Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001346544.2

Sequence Length

2139 nt

GC Content

0.4511

GCGUGUGGACGCCGCUGGGCGUCCGAAAAGCCUGGAAGCGGCGGCGCUCGGGGCUUGGGUGGGCUUCCUCCCCUCCGCUGGGCCCCAGCGGCCGAGGCACACCCUUUCCCGCUGGUCGGAGAUGUCCGCCCAGAGGUUAAUUUCUAACAGAACCUCCCAGCAAUCGGCAUCUAAUUCUGAUUACACCUGGGAAUAUGAAUAUUAUGAGAUUGGACCAGUUUCCUUUGAAGGACUGAAGGCUCAUAAAUAUUCCAUUGUGAUUGGAUUUUGGGUUGGUCUUGCAGUCUUCGUGAUUUUUAUGUUUUUUGUGCUGACCUUGCUGACCAAGACAGGAGCCCCACACCAAGACAAUGCAGAGUCCUCAGAGAAGAGAUUCAGAAUGAACAGCUUUGUGUCAGACUUUGGAAGACCUCUGGAGCCAGAUAAAGUAUUUUCUCGCCAAGGCAACGAGGAGUCCAGGUCUCUCUUUCACUGCUACAUCAAUGAGGUGGAACGCUUGGACAGAGCCAAAGCUUGUCACCAGACCACAGCCCUUGACAGUGACGUCCAACUCCAGGAAGCCAUCAGAAGCAGUGGGCAGCCAGAGGAGGAGCUGAACAGGCUCAUGAAGUUUGACAUCCCCAACUUUGUGAACACAGACCAGAACUACUUUGGGGAGGAUGAUCUUCUGAUUUCUGAACCACCUAUUGUUCUGGAAACUAAGCCACUUUCCCAGACCUCACACAAAGACCUGGAUUGAGAAACAUGCUCUGUAAAGGGUCUUCCUGAAGAUGUGGAUUCUAUCUUUAUGUAGCAAGAAAUCUACAUCCACCAAAAUUGUGUGUGUUUGGGGGAGAGAGAGACAUAGAGAUAGAGACAGAGAGGCAGAGAAGAGACCCCUUUAGAAGAGAGCUGAGCUGAUUAAGCUGAGUGGUUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUGCUUUUUAAUACAUUUGGAGCUUUGGGAGUAUUAAAGUAUUUACACCAAGCUUGUCCAACCCGUGGCAUGUGUCCCAGGACAGCUUUGAAUGUGGCCCAAUACAAAUUUUAAACUUUAUUAAAACAUGAGUUUUGUUUUUUUUUUUGCUAUUUUUUUUAAAGCUCGUCAGCUAUCGUUAGUGUUAGUGUACUUUAUGUGUGGCCCAAGACAACUCUUCUUCCAGUGUGGCACAGGGAAGCUAAAAGAUUGGACACCUCUGAUUUAUACUAGCUCGUUUUGCUUGUUGAAAAAUUUGGCCAAAUACCUAUUGUCAGCAUUCUUGGGUGAGGAUUAGCCUACCAUGUUCUAAUCUGGCCCUGCCACUACUAUGCUCUACCUUUGGUGAGUUGCUUUACCUCUCUGGGCUGCCCCAUUUUUAACUGUAGGUUGACAGGUCUAGAGUGAUCCAUCCCACCUCUAAUAUUUUGUGAAUUUAUGACUUUGCCUUCAGAUGAGGCUGAGCUAUACAUAAAACAGUAUAAACUAGGGUACUGCCUCGUAUCUCUUGUAGGCUCUCUCAAAUCUCUGUACCUUCCACUUAACCCUAAUUGAGCCAAGCUUUAGUCAGGGGAUCUGGUUGUCUACCAGAAUGUCAGGAGACUCAUCUUACACAGUCAUGGUGGCCAAUGUUUCUGGUGGGUUGUGCUGAAACAGCUCUUCUGAGAACUUCCAACCACCCAUGCUCUAACCUGGAGACAGCCAUCCCCUGCCUCAGAAUAAGUACCAAUUCGUAGUACAUGUAUGGUACUCUUGUCCCCAAGAAAUGUUAGGAAGCUUGUCAGCUGAAUGAGAGGAGGUGCCUUCUGGGUAUCUCUGUGUUGGUGUAUCUGUGCCAUUGGCUACAGAACAAGAAAAAUACUAUUUGCCAUGCUAUUACCUUGGCAGAUGUGUAGGUGAUAGUCAUCUGGCUUUGAGCUGAGAUGGUCAGUGGGUUGUAAAUUCCCCACUAGCAGAUAUUCAGGGUGGCCUGAGUUAUGUAAACAAGUGAGCAACACAGCUUUAAUUUCAUGGAGGAAUCAAAGCUGCACACUGGUAUUAAAACAACUUGAUUUUGCGCACACAGUUGCAUGCAUGGCAAGCUGUUAACCUCUGGGUGGCAUUUUCAUUAUGAAUUUGUUCACCACCUGUCUUGCUUAAGCUACAAAAUAAAUGCAUUUGACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-669.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -711.70

