACCGAUGCCCUUGUGCCAGUGGCCUCCUCUGCCAGCCCCACAGGCUCCCACGUUUAGAGCCUGGCUUUGUCCCAUCUCUCCCCAGCCACAGCCUGGUGUAUGUGUGCAAGCCGACCUUCGUGGGGAGCCGUGACCAAGAUGGGGAGAUCCUGCUGCCCAGAGAGGUCCCCGAUGAGUAUGAAGUUGGCAGCUUCAUGGAGGAGGUGCGCCAGGAGCUGGAGGACCUGGAGAGGAGCCUGACUGAAGAGAUGGCGCUGAGGGAGCCUGCGGCUGCCGCCGCUGCACUGCUGGGAGGGGAAGAGAUUUAGAUCUGGACCAGGCUGUGGGUAGAUGUGCAAUAGAAAUAGCUAAUUUAUUUCCCCAGGUGUGUGCUUUAGGCGUGGGCUGACCAGGCUUCUUCCUACAUCUUCUUCCCAGUAAGUUUCCCCUCUGGCUUGACAGCAUGAGGUGUUGUGCAUUUGUUCAGCUCCCCCAGGCUGUUCUCCAGGCUUCACAGUCUGGUGCUUGGGAGAGUCAGGCAGGGUUAAACUGCAGGAGCAGUUUGCCACCCCUGUCCAGAUUAUUGGCUGCUUUGCCUCUACCAGUUGGCAGACAGCCGUUUGUUCUACAUGGCUUUGAUAAUUGUUUGAGGGGAGGAGAUGGAAACAAUGUGGAGUCUCCCUCUGAUUGGUUUUGGGGAAAUGUGGAGAAGAGUGCCCUGCUUUGCAAACAUCAACCUGGCAAAAAUGCAACAAAUGAAUUUUCCACGCAGUUCUUUCCAUGGGCAUAGGUAAGCUGUGCCUUCAGCUGUUGCAGAUGAAAUGUUCUGUUCACCCUGCAUUACAUGUGUUUAUUCAUCCAGCAGUGUUGCUCAGCUCCUACCUCUGUGCCAGGGCAGCAUUUUCAUAUCCAAGAUCAAUUCCCUCUCUCAGCACAGCCUGGGGAGGGGGUCAUUGUUCUCCUCGUCCAUCAGGGAUCUCAGAGGCUCAGAGACUGCAAGCUGCUUGCCCAAGUCACACAGCUAGUGAAGACCAGAGCAGUUUCAUCUGGUUGUGACUCUAAGCUCAGUGCUCUCUCCACUACCCCACACCAGCCUUGGUGCCACCAAAAGUGCUCCCCAAAAGGAAGGAGAAUGGGAUUUUUCUUUUGAGGCAUGCACAUCUGGAAUUAAGGUCAAACUAAUUCUCACAUCCCUCUAAAAGUAAACUACUGUUAGGAACAGCAGUGUUCUCACAGUGUGGGGCAGCCGUCCUUCUAAUGAAGACAAUGAUAUUGACACUGUCCCUCUUUGGCAGUUGCAUUAGUAACUUUGAAAGGUAUAUGACUGAGCGUAGCAUACAGGUUAACCUGCAGAAACAGUACUUAGGUAAUUGUAGGGCGAGGAUUAUAAAUGAAAUUUGCAAAAUCACUUAGCAGCAACUGAAGACAAUUAUCAACCACGUGGAGAAAAUCAAACCGAGCAGGGCUGUGUGAAACAUGGUUGUAAUAUGCGACUGCGAACACUGAACUCUACGCCACUCCACAAAUGAUGUUUUCAGGUGUCAUGGACUGUUGCCACCAUGUAUUCAUCCAGAGUUCUUAAAGUUUAAAGUUGCACAUGAUUGUAUAAGCAUGCUUUCUUUGAGUUUUAAAUUAUGUAUAAACAUAAGUUGCAUUUAGAAAUCAAGCAUAAAUCACUUCAACUGCUCUUCUGUAGUUCUUGGAUUUCUUUUCCCUUUUGACUUUGAAUAAAUGUAAAAUCCUUUCAGCCAGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-993.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1045.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 672.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((....(((((.(.((.((.((.((.....)).)))).)).).))))).)))))))((((((((((((((((((.(((((.(((((((((..((.(((..(((((.(((.((((..(((...)))..((.....))....)))).))).)))))))).))))))))))).))))))))).))....)))))..(((....))).(((((((.((((((.((((.(((.((((.....)))).)))))))....((((.((...))))))(((((.(((((((......))))(((((((...(((.((((((((....)))).........))))))).)))))))....)))))))).....))))))......))))))))))))))(((((((((((((((((((.((((((.....))))......(((((((.((((((..((((.(((((..((((((...................((((((((((((.....((((.......((((((((............((((((......(((...))).......(((((....))))).))))))....(((.((((((.((.(..((((((.((((((((..(((((.(((((.(((((.((.(((.(((.((((((((((..((((....))))..)))))))...........))).))).))).))...(((((((.((((((...(((((..(((.((((.((.((((.((....(((((((..(((......(.(((.(((.((((((....(((......((((.((..((.(((((....((((.(((.((.(.(((.......)))).)).))))))).))))).))))))))))))))))).)))..))).)....)))..))))))))))))).)))))))))..)))))..)))))).)).))))).........)))))...)))))....)))))..)))).))))))))))((((....((((((.........))))))))))......).)))))))))))........)))))))))))).....))))))))))))(((......((((....((((.((......)).))))....)))))))))).)))((((((((...)))))))))))))))))..)))))).....((((.(((((((((.((((((.(((((.(((((..((((((((.((..(((((....))))).))(((((((((((((((((((........(((((.((.(((.(((((((((..((..........))..)))))....)))).).)).)).)))))((.(((.....))).)))))))))........))))))))).)))...))))).)))...(((((((...))))))).))))).)))))......)))))).)))))))))))))(((((((..(((((((...((((.(((((((.((((((((....))))))))....))))).)).))))...(((((.((((((..........)))))))))))((((.((((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....((...))...)))).)))))((((((((((((....(((((((((.(..(((((((((((((.............)))))...)).......(((((........)))))........(((((((((((((((.((.....