Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330466.2
Sequence Length
3342 nt
GC Content
0.5838
GCACCCGGACUGGCGGCUUCGCUGGCGCAAGGUCGGUCCGGCGGCCAGGGACCUGGAAGGCUGCGAGGCCCUGCGAGGUCGAGGUUCGGAGUUUGCUGGUCCCAGGCCCGGCCCGAGGUAAGAAAGAGCCGCCUCCCCGCACGGCCGGAGGACCCGGGCGCCCCGAGUUCGACUUCUCAGCCUCCGUCCGGACGGGAAACGGAGCACGGAGAUGUUCCUGAGGUCUCUUUCCUGGGAAGCGCAGCCCCGAUUUCCCGCCCCUGUCCCUUAGCAGGUCGGCGACCAUCCGAGCGCUGGGCAUCGGCCCACGCGUACAGAAGGCGCUCAAUAAAUGCUCACUAGUGAAUCAGUAAAAUAAAUCGGCAGCAAAGAGAGACGAGACGCAUGCUGAUCUUCAGGUGUUGGGGACAUCAGGGACGCGAACAUUUAUUGAGCUCUUAUUGUAUACCGCGUCGGCCAGCAUUUGUGUCCAUUUCACACAUGAGGAAUAAGAGGCCCAGAGAGGUGAAGUGACUUCCUUAAGGCCACACAGAUAGUAAGUGGCCGAGACGAAUUUGAAACCAGGGGUGUCCUGUUUGAACUUGGUGCCAAAUAGAGUAACUCGGACUCCAGUUGGAGGGGUUCGGGAGAACCAUAGAAGAGGAAGGGCCGUGUCUUCCGUGGACAGGCCACCGGAGCCGCCAGCUGUUUGGAACUGAGCUACUGCAGAAAGGGAAGUGGAGAGUAAGGGCCAGGCCCCGUGGGGGCAGAUGGCCGGCAGAAGGCUGAAUCUGCGCUGGGCACUGAGUGUGCUUUGUGUGCUGCUAAUGGCGGAGACAGUGUCUGGGACUAGGGGCUCGUCUACAGGAGCUCACAUUAGCCCCCAGUUUCCAGCUUCAGGUGUGAACCAGACCCCCGUGGUAGACUGCCGCAAGGUGUGUGGCCUGAAUGUCUCUGACCGCUGUGACUUCAUCCGGACCAACCCUGACUGCCACAGUGAUGGGGGGUACCUGGACUACCUGGAAGGCAUCUUCUGCCACUUCCCUCCCAGCCUCCUCCCUCUGGCUGUCACUCUCUACGUUUCCUGGCUGCUCUACCUGUUUCUGAUUCUGGGAGUCACCGCAGCCAAGUUUUUCUGCCCCAACUUGUCGGCCAUUUCUACCACACUGAAGCUCUCCCACAACGUGGCAGGCGUCACCUUCCUGGCAUUUGGGAAUGGUGCACCUGACAUCUUCAGUGCCCUGGUGGCCUUCUCUGACCCGCACACAGCCGGCCUGGCCCUUGGGGCACUGUUUGGUUACCUGGGCUUGUAUGUGUUCUAUGUGGUCACUGUGAUUCUCUGCACCUGGAUCUACCAACGGCAACGGAGAGGAUCUCUGUUCUGCCCCAUGCCAGUUACUCCAGAGAUCCUCUCAGACUCCGAGGAGGACCGGGUAUCUUCUAAUACCAACAGCUAUGACUACGGUGAUGAGUACCGGCCGCUGUUCUUCUACCAGGAGACCACGGCUCAGAUCCUGGUCCGGGCCCUCAAUCCCCUGGAUUACAUGAAGUGGAGAAGGAAAUCAGCAUACUGGAAAGCCCUCAAGGUGUUCAAGCUGCCUGUGGAGUUCCUGCUGCUCCUCACAGUCCCCGUCGUGGACCCGGACAAGGAUGACCAGAACUGGAAACGGCCCCUCAACUGUCUGCAUCUGGUUAUCAGCCCCCUGGUUGUGGUCCUGACCCUGCAGUCGGGGACCUAUGGUGUCUAUGAGAUAGGCGGCCUCGUUCCCGUCUGGGUCGUGGUGGUGAUCGCAGGCACAGCCUUGGCUUCAGUGACCUUUUUUGCCACAUCUGACAGCCAGCCCCCCAGGCUUCACUGGCUCUUUGCUUUCCUGGGCUUUCUGACCAGCGCCCUGUGGAUCAACGCGGCCGCCACAGAGGUGGUGAACAUCUUGCGGUCCCUGGGUGUGGUCUUCCGGCUGAGCAACACUGUGCUGGGGCUCACGCUGCUGGCCUGGGGGAACAGCAUUGGAGAUGCCUUCUCGGAUUUCACACUGGCUCGCCAGGGCUACCCACGGAUGGCGUUCUCCGCCUGCUUUGGCGGCAUCAUCUUCAACAUCCUCGUGGGUGUGGGGCUGGGCUGCCUGCUCCAGAUCUCCCGAAGCCACACAGAAGUGAAGCUGGAGCCAGACGGACUGCUGGUGUGGGUCCUGGCAGGCGCCCUGGGGCUCAGCCUCGUCUUCUCCCUGGUCUCAGUCCCAUUGCAGUGCUUCCAGCUCAGCAGAGUCUAUGGCUUCUGCCUGCUCCUCUUCUACCUGAACUUCCUUGUCGUGGCCCUCCUCACUGAAUUUGGAGUGAUUCACCUGAAAAGCAUGUGACUGAAGCCGCUUAGUGCUGUGGCCUCACUGCAGGCAGGAGCCCCGCCCCUCCUGCCGGGGGAGGCCCAGGGACCGGAGCAUUUCUGCAAGGCCCUUGUGGGCACGAGAGUGCGGCCCUUGCUGCUGGAGAUCUGAGGUCACUGCUGUGAGCUGGGAGAACUGCUGUGUACCUCUUGCUGCCAGCACCCAACAGCCUUGCCGUGGGGACCUUGGAAACCUGGCUUUGCUCUGGACAAAGGGUUCCAGAGAGAAGCUAGAAGUCCCCCUUGAAUGACCCCCAGAGCCCCUCUGAGAAGGGCUGGAGUUUGGGGGAAGGGGAUGGCUGGAUGUGCUCCAGGCCAUGCUGGAGGUACCCCCGAGGCACAGGCACUGCCCGUUCCCCUUGCCUGGGCUUCAGGCCUUCUGGCACCUUCUCAGGACACAAGUGGCUGCCCAACCCUGACUCAGAGAAUGAGGGUGGCUUGGACCCCUGGGAAUCAGGCCGCCGAGGGCUGAGCUCCAGAGCCGCACCAUCUGCCACAAACAGAAUUCGAGACAUACUUAAUUUUGAAUUUCUCCUUGCCACGUUAAUAAAGCCAAAAGCAGCGGGUGCUAUUCGUGGCAACACACUUCACUGAACCCACUUGCUUCCAAAACGAUGCCAGCCCGAGGCACUGCUACGCCAGCAGCUGCCACAUGGGAUGGUGGCUCAGGCGCUCCCUCCAGGAUUCUGCCCCUGCCUGUCCACAGACUCCUUUGUGCUGGAACCUGGGCUCCUCCAGCUGCCAGGCAGGAGUCGGUAGGACUGUGCCUGUGCCUCCCUCAGCGGGGCCCUGGGCGGGGUUCCAAGGCCUGCGAGCUGGGAAAGGACAGAUGAGGGGACCUCGUGCCUUCUUGCUGUCAUGCAAUGACCCCGCCUUAUGUUGCCGAAAUAAGCAACUCUUAGGUUUGCCUGACUGCCUUAUGCUGGUAAAGAAAAGGGAUUCAACUGUCUCUUUUCCAAAUAAAAAAAAAGUCAAAAUUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1368.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1426.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1071.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..((.....))..))...(((((((.((((.(((((.(((((((.((((((.((.(((((.((((..(((.((....))))))))).))))).)))))))).)))).(((.((((((..(((((((..(((((((((..(((.((((((((.((((...)))).))............)))))).)))..))))....((((((......)))))).)))))))))))).(((((((((......)).)))))))((((((((((((((((((.(.(((((..((((((((((((((....))))).)))(((((.(((.((((((((((((.((.(((.((...)).))......(((((((((...............)).))))))).(((.((((((...))))))..))).).)).)))))))))))).))).)))))...((..(((((((((((((((((..(((((........)))))....((((.((.(((((......)))))))...)))))))))))).))...)))))))..)).(((((..((((((...............))))))..))))).......))))))((((....))))(((((((((.......((((((((((..((((.(((((.....)))))))))...(((((((((.((((.(((((....(((.((((((...((((((((((((((.((((((((((((..(((.(((((((.((((.(((((........)))))((((((((((((((((((((((((((.((..((((((...(((((.((.((((.....((((((........))))))......((.(((((..((.((...((((((.((.((((.....(((((.(((..((((((.....)))))).((((.(((.(........).)))))))...((......))((((.((((....((.((((((...((((.......((((((((.....))))..))))...))))...)))))))))))).)))).))))))))....))))....))))))))...))))..))))).))....((((..........))))))))))))))).))))))..)).))))).)))))....((((...))))((((.(.((((((((((.....)))))).))))).))))))))..))))))))).)))))))...)))).))).)))......))))))))))))(((((.(((((.((((((..(((((....((((((...((((((((((............((((((.(((.((..(((.....(((((((((((((..(((........)))......))))))))))))).....))).)).))))))))).................(((((((((((((.(((((.....(((((((..((((....(((((..(((((((.((((((((.(((((((.....(((((...))))).(((((.