Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346489.2
Sequence Length
4286 nt
GC Content
0.4200
ACUUCAGCUUGCAAUACUGAUAGUAAUGUGUGGCACCCAGAUCACGCUGUUUUUAUCUGCAGUUCCUUUUUAGUAUUGUACAAAGUUUCUUGAAGAUUUUUAAAUACAUAAGUUUAAAAGAGAAUUAACUUUCAAUUUGCAAAUUAAAAUGAGAAUGGUUGCCUUUUCUUCAUUAUCAAGAGAUGGUGAGUUGUCCUCCUGUUGCAUCAUAAAUACAAAGGACUGAAGUUAUAAAAGAGAAAAGAGAAGUUUGCUGCUAAAAUGAAUCUGAGCAAUAUGGAAUAUUUUGUGCCACACACAAAAAGGUACUGAAGAUUUACCCCCCAAAAAAAAUUGUCAAUGAGAAAUAAAGCUAACUGAUAUCAAAAAGCAGAGCCUGCUCUACUGGCCAUCAUGCGUAAAGGGGUGCUGAAGGACCCAGAGAUUGCCGAUCUAUUCUACAAAGAUGAUCCUGAGGAACUUUUUAUUGGUUUGCAUGAAAUUGGACAUGGAAGUUUUGGAGCAGUUUAUUUUGCUACAAAUGCUCACACCAGUGAGGUGGUGGCAAUUAAGAAGAUGUCCUAUAGUGGGAAGCAGACCCAUGAGAAAUGGCAAGAUAUUCUUAAGGAAGUUAAAUUUUUACGACAAUUGAAGCAUCCUAAUACUAUUGAGUACAAAGGCUGUUACUUGAAAGAACACACUGCUUGGUUGGUGAUGGAAUAUUGCUUAGGCUCAGCCUCUGAUUUAUUAGAAGUUCAUAAAAAACCACUUCAGGAAGUGGAGAUCGCUGCCAUUACUCAUGGAGCCUUGCAUGGACUAGCCUACCUACAUUCUCAUGCAUUGAUUCAUAGGGAUAUUAAAGCAGGAAAUAUUCUUCUAACAGAGCCAGGUCAGGUAAAACUAGCUGAUUUUGGAUCUGCUUCAAUGGCUUCUCCUGCCAACUCCUUCGUGGGCACACCUUACUGGAUGGCUCCAGAGGUGAUCUUAGCUAUGGAUGAAGGACAGUAUGAUGGGAAAGUUGAUAUUUGGUCACUUGGCAUCACUUGUAUUGAAUUGGCGGAACGGAAGCCGCCCCUUUUCAACAUGAAUGCAAUGAGUGCCUUAUAUCACAUUGCCCAGAAUGACUCCCCAACGUUACAGUCUAAUGAAUGGACAGACUCCUUUAGGAGAUUUGUUGAUUACUGCUUGCAGAAAAUACCUCAGGAAAGGCCAACAUCAGCAGAACUAUUAAGGCAUGACUUUGUUCGACGAGACCGGCCACUACGUGUCCUCAUUGACCUCAUACAGAGGACAAAAGAUGCAGUUCGUGAGCUAGAUAACCUACAGUACCGAAAAAUGAAAAAAAUACUUUUCCAAGAGACACGGAAUGGACCCUUGAAUGAGUCACAGGAGGAUGAGGAAGACAGUGAACAUGGAACCAGCCUGAACAGGGAAAUGGACAGCCUGGGCAGCAACCAUUCCAUUCCAAGCAUGUCCGUGAGCACAGGCAGCCAGAGCAGCAGUGUGAACAGCAUGCAGGAAGUCAUGGACGAGAGCAGUUCCGAACUUGUCAUGAUGCACGAUGACGAAAGCACAAUCAAUUCCAGCUCCUCCGUCGUGCAUAAGAAAGAUCAUGUAUUCAUAAGGGAUGAGGCGGGCCACGGCGAUCCCAGGCCUGAGCCGCGGCCUACCCAGUCAGUUCAGAGCCAGGCCCUCCACUACCGGAACAGAGAGCGCUUUGCCACGAUCAAAUCAGCAUCUUUGGUUACACGACAGAUCCAUGAGCAUGAGCAGGAGAACGAGUUGCGGGAACAGAUGUCAGGUUAUAAGCGGAUGCGGCGCCAGCACCAGAAGCAGCUGAUCGCCCUGGAGAACAAGCUGAAGGCUGAGAUGGACGAGCACCGCCUCAAGCUACAGAAGGAGGUGGAGACGCAUGCCAACAACUCGUCCAUCGAGCUGGAGAAGCUGGCCAAGAAGCAAGUGGCUAUCAUAGAAAAGGAGGCAAAGGUAGCUGCAGCAGAUGAGAAGAAGUUCCAGCAACAGAUCUUGGCCCAGCAGAAGAAAGAUUUGACAACUUUCUUAGAAAGUCAGAAGAAGCAGUAUAAGAUUUGUAAGGAAAAAAUAAAAGAGGAAAUGAAUGAGGACCAUAGCACACCCAAGAAAGAGAAGCAAGAGCGGAUCUCCAAACAUAAAGAGAACUUGCAGCACACACAGGCUGAAGAGGAAGCCCACCUUCUCACUCAACAGAGACUGUACUACGACAAAAAUUGUCGUUUCUUCAAGCGGAAAAUAAUGAUCAAGCGGCACGAGGUGGAGCAGCAGAACAUUCGGGAGGAACUAAAUAAAAAGAGGACCCAGAAGGAGAUGGAGCAUGCCAUGCUAAUCCGGCACGACGAGUCCACCCGAGAGCUAGAGUACAGGCAGCUGCACACGUUACAGAAGCUACGCAUGGAUCUGAUCCGUUUACAGCACCAGACGGAACUGGAAAACCAGCUGGAGUACAAUAAGAGGCGAGAAAGAGAACUGCACAGAAAGCAUGUCAUGGAACUUCGGCAACAGCCAAAAAACUUAAAGGCCAUGGAAAUGCAAAUUAAAAAACAGUUUCAGGACACUUGCAAAGUACAGACCAAACAGUAUAAAGCACUCAAGAAUCACCAGUUGGAAGUUACUCCAAAGAAUGAGCACAAAACAAUCUUAAAGACACUGAAAGAUGAGCAGACAAGAAAACUUGCCAUUUUGGCAGAGCAGUAUGAACAGAGUAUAAAUGAAAUGAUGGCCUCUCAAGCGUUACGGCUAGAUGAGGCUCAAGAAGCAGAAUGCCAGGCCUUGAGGCUACAGCUCCAGCAGGAAAUGGAGCUGCUCAACGCCUACCAGAGCAAAAUCAAGAUGCAAACAGAGGCACAACAUGAACGUGAGCUCCAGAAGCUAGAGCAGAGAGUGUCUCUGCGCAGAGCACACCUUGAGCAGAAGAUUGAAGAGGAGCUGGCUGCCCUUCAGAAGGAACGCAGCGAGAGAAUAAAGAACCUAUUGGAAAGGCAAGAGCGAGAGAUUGAAACUUUUGACAUGGAGAGCCUCAGAAUGGGAUUUGGGAAUUUGGUUACAUUAGAUUUUCCUAAGGAGGACUACAGAUGAGAUUAAAUUUUUUGCCAUUUACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAACAGAAAAAAAUUCAGACCCUGCAAAACCACAUUCCCCAUUUUAACGGGCGUUGCUCUCACUCUCUCUCUCUCUUACUCUUACUGACAUCGUGUCGGACUAGUGCCUGUUUAUUCUUACUCCAUCAGGGGCCCCCUUCCUCCCCCCGUGUCAACUUUCAGUGCUGGCCAAAACCUGGCCGUCUCUUCUAUUCACAGUACACGUCACAGUAUUGAUGUGAUUCAAAAUGUUUCAGUGAAAACUUUGGAGACAGUUUUAACAAAACCAAUAAACCAACAACAAAAAAAGUGGAUGUAUAUUGCUUUAAGCAAUCACUCAUUACCACCAAUCUGUGAAAGUAAAGCAAAAAAUAAUAAUAAUAAAUGCCAAGGGGGAGAGAGACACAAUAUCCGCAGCCUUACACCUUAACUAGCUGCUGCAUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUUUUGGUAUUUAUUCAUCAGGAAUAAAAAAAACAAAGUUUUAUUAAAGAUUGAAAAUUUGAUACAUUUUACAGAAACUAAUUGUGAUGUACAUAUCAGUGGUGACAUAUUAUUACUUUUUUGGGGACGGGGGGUGGGUGGGGUGAAGAGAUCUUGUGAUUUUUAAGAACCUGCUGGCAAGAGUUUAACUUGUCUUCAGCAUAUUCUGAUUGUAUCAUAAUCAUUUUCUGCUGUUGCAGAGGAUGUGAAUACACUUAAGGAGCUCACAGAAUCCCAGUAGCACAAAUUGGGCUUUGGCAAAUCGUGUAUUUUGUGUAUAGAAGGAAUUUAAGGAGAGGUAUUACUUAUUUUCAUAUUGUAUUUUAACUGUUUCUCUGAUCAAAUUUUUUUACUUCCUCCUCCUGUUCCUCCCCACCUCCCUCCUUUUCCAGUUCAGUAUUUGGAGUUCAACACUGUCUCUCAAUCAGAUCAUCUUGAUCUUUUUCUUUAUCUCCCUUCCCCUUCCUAAGUCCCAUUUCUUGGUCAUAAAUAUUGCAUUAUUCACACUUUCAAACUGUGUAUUUUCUUACAAUAAAAAAUGAUGAAAAAAAAAAAGGCUUUACUUCUUUUGCAUGCACUUUAAAAACAAAACAAAACAUUUUUCAGGUUCCAAGGAAGAGCAUGAUAACUGUCAGAGCUUUUAAUUAUAUUUGUAAAUAAAAGUGUUCAUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1124.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1211.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 1146.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((.((((...)))).))((((((.((...(((.((((......(((((((((((((.....(((...)))...(((((((((.(((..((((((......))))))(((((((.((((((((.((((........))))..))).)))))..))))))).))).))))))))).((((.((((.((((((((((.((((.........((((((..((.....................(((((...............))))).........(((((((.....))))))).((((.........)))).............(((((...((........))...))))).......(((((((..(((((.((((((.((((.(.(....((((.(....).))))...((.(((.(((((.((((......(((((...(((((.((....((((((((((.((..(((((.(((((((((((.(((((.((((...(((((((.....(((((....)))))...))))))).((((((..((((.....(((((.......))))).......)))).....))))))((((.(((.((((........))))..))).))))....((.