Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001347826.1
Sequence Length
3397 nt
GC Content
0.5826
GAGUCUCAGGGGCGCGCGCCCGUGGGCGGCUGCGUCACGUGACCCAGAAUGAGUCAGCUGAGGCUGCUGCCGUCCCGUCUUGGGGUACAGGCUGCGAGGCUCCUGGCUGCACAUGACGUCCCGGUGUUUGGCUGGCGCAGCAGGUCCUCCGGGCCACCGGCCACCUUCCCAAGCAGCAAAGGUGGAGGCGGCUCCAGUUACAUGGAGGAGAUGUACUUCGCCUGGUUGGAAAACCCCCAGAGUGUCCACAAGUCCUGGGACAGCUUCUUCAGGGAAGCCAGCGAGGAAGCCUUUUCUGGCUCUGCUCAGCCACGGCCCCCUUCUGUUGUCCAUGAGAGCAGGUCUGCAGUCUCAAGUCGGACCAAGACCAGCAAAUUGGUGGAGGACCACCUGGCUGUGCAGUCCCUGAUCCGGGCCUACCAGAUCCGGGGUCACCAUGUGGCCCAGCUGGACCCCCUGGGCAUUCUGGAUGCAGACCUGGACUCCUUUGUGCCCUCAGACUUGAUCACAACCAUUGAUAAACUGGCCUUCUAUGACCUUCAGGAGGCUGACCUUGAUAAGGAGUUCCAGCUGCCGACAACCACCUUCAUUGGGGGCUCUGAAAACACCCUCUCUCUGCGGGAGAUCAUUCGGCGCCUGGAGAACACCUACUGCCAGCACAUUGGCCUGGAGUUCAUGUUCAUCAACGAUGUGGAGCAGUGCCAGUGGAUCCGGCAGAAGUUUGAGACCCCUGGUGUGAUGCAGUUCUCCAGCGAGGAGAAGCGGACCCUGCUGGCCCGGCUAGUGCGCUCCAUGAGGUUUGAAGACUUCCUGGCCCGGAAAUGGUCCUCAGAGAAGCGGUUUGGCCUGGAGGGCUGUGAAGUGAUGAUUCCUGCCCUCAAGACCAUCAUCGACAAAUCCAGCGAGAUGGGGAUUGAGAAUGUCAUCUUGGGGAUGCCACACAGGGCUCCGGGGAUGUCAAGUACCACCUGGGCAUGUACCAUGAGAGGAUCAACCGCGUCACCAACCGGAACAUCACUCUGUCGCUGGUUGCCAACCCCUCCCACCUGGAGGCAGUGGACCCUGUGGUGCAGGGGAAGACAAAGGCAGAGCAGUUCUACCGUGGAGAUGCCCAGGGCAAGAAGGUCAUGUCCAUCCUGGUUCAUGGGGACGCCGCCUUUGCUGGCCAGGGCGUGGUAUAUGAGACCUUCCACCUGAGCGACCUGCCCUCCUACACGACCAAUGGUACCGUGCACGUCGUCGUCAACAACCAGGUCUGUUACCGCCGGCGUGGCCACAAUGAGAUGGACGAGCCCAUGUUCACCCAGCCGCUCAUGUACAAGCAGAUCCACAGACAGGUGCCUGUGCUGAAGAAGUACGCAGACAAGCUGAUUGCCGAGGGCACAGUCACCCUGCAGGAGUUUGAGGAAGAAAUUGCCAAAUACGACCGGAUCUGUGAGGAGGCUUAUGGCAGGUCCAAGGAUAAAAAGAUUCUGCAUAUAAAGCACUGGUUGGACUCCCCCUGGCCUGGCUUCUUCAACGUAGAUGGGGAGCCCAAGAGCAUGACAUGCCCAGCCACGGGGAUCCCUGAGGACAUGCUCACCCACAUCGGCAGUGUGGCCAGCUCUGUGCCCCUGGAGGACUUUAAGAUCCACACUGGCCUCUCUCGCAUUCUGCGGGGCCGUGCGGACAUGACCAAGAACCGGACGGUGGACUGGGCGUUGGCAGAGUACAUGGCCUUUGGCUCCCUGCUGAAGGAAGGCAUCCACGUGCGGCUCAGCGGGCAGGAUGUGGAGAGGGGCACAUUCAGUCACCGGCACCAUGUUCUCCAUGACCAGGAGGUUGACCGCAGGACGUGUGUGCCUAUGAAUCAUCUCUGGCCUGACCAGGCCCCGUACACCGUGUGCAACAGCUCCCUCUCGGAGUACGGAGUCCUGGGCUUUGAGCUGGGCUAUGCCAUGGCCAGCCCCAAUGCCCUGGUCCUCUGGGAGGCCCAGUUUGGGGACUUCCACAACACGGCCCAGUGCAUCAUCGACCAGUUCAUCAGCACCGGCCAGGCCAAGUGGGUGCGGCAUAAUGGCAUUGUGCUGCUGCUGCCCCAUGGCAUGGAAGGCAUGGGCCCAGAGCACUCGUCAGCGAGGCCCGAAAGGUUCCUGCAGAUGAGCAAUGAUGACUCGGAUGCCUACCCUGCAUUCACCAAGGACUUCGAGGUGAGCCAGCUCUAUGACUGCAACUGGAUCGUGGUCAACUGCUCCACACCGGCCAACUACUUCCACGUGCUGCGCCGGCAGAUCCUGCUGCCCUUCCGCAAGCCGCUGAUUAUCUUCACACCUAAAUCUCUGCUGAGGCACCCAGAGGCCAAGUCCAGCUUUGACCAAAUGGUAUCCGGGACCAGCUUCCAGCGGGUGAUUCCUGAAGAUGGGGCCGCAGCACGGGCCCCUGAGCAGGUGCAGCGGCUCAUCUUCUGCACGGGAAAGGUGUACUAUGACCUGGUGAAGGAGCGGAGCAGCCAGGACCUGGAGGAGAAAGUGGCCAUCACGCGCCUGGAGCAGAUCUCUCCAUUCCCCUUCGACCUGAUCAAGCAGGAGGCAGAGAAGUACCCAGGUGCGGAGCUGGCCUGGUGUCAGGAGGAGCACAAGAACAUGGGCUACUAUGACUACAUCAGCCCACGCUUCAUGACCAUCCUGAGGCGCGCACGGCCCAUAUGGUAUGUUGGCCGGGACCCAGCGGCUGCACCAGCCACAGGAAACAGGAACACUCACCUGGUGUCACUGAAGAAGUUUCUGGAUACUGCCUUCAAUCUCCAGGCCUUUGAGGGCAAGACAUUUUAGAGCUGGGCAAAACCUGUGUAGGUCUCGCUGUGGGUUUGCUGGGGACCAAGGGGGUGAUGAAAAGGGGAGGGGCGGAGCUCCUGCCCAGGAGAGGGGCUGUGGGGCCCCAGGAUAAAACAGACACAGUGACAGGGCCAAGAGCCAGCACUGCUGGCCUUGGUGUCAUGCCAGAAUCUACCAGGACUGAGGGAGCCAGAGGAGUCCUAUAGGCAGGCUACUGUGCUGGAGCAUCCCCCAGCUGCUCCCAUCUUGCUGGAAUUUCUUGGGCGGCUUCUCCACCUGUAUCUCAAGACAGACACCCGGGGGCCUGUGUCUGUGGCCGCUCCCAUCCCGGCAGCCCUGGCUGCUGCUCGCCCCACCCUCGCUUAUCUGUAGAUUCAAAGCGAUGUUCUCUUCUGUGCUCUUAGAAGUAGGGAGUUCAGCAGUAACAGCCAGGUGAAGCGAACCUGCUGGGUGAUUUGUUUGCGCUCUGUUUUAUGGGGCAUUCCUGCGAGAUGUGUCAGCUUCUGUGUGAAAUGCAGCCACAGCUCAUGUGUACCAAAGUAGAAAACCAAAUCACAGAGAAAUAAAAACAUGCUUCAGAGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1375.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1432.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 887.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((((((.((((.((((((((.((.(((..((((.((...)).))))..))).)).))))))(((..(((((((((((((((.((.((((.....((((((((((((..(((.(((...((((((((..((.((((.((((((((..((((.....(((((..((((..((((((((((((((((((......)))))..........))))))((((....)))).((((((((((((........((..(((((...(((((((((((((.((((....)))).))))))((((.((((((.((.........(((.(((((.((.((.(((((...((((......))))..))))).))...)).))))).)))..)))))))).)))))))))))..((((.((...)).))))(((((((...))))))))))))..))...))))))))))))..((((..(((((((((((((((...(((....))).))))..............((((((((.........)))))))).........)))))).)))))))))......)))))))....(((((...........)))))...))))))))).....)))).))))))))...)))).)))))))).))...))).)))..))))))((.(((((..((((((((.((((.(((.(..(((((((..(((((......(((........)))((((((.....)))))).))))).)))))))..).))).))))))))))))..).)))).))((((((((.(((....)))...)))).))))((((.(((.((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)).)))..)))).....(((((((((((((((..((((.(((((..(((((((((.((......((((..(((.((((((.((....(((((((((.(.(((((..(((((...(((.((.....))))).......(((((((..((....(((...(((((.....)))))...))).((((((...)))))).....))..)))))))..)))))..)))))).)))))))))((((..((((..(((((..((........)))))))..)))))))).((((((((.((((((....((((((......((((((((.(((........((((((...)))..)))))).)))))..)))......))))))..)))))).(((.((.(((........))).)).)))...(((((.((((..(((..((((...((((((((.(((...((((.(((((((......(((..(((.....)))..)))....))))))).)))))))..)))(((((.(.((....)).))))))....(((((((((((((....)))...))))))))..))