(.(((..((((...(((((....((((..((....((((((....)).))))..))..))))))))).)))).....))).).)))))..))))))).)))))(((((((..((.(.((((........)))).).))))))))).........))))))))))))))).(((((....)))))(((...)))......))))..)))))))))))).))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))))...............)))))...)))))((((......))))))))))))))))))((((..((((.((((.((((((((......))))(((((((.((((((((.((((.....((.((((.((((((........(((((((((..((......))..))))).))))..(.(((((.((..(((...(((((((.((.....))))))).)))))..)).))))).))))))).)))).)))))).)))))).)).)))))))..........((((((....))))))(((((.((....)).)))))....((((...(((..(((....)))..)))))))((((........))))...)))).)))))))).))))(((((((.((((.............)).)).))))))).))))))))))))))..)))).).))....)))))).......)))))))))))))))))))....))))).).)))..(((((........))))).((((.((.....)).)))).(((.(((((........))))).))).(((((((.((((((((((((.((((((.(((((((((.((((.((.((((((........((.....((((((((.((..(((((((((........)).......((.((((....)))).))(((.(((((((((.(((.(....).)))))))).......((((((((.((((((((((.(....((((((((.(((((((........))))))).)))))))).....((((((......((((((((..((((((....))))..))..))))))))))))))(((((((((.....)))).)))))..).)))))..))))).)))).)))).......)))))))....((((((((..(((((((.(((.((((((((((...(((((.(((............((((.....))))))).)))))....)))))))...)))..)))))))))))))).)))).)))))))..)))))).......((((((((((.........))))))))))....((((((((..((((..(((..........)))..)))))))))))))))).....)).........)))))).........((((.((((.(((((((((.....))))).))))...)))).))))(((...((((.(((.....)))...))))...))).((((((.(((((((..((.((((...((((......))))...))))))))))))).)).)))).)).)))).))))))))).))))))....))))))))))))...))))))).))))))...)))).....))))))))))).))).((((((......)))).))....((((...(((((........)))))....))))..))).))))))))).)))))))...((((((((((......))))))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..((,...,))..))...(((((((.((((.(((((.((((((({((((,,.{({((({,,((((((,(({,({{{{||{|,||||{,||,|,|,||||||.||||,(((.,(((((..{,,,,,,..|||||,|||..{||}|,|,||}|},|||,},})))}|}}}}}}}}}.},},|||||{||}..}}))...}||||{{,||||.|}}|||{|,||||||||||{(,,((,((,{{{{,,||.|,,,,|{(((((((,,,,,,||}||.,}}|},,.,||||,|.|}||,||.}}((((.((((((((((,(((.((((((((((((.((.{,..,{...||,|,......{((((((((.........,.....)).))))))).{{{.((((((...}))))).,}},.}.)).)))))))))))),))).)))))...})))).))))..(((.((((,......}))}.})))))),..}}}||||}}|.|{(((,..{{{|||||||,..(((({(||,,.,.}}..}))))),,..,|{(((,({{(({(((,,,,..{,{{,{{..|,,})}..))))),}{{{{.{|||{.{((({{{{{(,,((,(((((,....{{.,,,,,,,||...((((.(((((.....))))))))).)}|||,}}.}}}||||..,||,.}}}||,}|}|((((..(((((((((((((((,(,((((((((({,{,{|||(((((,((((,{((({.