Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346593.2
Sequence Length
2684 nt
GC Content
0.4527
GCGGCCGUCCCGGGCCGUGACUCCUCCUUUCCCCCGCCCCGCCUCCGUUCGGAGAGCCGGCGGGCGGGCGCCUCUCGGCCAGGUACGCGGCCGGCUGGGAUAGGGGUCGCGGGCGGGCUUUGGUCGCGCAGCAGCCGGUCCUCCCCGGAGGAAGCGCCUCUUGGACGCGUGUGACCGAUGCCCAGAUUGCACGACCACUUCUGGAGCUGCUCCUGUGCGCACAGCGCGAGGCGCCGAGGCCCCCCGCGAGCCAGCGCCGCGGGGCUGGCGGCCAAGGUUGGGGAGAUGAUCAACGUUUCCGUGUCCGGGCCCUCCCUGCUGGCGGCCCACGGUGCCCCGGACGCUGACCCCGCGCCCAGGGGCCGCAGUGCUGCGAUGAGCGGCCCCGAGCCCGGCAGCCCCUACCCCAACACCUGGCAUCAUCGCCUGUUGCAGAGGAGCCUCGUGCUCUUCUCGGUUGGGGUGGUCCUAGCCCUGGUGCUCAACCUGCUGCAGAUCCAGAGGAAUGUCACUCUCUUCCCCGAGGAGGUGAUCGCCACCAUCUUUUCCUCCGCCUGGUGGGUCCCUCCCUGCUGCGGGACAGCAGCUGGUAUACAUCCCCAGAUUUCCUCUAUAUUCGUUCUUGGCUCCCUUGUAUAUUUUUCUCAGGAGGCGUCACGGUGGGGAACAUAGGACGACAGUUAGCUAUGGGUGUUCCUGAAAAGCCCCAUAGUGAUUGAGUCUUCAAAACCACCGAUUCUGAGAGCAAGGAAGAUUUUGGAAGAAAAUCUGACUGUGGAUUAUGACAAAGAUUAUCUUUUUUCUUAAGUAAUCUAUUUAGAUCGGGCUGACUGUACAAAUGACUCCUGGAAAAAACUCUUCACCUAGUCUAGAAUAGGGAGGUGGAGAAUGAUGACUUACCCUGAAGUCUUCCCUUGACUGCCCGCACUGGCGCCUGUCUGUGCCCUGGAGCAUUCUGCCCAGGCUACGUGGGUUCAGGCAGGUGGCAGCUUCCCAAGUAUUCGAUUUCAUUCAUGUGAUUAAAACAAGUUGCCAUAUUUCAAAGCCUUGAACUAAGACUCAAUUACCAACCCGCAGUUUUGUGUCAGUGCCCAAAGGAGGUAGGUUGAUGGUGCUUAACAAACAUGAAGUAUGGUGUAAUAGGAAUAAUAUUUAUCCAAAAGAUUUUUAAAAAUAGGGCUGUGUUUAAAAAAAAAAACAAAACAAGAAAAGCAGCAGUGAUUAUAGAGAGGUCACACUCUAAGUGGGGUCGCGGCGUGGCCACGCUUCACGGUCACGCUCGUCCGUCCUGCAGUGGCGUGUUUACAUGGUCACACGUGUGUGUAUCACCAGUGGGUCAACUGCUUGUCAUUCCUCCCGUGGCAGUUUGUGUAGACAAUCUUACUGAGCAAAAGGCAAUGAAAAGUCUUGGUUCCCACACUGCGAUAUAUUGGAAUUUUCACCUCAGUUUAUGAAGUUUAUUUCGAAAUCCAUAGUCAUCUAAGAAUGAAUACCUGUCUGCCAUGUAUUUCAAUCUUAGUGAGCCAAAAUUGUUUGUUUGUUACUACAGAAUAGAGAUGACUGUUUUUUGCCACAGCCCUAUGGAAUUUGCAAUCUGUGAUUGCCUUGUAAAAAGGAGAGUGCAUAUGGCACUGCAUUAAACGUGUGGUGUUUCUAGUCAAUGAUAUUGGUGAGCACAAUGUAUUCAUUUAAUGGCAUAGACCAUACCAGACCUAAUUUGCAAGUAUUGGGUCUUAAACUUCAAGUGCAAUGUAUAUGAAAACCAAUCUGAGCCUUGUAUCUCUUAAAUAUUUAUUUUUUUUAACGUGUGAGAUGUUCGAGAGAAGGUUCUCCAUUCAUUUCAGUGCUGCCUGGAGGAAACUCGGCAAUGAUUUCUUUCAGUUGUGAAGUUCCUUUCGUGUUACACCCUCCACUGAACCCUCAACCUUCGAAAUACUCCAGUUUUGUGGGUUUGGUCAUUUUUACUUAUAAAUUUACCUUUUUGUAUUUUGCAAUUUACAUGUGUUUGGUUUGUUUUAAAUUCUGUGAAAGUGGCUUGAUUAAAAGACUCCUUUUAAAUGGAAGCCACCAGUCAGCAGAAUGGAAGCUUAGAGGAACUUGCCUGUGAGCGCUGGUCUUUGUGUUUGGUUUUGUGAUGUAACGAUCUUUGCUGGGGUUUUUUGCUUUGUUUUGAGGGAAAUGUCUUGGAGUAAAUUUUAAGUUCCUGGAGUUAAUUUGUUUUACAGGAAUUUUGUUUUUUAAAAAAAUAGGAUCAUUCUGAACUUUGGAAUGACCCCCUUAUAUAUUUUCUGAAAAUGAAAACAGUUACAUGAAAAAAAUUUCCAAUGAAGAUGUCAGCAUUUUAUGAAAAACCAGAAGUUAUUAGAUGAAAGCAGCGAGUGAAUCUUUAAAACAGACUUGAUCACGCACACACAAUAAGUCUUUCUCUCCGAAACCGGAAGUAAAUCUAUAUCUGUUAGAAAUAAUGUAGCCAAAAGAAUGUAAAUUUGAGGAUUUUUUUGCCAAUAGUUUAUAGAAAAUAUAUGAACCAAAGUGAUUUGAGUUUGUAAAAAUGUAAAAUAGUAUGAACAAAAUUUGCACUCUACCAGAUUUGAACAUCUAGUGAGGUUCACAUUCAUACUAAGUUUUCAACAUUGUGUUCUUUUUGCAUUCAUUUUUUACUUUUAUUAAAGGUUCAAAACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-853.