..........))))).)))).))).)))).)))))...)))))))).(((((((((......))..))))))).....)).)))))).)))))))...)).)))))))))))))).)))).((((((.....))))))(((((.(.(((((((((.((((((((.....(((...)))((((((.((((((((((.((((((((((...(((.((..........(.(((.(((..((....))..))).))).)((((((((.....))))))))..)))))...)))))))))).....))))))))))))))))(((...(((((((...(((((((((((((.(.(((((....)))))...).)))))))).)))))...........((((((.((((..(((((((((((...))))).(((((.(((((((......(((((.((.((((.(((.(((((.(........).)))))..))).)))).))..)))))((((((((......))).)))))....(((......)))(((((((..((.((((.((((((((..(((.((((..((((.((((((...(((((...))))).)))))))))))))).)))..))....((((((.(((.((((((.((.(((.((....))..))))).))))))............((((((.......)))))).....((((((((((((...((((((((((((((((.........)))))))...(((.....(((((((((((((....(((((.(((((..(((.(((((((((((((((....((((..(.((((....((((((...(((((((..((((((((.(((((...((((.......(((....))).....))))..)))))....)))))...)))(((((((((.((((.((((..((......))..)))).))))))))))))).))).)))).))))))...)))).)))))...)))).)).)))).))))).)))...........(((((((.(((((((((.(.(..(((((((.(((..(((.((.....)))))..))))).)))))..).))))))))))))..))))).....((((((((....((.((((.((((((...(((....))).)))))).).))).)).)).))))))))))))))))........)))).))))))))).....)))(((((...))))).((((((.(((..(((((.....)))))..)))......)))))).....(((((((((...........)))))))))........))))))))).....)))).)).)))))).))).))))))))))))))))...)).)))))))....(((.((((((...)))))).)))..))))))))))))))))))((.(...................).))((((((.((((((...)))))))))))))))).)))))).........)))))))...)))...)))))))).))))..))).)).).)))))(((........)))..))))))))))))))).........))))))))))))))))))))))))))).)))...)).)))).))))))).)))..)))).((.((((((((((((((((((((((.(((((....(((((((((....)))...))))))......((((((......))))))..))).))..)))))...)))))))).)........))))))))))..........(((((((...)))))))..(((((.(((((((......((((.(((((.(((.(((....)))))).(.(((....))).)........))))).))))......)))).)))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(((((((.((((.((((((((.((.(((..((((.({...}).))))..))).)).))))))(((..(((((((((((((((.{(.(((({{{{,((((({((((((..(((.(((...((((((((,,{(.((((.((((((((..((((.....(((((..((((..{((((((((((({(((((......))))),,........))))))((((....)))).((((((((((((...{....((,.(((((...(((((((((((((.((((...,)))}.))))))((((.((((((.((...,,...,(((.(((((.({.((.(((((...((({......))))..))))).))...)).))))).)))..)))))))).))))))))))).,((((.{{...}).))))(((((((...))))))})))))..)),,,))))))))))))..((((..(((((((((((((((...(({....})).)))),............,((((((((..,....,,)))))))),........,)))))}}))))))))......))))))}....(((((...........))))}...))))))))).....}))).))))))))