Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330659.2
Sequence Length
2099 nt
GC Content
0.4531
AGCCUUAUCAGCUGGGGUUGAGGGAAGACUGGUCUAGGUGCUGCUCCUGAACUUGGUCUCUGAGCCAUGGCUUCCCAUAGACACUCAGGUCCCUCCAGCUACAAGGUGGGCACCAUGGCGGAGAAGUUUGACUGCCACUACUGCAGGGAUCCCUUGCAGGGGAAGAAGUAUGUGCAAAAGGAUGGCCACCACUGCUGCCUGAAAUGCUUUGACAAGUUCUGUGCCAACACCUGUGUGGAAUGCCGCAAGCCCAUCGGUGCGGACUCCAAGGAGGUGCACUAUAAGAACCGCUUCUGGCAUGACACCUGCUUCCGCUGUGCCAAGUGCCUUCACCCCUUGGCCAAUGAGACCUUUGUGGCCAAGGACAACAAGAUCCUGUGCAACAAGUGCACCACUCGGGAGGACUCCCCCAAGUGCAAGGGGUGCUUCAAGGCCAUUGUGGCAGGAGAUCAAAACGUGGAGUACAAGGGGACCGUCUGGCACAAAGACUGCUUCACCUGUAGUAACUGCAAGCAAGUCAUCGGGACUGGAAGCUUCUUCCCUAAAGGGGAGGACUUCUACUGCGUGACUUGCCAUGAGACCAAGUUUGCCAAGCAUUGCGUGAAGUGCAACAAGGGUUUGGUAAAGGCUCCAGUGUGGUGGCCUAUGAAGGACAAUCCUGGCACGACUACUGCUUCCACUGCAAAAAAUGCUCCGUGAAUCUGGCCAACAAGCGCUUUGUUUUCCACCAGGAGCAAGUGUAUUGUCCCGACUGUGCCAAAAAGCUGUAAACUGACAGGGGCUCCUGUCCUGUAAAAUGGCAUUUGAAUCUCGUUCUUUGUGUCCUUACUUUCUGCCCUAUACCAUCAAUAGGGGAAGAGUGGUCCUUCCCUUCUUUAAAGUUCUCCUUCCGUCUUUUCUCCCAUUUUACAGUAUUACUCAAAUAAGGGCACACAGUGAUCAUAUUAGCAUUUAGCAAAAAGCAACCCUGCAGCAAAGUGAAUUUCUGUCCGGCUGCAAUUUAAAAAUGAAAACUUAGGUAGAUUGACUCUUCUGCAUGUUUCUCAUAGAGCAGAAAAGUGCUAAUCAUUUAGCCACUUAGUGAUGUAAGCAAGAAGCAUAGGAGAUAAAACCCCCACUGAGAUGCCUCUCAUGCCUCAGCUGGGACCCACCGUGUAGACACACGACAUGCAAGAGUUGCAGCGGCUGCUCCAACUCACUGCUCACCCUCUUCUGUGAGCAGGAAAAGAACCCUACUGACAUGCAUGGUUUAACUUCCUCAUCAGAACUCUGCCCUUCCUUCUGUUCUUUUGUGCUUUCAAAUAACUAACACGAACUUCCAGAAAAUUAACAUUUGAACUUAGCUGUAAUUCUAAACUGACCUUUCCCCGUACUAACGUUUGGUUUCCCCGUGUGGCAUGUUUUCUGAGCGUUCCUACUUUAAAGCAUGGAACAUGCAGGUGAUUUGGGAAGUGUAGAAAGACCUGAGAAAACGAGCCUGUUUCAGAGGAACAUCGUCACAACGAAUACUUCUGGAAGCUUAACAAAACUAACCCUGCUGUCCUUUUUAUUGUUUUUAAUUAAUAUUUUUGUUUUAAUUGAUAGCAAAAUAGUUUAUGGGUUUGGAAACUUGCAUGAAAAUAUUUUAGCCCCCUCAGAUGUUCCUGCAGUGCUGAAAUUCAUCCUACGGAAGUAACCGCAAAACUCUAGAGGGGGAGUUGAGCAGGCGCCAGGGCUGUCAUCAACAUGGAUAUGACAUUUCACAACAGUGACUAGUUGAAUCCCUUGUAACGUAGUAGUUGUCUGCUCUUUGUCCAUGUGUUAAUGAGGACUGCAAAGUCCCUUCUGUUGUGAUUCCUAGGACUUUUCCUCAAGAGGAAAUCUGGAUUUCCACCUACCGCUUACCUGAAAUGCAGGAUCACCUACUUACUGUAUUCUACAUUAUUAUAUGACAUAGUAUAAUGAGACAAUAUCAAAAGUAAACAUGUAAUGACAAUACAUACUAACAUUCUUGUAGGAGUGGUUAGAGAAGCUGAUGCCUCAUUUCUACAUUCUGUCAUUAGCUAUUAUCAUCUAACGUUUCAGUGUAUCCUUACAGAAAUAAAGCAGCAUAUGAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-620.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -658.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 632.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((.((((((((((...((((((((((.(((((((..((........)).))))...)))...)).)))))...))).))))).)))))....((((((.(((((((((((((.((..(((.((.((((((((((((((...((((((.(((((.(((((((((...((((((((((((((.((((............(((..((((.(((((((((.(((.((((..((((((.((((...((((((((..(((....))).))))))....))...)))).))))))..))).((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((..((....))..))))))((((........))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).))))..)))))))....)))).)))).))))).)..........))))))))..).)))...)).)))))))..))))...)))..(((((...))))).((((((((((((...((((((.((((((((....))))))))))))))))).)))))))))...(((.((...((((((((((.(((((.....))))).....))))))))))))))))))))))))))))...........))))).)))))..)))).))))).))))))....((((((.((....(((..(((((.....)))))..))).))))))))(((((..((((((..((((((......(((.......((((((....))))))(((((((((((.....((((...))))...(((....)))......((((((.......))))))(((((((((.......(((.....)))........))).))))))..)))))))))))...