Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330722.2
Sequence Length
3961 nt
GC Content
0.4024
AGAAGUUAGGGGCUGCAGCGGCGCUGGCUUUAGGUGAACGACGUGAAAAUUACUUUUCCCACUGAAACACACCCAAGUAUAUGCCCAGCCUUCAUGAAAGUGAACAGAGAAACGAAGCGCCUUUAUGUGGGUGGCCUUAGCCAGGACAUUUCUGAGGCAGACCUACAAAAUCAGUUCAGCAGAUUUGGAGAAGUUUCGGAUGUGGAGAUCAUCACACGGAAAGAUGACCAAGGAAACCCACAGAAAGUUUUUGCAUAUAUCAACAUCAGUGUAGCAGAAGCGGACCUGAAAAAAUGUAUGUCUGUUUUAAAUAAAACAAAAUGGAAAGGUGGAACAUUACAAAUUCAACUAGCAAAAGAAAGCUUUCUGCACAGAUUGGCCCAAGAGAGAGAAGCAGCAAAAGCUAAGAAAGAAGAAUCAACAACAGGUAACGCCAACUUGUUAGAAAAGACAGGAGGAGUGGAUUUCCAUAUGAAAGCUGUGCCAGGGACAGAAGUGCCAGGGCAUAAGAAUUGGGUUGUGAGCAAAUUUGGAAGAGUCUUACCUGUUCUUCACCUUAAAAAUCAACAUAAACGUAAAAUCAUCAAAUAUGAUCCCUCAAAAUACUGCCACAACCUGAAGAAGAUAGGGGAGGAUUUCUCAAACACCAUUCCUAUAUCCAGCCUGACUUGGGAAUUAGAAGGAGGGAAUGACCCUAUGAGUAAGAAACGGCGAGGAGAGUUCUCUGACUUUCAUGGCCCUCCCAAGAAGAUAAUAAAAGUGCAGAAGGAUGAGAGUUCCACUGGGUCUCUGGCCAUGAGUACAAGGCCCAGGAGGGUAAUAGAGAGACCACCCUUAACACAGCAACAGGCUGCACAAAAAAGAACUUGUGAUUCCAUUACUCCUUCUAAAUCAUCUCCUGUACCUGUUUCUGAUACUCAGAAACUUAAAAAUCUACCUUUUAAGACUUCUGGCUUGGAAACUGCCAAGAAGAGAAACAGCAUUUCUGAUGAUGAUACUGAUUCUGAAGAUGAAUUGAGAAUGAUGAUUGCGAAAGAGGAAAACUUACAGAGAACUACACAACCCUCAAUAAAUGAAUCUGAAAGUGAUCCUUUUGAAGUUGUAAGGGAUGAUUUCAAAUCAGGCGUUCACAAACUGCAUUCUUUAAUAGGUUUAGGUAUCAAAAAUCGUGUCUCUUGCCAUGAUAGUGAUGAUGAUAUUAUGAGAAAUGAUCGUGAGUAUGACUCAGGAGAUACAGAUGAAAUUAUUGCGAUGAAAAAAAAUGUUGCUAAGGUCAAAAACAGUACAGAAUUUUCACAAAUGGAAAAAUCUACGAAGAAAACUUCUUUCAAAAAUAGAGAAAACUGUGAGCUUUCUGAUCACUGUAUUAAACUACAAAAAAGAAAAAGCAAUGUAGAGUCAGCCCUCAGUCAUGGAUUAAAGUCUCUUAAUCGUAAAUCUCCCUCUCACUCCAGUAGCAGUGAAGAUGCUGAUUCUGCAUCAGAAUUAGCUGACUCUGAAGGAGGUGAGGAGUAUAAUGCCAUGAUGAAAAACUGCCUUCGUGUGAAUCUCACUUUAGCUGAUUUGGAACAAUUGGCUGGCAGUGAUCUGAAGGUUCCAAAUGAAGAUACUAAGAGUGAUGGACCAGAAACCACCACCCAAUGCAAGUUUGACAGAGGCUCCAAGAGCCCCAAGACUCCCACUGGCCUCCGCAGAGGCCGACAGUGUAUUCGUCCUGCGGAGAUUGUGGCUUCCCUGUUAGAAGGAGAGGAGAACACCUGUGGCAAACAGAAACCAAAGGAAAACAAUUUAAAGCCAAAAUUUCAGGCUUUCAAGGGAGUAGGCUGUCUAUAUGAAAAGGAGUCAAUGAAAAAAUCCUUGAAAGACAGUGUUGCCUCUAACAAUAAAGAUCAGAAUUCCAUGAAACAUGAGGAUCCCAGUAUCAUAUCCAUGGAAGAUGGGUCCCCAUAUGUUAAUGGCUCAUUAGGUGAAGUGACUCCAUGCCAACAUGCAAAGAAGGCGAAUGGCCCAAACUAUAUUCAGCCUCAAAAAAGACAGACCACUUUUGAAAGCCAGGAUCGCAAGGCAGUGUCCCCUAGCAGUUCUGAAAAGAGAAGUAAGAAUCCUAUUUCUAGGCCAUUAGAAGGUAAGAAGUCCUUAAGUCUUAGUGCAAAGACUCACAACAUAGGCUUUGACAAAGACAGCUGCCAUAGUACCACAAAGACAGAAGCUUCACAGGAAGAGCGGUCUGAUUCAAGCGGCCUCACAUCUCUCAAGAAAUCACCAAAGGUCUCAUCCAAGGACACUCGGGAAAUCAAAACUGAUUUCUCACUUUCUAUUAGUAAUUCGUCAGAUGUGAGUGCUAAAGAUAAGCAUGCUGAAGACAAUGAGAAGCGUUUGGCAGCCUUGGAAGCGAGGCAAAAAGCAAAAGAAGUGCAGAAGAAGCUGGUGCAUAAUGCUCUGGCAAAUUUGGAGUCUAUGGGUAAAACAUCAGGGAAGCUGUUUGAUAGCAGUGAUGAUGACGAAUCUGAUUCUGAAGAUGACAGUAAUAGGUUCAAAAUUAAACCUCAGUUUGAGGGCAGAGCUGGACAGAAGCUCAUGGAUUUACAGUCGCACUUUGGCACCGAUGACAGAUUCCGCAUGGACUCUCGAUUUCUAGAAACUGACAGUGAAGAGGAACAGGAAGAGGUAAAUGAAAAGAAAACUGCUGAGGAAGAAGAGCUUGCUGAAGAAAAAAAGAAAGCCCUGAAUGUUGUACAAAGUGUUUUGCAAAUCAACUUAAGCAAUUCUACAAACAGAGGAUCAGUAGCUGCUAAGAAAUUUAAGGACAUCAUACAUUAUGAUCCAACGAAGCAAGACCAUGCCACUUACGAAAGAAAAAGAGAUGAUAAGCCAAAAGAAAGUAAAGCAAAACGAAAAAAGAAAAGGGAGGAAGCUGAGAAACUACCUGAGGUGUCUAAAGAAAUGUAUUAUAAUAUUGCUAUGGAUCUGAAAGAAAUAUUCCAAACUACAAAAUAUACCAGUGAAAAGGAAGAGGGCACACCCUGGAAUGAGGACUGUGGUAAAGAGAAACCUGAGGAAAUCCAGGACCCUGCAGCUCUGACCAGUGACGCUGAGCAGCCCAGCGGGUUCACGUUCUCUUUUUUUGAUUCAGACACUAAAGACAUAAAGGAAGAGACCUACAGAGUUGAAACAGUGAAACCUGGAAAGAUUGUCUGGCAGGAAGACCCUCGUUUACAAGACAGCAGUUCAGAAGAGGAAGAUGUUACUGAAGAAACAGAUCACAGAAACUCCAGUCCUGGAGAAGCAUCAUUACUUGAGAAAGAGACCACUAGAUUUUUCUUUUUCUCUAAGAAUGAUGAACGACUUCAAGGUUCUGACUUAUUCUGGAGAGGAGUAGGAAGUAAUAUGAGCAGGAACUCUUGGGAGGCCAGAACAACCAACCUGCGUAUGGAUUGUCGAAAGAAACAUAAAGACGCAAAAAGGAAAAUGAAACCAAAAUAAUAAAUGUCAGCUGGUUUUGAUACUGAAUGUGAACAAGGCUCACCUAAGGAAACUGACCCAGAAAACAGUUUUAGCUGACAAAGAAGAAAUUUCAGAGUGAAGGAAUUUUAAAAAUCUGGCUGACGGAAUAUCAUUCUGGUUGCCAUCUUUUUCUGUGGAACUCCUCUGCAUUUCUUCCUAAGUAAUUACUUCAAAAAUUAAAUUCAACUUCUUAUAAAGGAAGAACAAGAUAGUCCUUGAAAAUACUUUUUGUAUAUAAUCUCUUUGCCCUCUAUCCUGAGUAACUAAUGGACAUCUUCUCAUGCAAGGUUUAUAUGAAGCCUUUUUAAAUAAAUGAGUCAAAGCACUUGUAUUUUCCAGCCUAGGCUUUGUGUGAAUUAUAGGCUAUUUGAAAUUUUAUUUCUGAUUAUGUCAAAUACACCUUCCAUUUUGUCAUUUUUGUUUAAACUGAUAAAUUACAAGUCAACAUUGAGUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1015.27 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1084.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 955.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((.(((((((((((((((((.(((((((.(.(((........((((((((((((((....((((((...(((..(((.(((((....))))).........((((...)))).(((((((.(((((((...........)))))))..)))))))......)))..))).))))))....))))))).)).)))))(((((.........)))))....((....)).........(((((((..(((((.((((((....((.(((((((((.((........)).)))))))))...............((((((((((..................(((((((....)))).))).......((..((.((((((.....(((....))).................(((((((.......))))))).....(((.(((((..(((((((((.....))))..((((((.((.((....)).))..))))))....((((((((((.(((..((((((((((.(......)))))))..........................(((((.....)))))....))))....)))))))))))))......