Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330237.2
Sequence Length
4982 nt
GC Content
0.4167
GAGCACUCCGCAGCUGGGUGCGCACGGGAGCCUCAACCGCGGCGCGUGGAGGCAGUACCAGAGCGCGCGGCGCGCAGUCGGCCGGCAGCCGCGGGACAGCCUUGGCAGAACAGCCGCGGCGGGAGCCCCGCAGCCCCGGGCUGGGCCCGCGUCCCGGAGCGCCACCGGAGAGCGAGGACGACGUGGAGGCGGAGUGGCGCCCGGCGAGGUAGCGCCAGGCGAGCUGGAGACCAUGGCCAAAAUGGAGGUGAAAACCUCACUUCUGGACAAUAUGAUUGGAGUUGGGGAUAUGGUUCUUUUAGAACCUCUCAAUGAGGAGACCUUCAUCAACAACCUCAAGAAGCGCUUUGACCACAGUGAAAUAUACACAUACAUUGGAAGUGUGGUUAUAUCUGUUAACCCAUACCGGUCUUUACCCAUUUAUUCACCAGAGAAAGUGGAAGAAUACAGGAACAGAAAUUUUUAUGAACUGAGCCCUCACAUCUUUGCCCUUUCGGAUGAAGCAUACAGAUCCCUACGAGAUCAAGAUAAGGACCAAUGUAUUCUCAUUACUGGGGAAAGUGGAGCAGGAAAAACAGAGGCCAGUAAGCUUGUCAUGUCCUAUGUGGCAGCUGUUUGUGGAAAAGGAGCAGAAGUUAAUCAAGUUAAAGAACAGCUUUUACAGUCCAACCCGGUCCUGGAAGCUUUUGGAAAUGCCAAAACUGUAAGGAAUGACAACUCCUCUAGAUUUGGCAAAUAUAUGGAUAUUGAAUUUGACUUUAAAGGCGAUCCACUAGGAGGAGUAAUAAGUAACUAUCUUUUAGAGAAAUCUCGGGUUGUUAAACAGCCAAGAGGUGAAAGAAACUUCCAUGUGUUCUAUCAGCUGCUCUCUGGUGCCUCUGAAGAGCUCCUCAAUAAACUUAAGCUUGAGAGGGAUUUCAGCAGGUAUAACUACCUGAGUCUGGAUUCGGCCAAAGUGAAUGGAGUGGAUGAUGCAGCAAAUUUUAGAACCGUGCGGAAUGCCAUGCAGAUUGUGGGCUUUAUGGAUCAUGAAGCUGAGUCUGUCUUGGCGGUGGUGGCAGCAGUGUUGAAACUGGGGAACAUUGAGUUCAAGCCCGAAUCUCGAGUGAAUGGUCUAGAUGAAAGCAAAAUCAAAGAUAAAAAUGAGUUAAAAGAAAUUUGUGAAUUGACCGGCAUUGAUCAAUCAGUUCUAGAACGAGCAUUCAGUUUCCGAACAGUUGAGGCCAAACAGGAGAAAGUUUCAACUACACUGAAUGUGGCUCAGGCUUAUUAUGCCCGUGAUGCUCUGGCUAAAAACCUCUACAGCAGGUUGUUUUCAUGGUUGGUAAAUCGAAUCAAUGAAAGCAUUAAGGCACAAACAAAAGUGAGAAAGAAGGUCAUGGGUGUUCUGGACAUUUAUGGCUUUGAGAUUUUCGAGGACAACAGCUUUGAGCAGUUCAUUAUUAAUUAUUGUAACGAAAAGCUGCAACAAAUCUUCAUUGAACUUACUCUUAAAGAAGAGCAGGAGGAGUAUAUACGGGAGGAUAUAGAAUGGACUCACAUUGACUACUUCAAUAAUGCUAUCAUUUGUGACCUAAUAGAAAAUAACACAAAUGGAAUCCUGGCCAUGCUGGAUGAAGAGUGCCUCAGACCUGGCACAGUCACUGAUGAGACCUUCUUAGAAAAGCUGAACCAAGUAUGUGCCACCCACCAGCAUUUUGAGAGCAGGAUGAGCAAGUGCUCUCGGUUCCUCAAUGACACGUCUCUGCCUCACAGCUGCUUCAGGAUCCAGCAUUAUGCUGGAAAGGUGCUGUACCAGGUGGAAGGAUUCGUUGACAAAAACAAUGACCUUCUCUAUCGAGACCUGUCCCAAGCCAUGUGGAAGGCCAGCCAUGCCCUCAUCAAGUCUUUGUUCCCCGAAGGGAAUCCCGCCAAGAUCAACCUGAAAAGGCCUCCUACAGCAGGCUCACAGUUCAAGGCAUCCGUGGCCACUCUGAUGAAAAACCUACAGACCAAGAACCCAAACUAUAUUAGGUGUAUCAAACCGAAUGAUAAAAAAGCAGCACACAUCUUCAACGAGGCUCUAGUGUGUCAUCAGAUCAGGUACCUGGGGCUUUUGGAGAACGUCCGAGUGCGGAGGGCAGGCUACGCCUUCAGGCAGGCCUAUGAACCUUGCCUAGAAAGAUACAAAAUGCUUUGUAAACAAACAUGGCCUCAUUGGAAAGGACCAGCCAGGUCUGGUGUGGAGGUCCUAUUUAAUGAAUUAGAAAUUCCCGUGGAAGAAUACUCCUUUGGUAGAUCAAAGAUAUUCAUCCGAAACCCAAGAACAUUAUUCAAAUUAGAAGACCUGAGGAAGCAACGCCUGGAGGACUUGGCCACUCUCAUUCAGAAGAUAUAUCGGGGGUGGAAAUGCCGCACACACUUCCUGCUAAUGAAAAAAAGCCAAAUUGUGAUUGCCGCCUGGUACAGGAGAUAUGCGCAACAAAAGAGGUACCAGCAGACAAAGAGUUCCGCCUUAGUAAUUCAGUCUUAUAUCCGGGGUUGGAAGGCUCGAAAAAUUCUGCGGGAACUGAAGCAUCAAAAGCGCUGUAAGGAAGCAGUCACGACCAUUGCUGCAUAUUGGCAUGGGACCCAGGCUCGAAGGGAAUUGAAACGCUUGAAGGAGGAGGCUAGGCGUAAGCAUGCAGUUGCUGUCAUUUGGGCUUACUGGCUUGGACUGAAGGUACGUAGAGAAUACAGGAAAUUCUUCAGAGCCAAUGCUGGAAAGAAAAUCUAUGAGUUUACGCUUCAGAGAAUUGUGCAAAAAUACUUCUUGGAAAUGAAAAAUAAGAUGCCUUCCUUAUCUCCAAUAGACAAGAAUUGGCCCUCAAGACCUUACUUAUUCUUGGAUUCUACUCACAAGGAGCUAAAAAGGAUUUUCCACUUGUGGAGGUGUAAAAAAUACAGGGACCAAUUCACAGACCAGCAGAAACUUAUUUAUGAAGAGAAACUAGAAGCCAGUGAACUCUUCAAAGACAAGAAGGCUUUAUACCCAUCUAGUGUUGGGCAACCAUUCCAAGGGGCUUACCUGGAAAUCAACAAGAACCCCAAGUAUAAGAAACUCAAAGAUGCCAUUGAAGAAAAGAUCAUCAUUGCUGAAGUCGUGAACAAAAUUAACCGUGCUAAUGGGAAGAGUACAUCUCGGAUUUUCCUCUUAACAAACAAUAAUCUCCUUCUUGCUGACCAAAAGUCUGGACAAAUCAAGUCAGAGGUUCCAUUGGUGGAUGUGACCAAGGUAUCAAUGAGCUCACAAAAUGAUGGCUUCUUCGCCGUCCACCUCAAAGAGGGCUCAGAAGCAGCUAGUAAAGGAGACUUUCUCUUCAGCAGUGAUCACCUGAUUGAAAUGGCCACCAAGCUCUAUCGCACAACUCUCAGCCAAACCAAACAGAAGCUCAAUAUUGAGAUUUCCGAUGAGUUCCUGGUACAGUUCAGACAGGACAAAGUAUGUGUGAAGUUUAUUCAGGGAAACCAGAAAAAUGGGAGUGUCCCAACAUGUAAACGAAAAAACAACCGUCUCCUUGAAGUUGCUGUCCCUUAACUGGCGCCUCCUCUCUACUUUCAUGGACUUGUUCCUUUGUAAUAGUGCAAUUUGGUUUUGUUUUAUUUGGGGUUCAUUGUAUGUUUGGGAAUCACCAAAGGCUUUUAGAGUUCUUUGGCAAAAUAAAAAUAUUUGACUAAUCAAUUUUUAUUAUUGGAAUAGUUUUAACCUUUCAAAUACAUGUUCUGUCCUGGAGCAGGAUUGUAGAAACUAACAGUGUCUAUUUUCAUGUCUGAUGUGUUCUUCCUUUAGUCAUCAUGUUAGGUCUGUGUACCCUAAAUCAGCAUAUUACUCAUAAAUCAUUAAUUAAUAUAAGCAUAGGAAAUGGUCUUAAAAGAUACUGCAUUCAUUCAUCAGAUAUUUAUUCCAUGCCUACUCUAUGCUAGGCACUGUGCUAGAUGGUAUGAAAACUUAUUAGGAACCUUUUUGUUUUUGAGACCAUUGCAUUCUGGCUGGUUUGUGCUGGUUUAACGACAUCUAAGAAGGUUUAGAAAUGGUGAGACCAAAACAAUAACUGUUAAUGAUGGACAGCAUUAUUAGGAACCCUGUAGUAUGAUAUUUAACAAUAUAGGCUUCAAGAAGGGCUGGUCCUAAGAGGGGGCAGAAAUGAAUGACCAGGUUAAAUCCCUCUACAUGUGGUUUCUGUUUGAAAAAAAGAAAACUGACAUUUGAACAGGACUUUUAAUUUGUUUAAAACUCUGGUAAUUACUUGUAACAGUAGAAAAUAGAAGUCAUUCUUAUUUUAGAAAAAGUGACAGAAGCAGUCCAGUAAGAUUAUAUGUUUCUGUUUCUGGUAAAUACCAUAUAUGAUCCUCGAAAUGAUAAUAUCUCCAGAAUAUUGUUUUCACCCAAAUUUGAGUAGAUAUUUUAAACACCUAACAAAGUAAAGGGCUAAAAGCCAUUCAGAUAGCAGUAAAACAUUCUGUAUGAUGUGCAAUAAAACAUCCAAGAUCUUUUUUGAAAGUUUUAUUUAUAAUAUACAUUUUUGUAUGAGAAAGGUGAUUGGUACAGGGUGCCUAUUUUAGUCAUGGAUCAAAAUUUGUGUAACUUGCAGGGCUUUCUUUCUUUUUCUUCAAAUUUACAAGGGUUCAUUUUGGAAACUACAUUUUAAACUUUGGAAUCAAAUUGUUUCUUAUUUGGGAGGAUAAUGUAUAUACAUUGGUAUUAUGUUAAAUAAUAAAAUUGUUCUAAUUUGGUGCCAUUUCCUGAAUCACAACUGUAUUUUUGUAUCUCAAGCUAUUUUCAUAUGUUGUGUGUCAAUGUAUCAUCUCUCAGAAAGGUUUUACAAUCCAAACAUUAUAUGUUCUCUGUGUAACUGAAUUUCACUUAUCUUUUAUAAACCAGAAACAUUAAUUGAAAAUAUUUUCUGGGGAUUUUCUCUUGACUUGUAUUUUUAAAAAUUGCUCACAUAAAGAAGUUCUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1385.