Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346223.2
Sequence Length
4041 nt
GC Content
0.5744
GCACUUCGCUCUCCUGCCAGCAUGUGAAGGUGCCUUGCUUCCCCUUCGCCUUCCACCACGAUUGUAAGUUUCCUGAGGCCUCCCCAGCCAUGUGGAACCGGCUUCCUUCCUCGGCUCCACCCUGUGGAUGUAAUGGCGGCCCCUGCUCUGUCCUGGCGUCUGCCCCUCCUCAUCCUCCUCCUGCCCCUGGCUACCUCUUGGGCAUCUGCAGCGGUGAAUGGCACUUCCCAGUUCACAUGCUUCUACAACUCGAGAGCCAACAUCUCCUGUGUCUGGAGCCAAGAUGGGGCUCUGCAGGACACUUCCUGCCAAGUCCAUGCCUGGCCGGACAGACGGCGGUGGAACCAAACCUGUGAGCUGCUCCCCGUGAGUCAAGCAUCCUGGGCCUGCAACCUGAUCCUCGGAGCCCCAGAUUCUCAGAAACUGACCACAGUUGACAUCGUCACCCUGAGGGUGCUGUGCCGUGAGGGGGUGCGAUGGAGGGUGAUGGCCAUCCAGGACUUCAAGCCCUUUGAGAACCUUCGCCUGAUGGCCCCCAUCUCCCUCCAAGUUGUCCACGUGGAGACCCACAGAUGCAACAUAAGCUGGGAAAUCUCCCAAGCCUCCCACUACUUUGAAAGACACCUGGAGUUCGAGGCCCGGACGCUGUCCCCAGGCCACACCUGGGAGGAGGCCCCCCUGCUGACUCUCAAGCAGAAGCAGGAAUGGAUCUGCCUGGAGACGCUCACCCCAGACACCCAGUAUGAGUUUCAGGUGCGGGUCAAGCCUCUGCAAGGCGAGUUCACGACCUGGAGCCCCUGGAGCCAGCCCCUGGCCUUCAGGACAAAGCCUGCAGCCCUUGGGAAGGACACCAUUCCGUGGCUCGGCCACCUCCUCGUGGGCCUCAGCGGGGCUUUUGGCUUCAUCAUCUUAGUGUACUUGCUGAUCAACUGCAGGAACACCGGGCCAUGGCUGAAGAAGGUCCUGAAGUGUAACACCCCAGACCCCUCGAAGUUCUUUUCCCAGCUGAGCUCAGAGCAUGGAGGAGACGUCCAGAAGUGGCUCUCUUCGCCCUUCCCCUCAUCGUCCUUCAGCCCUGGCGGCCUGGCACCUGAGAUCUCGCCACUAGAAGUGCUGGAGAGGGACAAGGUGACGCAGCUGCUCCUGCAGCAGGACAAGGUGCCUGAGCCCGCAUCCUUAAGCAGCAACCACUCGCUGACCAGCUGCUUCACCAACCAGGGUUACUUCUUCUUCCACCUCCCGGAUGCCUUGGAGAUAGAGGCCUGCCAGGUGUACUUUACUUACGACCCCUACUCAGAGGAAGACCCUGAUGAGGGUGUGGCCGGGGCACCCACAGGGUCUUCCCCCCAACCCCUGCAGCCUCUGUCAGGGGAGGACGACGCCUACUGCACCUUCCCCUCCAGGGAUGACCUGCUGCUCUUCUCCCCCAGUCUCCUCGGUGGCCCCAGCCCCCCAAGCACUGCCCCUGGGGGCAGUGGGGCCGGUGAAGAGAGGAUGCCCCCUUCUUUGCAAGAAAGAGUCCCCAGAGACUGGGACCCCCAGCCCCUGGGGCCUCCCACCCCAGGAGUCCCAGACCUGGUGGAUUUUCAGCCACCCCCUGAGCUGGUGCUGCGAGAGGCUGGGGAGGAGGUCCCUGACGCUGGCCCCAGGGAGGGAGUCAGUUUCCCCUGGUCCAGGCCUCCUGGGCAGGGGGAGUUCAGGGCCCUUAAUGCUCGCCUGCCCCUGAACACUGAUGCCUACUUGUCCCUCCAAGAACUCCAGGGUCAGGACCCAACUCACUUGGUGUAGACAGAUGGCCAGGGUGGGAGGCAGGCAGCUGCCUGCUCUGCGCCGAGCCUCAGAAGGACCCUGUUGAGGGUCCUCAGUCCACUGCUGAGGACACUCAGUGUCCAGUUGCAGCUGGACUUCUCCACCCGGAUGGCCCCCACCCAGUCCUGCACACUUGGUCCAUCCAUUUCCAAACCUCCACUGCUGCUCCCGGGUCCUGCUGCCCGAGCCAGGAACUGUGUGUGUUGCAGGGGGGCAGUAACUCCCCAACUCCCUCGUUAAUCACAGGAUCCCACGAAUUUAGGCUCAGAAGCAUCGCUCCUCUCCAGCCCUGCAGCUAUUCACCAAUAUCAGUCCUCGCGGCUCUCCAGGGCUCCCUGCCCUGACCUCUUCCCUGGGUUUUCUGCCCCAGCCUCCUCCUUCCCUCCCCUCCCCGUCCACAGGGCAGCCUGAGCGUGCUUUCCAAAACCCAAAUAUGGCCACGCUCCCCCUCGGUUCAAAACCUUGCACAGGUCCCACUGCCCUCAGCCCCACUUCUCAGCCUGGUACUUGUACCUCCGGUGUCGUGUGGGGACAUCCCCUUCUGCAAUCCUCCCUACCGUCCUCCUGAGCCACUCAGAGCUCCCUCACACCCCCUCUGUUGCACAUGCUAUUCCCUGGGGCUGCUGUGCGCUCCCCCUCAUCUAGGUGACAAACUUCCCUGACUCUUCAAGUGCCGGUUUUGCUUCUCCUGGAGGGAAGCACUGCCUCCCUUAAUCUGCCAGAAACUUCUAGCGUCAGUGCUGGAGGGAGAAGCUGUCAGGGACCCAGGGCGCCUGGAGAAAGAGGCCCUGUUACUAUUCCUUUGGGAUCUCUGAGGCCUCAGAGUGCUUGGCUGCUGUAUCUUUAAUGCUGGGGCCCAAGUAAGGGCACAGAUCCCCCCACAAAGUGGAUGCCUGCUGCAUCUUCCCACAGUGGCUUCACAGACCCACAAGAGAAGCUGAUGGGGAGUAAACCCUGGAGUCCGAGGCCCAGGCAGCAGCCCCGCCUAGUGGUGGGCCCUGAUGCUGCCAGGCCUGGGACCUCCCACUGCCCCCUCCACUGGAGGGGUCUCCUCUGCAGCUCAGGGACUGGCACACUGGCCUCCAGAAGGGCAGCUCCACAGGGCAGGGCCUCAUUAUUUUUCACUGCCCCAGACACAGUGCCCAACACCCCGUCGUAUACCCUGGAUGAACGAAUUAAUUACCUGGCACCACCUCGUCUGGGCUCCCUGCGCCUGACAUUCACACAGAGAGGCAGAGUCCCGUGCCCAUUAGGUCUGGCAUGCCCCCUCCUGCAAGGGGCUCAACCCCCUACCCCGACCCCUCCACGUAUCUUUCCUAGGCAGAUCACGUUGCAAUGGCUCAAACAACAUUCCACCCCAGCAGGACAGUGACCCCAGUCCCAGCUAACUCUGACCUGGGAGCCCUCAGGCACCUGCACUUACAGGCCUUGCUCACAGCUGAUUGGGCACCUGACCACACGCCCCCACAGGCUCUGACCAGCAGCCUAUGAGGGGGUUUGGCACCAAGCUCUGUCCAAUCAGGUAGGCUGGGCCUGAACUAGCCAAUCAGAUCAACUCUGUCUUGGGCGUUUGAACUCAGGGAGGGAGGCCCUUGGGAGCAGGUGCUUGUGGACAAGGCUCCACAAGCGUUGAGCCUUGGAAAGGUAGACAAGCGUUGAGCCACUAAGCAGAGGACCUUGGGUUCCCAAUACAAAAAUACCUACUGCUGAGAGGGCUGCUGACCAUUUGGUCAGGAUUCCUGUUGCCUUUAUAUCCAAAAUAAACUCCCCUUUCUUGAGGUUGUCUGAGUCUUGGGUCUAUGCCUUGAAAAAAGCUGAAUUAUUGGACAGUCUCACCUCCUGCCAUAGGGUCCUGAAUGUUUCAGACCACAAGGGGCUCCACACCUUUGCUGUGUGUUCUGGGGCAACCUACUAAUCCUCUCUGCAAGUCGGUCUCCUUAUCCCCCCAAAUGGAAAUUGUAUUUGCCUUCUCCACUUUGGGAGGCUCCCACUUCUUGGGAGGGUUACAUUUUUUAAGUCUUAAUCAUUUGUGACAUAUGUAUCUAUACAUCCGUAUCUUUUAAUGAUCCGUGUGUACCAUCUUUGUGAUUAUUUCCUUAAUAUUUUUUCUUUAAGUCAGUUCAUUUUCGUUGAAAUACAUUUAUUUAAAGAAAAAUCUUUGUUACUCUGUAAAUGAAAAAACCCAUUUUCGCUAUAAAUAAAAGGUAACUGUACAAAAUAAGUACAAUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1568.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1636.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 794.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((......))..(((((((((((.(........).))))))).............(((((.((((((((((((((((.......(((((.((((.........)))).)))))...(((((.(((((((.(((((.((((((((...((.(.(((((((((((((((((.(((.((....((((....(((((((.....(.((((((((((((......))).))))).)))).).....))))))))))).((((.(((.((((((..((((.(...(((((..((((((....))))))..)))))...).)))))))))).).)).)))).........((((((((((((....(((((((((((((.((((((((.((....((((((.(.((((((((((((((((.(((((....)))))(((...)))...))))))))(((((((...(((((((((.(((((((((.((((((((((.(((..(((((.....)))))........))))))))))...))).))))))).(((((....((((....))))....)))))......(((((....))))).(((((..(((.((.............)))))..)))))