(((((((((.....)).))))))).)).......(((((((.(((.(((((....(((((((((((.....(((((....))))).((((((......((..((((((...(((.....(((.((((.....))))))).((.((((.(((.(.((.(((.(((((((.((...((((((((.((((((((.........))))))))((.((((((((((((((((.((....)).)))).))))).((((((....((((((.(((((........(((((((((((((((..(((((....))))))))))...((((((...((((..((..(((((..((((.((..((((((..((.(((((.((((((..(((..((((..(((((........)))))....))))))))).))))...)))))))..))))))..)).))))..)).)))..))..))))..)).))))..(((.((((((((((....)))).)))))).)))..))))))).))).......))))).)))))).....))))))...............))))))).))((((...(((((...((((((.((.(((.((((.....)))).))).........((((.(.(((((.....))..))).)))))....(((((......)))))...))))))))...))).)))))).)))))))))).)))))))))).)).))))...)))).))))).))))))..))...)))))))))))))))))...))))))))..))))))).((((((((...(..(((((....(((....))).....)).)))..)...))))))))..)))).))))))))))).)))))...).))))..))...))).)))))))...)).))))).))))).....)))))))))..))).))...).).)))))))(((((..((.....)).(((((((((...(((.......))).)))))).))).)))))(((......))).)))))))))))))))...(((((((........)))))))..))..))).))))))))))...))))))).)))).))))))))))...)).)))))....)))))))..)).)))).))((((..((........)).))))....))))))))))((((.((((((((((..(((((((...(....)...)))))))................)))))))))).((((.....))))((((((((.((..(((((((((.................))))))))).))...((.(((....)))))........))))))))))))..(((((((.........))))))).((((((..(((...(((((((.......(((((((((((....((((.((..(((.(((((((........(((((((((.((((((...(((.(((((((..........)))).(((.((((........))))..)))...((((((((((((........)))..(((......))).....((((((((..(((............)))..)))))))).))))))).))............(((((((((..........(((((...(((((((((((.(((.((((.((((..(((((...((....))...))).)).....))))..))))))).)........((((..(.......)..)))).(((((((........))))))).((((....)))).((((((((..(((..((.((....(((...(((.......(((((((.(((((((..(((....))).............((.((....))))............))))))).))))..)))...((((..........))))...)))))).....)).))..)))...).)))))))((((.((.........)).))))........(((.(((.((((((..........((((((...)))))).((((((((((((((((((..((((..((..((((((((.(((......))).)).))))))......(((...))).((((.(((((....((((((((........))))))))))))).)))).(((((((....(((.(.(((........)))...).)))..(((((((((....(((...(((((((...)))))))....)))...(((((((.((((((.((((.(((.(((((((((((((...))))...)))))((((((........((....))....((....))((((((.(((............(.((.((((.((((((((...((((.((((((((.((((((.((((((...))))))))...)))).))))))))((((((.......))))))..................(((...............))).....)).))...))))))))...)))).)).)..))).)))))))))))).........((((((...))))))..)))).))).)))).)))).)).).))))))(((((..(((.((((((((.((.(((((((.....(((((.....)))))