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1477.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1544.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...(((((((((.(((....(((((..(((((.(((.(((........)))..))))))))((((..(((((((..(((((.((((........(((......)))((.(((((...))))).)))))))))))))))(((.((((((.......)))).)))))..)))..)))))))))...))))))))))))..)).)).(((((((((((.(((((((((..(((.((..(((((....)))))..)).)))........(((((((.((((((...((((((...))))))((((......))))(((((.((((.....((((....(.((((((((((((....(((((..(((((.......)))))..)))))))))...(((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((((...............((((.((((((.((.((((.(((.....(((((.(.(((((..(((.(((........).)).)))....))))).))))))...))).))))))))).............))))))).((((.(((((((...)))))))))))((((.(.....).))))(((((((..((........))..)))))))...(.((.....)).).((((.(((((((((..(((((((.(((..((((........)))).))).)))))))(((((....))))).........)))))))))..))))(((((((((((........))).))))))))....(((((.((((((...))))))..))))).........)))).)))))))).)).)))..)))))))))(((((...(((((..............))))).)))))((.(((((((((((....))))))...))))).))......))))))))).)))))..(((((((((...........((((((...((((.(((((((...(((((((((...))))))))).)))))))..))))((((((((((.((((......))))..((((.....))))...(((((((((((((((((((.(((((((((........)))..(((((...((((((........(((..(((((((..((......))..)))))))..)))...(((((((((........(((((((((.............)))))))))..)))))))))))))))...)))))(((((((((((..(((..((...(((((.......)))))((((((((((((.(.....).)))).)))))))).......(((........)))))..)))..))))))))))))))))))))))))....)))))))..))).))....(((((((..(((((((.((((........)))).))...))))).....((((((.(((....(((((((.............)))))))....)))))))))..((((.((.((((((.(((((.((((...........((((((((................))))))))..((((.(((...))))))))))).(((((........)))))))))).)).)))).))))))....)))))))...........))))).)))))..(((((((....)))))))..(((((.((((.(((((((((..((((.(((((.((((.(((((..(((.....(((((((...))))))))))..)))))...))))((((((..((((((.......)))))))))))).....))))).))))....(((((((.((((((.((((.(((((((...........((((((....))))))...((((.(((...((((((..(((((........))))).....))).))).)))..))))(((((.((((....(((((.......................))))).(((((.......)))))...............((((((..((((((((((.(((((.........))))))))))))))))))))).)))).)))))..)))))))))))..))))))(((((((........)).))))).......((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((..(((.(.....).))).)))))).))))))))..............((((.(((((...(((((......))))).))))).))))................(((......)))....))))))