Frequency: 0.0000

Diversity: 561.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((((((....))))))))..((((((.((.(((....))))).))))))((((((........(((......)))..(((((((..((((.....))))..)))))))..(((((((.((((((((((((((((((((...))))..((((((.((((((.(......)))))))....))))))(((((((.(((((((((((((((((...((((....))))......(((((.......((((.......))))...))))))))))...))))).))))))).)))))))....((((..(..((((((.....)).))))..)..))))......((((((((((..(((((((.(((((((......((((((....((((((((..(((((((((((((((.(((............((((((.........))))))((((((((.(((.(((((.((......)).))))).)))..)))))))).((((....))))(((....)))(((.((..((((...((.(.(((.......))).).))))))..)).))))))..)))))))..(((((.....)))))...........(((((((...(((((....)))))(((((.....))))))).))))).))))))))..)))))..)))...))))))(((........))).((((((((((..(((((((((((((..((.(((.......))).))...)))))))......((((((((((((..((......))..)).)))))))))).........)))))).))))))))))((((((((((.((((((((((...((((((((((((.(((((.....(((((((..(((.((((.....)))).)))..)))))))....))))).)))))))))))).........(((((((.(((((...(((((((.((.(((((((...(..((....((((((..((((....)))).....((((((....(((((((((((((.(((.....((((((((((((((((......................))))))))))..((((....))))(((((((((..(((.(.(((..((((..........(((((.(((...)))..)))))........)))).))))..)))..)))))))))..))))))...)))..))))))))..........)))))...))))))..((((..(((((((.(......)..))))))).)))))))))).....))..)....))))))))).))))))).))))).))))).))..........((((......))))...(((((((........)).)))))...(((((((....((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))))))((((((........)))))).))).))))))))))...))))))).)))))))((((((.((.(((.......(((.(((((((((((((.(((((((..(((((((((.((((..(((.((((......))))))).((.((((((((......((((.((.(((((((......))))))).)).))))........))).))))))).....)))))))))))))))))))).))........((((((...(((.....)))..))))))(((((....)))))........))))))))...))).)))))).)))))))).)))))))...)))))))))).(((.((((((((...))).))))))))............((((((((((((((((((..((....))..))))))))).(((((((((...)))).)))))((.((((((..........)))))).))....(((((((....)))))))(((((((....(((.((((..(((((((.(((((.....))))).))))))).........(((((......))))).)))).)))....))))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))....((((....))))))))))(((.(((..................)))...)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({..{(((((((....)))))))}..((((((.({,(((....))))).))))))(((((({{.,,,.,(((......)))..(((((((..((((.....))))..)))))))..||||{{|,||||||{(((((({,,.,,,...,})},,||{(((,((((((,(,......}}}}}}....}}}|||(((((((.(((((((((((((({((,..{(((....}))}||},,{((({(.,,,...((((.......)))),},}}}))})))),..)))))}})))))).)))))))||||{|||||},.,|||||}..{{||,||||,,,...(((((({.{{{,{((((((.,({(((((.(((((((,,,,..{{,,{{{,.,((((((((({((({{...(((({({.(((,{{,.......,{|||{({....)}..}))))}{|||||||}|,,.,{,(({({{{....,..,||||{||,..||||||||.,{{|,...))}}((({{,,|||{.{,{{,.{{{,,,|{|.,.{{{.......))}.}}},}},,.,))}}}||||,,|||||}}.,(((((.....))))|,{||||||,|,|||,,{{||,|||||,...,,,,,((((({{....,||||}.||{,|{||,,,,))}}))),,.})}......))))}}}.......,}},,((((((((((..(((((((((((((..{{.(((.......))).}}...))))))}......((((((((((((..((......))..)))))))))))))........,)))))).))))))))))|{((((({((,(((((((,,,...((((((((((((.(((((.....(((((((..(((.((((.....)))).)))..)))))))....))))).)))))))))))).......{(((((((({((,,(((,....,,,,,)}}.)))))),..})))}..,(,((((.{{(.({{..((((((((((((.(((((..,,...{((....((((((..........,)))))).,.,},.......)))))....})))))))).))).((((....)))}{{(({((((,{((({({((({{,((({,....{|,,,,,,,{((({{{|||{{|||||{{{..{{{||||,,,,.}))))}}),,,,)))),,.,...|,.((((((..{{{..((.......)}.}}}.))))))..,..((((.,(((((((.{......)..))))))).)))))))))).,)}..||||.{{{...))))))),}}},..|}}}}|||||},,,}}},......,,|||{||||,{{{||,,|{{{{||........))}})))}....||}}),}}}}||||.,{,.(((({,....))))).)})}))))))))),,,|})}|..,},,}}))))))})})})))))))}}}...))))))}.,})))))((((({,({.(((,......{((.((((((((((({(.(((((((..{((((((((.((((..{((.((((......))))))}.((.((((((((.....(((((,((.(((((((......))))))).,).})))))......)))))}))))}.....)))))))))))))))))))).)}.......,((((((...(((.....)))..))))))|((((....)))),........))))))))...))).)))))).)))))))).}}))))).,,)))))),))))))).((((((((...))).))))),},|||.....,,..{(((((((((((((((((..((,...}),,))))))))}.(((((((((...)))).)))))((.((((((..........)))))).))....(((((((....))))))),((((((....(((.((({..(((((((.(((((.....))))).)))))))......,,,,,,,,......,}},,.}))).)))....))))))))))))))))..))}}}}}))))|||||||}}|||....||||..,}}))))),)))|||,||{....,,............))}...,}}})).