..(((((.....((((((.....)))))).(((((.....(((((........)))))..((((((..((((.((.((((.(........))))).))...(((.(((((((((((((((((((..((((.....))))..((((........))))...(((((((((((((.(((((.(((((....(((.(.((((..(((((.((...)).))))).))))))))....)))).).))))).....)))))...))))))))........((((.(((((.........))))).))))...((((.((((((((..((((.((..(((...)))..))))))((((.(.(((((.(((......)))...))))).).)))).((((....((((.(((.......))))))).......)))))))))))).))))))))).)))))))))).))))..)))...((((((((.(((((((..(((((.(((((((.(((((...))))).(((((((........))).))))...((((........))))..))))))).)))))..(((((((..........(((.......))).))))))).(((((((((.(((.(((.((................((....)).(((((((((((....((((((.......)))))).))))))))))).....)).))))))))))))))).((((((((.((.((.....(((.(.((((.....)))).)...))).))))))))))))..))).))))((.(((....))))))).))))))....(((((((((((((((((((.((((.(((((.((....(((((...)))))(((((((((((.(.(((((((........(((((((.......))))))).))))))).))))).))))))).((((.(...((((..(((((((((.((.(((((((((((((((((.((((.((((......(((((((((((((.((((((.(((((((...))))))).))))))((((((((........((......)))))))))))))))).........))))))).......)))).)))))))))......((((((.((((.(((.(((...(((((((((((((....))))))((((......))))......((((((((....)))))))).((((((((((...((((((...))))))....)))).))))))..)))))))((((((.....(((.(((.......))).)))))))))............))))))))))..))))))..((((..(.(((((.(((.(((((..((.((.((((((...............)))))))).))..)))))..)))..........))))).).))))....))))))))))))))))))).....))))...)))).....).))))...((((((.....))))))...........((((.....))))..)).)))))))))))....((.(((.......))).))...(((((((((.................)).)))))))......((((...)))).......)))))))))))))))))((((((......(((.((((....))))...))).....))))))..))))..))))))...)))))....)))))..(((((...))))).......)).)))))))))....))))).))......)))))))).)(((.((((............)))))))....((((((((.(((((((.(..(((..((((((((.....))))))))..)))..)))).............((((((((......))))))))..))))..))))))))..((((((..((......))..)))))).............))))))..))))))).))).))))))))))((.((((((....((.((((((((......)))).........))))))....))))))..))..........))))))))).)))))).....)).))).))..)))))))))......(((((((((.(((((..(((((((..((((((....))))))......))))))).))))).)))).((((.(((((((((((...)))))))........))))....))))..(((......))))))))..))))))).))))))))))))))))))))))..)))))(((((((((....(((((..........((((.............))))...........)))))......(((.((((.....)).)).)))...((((((((((((..(((((((.((.......(((((((..(((........)))(((((......))))).....((((...(.((((((((.((...)).)))).)))).)