......))).)))).))))).((((((((................)))))))).....)))))).........(((..........)))....((((((((((..(((..((((((....((((...........(((.((.(((((....((((((((((((.(..((........))..).)))).))))..)))).......))))).)).)))...))))......).))))))))..))))))))))...)))))))))))))).))))).....)).)))))).)..)))).....)))).)))))((((..(((((((((...((.......((.(((.(((....(((((....(((((((..((((.....))).).....))))))))))))..))).))).)).......)).)))))))))((.(((((.(((......))).))))).))...............)))))))))).)))))))......(((((((((((.....((((.....((((((((......)).))))))......))))...(((((....)))))((((.....)))))))).)))))))...(((((((.........(((.(((((.....((((((..(((((...(((.((((((((((((((.((((((((.(((((((..(((....)))(((((.((......)))))))....((((((((((((((((...(((((.((((..(((((.(((.((.....)).))).))...((((((((((...........((((((..((((.(((.....)))......(((((((..........((((((...((((.((.(((......))).))...))))...)))))).....(((((((((((..(((.(((((.((......))...))))).)))..))).))))))))...)))))))......(((((((....((((((((......((((((((.......))).)))))..(((......)))...((((((((((....(((((((((....((((((((....)))).))))...)).)))..))))...((((.....))))..))).))))))).((((((...((((..(((......))).....)))).....))))))............))))))))..))))))).)))).....))))))............))))).)))))................))).)))))))))....)))))))))))).))))..............((((((((((...))).)))))))((((((((((((...(((....)))))))))))).)))...(((((((...........((((.(((((((......))))))))))))))))))(((((((((......(((..(((((((((.....(((((....((((.......))))....)))))..)))))))))..)))..................((((((((....(((......((((((((.((......))))).))))).......)))...))))))))))))))))))))))))))))))))..((....))...))))))))))))))))).)))))..)))))).....((((..((((((.((.(..((((((....))))))..).)).))))))..))))....(.(((((((((.....))))))))).)..((((((................))))))))))).)))..)))))))...(((((((...((..((......))..))...)))))))....))))))))))))))..................((((((((((........))))))))))..))))))...((((......))))(((((((.((((((((((......))))..((.(((((((((((((......)))....)))))))))).))(((....)))..................((.((.((((((((((...((((((((.....((((((((...((((((...........))))))...((((...))))))))))))....(((((((.(((((...(((((((((((((((...(((((....)))))...))))))).......((((((....(((((((((.(((....(((((((((.((((.....((((((((((....)))))))..)))....)))).))))............(((..((((.(((((((....(((((.((((((.....((((.((((.((........)))))).))))...)))))).......((((((((.((((((((((...)))))).)))).))))))))))))))))))).)...))))..))))))))....))).)))))))))...))))))...)))).))))...)))))..))))))).........((((.(((((.(((((((((..((..........))