Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001331016.2
Sequence Length
922 nt
GC Content
0.5239
AGCCUCUUGGAAAGGAAUCUCACUAGGGGCUUGACUGCGUGGGUCUGUAGCGCUUUCACUGUAAGAAAGCAAGAUGCAUUUUAGAAACUUUAACUACAGUUUUAGCUCCCUGAUUGCCUGUGUGGCAAACAGUGAUAUCUUCAGCGAAAGUGAAACCAGGGCCAAAUUUGAGUCCCUCUUUAGGACGUAUGACAAGGACAUCACCUUUCAGUAUUUUAAGAGCUUCAAACGAGUCAGAAUAAACUUCAGCAACCCCUUCUCCGCAGCAGAUGCCAGGCUCCAGCUGCAUAAGACUGAGUUUCUGGGAAAGGAAAUGAAGUUAUAUUUUGCUCAGACCUUACACAUAGGAAGCUCACACCUGGCUCCGCCAAAUCCAGACAAGCAGUUUCUGAUCUCCCCUCCCGCCUCUCCGCCAGUGGGAUGGAAACAAGUGGAAGAUGCGACCCCAGUCAUAAACUAUGAUCUCUUAUAUGCCAUCUCCAAGCUGGGGCCAGGUGAGCAGGGCCCUCGGGUGGGAGGGAGGCAGGGGGAGACACAGCUGCUGCCCUGCACCAGGGAGCAGUACCACCACUACCCCCGUAGCUCUCCUGAGCCCAUGCCGGCAUGUUUUGUGAGCUUCUCUGUAUUCUUCUGCGCCACCGUCCCUUGUGCUGGGAGCAUGCCUGCCUCUUGGCACCACCUGCAGUGUUAGAGAGACUGCGGCUGAUCGUGGGGACCCUGCAUCACGCCCCUCCACCCCCCGCAGUGUCCCAGGAAUCCAUUCCUGUGUCCACUGAGCACAGCCUGCGUGGGAGGCCUGAGCCCCGGCCCCAGGUUCUGUCGCUCCGGAUAGGGAUGAGUGAUUGGACUUUGGAAAGGGAAAAUCGAUGCCCCCUUUAAGAAAUGUUAUUUUUAAUCAAAAUAAAUUCUCCCUUUCCUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-316.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -333.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 237.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((..((....))..)))))))))..((((((.(((..((.(((((((((.(((.((((..(((...)))......((((((........))))))...((.(((.(((((.....))))).))).))..))))))).)))))))......((((......((.((((.......)))).))(((.((((......))))))).........(((((((....(((.((((((((((((((......((((.(((.(((........((((((.((((.....)).))))))))))))))))))...))))))).))))))))))....((.......))))))))).(((((((((((((......((((.........)))).....((.((((((..........)))))).)).......((((.((((((.....(((((((...))))).))......)).)))))))).)).))))))))))).((((((((((..(((((((.((.(((.(((((((.....((((((.(((((...))))))))))).......)).)))))...((((....))))....((..(((.....)))..))......(((......)))))).)).))))..((((((((((((....)).))))))))))((.(((((((.((...)).))))))).)))))..)))).)))))).....)))))).))..)))))))))((((.((..((.(((((((..((((...((((((((((((.((.((.(((....))))).))..))))..)))).)))).))))))))))).))..))))))...(((((((((.(((..((.......(((((((......))))))).....))..))).))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{,(,.(({,((,...,},.}.||||||,,,({((((.((({{{({..(((((((.(((.((((..(({...}))......((((((........))))))...{(.(((.(((((.....))))).))).)}..))))))).)))))))..}}.{(((({.....{{.({{{,,,....||}},{{(((.((((......))))))).,,}...,,|||{{{|....(((.((((((((((((((......((((.((({(({{.,,|||.,({{{,,,|||,,...}}.))),}},}}}))))))))...))))))).))))))))))....{{.......}})}}|||}.(((((((((((((......((((.......,,))))...,.((.((((((..........)))))).)).......(((,,((((((.....,((((((...))))),,,......)),}))))))).)).))))))))))),{{{{||||||.{{((((({{((,(((.(((((((.....((((((.(((((...))))))))))).......)).))))),,.||||}}}},,})}},,,}.{((({{{...||{.||......{|,......,}}}}),),.||||..{{{{,|||||||}}}}||{{,,,,))))|((,(((((((.((...)).))))))).}}..,,,)))),)))))),}}}.))))}}....,}}||}|||}({{({((,,({.{{{{{(||.{(((...(((((((({{{(,{(,((.(((,...})))),)),,))})|.|))).)))).)))}})))))).)),,)}))))...||(((((({.,{{..,{...,,,,||{((((...,,,||||}}}...,,)),,})).)}))))))).....
Back