Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346496.2
Sequence Length
2282 nt
GC Content
0.4500
AGAACUGUGUACGAUCAUGACUGGAAAGCAGGAUCCCUCAGUGACUGCCGAAUCUUCCCAGCACAAGAUAGAGAGGCAGUUCAGCACAAGCCUACAUUGGUUCUAGGCAGAACGAUGAUCCUACCGAACAGAUCUCAAAUAAAAUUAAAUUGAGAAAGCAGAUCUUUCAAGGGAAUGAGGCGGAGGCUCGCUUUUAUGUUAAAAGCCACCAGCAUCCUCCUUGCUAGACAUGGACAUGACAUUUUUAAAGGAAUUAUCUGGUUACAGCGUUUUAAGCAAACUGUUCUAAGGAGUCUGUACAUUGCAUUAUUUUUUCUAUUCUUUUUUUCUUUUGCAUAUAUGUAAUUCUGGAGGUAAAGAAAAAGCCUGCCAGGGAUUCAGAAGGCAUCCCACUAGCGAUCAGCUGACAUUCCUAACUGAAGGCUGCAAUGUGUUGCUUAUUCAUUUUGUACCGUGGGAGCUGCGGGGACUAGCAGAGAGCUAAACUAUGCAUUUCAAACAGCAGUGCUUGUGCAGAAAGAGGGGUGAGAGAGAGGCAGCCGGCGAGGAAAGAGCACAGCUGGACUUUCUCCUUGUUUUUAUCCAUUUCUGCAGGAUCAUGUAUUCAUAAGGGAUGAGGCGGGCCACGGCGAUCCCAGGCCUGAGCCGCGGCCUACCCAGUCAGUUCAGAGCCAGGCCCUCCACUACCGGAACAGAGAGCGCUUUGCCACGAUCAAAUCAGCAUCUUUGGUUACACGACAGAUCCAUGAGCAUGAGCAGGAGAACGAGUUGCGGGAACAGAUGUCAGGUUAUAAGCGGAUGCGGCGCCAGCACCAGAAGCAGCUGAUCGCCCUGGAGAACAAGCUGAAGGCUGAGAUGGACGAGCACCGCCUCAAGCUACAGAAGGAGGUGGAGACGCAUGCCAACAACUCGUCCAUCGAGCUGGAGAAGCUGGCCAAGAAGCAAGUGGCUAUCAUAGAAAAGGAGGCAAAGGUAGCUGCAGCAGAUGAGAAGAAGUUCCAGCAACAGAUCUUGGCCCAGCAGAAGAAAGAUUUGACAACUUUCUUAGAAAGUCAGAAGAAGCAGUAUAAGAUUUGUAAGGAAAAAAUAAAAGAGGAAAUGAAUGAGGACCAUAGCACACCCAAGAAAGAGAAGCAAGAGCGGAUCUCCAAACAUAAAGAGAACUUGCAGCACACACAGGCUGAAGAGGAAGCCCACCUUCUCACUCAACAGAGACUGUACUACGACAAAAAUUGUCGUUUCUUCAAGCGGAAAAUAAUGAUCAAGCGGCACGAGGUGGAGCAGCAGAACAUUCGGGAGGAACUAAAUAAAAAGAGGACCCAGAAGGAGAUGGAGCAUGCCAUGCUAAUCCGGCACGACGAGUCCACCCGAGAGCUAGAGUACAGGCAGCUGCACACGUUACAGAAGCUACGCAUGGAUCUGAUCCGUUUACAGCACCAGACGGAACUGGAAAACCAGCUGGAGUACAAUAAGAGGCGAGAAAGAGAACUGCACAGAAAGCAUGUCAUGGAACUUCGGCAACAGCCAAAAAACUUAAAGGCCAUGGAAAUGCAAAUUAAAAAACAGUUUCAGGACACUUGCAAAGUACAGACCAAACAGUAUAAAGCACUCAAGAAUCACCAGUUGGAAGUUACUCCAAAGAAUGAGCACAAAACAAUCUUAAAGACACUGAAAGAUGAGCAGACAAGAAAACUUGCCAUUUUGGCAGAGCAGUAUGAACAGAGUAUAAAUGAAAUGAUGGCCUCUCAAGCGUUACGGCUAGAUGAGGCUCAAGAAGCAGAAUGCCAGGCCUUGAGGCUACAGCUCCAGCAGGAAAUGGAGCUGCUCAACGCCUACCAGAGCAAAAUCAAGAUGCAAACAGAGGCACAACAUGAACGUGAGCUCCAGAAGCUAGAGCAGAGAGUGUCUCUGCGCAGAGCACACCUUGAGCAGAAGAUUGAAGAGGAGCUGGCUGCCCUUCAGAAGGAACGCAGCGAGAGAAUAAAGAACCUAUUGGAAAGUUCAGUAUUUGGAGUUCAACACUGUCUCUCAAUCAGAUCAUCUUGAUCUUUUUCUUUAUCUCCCUUCCCCUUCCUAAGUCCCAUUUCUUGGUCAUAAAUAUUGCAUUAUUCACACUUUCAAACUGUGUAUUUUCUUACAAUAAAAAAUGAUGAAAAAAAAAAAGGCUUUACUUCUUUUGCAUGCACUUUAAAAACAAAACAAAACAUUUUUCAGGUUCCAAGGAAGAGCAUGAUAACUGUCAGAGCUUUUAAUUAUAUUUGUAAAUAAAAGUGUUCAUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-595.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -643.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((......)))...((((((((((((((((((...(((((((...(((..(........)..)))..)))))))..((((((((((.(((((.((((....))))))))).((((((.(.(((((((((((...........))))))..((((..((((((.(((((((.(((..(((((.(((((((...))))))).(((((.....(((((..((((.(((.......))).))))))))).....)))))((((((.(((((((((...)))).))))).).)))))...................((((((.(((((.(((((....)))))....))))).))))))..)))))))).(((((((....)).)))))..((((.....)))).)))))))...)))))))))).(((.((.....)).)))))))).).))))))((((.(....))))).((((((........)).)))).......)).)))))))).....)))))))..(((((((.((((.(((.........)).).))))..))))))))))))))...))))..(((((((.(((((((.(((....(((((..((((((((..((....))..)))))..))).((((((...((((..((((....((((....(((......))).(((((....)))))..............((((((...((.((..((((..(((...(((.((..(....)..)).)))...))).....))))..)).))....))))))((((.((((..........))))..)))))))).))))..)))).)))))).((((((((((..(((((((...(....)...)))))))................))))))))))...(((((((((((((((((((.((..(((((((((.................))))))))).))...((.(((....)))))........)))))).)))))..