((((((..(((((((....((((((.....((((((((.((.....)).....((((((..((.......)).....))))))........((((((((....(((((........)))))..)))).)))).........))))))))))))))..))).)))).))).)))))).....))))))..)........(((((((((..((.......))))))).))))......(((((....))))).(((((((((((((.(((....))).)))))).((((((((........)))))))).....((((((....((((.(((.((((........((.((((...(((((.(((((((((((..(((((((((((..........(((((.....(((((............(((.((((.............))))...)))............)))))......)))))((.((((((...)))))).))......)))))))))))...)))))......)))))).))))).....))))))....((((...(((((((((....((((....))))...))))))))))))).........)))).))))))).......(((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))..........))))))......)))))))............((((((((((.(((..(((.(((((........(((...)))))).)).))).)))))).))))))).(((((((((.(.....).))))..)))))..)))))..)))))((((....))))........))))).))))..))))).)).))).)))))))).))))).))...((((((....(((((((..((......))......)))))))))))))...((((((....)))))).)))))).....((((.....))))......(((((...(((((.....(((((((((......)))))))))...)))))...)))))...(((((.......))))).....((((((....))))))((((((((((((((((.(...............).))))))))....)).))))))(((((.(((......))).)))))....))))..))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{(..((((.((((((((((,{{({(((,((((.{,,,{,}}}|,}},.,}}}}(({{(|,{(((....))}).)...}}))).)))))}}))))...{(((((((({{((((((((({{((..(((.((.((((((((((((((...((((((.(((((.(((((((((...((((((((((((((,({(({{,,....{{{,,{,..{(((,(((((({{(,(((.{(((..((((((.((((...{{((((({..(((....))).))))))....))...)))).))))))..))).{(({{((({{.((((((((((((((((((((((((((.,({....,),,))))),((((,.....,.))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).)))).,)))))))....))))},))).))))),}..........||}}||||..,,|||...||,}}}}}}}.,}|||||,}}...{||||,..}}}}}.(((((((({{({,..((((((.((((((((....))))))))))))))}).,)))))))))...({(.{(...{(((((((((.{(({{.....}))}}.....)))))))))))))}}}))})))))))))...........))))).))))}..)))).))))).)))))}....((((((.{(....(((..((((({...}}))))..))).,,))))))|((((.,(((({,.,,{(({({,....{{{{{,.,,.((((((....)))))){{||,{{{|||||,.,({{{...}}}}..,|||||,,{{,,....,{{((((,,.....||}|||(((((({((.......,||,,...}}}........})}.)))))),,)})))}}}}})},},,,.,,..||||)))}}}.||||||,,..,,,{{{{||.{{.....||,.,,.{(((((..{,.,....,)},,...)))))}........{{({{{{{....(((((........|||||.,|}}}.}})},.{||||,.||||(((((....))))}}}))|{{|,.{{|{{{{..{{{||||{(({{{.......(((((((((..({.......}}))))).))))......(((((....))))).((((((.((((((.(((....))).)))))).((((((((........)))))))).....{,,,,,....,...,|||,||||,.......,...(((,,..,||,..,,.,|||||,,}}||||||}}},..........{||||,,...{{{{{,..,...,,.,,{,,.,|||.}}},,.,,......}|,...,,..{{|,...}})}}})),,....|||||(((,((((((((,((.{(((({{..{{|..|{{{|..,))))).,,}}}..}))))}}.,,,,....,})),)))}}}}|.}}}..{((((((((....((((....))))...)))))))))))))..,,..}|}}},,}})}}||,.......{((((.((((((((.({....)}.)))))))).))))}.,,}},,,,,)))))}},...,}}))}}},,....,,,,..((((((((((.(((..(((.(((((........,,,...})}))),,).))).)))))).))))))).((((({{{(.(.....),)))},.)))))..)})))..}}}}}{(((....)))}...}}}}.))))),}))}..))))).)).))).)))))))).)))))})}...{({(((,,..{{|||||..,,......||.,,,.,||}}}}}))))},..,||||||,,,,}}}})),}}},,,}}}},|||{.,,,,}||}......{{{{{.,|{{{{{,,.{,(((({{(((....,,}})))))))},..}}}}...,}))}...{((({.......))))).....((((((....))))))((((((((((((((((.{...............).))))))))....)).))))))(((((.{(({{....))),)))))....))))..,})}....
Back