((((((....((((((((.(((((((......))))))))))............)))))......)))))).(((((...)))))......................(((((((...((((((...))))))....)))..)))).......)))))))....(((((((((((((((((((((((((((((((.((((............(((((..................)))))..............)))).))))))))))))))))((((((.((.........((((((((((..((((((((((....)))))...)))))..))))))..))))..........))..))))))..)))))))).))))))))).)))))))).))).)))))..(((((((....))))))).((((..((((((((((.......)))))...)))))..))))...(((((((....((((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))......(((((.......))))))))))))))..)))))))))))))....................(((......)))....))))))))).......)))))).)))..))).)))))))).))...)))))..)))))))))....))))))))))))...))).....)))).))........))).)))).)))..)).))))....)))))))))))..............(((((........)))))......)))))))....)))..))))))......((((......))))........((((((.......(((((((((((....((..(((((.((((...(((...................))).....)))).)))))..))..)).)))))))))....((((((........))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((({,.((({...}))}.,|||{(((.,{,,{((({,((({{{{{,((((,((((,(((((((.((...((({(((((((((,.....,((((((((......))))))))|,{{,.,{{{{||{.,{{{,.....,.))}}||||,.||}},,||||||{((((((((....)))))))|.,,(({((,,((((,,.,,,,.,,,}...}||||,,..,,.......,|}},,}}...,..{((((.,.............))))}...}}}}.}}|}}|||}...,,,,))))})).))}).}))}.................,|,{{....,,,......{{{,,((((((((.....((((.,({{(((({.(({((,.((((((,{,..,(((({(((,,(..{((((,(((({,.{(({,..,,,....}))}))))}}}.))..}||,{{{{{{{{{(,({({.....,,.|}|}.,|{{((((.{((((......))))}.)))}.|||,,{|||,))}}|||.(((((({.........(((((..(((((({........(((((((.(((((({.({{..|||,.((((.(({.((((........))))..))).))))....(({.(((((,((.{(((((,..{{,,,.,,..({(((({{,.,,.|||}}.}|.....}}.}},}}},.)))))},||}}}}}.))),..,..........((((((....))))))..}},.,})))))}.))))))).((((.((.((((((.{,((.(((.(((((((.((...((((((((((((,{{{{.....,{{,|,,,})))||,,,{{{{((((((((((.({....)).))))}}}|||.((((((....((((((.(((((........(((((((((((((((..(((((....))))))))))..,(((({,..,((((..((..(((((..((((.,{,.((((((..((.(((((.(((({{..(((..((((..(((((........)))))....))))))))),})))...)))))))..))))))..),.))))..)),}))..))..))))..}}.)))).}(((.((((((((((....)))).)))))).)))..))))))).))}.......))))).)))))).....)))))).}},....||,....}}}}))}.,}{{{|..,||(({...(((((({((.(((.((((.....)))).)},.........{(((,(.{{({(.....}},.}}).})))}....(((((......))))),.,)}))))))...))).))))}}.)))))))))).)))))))))).)).,.|{,,.,{(((({...{.(((..((((...........))))..)))......})))}|{{{..(((((||.((..((((..((.((....)).)).))))..)).)))))).))},,{((({{(((((..(......)..)))))))))||((((((((..{..(((.............)))..,.))))))))},........,},}}}.,})},..{|{||,,((|(((((.,(((........