|||,...}}}||((,(((((({{,{.||||||,||||{{{{{,...|||||{{{{|,,{.((((({((,(((((({,{......}}}},}.,.,.)))))),))},}))}||(((((((,....(((,{(((,,((((((,..,|||||,,||,|},}||}}||||.|||,|,,.,{{{{{{|,|,|||,,.((.....,)}}}},,}.))))))}..{|||||,..||||...,,,,|{{{((({.....))))..}}))...}}}),,.))}}}},}})))),}.)}}}}}))}.}})))},,}}}}....})}))}}).})}}).))))))))}.|}}})),,,.....,.||||||.}}||{|}||||,,,|||||||{|{||||,....{{{{...|||}((((.(.((((((((({.....}))))).))))).)))),)))})))))))||}})})))}}...},,|{|||{|||.{{{{.||||||||}},,(((((.(((({.(((({{.,(((((.{,.(((({{...(((((((((((,,.....,,|,{(((((.(((.((..(((.....(((((((((((((..(((,.....}.)))......))))))))))))).....))).)),))}))}|||,,......,}},,..,,(({{{{{{{{(((,({{{{.,,,,|(((({(,.(((({{..,|||}}{((({(({,{{{{((((.(((((((.,...(((((...))))).(((((.{.(((..((((...(((((....((((..((..{.((((({....}}.))))}.))..))))))))).)))).....))).}.)))))}.))))))).)))||(((((((..((.(.((((........)))).).)))))))))},{{{{{..,,)))))}||||||{{({,....},)}}}}||}...|||{{{{{,,,})}})))))))}}))),))))}}})))))))))))))))))))))}})),....)))}}}}))))))........,,,,...}))))...)))))||||}|,...||||||||}}|||||}||((((..{{{(.((((,{((({(((......)))}(((((((.((((((((.((((.....((.((((.((((({,{{,...|{((((((((..({......})..))))).))}}.,(,(((((.((..(((.,.({(((((.({.,,..))))}}).}})))..)).))))),))))))).)))).)))))).)))))).)).))))))).....,,,,.((((((....))))))||||||||{{..,,.)).})))..,,}}}},}}}},|,,.,.,)))})))})))))))}.}}}.},))))))))))))),})))}))})}}}||||||...)))))}}}}}}}}}}))))),.,},,,||{{|||,,,,||||{{{{{,({((,({{,.,||||||||||{{{,,}}}}||,,||}}}||,,{,..}|||||}.,,...||||{,.....}})))},.((((.((.....)).)))).(((.(((((........))))).)))..||||||,|(((((((((((.((((((.(((((((((.((((.((.(((((...,,,({{{((,..{((({{{((.((..(((((((.,,,{.{{((((((.,{{{(({((((.,,.||}}.}}.||,..,}{||{|,|{|,|,,..}.)}))))))..,....((((((((.((((((((((.(....((((((((.(((((((,.....,.))))))).))))))))...,.((((((......((((((((,{(({(({..,,}))),.}}..))))))))))))))(((((((((.....))))}}))))..}.)))))..))))).)))).))))...{,,,|........},||||||{{{{{{(((((.(((.((((((((((...({{{,{(({{{{{...,(({..,||,.}..}}}))))})))}),...)))))))...)))..)))))))))))))),)))).)))))))..)))))))))}..{((((((((((.........)))))))))),,,,||||{{{{..,{{{..(((...,,,,,.,|||..}}},}|||}}},..,,,......,.,,,}.}}})}}},......,..((((.((((.(((((((((.....))))).))))...)))).))))|||},.||,|}}||...{{||,...,,,,}}}),,.((((((.(((((({.,((.((((...(((({....,))))...))))))))))))).)).)))).)).)))).))))))))).))))))....)))))))))))).,,)))))))}))))))}..,||||{,.{{|||.||,,,)},))}}},|,|}}}}.}))))}),....((((...(((((........)))))....))))..))).))))))))).)))))))...((((((((((......))))))))))...........................
Back