Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330572.2
Sequence Length
2129 nt
GC Content
0.4847
GCGAAGGGGAAGCUACGUCCCGGAGGUGCGGUGUGGGGCACCGGGCGGGGCCGCGGGAACCGGCGCCCCACGGAGCUGCUGCUGUCAGACCAACCCCGGGCCCCCAUCAUCACUGCGCCGCGCUUUCAGGCGCCGAGAACUACCGUUCCCGGCAUGCCAUGAAAUUGGCCUCGGCGCUGAGGCGGGGUCCGGCCCUCCACCCGCUCCCGCCGCGCGCGAAUCGCGGUCGCGAGCCAUGGAGGAGGAGGCAUCGUCCCCGGGGCUGGGCUGCAGCAAGCCGCACCUGGAGAAGCUGACCCUGGGCAUCACGCGCAUCCUAGAAUCUUCCCCAGGUGUGACUGAGGUGACCAUCAUAGAAAAGCCUCCUGCUGAACGUCAUAUGAUUUCUUCCUGGGAACAAAAGAAUAACUGUGUGAUGCCUGAAGAUGUGAAGAACUUUUACCUGAUGACCAAUGGCUUCCACAUGACAUGGAGUGUGAAGCUGGAUGAGCACAUCAUUCCACUGGGAAGCAUGGCAAUUAACAGCAUCUCAAAACUGACUCAGCUCACCCAGUCUUCCAUGUAUUCACUUCCUAAUGCACCCACUCUGGCAGACCUGGAGGACGAUACACAUGAAGCCAGUGAUGAUCAGCCAGAGAAGCCUCACUUUGACUCUCGCAGUGUGAUAUUUGAGCUGGAUUCAUGCAAUGGCAGUGGGAAAGUUUGCCUUGUCUACAAAAGUGGGAAACCAGCAUUAGCAGAAGACACUGAGAUCUGGUUCCUGGACAGAGCGUUAUACUGGCAUUUUCUCACAGACACCUUUACUGCCUAUUACCGCCUGCUCAUCACCCACCUGGGCCUGCCCCAGUGGCAAUAUGCCUUCACCAGCUAUGGCAUUAGCCCACAGGCCAAGGCUCUUUUAGGCCUUUUUGAUGGAUCUAGUCCUCCGGUGGAUUUAAAUAAUCCAAGAGGAAGAACAGGAAUCCGGAGCAGAAGGUUCUAGAGCUCCCGGGACUCACUGGCACACCCCGACUGCUCCUUGACAUUUGUGGACAGGGCUCUGGGUUCACCUCUGUCCCAGCAUGUCUGUCCUGCCACUGAGCUGGCAGGCAUUUCCGAGGGUGAAGAAAAAAGAGAGAAGUGGCAAGAGCUGGCCCUUUAUACCACUUCCGAUGUUCCUCCCAUGUUACUGGGCAUUUUUCAAACGUUCAUUUCAUUUCCAAAUGUUUAGUGAGGGACUCAAUUGCUGCCGCCUCCUGGCUUUCAGGGCAGGCAAGGAAGCGGCAGAGAUGUCUGGGCACACAGUGUGAAGGCAGCUUUGCUCAAACAUGUCCUAGUUGAUCAGUUAAUUGAUAGUGAUUAAAAACCAGCUCUGCCUUGGGGAAUUAUUACUGGUUUUGCGAAGUUCUCAAAAACAUCAUCUUCAGUCUCUAACUCCCACUCCAUCUCCCCACCAAAAAAAGAGAGAGAAAAAAAAUACCCAGUGAUUUCCAAACCUAUCUUCACAUUAGAAUCGGGGGGAAGGAGAUGAGAAGAUCUUUUAAAUGUUCCAAAGUCCAGGCCACACUUCACACCAAUUAAACCACAAUCUCUGGUGGAGGGACAGAAAUAUCAGUAGUUCUUAAAGCAUCCAGGUGAGUCCGAUGUGUAGAUUGGGCUGGGAAUCACCACCCUAUCUUAUUCUCAUACUGCAGUGGCACUAUUCAAGAUGCUGGGCCCAAUAAAAGAGACCCUUUUUACUUAGCUGAAAGCAAGAAAUUAGUUGACCUUGCUUGCUGCUUCUGUGAACUUUUUGAUCCCUAAAACAAAAUUAAGAUUAGGUUUAUUCAAUCACUUCCUUCUAAAUAUGACCUUCCAUUCUAAAGCAACAACUCAGCAGAAUACCAAGGACCCUCAGGAGGACAUUGACAUAUUUGUUCACUAAACAGUGUGACAAAAAUACAGCUUCCUUUUGUCUGUGCAUCAUUAUCUCAUGUCAUACAAACAUUCCAAAUCUGCAUUCAGUGCCAAGCAAUAGGCGAACACUCUCACAAACUAUUAAACCAUAAGUGGAAUAUUGUACCUGUUAUUUAGAAGCAUAUGGAAAAUGACUAUUAAUACCCUAUGUAUUCUUUUCAAUAAGGUGAUUAAACACAACCGUCUAUAAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-665.37 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -703.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 556.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((.(.(((...((((((((((((((((.(((((((....))).....)))).)))))))........(((((.(((.(((.(((((((.((((.((.(((..((((((.((((((((((((((.((((....)))).))))..))).))))...)))..))))))))))).))))...(.((((((.((.((((.(((((((.......))))).)).))))...)).))))).).)......))))))).))).)))))))).))))))))))))).))))..))))((((((((((((...............((((((..........(((((..((((((.........))).)))..)))))..........))))))..............))))))))))))..(((((..........((((((..((((((...(((((...((((((.(((((((((((((((.(((((...(((......(((((.((.((........)))).)))))....)))....))))).)))).)))).............((((.(((...((((...(((((..(((((........((((((.(..(((((((..(((.(((((((((.....((((....(((((.(((......(((((.((((..((((((((..(((((...(((..((((.((((....(((((((.((((((.(((..(((......))).)))))))))(((((((.(((((((.....((.(((((((((.(((.(((((..((((((.......((((.((...........(((((((((...((((....(((((............)))))....)))).)))..))))))..(((((((........)).)))))(((((...