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -905.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 710.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(.(.(((((((((((....(((((((((..((((((....)))).)).)))))).)))....((((((((.(((.....))))))))))).))))))))))).)((((.((((((((((..(..((((......))))..)..(((((....)).))))))))))))).))))((((((((...((.((((((((.((((....(((((..(((((((.(((((((.((((.((((((.((....))))))))((((((((((..((..(.(((((((.....))))))).)..)).))))......))))))))))..))))))).))..)))))....)))))...((((((((.((......))..))))))))(((((((((((..((.((((((((....(((......)))...((.((((((((.....))))))))))))))))))))..)).)))..)).))))........)))).))))))))...(((((.((((((...))))))))))).((.((((((.((((((((..((((.((((.....((.(((((......))))).)).....)))))))).((((.((((...((.((((((((......))......(((((((((.......((((((.......(((((..((((((.(((((((.(((.......)))))))))))))))).))))).....)))))).))))))))))))))).))...)))).))))((((((..(((((((((....((((..(....)..))))..))))))))))))))).((((..(((((((((..((((.(.((.......(((((((((..((((...)))).)))))))))..((.(((((......))))).))........(((......)))(((((((((.(((((((.(((...))))))........)))).)))))))))((((((((...............((((....)))).......))))))))....(((((....)))))..................)).).))))))))).))))))))...))))).)))..)))))))).......((((........))))....(((..........)))...............(((((((((((......................(((((((((((((((((.......)))))).(((((.((((((..(((((((((((.........)))))))).)))...))))))..((((......(((((......)))))(((((((..(((((((..((((((((.((((((((...((..((((((((....))))....)))).))...))).))))).))))...)))).)).))))).)))))))((((..((((((.(((.....))).)).......))))))))...(((.((((((.(((((((.((.....)).))).)))).)))))))))))))......(((((........))))).))))).)).)))))))))..)))))))))))))....))))))))).))).)))..((((((((..(((((((..((((..(((((((...(((((((((.((.((((.....((..(((..((.(..(((.(((((((((((((............(((((((((........))))))))).....((((.((((...)))).)))).........((((((....((((((.(((((((.................))))))).))))))))))))....(((((...(((((((((..(((....))))))).((((.(((((..((((.((((((..((((((((.((...(((((..((.(((((((....(((((.((((((((...(...(((..(((((....(((((((((...(((...((.((((((((..((((((.(.((((((......)))))).))))))).(((((((..(((((((....)))))))....)))))))......)))))))).))(((((.(((......))).)))))...))).))))))...)))...)))))..)))...)...)))))))).))))).......))))))).....)).)))))........(((((((((................)))))))))(((((((...)))))))((.(((((((((...))))))))).)).........(((((.......)))))..)).))))))))..))))))))))))))).)))))))))..))))).........))))))))))))).)))..).))..)))..)).....)))).))..)))).)))))..............((((....))))......((((.......))))..)))))))))))(((((((((((..((((((((((((((((.(((.(((((((.......)))))))((((....)))).))).))))))).......(((((((((..(((((((........)))))))((((.((....)).))))