Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330615.4
Sequence Length
1323 nt
GC Content
0.4429
GCCUUAACCUCUGCUGGUGACCAGAAGCCUGCAUUUCUGCAUUCUGCUUAAUUCCCUUUCCUUAGAUUUGAAAGAAGCCAACACUAAACCACAAAUAUACAACAAGGCCAUUUUCUCAAACGAGAGUCAGCCUUUAACGAAAUGACCAUGGUUGACACAGAGAUGCCAUUCUGGCCCACCAACUUUGGGAUCAGCUCCGUGGAUCUCUCCGUAAUGGAAGACCACUCCCACUCCUUUGAUAUCAAGCCCUUCACUACUGUUGACUUCUCCAGCAUUUCUACUCCACAUUACGAAGACAUUCCAUUCACAAGAACAGAUCCAGUGGUUGCAGAUUACAAGUAUGACCUGAAACUUCAAGAGUACCAAAGUGCAAUCAAAGUGGAGCCUGCAUCUCCACCUUAUUAUUCUGAGAAGACUCAGCUCUACAAUAAGCCUCAUGAAGAGCCUUCCAACUCCCUCAUGGCAAUUGAAUGUCGUGUCUGUGGAGAUAAAGCUUCUGGAUUUCACUAUGGAGUUCAUGCUUGUGAAGGAUGCAAGGGUUUCUUCCGGAGAACAAUCAGAUUGAAGCUUAUCUAUGACAGAUGUGAUCUUAACUGUCGGAUCCACAAAAAAAGUAGAAAUAAAUGUCAGUACUGUCGGUUUCAGAAAUGCCUUGCAGUGGGGAUGUCUCAUAAUGCCAUCAGGUUUGGGCGGAUGCCACAGGCCGAGAAGGAGAAGCUGUUGGCGGAGAUCUCCAGUGAUAUCGACCAGCUGAAUCCAGAGUCCGCUGACCUCCGGGCCCUGGCAAAACAUUUGUAUGACUCAUACAUAAAGUCCUUCCCGCUGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGAUCUUGACAGGAAAGACAACAGACAAAUCAACCGCCCAGGUUUGCUGAAUGUGAAGCCCAUUGAAGACAUUCAAGACAACCUGCUACAAGCCCUGGAGCUCCAGCUGAAGCUGAACCACCCUGAGUCCUCACAGCUGUUUGCCAAGCUGCUCCAGAAAAUGACAGACCUCAGACAGAUUGUCACGGAACACGUGCAGCUACUGCAGGUGAUCAAGAAGACGGAGACAGACAUGAGUCUUCACCCGCUCCUGCAGGAGAUCUACAAGGACUUGUACUAGCAGAGAGUCCUGAGCCACUGCCAACAUUUCCCUUCUUCCAGUUGCACUAUUCUGAGGGAAAAUCUGACACCUAAGAAAUUUACUGUGAAAAAGCAUUUUAAAAAGAAAAGGUUUUAGAAUAUGAUCUAUUUUAUGCAUAUUGUUUAUAAAGACACAUUUACAAUUUACUUUUAAUAUUAAAAAUUACCAUAUUAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-354.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -378.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 296.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.....((...(.(((((.((((((....(((((((((................(((((.........)))))..(((..........................))).....((((....))))(((((((.................))))))).)))))))))..))))))..))))).)...)).....))...((((((((((((.....((((((...........((((((.(((.....(((((((...(((((.......)))))......(((((((..(((..(((((((..(((....))).........((((((((........((((..(.(((....))).).)))).....))))))))..((((((.......))))))((((((...(((((....)))))......))))))..((((((.(((........)))..)))))).....))))))).))).)))))))...((((...(((((((((...))))))))).))))))))))))))))))))..)))))))))))......((((........))))..(((((.((......)).))))).)))))))...(((((((((..((((((((((((...(((((.(((((....(((((((((((.((((.(.......).)))).(((((((((....))).))))))(((((((.((((.(((((((((((((((((.((((....((((((.......(((..((.(((((.((((((((..((((........((((((...))))))....(.((((...(((......))).)))))..(((((...((((....................)))).)))))(((((..((((((((..............)))))).))..)))))))))...)))).)))).).)))).))..))).......))).))).))))..(((((((.....(((.((........)))))....)))))))...(((...((.(((.(((((...))))).))).)).....)))((((((........))))))....((....)).))))))))...(((((((...........)))))))......))))))))))))))))))))))).))))).........)))....))))).)))...))....)))))....(((((.((((......)))).)))))..((((((............))))))((((....)))))))))))...)))))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{,{...{{,..{,(((((.((((((....(((((((((...,,,,,{{,..{,.,,,{,....}}.,,))}}}}}{{{..........................))}.....((((....))))(((((((.................))))))).)))))))))..))))))..})})}....,|||,,,,|,|,,((((.(((.(((,...,)))))))))).((((({..,(((....))),.(((((((...(((((.......)))))......(((((((..(({..(((((((.{(({....|,..........((((((((..,,....((((..{.(((....))).).))))..,..)))))))}..((((((..,,..,))}}}}{{{{,,...{((((....))))).,.,..,,,,,|,,.{((((.(((........)))..))))))}.,,.))))))),))).)))))))...((((...(((((((({...})))))))).))))))))))).,((((((((((((....(({{,(...((((((((...{({(((((......((((((((........))))}})))......)))))..})}...))))).)))...))))))))))).))))))))))))((((.{.......).)))).(((((((((....))).))))))(((((((.((((.(((((((((((((((((.((((....((((((.,{....(((..((.(((({.((((((((..((((,.......((((((...))))))....({((((.{,(((......))).,,)).}}||||{.,,(({,..,,...,......,.,...}},,.}}}}|{((({,{((((((((..............))))))},).,)))))))}}...)))).)))).}.}))).))..))).......))).))).}}}|,,(({{{{{...,,(((.{{.......,)}}})....)))}}}).,||}|||,{{.{{|,|||||...}||||,|}}.}}..{{{({{{{,,,.........))))))....{|.,}})),))))))))...(((((((,{....,,,..)))))))......)))))))))))))))))))),{{{|.,.,...{{{{,|||......,,,,..}}|.}}},..,,|,||{|.....,}}|,,|,,,.....,))))||||}|{((((.....,,||,,,,|,{{(({,,.,..|},,,..,..,...,....,,,||,,,,,}}},.....}}}}},.,},..
Back