..)))))...)))))))))))))))))))))..)))))))))).)).)).)))))).)))))))......)))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{{{((,(((({((((,,,{{..,{{{{{..|{(({{({{|({{,|{,.,{,||,,,||||||{|||{||{{{||||{{||.(({(((((.,.(((,((((......)))|,|||{{{...}}}}|.||,}}|))))).}}}}|}}|||||{.||||{,{({{.{{{((,{{{{..||||{,{{|,,.}||}||||}||{{.,,...}}||,|}}}.{||{{..,||{{{{({,....{(((((,,..}}}))}}}}}}||.|.....,,{{{{,{{((((((,..((((((...}))))){{{,..,||||,,,.||||,},..,.||||},,..,{({((((((((,((({{..,,,..,.{,,.|,,,,...|||||{{||,..,,,,}}}}}}}},},))}}(((((((((((((((((((((((.(((,({((((((((((({.,,...,,,,.....((((.((((((.((.((((.(((.....(((({,(.(((((..(((.({(........).}}.)))....))))).))))))...))).))))))))).............))))))).{(({{(((((({...})))))))))|{{{{.{,,...},}}))|{{{{{{..{{...,,...}}..|||||||.,,{,||.....)).,,||||}|||{||{,,..(((((((.(((..((((........)))).))).))))))).,,,,.,{{||,||{..{{{{..,,)))),,),,))))(((((((((((........))).))))))))....(((((.((((((...))))))..)))))...,....,)))).)))))))).)).}))..)))))))))(((((.,.{{(((..............})))).)))))((.(((((((((((....))))))...))))).))......})))))))).))))}{((,(((((...........{{,,,,||..,((((.((((((,.,.(((((((((...))))))))).)))))))..))))|((((,(((((,,(((((,..,.{(((((((..{({(((({,.{{{(((((((((((((((,{(((((({({........}}}..{((({...((((((........{((..(((((((..({......})..)))))))..))}...(((((((((........(((((((((.............)))))))))..)))))))))})))))...))))){((((((((((..(((..((...{((((,....,.))))|((((((((((((.(.....).)))),,))))))),......(((........)))))..)))..))))))))))})))))))))))}}.,},))))))),}}}|.||.,..{(({(((,.(((((((.{(({.....,.,)))).}},,}))))}.....,,{{,,.|||}}}}||(((((....,}},|,.{{,||,|||{{{{||{|}||,,..((((.((.((((((.(((((.((((,.........,((((((((................)))))))),.{(((.(((...))))))))))).(((((........)))))))))).)).)))).)))))).......,)),..))..))})))))},,)),}}.,|.,,,{({{{{{{.,,.,..,...}))))))|)}}}|}}}.,||||},,,,}}||||}}}.}|}}|,|}}...(((((({...})))))),}))))))}}.,,)}))|(((((..((((((.......)))))))))))}||.,,|||,|{||||||,.(((((((,((((((.((((.(((((((......,,.,,|{(({(,,..)))}}),,,(({{.{{{...((((({..(((((......}.))))).....)))}})).})).,)))){{(((,((((....((((,,,,.,,.,,...,..........}}))).{({{{..,,.,,|}}}}.....,..,,.....((((((,.{(((((((((.(((((.........))))))))))))))))))))).}}}|.}}})},,))))))))))}..))))))(((((((........))}})))).......{((({,....}))))}.....)))}))).((((((((.((((((..(((.{.....}.))).)))))).)))))))).......,{{{,,.{(((.(((((...(((((,....,))))).))))).)))}........,.......|||....,,|},...|}}|||,......|||{{|,|{,|}|}.((((((((.,,,............))))))))....,)),,,.....||||{((({{{{......{{|....((((((((((..