(((((((.........)))))))..(((((((..(((((.((((.(((..(((((((((((..(((......(((((((((((..............((((((((((((.((....))...))))...............(((.((((........)))))))((((((.......((((........)))).(((((((((((((...)))))))((((......))))......((((..(((((..((.(((..(((((.......(((((.(((.((...............(((........)))(((((...)))))....((......))))))).)))))..(((........))).))))).))).))......))..)))...))))...(((((((........))))))).((((....))))....))))))....((((.((((.((((((((((.......((((.((((((..(((.(((....)))..........))).))))))..)))).............((((((....((((.....((((............................(((....(((((......)))))....)))..........(((((..((...))..)))))................((((((...))))))....)))).....)))).....))))))...((((((((.(((......))).)).))))))......))))..((((((((.(((((....((((((((........))))))))))))).))))....).)))..(((((((((.....(((((((...........(((((((((((.(((...(((((((...)))))))....)))...((((...((......))..))))..((.(((((((((...))))...))))).)).............(((((((...))))))))))))))))))....))))))).........)))))))))....)))))).))))))))...))))))........))))))))..............)))))))...))))......))).))))))))))).........................))))))).)))))...)).))))).................)))))))))))))...)))..)))))))..))).))))(((((((.((((....)))).)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(((((,..((((.((.((,...}}}},|}}}.,,,.,{(((((((...(((,.,........),.)))..))))))},.{{....||{,.{{{{,{{{{{..,,}}}}},}}).{(({...((({((.((((({...........)))))).,.{{{|{||{{{..||{|,{({{(,(({,(((.(((((((...})))))).,{,||}.}},{|||{..(({{.{({.......))),))),,}})),..,})))}),...((.,,,...}}...|||||}..,}|,((((((((.((((((((((((((((.((.,((((((((((((({....|||},,(((((((((.........)))).))))}|.((({{...|..{{({{...(((((((((((.(.(((....(((...{(((((,(.({((((((,{,(({(((((.(((({{(((,((((.({..((((.....)))}..}}.}))},}}}.....{{,{{({((,((((((((...(((((((((.((((.(((((((...,......}...))))).)).,}})))).,)))))))).)))))))}{||{{,{({..,{,,..{{{||,.({{(({{{.,{{|..,})}.(((((({((,|,((|,,.,,,.)}}.))))}).))),))))}{||......}}}.((((({{{,}||||.......}}}}.,.)).)))))),},.,.,,)))))}}}}})))})),,)),,.....,,.}})))))..})))))),,,}}}....,}}}.,}))}}}..}}),..,.}}}))))))))))))..})).},.,...))}},((((..((((((((((,.(((((((...{....}...))))))).,......,.......)))))))))).))))......(((((((((((.{(..(((((((((.................))))))))).}}.,.((.(((....))))).}......))))))))})))..{{{{{{{.,,,.....}||||}}.,,,,}}},,,....{|{{,,,,....}))))))))))))).,).))))))))))).{{.{{..,........,}}..,,..{{{{,(|....||{{.{|||..........}}}}.|||,((((.......,)))).,},|,.,}}}...}})))}.,||....|||{{(((...{((((({...})))))}{{{{,.,.,,|||.......{{{{.,(({{{..((.(((..(((((......,(((((.(({,((...........,,..(({...,,...}}}(((((...}))))..,}||......,,))))).))))),.(((........))).))))).))).))...,..)},.}}).},}})),,.||||{{{........}}}}))}.((((....))))}|||,||,}.......,{,,||...,,,..}||}.......((((.((((((..(({.(((....)))..........,}).)))))}..))))..........,))))))),,,...,,))))).))))))))...,}})}.,...}}.}},.....,,,,,..|((((......)))),.,.{(((((((.......,(({...(({.((((((((((.(((..{((({....{(((({...}))))}.((((((((({..(((.(((((.((({.,.,((((((((.(((......))).)).)))))}},....((,...||}.((((.(((((....((((((((........))))))))))))).))))..,,,.|,...{((((((((.....(((((((...........(((((((((((.(((.,.(((((((...))))))).,..)))...((((...({,....,)}..))))..((.(((((((((...,)))...))))).))...........,.{{{{{{,...))))))})))))))))))....))))))).........))))))))),,,})))))))))))..)))......{{(((........)))))......}))))))......,((({.........)))}.,{{{{.|,||........}},,))}},.....{((......})}.)))))..}))..,{,...............)))))))))))))...})}|(((((.((((....))))..)))))}..,{,{....,,...,,...))))))))}...
Back