...))))))))))))))))))..))))))))))).))))))).))))))))..........((((...))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((......)))))).((((((.(((((.((((((..((((((....)))).)).)))))){(((.(((.((((.,..(((((((((((..(((((...(((((((((((.(((((((((,((({((((,{((((((({(.,.{||||,.{{{||}}..)).}}}|,|||}}}}..||{{(((.,|,.....},..})))).))}}),,{{{{(({{...))))}}}))))})))))))))))),.((((((,(,,,.),)}}))),,((,.,,.}|}(((((((.....))))))){{{{||(((||{.,,|,|||}}.))},...)).)})))))}))).))))))...))))).)))))).)))))....)))).))))))|((((((((((,.,((((((((((.,..(((......))).,.,{.((((((((.....))))))))}}))))))))))..}}.}}}..||,|||,..{{,{{,|{{{....{((((,..(((((.((((((...))))))))))}..{{{{{{.............,|||}||||,}}}}||,||,||}}},,,}}}||,}|.....,,},}|||{{{{{,{{{{...((.(((({{{(,.{{{{{|.......{(((((({....,..((((((.......(((((..((((({.(((((((.(((.......)))))))))))))))).))))).....)))))).})))))))))))))},)}.,.}))).)))}|||||,..(((((((((....((((..,....}..)))}..))))))))),}})}}}})))),.||||{({((((((({(,(({,.....(((((((((..((((...)))).))))))))).....(((((......))))){((((((((..{{..(({(((.((((((((((.(((((((.((,...,}}}}),},..,..)))).)))))))))).)))..,(((,,(((...(({{{(((....)))).........(((({.{{(((.(((((((....((.{(((({{{,..(((((..((((((.,,{((,.(((((...(((((((((((((.{{(((((({........,,})))}}(((((((((.(({.........,,.....||,........(((((((((((..,,,,,,...,,,,,,,,{{,.....((,(((((({{{,(,{(({{....,.)))}..{{{{((.(({(((((((((.........)))))))),)),}}})))))).|||||,||},|{{|||,},}}.}}}}}|{{{{{|,||{(((((.,(({{((((.((((((((...{(,.((((((((....))))....)))).})...))).))))).)))).,,))}})))})}))),}}}}}}|(((({{.,,,((.(((.....))).))..}}}}})),}}},|,,,(((,((((((.(((((((.((.....)).)))})))).)))))}}}}}},....,},}}}}|||{{....}}}||,|||}}}}},))))))))),.)))))))))))|||{|||((((((...)))))|(((.....,}}},,(((((.....))))){{,,.....(((((((.{.{((({{{((((((((((.......))))),..})))}...)))}.,)}))))))).(((((((((........)))))))))....,{{{,,|,(({..((({.(((({........((((((....((((((.((((((({{............}},))))))).))))))))))))........)))))))))}}}{{{(((((((,({{,,,,|||}}}}}})))),}}),})))))).))).)))))))))....,,(({((({.,(({{(.{(({{{...,..)}}))).))))),))),,........,},.)))))))))))))))))}.,))),...)).)))).)))))..,..{{..(((((((({..(((((((..(((((((....)))))))....)))))))...))}})))))).,},(((((.(((......))).)))))..,)))))}.))....))))))).)))))}})))}}..)))))))}.....}))...}}.})))))))}....|{{||{,.....}}}|||||||,|}}}}}..}}}},...})))}}}}||((((({{...})))))}((.(((((((({...})))))))).)}.,,......{((((..((((((...(((.,,.(((((({....})))..))).}..)))...))))))..))))).}}}},))}}}},....))))).)).))))((((((((((.,.(((((((.,.............})))))}.....((((....))))||.,...{{{.....{,,|||{{{{{{({{{..((((((((,({{..{(((((((|||||||,.....(((((((.......)))))))((({.,..)))).)))}))},,|,,,,,|,.(((((((((..,{(({((..,,....}||||}|{{{{.||,.,,)),))})...)))))))))}))))))))..))}}))))))))}))))}.})}}}},}}.....))))))))))........
Back