|||||.)))},}}))).))}.)),))))))..)).)))).,|))))))..))},)).....,...))))))).))}..,})})))))))),,,,..,)..))),)))}))}))},}))))))}}.,},,.)))),,,,,,.}}))})))}},...)))||,|{{,}.,,},))))|||}}}|}}}}}}}|,,.,,,,....)))))))))){{{,.((((((((((,.(((((((...{....}...))))))).,......,.......)))))))))).)))|||||.,(((((((((((.{(..(((((((((.................))))))))).}}.,.((.(((....))))).}......))))))))))))..(((((((.........))))))).((((((..(((.,,(((((((..((,,{{,,(((({.......{((.(((,.{(({((((((...............{,..((((.((,,(.(..((.(((((({.,{,....(((((..{(((........)))|{{(((((.((({({{{({{{........))),.{{|...,{{{{{.....||||||{{..{{,...,|,,.....,,,..,,}}}}},.|||||||.|},,..{{,,,...(((((({,.,.........(((((..(((.{((((.((.(((.((((.(({(..((,(({.,..,,.,,,...,)).)}}}}.})}}},,))))))).)}.......((((..(,.....,),.)))).(((((((........))))))).((((....)))).{(((((({..(((..((.((....(((..,(((.......(((({((,((({{((..(((....)))..........,.,,||||,,..))))............))))))}.}}}}..|||...((((.,......,.))))...))}})).....}}.))..))},..,.,}}))))|{{{.{|.........},.||||..{{...,|{,|||||{{{{{{....,.....|{((({...}))))}.((((({(((({(((((((,.,{{{..,,.,((((((((.(((......))).)).)))))}},....(({...|||.((((.(((((....((((((((........))))))))))))).)))).(((((((....{{,.{.(((........)))...,.}},..(((((((((....(((.,.(((((((...))))))).,..)))...((((((,.((((((.((((.(((.(((((((((((((...,)))...))))){((((.........((,...}}..|||.,((((.((((((.,({............{|(({((({,{(((((((...{((((((((((((.((((((.((((((...)))))))),..}))).)))))))}|{((({.......}}}},,..................,.{,......,,}.....}}}...,.))},),}}))))))))...)))}..,,))))),.})))))})})))}}.}}))}.((((({...})))))..)))).))).)))).)))).)).,.)))))){((((,.(((.((((((((.((.{{{,,,|,....(((((.....))))){{{{{{....((((({(,.(((((((......)))))))},,.....,{,,,{,|}}}}.,....}))))).((((,...,}}}}......................(((((((...((((((...))))))....))}..))))...,||||||||||,...(((({{{{{{{{{{{(((((((((((((((({(((({{...{(((.,.(((((.,.............)}})),),..})}}...,}},.)))).}))))))))))))))){({((,..{{{{,,.....{,,,,|||||,}...,},})},..,}}}.|||,|}}||||},......,}))|||}},..,}}}||||}}}}..}})))))),))))))))).)))))))).))).))))}..(((((((....))))))).((((..((((((((((.......)))))...)))))..)))),,.(((((((,...((((((((((....)))))))))))),,)))).,,..)))))))))......(((((.......))))))))))))....}}})))))))))),,.,,,...,,,..|,,,..,,|....,.))),..)))))})))),},,,..)))))),))),.)),..}))})})}.})}))))).}))}))))).,,,))))}}}))))))},)))))..),))))))).))..}.}))).))))..)){((((,...)))))),}}))))))).)).,)),,.,}},}}|||}}{{{...,,)))......))))))).},.)))..)))))).....,{{{,......)))}........{(((((,......(((((((({{{....{{..(((((.((((...,{{.....,,,....}}},...}}}.....)))).)))))..},..)).)))))))))....{({{{{........))))))))))))..
Back