((((((.((.((((((....(((.(((((.......((((..(((((((.........((((.....)))).............(((.(.(((((((....))))))).).))).)))))))............((((..(.((.(.((((.(((...))).)))).))).)..)))).))))..))))))))....)))))))).))))))...((((.....))))(((((........)))))..)))))..))))))))...)).)))).))..)).((((((((...)))))))).......))))))))))....((((((((.........))).))))).......))....)))))).))))).(.(((((.((......)).))))).)....)))))))(((((..((((.((((..........................)))).))))..)))))((((((((((.....)))))))))).))).))))))))....(((.((((((....(((((((.........(((((((((((((...(.(((.(.(((((.((.((....)).)).))))).).))).)..)))))))))).)))((..(((..((((((........)))))))))..))....(((((.(((((..((((((..((((....)))).((((....))))((((.......))))....))))))..)))))...))))).))))))).....))))))...)))...))))))))))(((((((..........(((.((((..((((..((((((((((((((.((((..(((.......((((((((((...)))))))))).....)))..(((((((..(((......(((.(..((((..(((((((((.((((((..(((((((((((((((......)))))))))).)))))(((..((..((........))..)).)))(((.(((........))).)))(((.((..(((((....(.(((((...))))))..)))))..)).))).((((((((.(((.((........))))))))))))).(((((((((((((......))).)))).......((((((((...........(((((..((..(((((.(((.........(((((((((..((((.((((((((.........(((((((..........(((........((((..(((..(((((.....((((....(((((((....((((...........))))...)))))))....))))......)))))..))).))))))).....))))))).(((......)))....(((((((((..........))))).))))......)))))).)))))))))))))))(((((.((.(((........))).)).)))))......(((((((.......))))))).)))..)))))..))......)))))..(((((.((.(((((.((........)).))))))).)))))...))))))))..))))))..........)))))).)))).)))))....)))).).)))))).)))))))..(((((((.......(((((.(((((((......(((((((((....))))))))).((((((.((((((.((((.(....)))))))))))))).)))..(((((((..(........)..))))))).)))))))...))))).....(((.......))).......(((((.(((...))).)))))......((((((((((.(.....(((((.....((((((....))))))..)))))..((((((((((((((((.((((.((((...(((((........(((((...)))))...(((((.......))))).))))))))).))))..))))))....)))..)))))))).)))))))))).)))))))....))))..)))).)))))........)))))..)))).))))..)))))))))).......)).))))).............)))))).(((((((.((...(.(((((((.......((((.(((...((((.............)))).)))))))........(((..(((((...))))))))......)))))))).(((...((((...............................)))).)))(((((((((..((((.((((((..(((((((.........(((((((((.((.(((((......))))).)).((((..............))))................(((....(((((((((((..............(((((((.((......((((..((((...((((((.(.