((((((.....)))))).))))).)).)))).....)).)))))))))))).((((...((((..............))))...))))...((((((((.((((((((...((....)).))))))))))).)))))((.(((((((......))))))))).....((((.((((((.......(((((.(((((.(((((((.................((.(((((((.......(((((((((((......................)))))))))))))))))))).(((.(((((((.((((.((((.......)))).)))).))))))).)))..(((((.(((...(((...((((....))))...)))))))))))(((((((.(........).)))))))...)))))))))))(((.(((((((....))))))).)))).)))))..........)))))).)))).........((((.(((((((............((((...............................))))............))))))).)))).)))))))))))....)))))))....))))))))).)))))..(((((................))))).(((((((((((..(((.(((.......((((((..((..((((((.(((((((((.(((.(((......)))))).)))).........)).))).))).)))..))..))))))((((.(.......).).))).........(((...(((((((............)))))))...))).))))))..)))))).)))))............)))).))))..)))...)))))(((((((........((((..(((((...((.........)))))))...))))......)))))))))))).))))))))))))....))).)))))))))......)))))..)))).)))..)))))))..)))))))..........)))))..)))))....))))....))).))))...))))))).((((..((((..((.....))..))))))))...))))))...)))))...)))............(((((.....)))))....)))...))))))...........)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,..((((..((((.{.(((...((((((((({{({(((.((((({(,.,,||},....)))),)))))})},.,,,.}(((((.(((.(((.(((((((,((((.((.(((..((((((.((((((((((((((.((((....)))).))))..))).))))...)))..))))))))))).)))),,|,.,((((({,,.((((.(((((((.......))))).)).))))..}))})),)},|||....,,))))))).))).)))))))).))))))))))))).))))..))))((((((((((((............{({((((((.,.{{...,.(((((..((((((.........))).)))..)))))......,...))))))}}............))))))))))))..{({((({........(({(((..({,(((.,,(((((.,.((((((.(((((({((((((((.(((((...(((......(((((.((.((........)))).)))))....)))....))))).)))).))))..,{{,,,..,,,((((.(((...((((...(((((..(((((........((((({,(..(((((((..(((.(((((((((.,,,...,|,...,.{{{((((((....((,{{((({{,,,,{{..,(({(({((((,..,,.((((((((((((((.((((({{{((((.(((..(((......))).)))))))))))|{(,(((.(((.{{....((((.....................))))...}}.)))))),}|.,,.,{{,,.{((({{{{{|,||{{(({...(((((............))))}..|||,,,.))).{{({{|......)))))}..,,.,((((((.,(((((...((((((.....)))))).))))).,..,.)),,)))(((((((..((.....{.{,..{(((,.....)))).....,))..)))))))...}}.)))))))))))))).{{{{{,.|.,,.,)),))))),}||,,{(.(({(({{....,.})))))))}.....((((.((((((.......(((((.((((,{(((((((...,{,,...{{{{..,((,(((((((.......(((((((((((....,..,.........,,...))))))))))))))))))}}.,,,,(((((((.((((.((({.......)))).)))).))))))|{,{{{{,(((({(,..,{(((...,|||.,,.))))}}.)))),)),}}}|{{{{{{.,..,,}}..)}))}}))),..)))))))))))(((.(((((({....})))))).)))}.)))))..........)))))).))))...,||}|}||||,(((((({..........|,|||||..............{{{{|||,,...,|..|||}|,,.,,.|,.,.}))))}|.|}}}.||||||,|}||..,...|||||,..,}}))}}..}}..,,}|,|||,,.....,{{...,,.,.}})}}}|||||||{{{,..,,|,.,,|}},,..{{{{||,.{{,,|{{|{|,||||,{{{|.(((.{((,.....))}))).)))),,...,,,})),))}.}||,|||..,,..)}))))((({,,.......}.}.)))..{{{{{..(((.,.(((((((............))))))).}.)))...))))}.}}}}}}.}}}}|.,..,.......,}})),))}}},.{{{{{....(((((({......,.((((..(((((...((.........)))))))...))))......))))))).}})))....((((((((({....}}}),))))))......)))))..)))).)))..)))))))..)))))))..........)))))..)))))....))))....))).)))).|,}}}})),,|{,...{{{{...,,....}))}},}}}}}|.,,|))))}..,}|}}|,{,}||....,.......{{{{{,.,,,))})),,..}}}.,.)))))).......,...))))}........
Back