(((..(((((,....{(((...........(((.((.(((((....((((((((((((.{..{,........,,..}.))))}})))..)))).......))))).)).)))...))}}......}.))))))))..))))))))))...,}))).,,)))))))}})))).,}))))))}}.))),.,,....,}|||,..}},,)))))},}|))),,}}}},}}}})))}}||}|||||{{,,.,{|||||||.|||{{{|,.{(({,....}}}.|....,}}|}}}}|||}},.)))}),}}}},.,|,{{{{{{,,||,||{{,.((((,.,{({{{{{{|||{|{{|{({{..,,....,{{{{..,.,.,,))))},},,,........(((((((((((...,.((((.....((((((({......}}.))))))......}))).,|{{{({,,,.}))))|{({.....,}}})))).)))))))..(((((((((.(((((................((((((,.(((((...(({{((((((((((((((.(((((({(((((((((..(((....))){((({{((......))))))}....((((((((((((((((.,,{((((.((((..{(({((({..,,.,{{.,,{{{{{{{{{{(((,,{,{{,.........{{((,.,,}}||,,,(((.....}}}{{{...}}),.,,..........,,((((,,,(({(,((.({,....,,|||,|,...}}}),,,))|||}{{.,,(((((((((((..{((.(((({.({.,....,,...})))).))}..)))}})))))}}....,||||||}},..,{||||,,}..|||||||{.....||||||||}}}},..{||{.||{{|.|||{{{...{((((.((((...{{.({{{{{............,,,|{,,,....))))},)),)))))))))..)))).}}.|}}},.}})),,...,,.}}},}}}||{,,,{{{.(({{..||,,.....|||{,...)))),...,|,,.||,,....|||...}}|}}}}}|||||}|}}||}|}....,}))})).,,......,,,}}))}))))))}}}.,)))}}..,,))))).))))))))).,,.)))))))))))).)))).,|,{{{{......((((((((((...)))}})))))){{{(((((((({..,(((....}))))))))))).}}}{,,{{{{{,,.....}}},,.||{,.(((((((,,,|..})))))),}}}}}}}},,(((((((((,.....(((..((((((((,.....,,{{{....{{{,,,,{{.,,|}}...,}}}},..})))))}}}..}}}.,................{(((((((....(({...,,.{(((((((.{{......})))).))))).,,....)))...})))))))))))))))))))))))))))))))..{{....})...))))))))))))))))).))))),.)))))),,))))).))))))))}.......|||||}},{{{|||||{,{{|{...||||{{{{{.....}}|{({(({{(,.,.,}}))}}}},(((,((((((...{,,..........)))))).})),,||||||}}|||||,.{((((((...,{..((......))..}}...)))))))..{{({{(((((({{(({,,.,,,||||,,}}.,,,|{{|{{{||{,.,,,,,,}}}}})))}}.,||||}}..,{(({......)))}|{{{{|||{{||{{|||{......}}},..{(.((((((((((({{......}}}....)))))))))).)}(((....))),....{{{{{{..,,...{(,{({(((({{{(({,,{(({{{{{{..,,,{||||{|,,|}}}||,,,..,,{{{......,,...,((({...)))),}}|}}|}.,,,{{,,,,{.{||||,.,{{((((,((((((((.,.(((((....))))).,.)))))))},,,..{(((((....||||||{,,{|||||...(((((,,,}}||},,,,...,|||||||}}}..},}}}}}},.}}}},}))))}.}}}}}}}},,},}}}}||},}|||,}|||||..,|||||||,,,,|}|}}},,,,{||||||,,,,,|}||||,,}||||}}}}}}|{{(({....}}}}|{{(((((,{{{{{|||||...}))))).)))),))))))))}))}}))))}}......)))})))))))))}},}))),,,))))))}}}}}}},||||,,}}}.,|||,{,|||||{,|||||}|{,,......,,{{.(((((.(((({(({{.,((,.........,,.,)))},.,,))))))))),}}}))))))},,})))))))))).,},,,,))))}},)))))))......))))).............,,.....
Back