(((((((((((....(((((((((.......)))))...))))..((((((((((((..((..........))..))))))))))))....))))))))...))).)...))))))......((((.......)))))))))))).....)).))))))).((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((....)))))...(((((((.(((((((((((((............)))))))))).))))))))))....(((((..(.((((..((......))..)))).)..)))))..((((.(((((.....((((..(.......)..))))))))).))))...((((..............))))......((.........))...........(((((((((((((((.(((.....)))..)))))))........(((((((..........))))))))))))))).....((((((((........)))))))).......((((...((((((...))))))...))))....)))))))))......))))..)))))))...))))))..))))...............((((((....))))))..((((......))))...((((.....)))).....))))))))))))).)))).....)))..)))))))))))))).))..((((((((((((((((........((((((((......))))..))))........))))))))))))))))......(((((((((((........))))...)))))))..)))))).))))....))))))))).................)))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((((({(((((...,|||,}}}||||}.((({.....{(((,.,,.....{||{{|||{{{{{{.,,}|{||||...|||,,|||}{((((....))))}..,.....,{,,,,,.}|||.(((((((.(((((((..,.....,..)))))))..))))))).,,.,.|}}..))}.))))}}....))))))}.}|,|}}},,{{{|.,,,.....}})}}}}..((....)).(((...((((((((.(((((........)))))))))))))....)))......,{{{{(((.{|{((((((((((((((((((({{((((.........,..{((({.{{((........,(((((({{.{....{{||,..,|||||,,.{{{(((....}}}............||...(((((((.......))))))).,...(((.(((((.,(((((,(({.....)}},..((((((.{(,((....)).))..))))))....((((((((((.(((..{{{{((((((.(......)))))))..............,......,,...{((((.....}))))....}}}}....)))))))))))))....,.((((((.((.((((((....(((.(((((.,{{{(.,{((,.(((((((.,,,.....((((.....)))).....},......(((.{.(((((((....))))))).}.))).)))))))............|,,|,,..||}},((((.|((...})}.))))((((.{{....)),)))).))))))))....)))))))).)))))).,.((((.....))))(((((........)))))..)))))..))))))))..{(({({,{,,,,.,{{(((((({,...||||||,(((((((.......))))))).{|||||{(,,{{.....}))}})}}}}||}}}}},,|,|||||||}},,((((((((((,,.,..({{(((,,,,,(.(((((((({{((((((..((((.((((..........................)))).))))..)))))|(((((((((.....)))))))))},{(((({{{({.{,,.{((({(((({{....|{{{{,{,{|,|....{{{((((((((((...{.(((.(.(((((.((.{{....}}.)).))))).).))).}..)))))))))).}}|{{..{{,..((((({........}))))),}}..}},...(((((.(((((..((((({..{{{{....)))}.((((....)))){(((.......}})}....)))))}..))))).,.)))))..,..,||,,,...........,.,,))))),,{((({{{((((({,,{{{{{,.,,,.,{||,,||{{..{{((((((((((((,({{(,{,(({.,....((((((((((...))))))))))}.}}|||}..|||||{|}}|||......