....)).))....(((((((.(((((((((((.((..(((((.((.(.((((...(((.((...(((((.((.(((((((((((.((((..((((((.(((..(.(((((((((((.((..(((.((.((((((.(((((((....)).))))).)).)))))).))).....))...))))))))))).).((((((.......))))))...((((.....)))).((((((........))))))))).))))))..)))).))))))))))).)).((((((((.((....)).)))))))).((((((((.((.(.(((.((((.((.((((((((...((((....))))..........))).))))).))..)))).((((((....))))))))).).))))))))))..............)))))...))..)))...).))).).)).)))))..)))))........))))......(((.(((.........))))))..))))...)))))))))))))).)).)))))))....))))).))))))).))))))))).................((((((((((.(((..............))).)))).))))))............)))))))........))))))))).)))))....(((((...(((((((..((((((((((.(((.....................))).)))))))..)))....)))))))....)))))...(((((((((((((.(((..(((((....)))))..))).))))))))))))).....((((((.((((..((((((......)))))).)))).......))))))(((((.......)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({....((......,,.,||.,({((((({(....,.....,,,,)))|||,.,..,,,,.,{,,,,|,,,{{||(({.,,,,.,},,..(((((.((((.........}))).)))))...(((((.(((((((.((((((((((((({..,((.(.((((((.{,.......,.,.,.{(((..,((|...,{((((((.....{.((((((((((((......))},))))).)))).}.....))))))))}},.{{||.|,{,|((((({.((((.(...(((((..((((((....))))))..)))))...}.))))}}}})).},))}})|),..{{{..{((.(((((((({{{{{((.((((((((((.((((((((.((....((((((.((((((((((((((((((.{((((....))))}(((...)))|..)))))))}(((((((...(((((((((.(((((((((.((((((((({,(((.,(((((,...,))))).......,)))))))))}..,))).))))))).(((((....((((....))))....)))))....(((((((....))))},)).............,...((((((.((((,.((((..((((..((((..{(((((.....)))))|{((((({....(((((........))))).,((((,,..((.{{{,{(((({(.{.{{{...{{{(.({{,.(((.(((((((((((((((((((..((((.....)))){.((((.,,...,||}}},|,(((((((((((((,(((({.{((((....(((.(.((((..(((((.((...)).))))).)))),)))....)))).).)))))...,.)))))}..,)))))))....,,..((((.(((((.........))))).)))).,,((((.((((((((..((({,((..(((...)))..))))))((((.(.(((((.(((......}})...))))).).)))).((((....((((.(((.......))))))).......)))))))))))).))))))))),}))))))))).))))..))).}..))})))).|||{|,,..(((((.(((((((.(((((...))))).(((((((........))).))))...((((........))))..))))))).)))))..(((((((..........,{{.......))).))))))).(((((((({,(({,(((.((,.......,,,,...........|.(((((((((((....((((((.......)))))).))))))))))).....,,.))))))))))))))).(((((((,.(,.({.....||,,|}||||}},}}))}).),}}}})})))}}}}}}},,..)))}))))((.(((....)))})},..|},,}|...(((((((((((((((((((.((((.(((((.((....{((({...})))){((((((((((.(.(((((((........