Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346579.2
Sequence Length
1609 nt
GC Content
0.5432
GUGACUCAUUGUGUCUGUGUCGAGGCGUCGGGAGGGCCUAAGUCCGUGUGCGGUGCCCUUCGGCCGGCCUGAGCCCCAGAGUCAGCUCCCCUUUCUCGCCCAGCGCCCCCAGGCCGCUCCCGGGGCUCACGGAAUAGUAAAGAAACACAUCAUAAAACCUCCCAGGACAUAAAGGUGAGCACAGACCCUGUUUGGAUCAAGUCAGUUCCUGGAGCCUGAAUGAUGACUGCUGAAUCACGGGAAGCCACGGGUCUGUCCCCACAGGCUGCACAGGAGAAGGAUGGUAUCGUAAUAGUGAAGGUGGAAGAGGAAGAUGAGGAAGACCACAUGUGGGGGCAGGAUUCCACCCUACAGGACACGCCUCCUCCAGACCCAGAGAUAUUCCGCCAACGCUUCAGGCGCUUCUGUUACCAGAACACUUUUGGGCCCCGAGAGGCUCUCAGUCGGCUGAAGGAACUUUGUCAUCAGUGGCUGCGGCCAGAAAUAAACACCAAGGAACAGAUCCUGGAGCUUCUGGUGCUAGAGCAGUUUCUUUCCAUCCUGCCCAAGGAGCUCCAGGUCUGGCUGCAGGAAUACCGCCCCGAUAGUGGAGAGGAGGCCGUGACCCUUCUAGAAGACUUGGAGCUUGAUUUAUCAGGACAACAGGUCCCAGGUCAAGUUCAUGGACCUGAGAUGCUCGCAAGGGGGAUGGUGCCUCUGGAUCCAGUUCAGGAGUCCUCGAGCUUUGACCUUCAUCACGAGGCCACCCAGUCCCACUUCAAACAUUCGUCUCGGAAACCCCGCCUCUUACAGUCACGAGCUCUUCCUGCUGCCCACAUUCCUGCACCCCCUCAUGAGGGUAGUCCCAGAGACCAGGCGAUGGCAUCUGCACUAUUCACAGCGGAUUCCCAGGCAAUGGUGAAGAUCGAGGACAUGGCUGUGUCCCUCAUUCUGGAGGAAUGGGGAUGUCAGAAUCUGGCUCGGAGGAAUCUCAGUAGGGACAACAGGCAGGAGAAUUAUGGGAGCGCAUUUCCCCAGGCAAAUGUCUUUGCAGCUUUCCAACAUGCUGCACAUGUCUUCUGCUUCCUGGAAGAAAAAGGACAUGUUCGGAGUUGUCAUGCGCCAGAGGCUUGCCCAGCCUGCUCUAAGGGAAGUCACGGUUUGGUUACCCUCUGCUGGCCAGCUGAUGGCAGCAAAAAUAGGUGAUGAUGAGAACGAGCGAGGAAGAUCCAGAAAUGCACCUUUUUAGAGAGAACCAUGAACACCUUACUGGAAAUGGAAGGAAGGUGCCAGAGACAACACUAAAUGCUGGAAUCUUUUCCUCUCCUGGGUUUCCGCUGCAAAGGGCACUGGAAUUAUUUUUCUUUUGUCAAGCCAAUAAUCUCCCAGGCAUGGUGGUGUGCAUCUGAUCCCGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUUGCUUGAGCACAGGAAUUCUCGACCAGCCUGGGCAACAUGGCGAAACCCCUACGAAACAUUUUUUCAAAAAAUAGGUGCGGUGCGGGUGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUAGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCCUGAGGUCAGGAGAUCCAGACCAUCCUGCCCAACAUGGUGAAACCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-570.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -600.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.(((((.(((((..((((((..(((.((((....)))).((((((((.(((((((((.(.((((((((((.(((..((.....))..)))....((((((....)).))))...)))))))).))...............((((((.....((((.((((........(((...(((((...)))))..))).......)))))))).....)))))).).))))))....)))..)))...(((((((....))))))))))))(((...((.((((.((((....((((((((.((((.......((((((...((((.(((.(((((.(((((((..((....))....(((((.((..(.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...))))))).)..)))))))....(((((.((((..((......)).)))))))))(((((((((.....................((((((((((((((.((..((..............))..)))).))))))))))))))))))))).))))).))))))).)))))))(((((..(((((..((((((.((..((((((..((((((....))))).)..)))))).