{||,|||||{...(((((((((.((((({.,(((((((((((((((......)))))))))).))))){((,.{(..((........))..)).)}}(((.(((........))).)))(((.((..(((((....(.(((((...)))))}..)))))..)).))).((((((((.(({{((........))))))))))))).{((((((((((((......))).)))).......((((((((............{{{,...,..,{,,,.{{{......,,.(((((((((.,((((.((((((((.........(((((((..........{((,.......{(((..(((..(((((.,...((((....(((((((....((((...........))))...)))))))....))))....,.)))))..))).))))}}),.,..))))))).(((......)))..{.{((((((((..........))))).))))}.....)))))).))))))))))))))),{{{{,((.{{{..,,,,..))).}}.}}|||,.....{{{{{{,.{....})}})))).}}},.,,,,|{||}......,))))..(((((.((.(((((.((........}),))))))).)))))...))))))))..)))))}........,.)))))).)))).))))),}..}))}.},)))}))})})})})}.}||.,||.,,,.,,(((({.,,,.,||,}.,,.(((((((((....))))))))).{{,{{,.{{|||,.,{{|,{||},}))}}||||,,,,}..})},|{{{{{{..{........),.)))))),((((((....)))))).....{{,......})))|,,,...|||,,,|||...})){((((.(((((.((((((((((.(.....(((((.....((((((....))))))..)))))..(((((((.{{(((,,,.,,,|}|,|,}}}||||.........(((({...}))))...(((((.......))))).}||||||,,.||||..},,}})...,}}}..}))))))).)))))))))).)))))))))}.}}}}..}))},,})))..,,,,.,})))}..}}}}.,}},...|||||}|}}.,,..,.{|||}||,,........,),}}))}}}}}.,,{,,,{,....,||||}}},,,}}}.}.,..,))}}}},,,...,..}}}})))))))})))).,,........(((..(((((...))))))))......({{.,.{,{|},.{((({.{{.{{,.((((((((.{((.((.,,.(({{{(({....................(((((((((((.(((......(((.((((.(((..,,..{{{{......}}}||{||{(((,{{{........,,{|||,..............((,,......}}...((((....))))}}}}},,}}})))))))},..))).)))).)))...((((((.,,(((((((((((....(((((((((.......)))))...)))){.((((((((((((..((..........))..)))))))))))).,..))))))))...))).)...))))))..,.{(((((((((((.....))).)))....)))))},(((((...(((((((((((...(((......}}}.,,.,,,...(((((....)))))...(((((((.(((((((((((((............)))))))))).)))))))))).....{{{({{({((((..((((((((,....}}},)}}).......,||}|,,||}}}.)}|}|..(((((({....{{..,,(((((,|,...{{({....,,.,}}.....))))}....}}..........,...........(((((((((((((((.(((.....)))..))))))}........(((((((..........))))))))))))))).....((((((((........)))))))).....})))))}..|(((({...}))))),,,},)))))))))))...))))).))).)).))))))))).{{{....,}}|,,,..,,,,.......((((((....))))))..{{{{..,,,.})))....}})))))})).))}.))))))))..,,))).)),))}}}.....,})).,.))))))},,},..((((((((((((((((........{,((((((......))))})}))}........)))))))))))))))}....)))).)))||,,,..,,,,.{||{...)))}....)))))))))))))))....))))))))))).)))}...}}}|,.||,....})}.)},..
Back