(((((((..((((((((((..(((.......)))..)))).......)))))))))))))...)).)))))..)))))..))))))))))).).)))))))))))))))))))))(((((((.(((......))))))))))..(((((((..(((((((((.((..((.(((((..((((..(.(((((((((...)))))...)))).)..))))..)).))))).))((((.((.(((((..(((.((.....(((((((..............(((((((((....))))).(((.....)))((((((....))..))))..))))..(((.(((((((((.(((......((((((((.(......))))))).))))).)))).))))).))).((((((..((((((....)))))).)))))).(((((((..(((((((....))))...........))).)))))))(((((.(.((((((....)))))).).)))))......))))))))).)))..))))).)).))))....(((((((....)).))))).)))))))))..)).)))))...((((...........))))...))..)))))))))))))))).)))))).))))....))))))))))))))..((((((((.(((((((.(((((((..((((...(((((((................((((....((((((.((........)).)))).))....)))).))))))).....))))..))))))).)).....))))).)))).))))(((((.(((((((((((((....)))))......)))))))).)))))......)))))))....))))))))))..))))...))))))).....(((((...(((((...............))))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,..(((((({....(((((.(.(({((.((.{{.....)).)))),,}.).))))).)))))))((((((((((((((((((.(((((.(((((((((..{(.(({.((((((.(((.((((..{.....,,,.,|,.....,,,}..)))).))).)))))))),))))))))))).))))))))).),.,.})))))..(((....))).(((((((.((((((.((({{(((.(({(,....)))).))))}})|||{(({{.(|.,.||}}||(({({,{{,{{((.,,...}}||((({(({...{||.{|{|{{{|....}}}}.........|}}}}}}.)))))})}..,))))}))),....))))))......)))))))))))))){{((((({((((((((((,,(({(((.....))))......(((((((.((((((..((((.(((((..{,,.{{....,|....,........((((((((((((.....,,,,....{{{((((((({,{..........((((((......{{{,,.|||.....,.{((({....}})}}.))))))....(((.((((((,((,(..(((((,,((((((((..(((((.(((((.(((((.((.({(,(,{.((((((((((..(((,....,)))..))))))).,)),..)})}},|{|||.}||{||...,|||||{.|||||{{{{((,,{.||||.{,((,((,||{{.||}}},(((((((..(((..,,..(.(((.(((.((((((....(((......((((.((..((.(((((,.{,{(((,{(({({.,.({{.,.....))},.,)})))))))}))))),))))))))))))))))).)))..))).)..,,)))..)))))))}|||,|.||||||{||..||||,..,,)))).})})))))}...}}}}})))))...)))))....)))))..))))},))))))))),{{,...{((((((.........)))))))})),,,,,...}}))))))))}.....,.,)))))))))))},....))))))))))))(((..,,..{{((....((((.((......)).))))....))))))),,,..,,((((((({...}))))))))))))))))..)))))).,,,.((((.(((((((((.(((((({(((((,(((((.,{{,((((({((,,(((((,..,|||}}.||(({(((((({((((((((({,.,,.||{{(..{((.,,,.|||{|||||..{{..,....,,.}).,)}))}}}}))))}}}},})))}...,)||,{{|,,,,.}))}))))))))}..}}}},.))))})))),.,,...}||||.}||,..{,|||,,}}}),||||}||}}}},)}))),,....)))))).)))))))))))))(((((((..(((((((...((((.(((((((,((((((((....))))))))..,,))))),)}.)))}..,(((((.((((((..........))))))))))){(((.((((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....{(...})...)))))))))){((((((((((({...,((((((((.,..((((((({,{{{{...........,||}||,..|||.....,.{{{{{......,,)}}}}.,.....,(((((((((((((((.((.....(((((((..((((((((((..(((.......)))..)))).......)))))))))))))...)).)))))..))))}.,))))))))))).,.))))))))))))))))))))}(((((((((((......))))))))))},(((((((..(((((((((.,,.,((.({(((..((((..{.(((((((((...)))))...)))).|..}))).,))||}}}).,,{{{{,||.|{|||,,|||,,|.,,,.(((((((.,..,,,,,.....{{{{(((({....})))).(((.....)})(((({(....))..))))..,)))..,{|,(((((((((.(((......{(((((({,(......))))))),}}))).)))).))))).,}|.{(((((..((((((....)))))).)))))).(((((((..(((((((....))))...........))).))))))){((((.(.((((((....)))))).).))))}......))))))),},)))..}}}}}.}},)))}....(((((((....)),,)))).)))))))))..)),)))))...{(((........,,.))})...))..)))))))))))))))).)))))).}}}}....)))))))))))))),.((((((((.(((((,{,(((((((..((((...(((((((,{{{{.....,,,...{,||,...,,||||}((,{{.....}}.,})),)).,..}}}}.))))))).....))))..))))))).,,.....))))).)))).)))){((((.{((((((((((((....))))),.....}))))))}.))))}......)))))))....))))))))))..}))}.,,}}})}}}...,.,{{{|,,.{{{{{...,,.....,,...))))).}})),...
Back