((((((.........)))))).....)).).)))))..))))).)))))...(((......))).))))))..)))).)))))))).)))).))))))...)))...........(((......))).))))))))).))))).)))))..((((((((((.((((..(((((((...((((..(((((....(((..(((.(((((...((((((((...((((((.(..((((((((((.....))).)))....((((((((....)))).))))..))))..)))))))))))))))...)))))))))))....)))))..)))).......))))))).....)))))))((((((((...)).))))))...((((((..........)))))).(((((((...((((...))))....)))))))(((((...(((((((.(((((((((...(((.((((((((((...)).)).)).)))).)))...)))))((((.(((.....))))))).......)))))))))))...))))).))))))).........((((((((((.(((((((((((((.....))).)))....(((((((((((.((((...............)))).))))..)))).))).(((((((.(((((....((((..((((......))))..))))..)).......((((((((..((((((.(..(....)..)))))))))))))))(((.((((..(((((((.((((....))))))))))).....)))).))).....))))))))))..........))))))).))))..))))))(((((((((((((((.....)))).)))..))).)))))....)))((((.(.(((((((.....((((((.((....)).)))).))))))))).).))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({.((({{((,((((((....(((.((((((((((((..{.,((({,({({,{,,....(({.((((((.,,..}}|,|}}.}}}.......,}))).,,)})|,,..))))).))))))).))))))))},,,|,.........((((((..,..(({{{((((..,.....(((...(((((...)))))..))).....,,))))))))..,..))))))...,,))).))))(((..((({.(((.,,,,,}}|...((((,.((((((((((((((((.((((....((((((((.((((..,....((((({...((((.(((.(((((.(((((((..({....}}....(((({{((..(.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...})))))).}..)))))))....,({(,{((((.,({......)).))))))))|(((((((((.....................((((((((((((((.((..((...,..........))..)))),})))))))))))))))))))),))))).))))))).)))))))(((((..(((((..(((((,..{..((((((..((((((....))))).)..)))))),((((((.........)))))).,...,},,.)))))..))))).))))).,.({{...,,.}}}.)))))}..)))).)))))))).)))).))),.((((({((..,.......,,.{|..(((((((((,{||{{{{{..{{,|||||{{,{{{{{(((,((({.,(((((((.,,((({..{{{||,,..(((,.(((.(((((...((((((((.{,{{{(((.{.,{(({{(((((.....))).)}}....({((((((....))))))|}}..}))).,)))))))))))))))...))))))))))}|,..})))}..})))......,))))))}.....}|||||}{{{{||||,.,||,}}}}))},.{(((((..........)))))|{(((((((.,.((((...))))....)))))))||{{(...(((((((.(((({((((...(((.(((({((({{...}}.}),}}.)))).)))...))))|(((||(((.....))))))),......))))))}}))),..))}}}(((((((((((((....((((((((((........((((...,,,,....})}..})}}.}))))))))).,................))))},}}),}))))).,,.))))))))).,)}.}}))).)))))....})))))))))))),.))))......((((((((..((((((.(..(....)..}))))))))))))))|,(,,((((((((((((.(((({.{.|||||.,|||},.{{.||||.|||..,..{{,,...,||{{,.{{{,.....}}}}.......{(((((((((((((((.({....,).))))))))..,)).)))))}}}}).,))).}))}|)}|})))))}|.|,||}||.}}}))......))))))))}.,.))))....))}.
Back