(((((((.......))))))).))))))).))))).))))))}.((((.(...((((..(((((((((.((.((((((((((((((({{(((((.((((...,..((((((((((((({((((((.(((((((...)))))))}))))))((((((((........((......)))))))))))))))).........)))))))..,....)))).))))))))}......{(((((.((((.(((.(((...((((((((((((({{..|,))))||{(,{.|,.,,))..},|,((((((((....)))))))),((((((((((...((((((...))))))....)))).)))))).,,))))))((((((.....({{.(((.......))).))}))))))............))))))))))..))))))..((((..,.(((((.(((.(((((..{(.((.(((((({..,....,.,,,..}}))))}).}}..)))))..)))..........))))).}.))))...}))))))))))))))))))).....))))...)))).....).))))...((((((.....))))))..........{((({.....}}))}})).)))))))))))....{{.(({.......))).}}...((((((({{.................)).)))))))......((({...}))).......)))))))))))))))))...|,.....))))))))..)))).),)))))))))),.({(((({......,....}......)))))))}|..{{.{((((...)))))))..}..)).)))))))))....))))).))......)))))))}{{.,.|||||,,,,,|,....,||||}}.....((((((((.({{(.,,.,..{{{..{((((((({..,,||||}||}..))}}}}}},...,,...}},..((((((((,....,))))))))}})))),.))))))))..((((((.,((......)).,))))))........,}...))))))..))))))).))).)))))))))){(.,{{{{{.,..{|,((((((((......)))).........,||||...||||{|((..,,.|}},|,,,,|,}}}|}|||||,,.,..,,,},.)))}})),})))))))}........(((((((.(((((..((((((({,((((((....)))))),.....))))))).))))).)))},)))....{.(((((((...)))))))........))))))))}))..})),.,.|||}}},)))),.))))))).))))))))))))))))))))))..)))))(((((((((....(((((..........((((.,,.......,,.))))...........)))))......(((.((((.....)},)),)))...((((((((((((..(((((((.((.......(((((((,,,((,,.....,}},{((((,.....}}}}}.....{{,{,....((((((((.{(...}}.)))).)))},|....}).}}....{((((((.((((,{((((({{{..((({(.((.(.(((,{{{(((.{{...(((((.((.(((((((((((.((((..((((((.(((..{.(((((((((((.(((.(((.((.((((((.(((((((....)).))))).)).)))))).)))...,.})...))))))))))).}.((((((.......))))))...((((.....)))).((((((........))))))))).))))))..)))).))))))))))).)).((((((((.((....)).)))))))).{((((({{,({.{.||,.{|((.{{.((((((((...{({{{,..,,,,..,.......))).))))).}).,)))).((((((....)))))),},.},)})))))))}..............)))))...}}..)))}}}}.))).).}).)))))..))}}}........)))}......|||.|||.......,,))))},..))))...))))))),)))))).}}.)))))))....))))).))))))).)))))))))......{(((((((((.,.((((.((,.,{{,......{(((((((((.|..{{....))..,.)))).))))))))),.,}.)))},,.))))))))))......(((((...(((((((..((((((((((.(((.,{,,....,,,,........))).)))))))..))}....)))))))....)))))...{((((((((((((.(((..({(((....))))}..))).))))))))))))}...,,((({{,.{{{{{,(({{{,....,,)))})}...,..,,,..})))}))(((((.......))))).}))..
Back