...)))).)))))))).))...))).)))..)))))){|.{{{{{..,(((((((.((((.(((.(..(((((((..(((((...{,{((|||..{{..,..,||||{.,}.,)),),..))))).)))))))..).))).)))))))))))|..}||}}}.}}||||{,||,|||},..,}),}}))}|{||||({((.(((.((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)).)))..}}||..,,,(((((((((((((({..((((.{((((..(((((((((.((.,....((((..(((.((((((.((....(((((((((.(.(((((.,(((((...(({.((,..,,|||||.,,,...{{{|||{.,|||||,(((...(((((.....)))))...))).((((((...))))))...}})...))}}))}..)))))..)))))).))))))))){{,.{{((((,,(((((,,(({{{,.{{.||||,}|..}))}}}},.{((((|{{.{|||,|,,,,{{||||,|..{{(,.(,(((((((((((((.(((((((...)))..})))|({{|||.{{,,|{{{...,,}},)}}),,)).))})})),,,|{,,((({.{((..({({....))))..}}},,.,)})}}}}....((((((((.,.{.{{((((.(((((((...,..(((..(((.....)))..))),...))))))).))))))),.{{.(((((.(.((....)).)))))}.,..,,)))))))).)))))}.....})))))))}.|||.........,}}|{{.......)),.,}},|||.||||||}|}}}},(({{{{{|||...,,,.,))))))}),,...)).)))))).)))))))..,)).)))))))))))))}.)))).((((({.....))))))(((((.{.(((((((((.(((((({,....{((.,,,,{((((((({((((((((({|{((((({{.|,,{.((.((((...((((.{....}.))))...)))))}..,}.)}}}}||||{{{{,,|(((((({,{....(({(...,}))).,)))}}})))))))))))}))))))|||.},,{{{|{(...(((((((((((((,,.{((((....))))}...).)))))))).)))))...|.......((((((,({,{..(((((((((({...})))).(((((.(((((((||,.,.{{{{{}||,((({.{{(.((((({({,,,...})}))}}},,|||.}|}|{||.{|||}|({((|(((....,,))).))})),...||{,|||,,))}{{{{{{{..{{.{{{{,,,{||.((..(((.((({.{((((.((((((...{((({...})))).)))))))))))))).)))..)),.{((.((({{.{,(((((.((((((((((....(((((..{((({.,{,(((.{{{....)))..))).....))))),(((((..(,...,)..)))))|((((((((({(({(({..,,,,.,.||||}}}...{{{,,,,.(((((((((((((....(((((.(((((..(((.(((((((((((((((....((((..(.((((....((((((...(((((((.{(({(((((.(((((,..((((.......{((....)))..,.,))))..)))))....))))).,||||((((((((((((((.((((..((......))..)))).))))))))))))).}}}.)))).))))))...)))).,))))...)))).)).))))},)))).)))...........((((({(.(((((((((.(.{..(((((((.,((,.(((.{{.....}}}))..))))).)))))..).)))))))))),,,.))))).....(((((({(..{,,{.((((.((((((...(((....))).)))))).).))).)).}).))))))))))))))))........)))).)))))))))...,,))}(((((...))))).|,||...(((,.,,,,,..}}})||||{.|}|,,,...}))),)}}},}(((((((((...........)))))))))........))))))))),}..})))).....))))))))))))))).,.))))),.))}.)).)))))))....(((.((((((...)))))).)))..)))))))))))))))))),|.},..............{|{{{.,,((((((.((((((...)))))))))))))))),))))))..,,....})))))))))))))}},)))))))).))))..))).)).}.)))))(((........))),,))))))))))))))}.}}}.}})}))})))))))}}))))))))))))))).)))..,)).)))).))))))).)))..)))).((.(((((((({(((((((((((((.(((((....(((((({{{....}}}...)))))).,....((((((......))))))..))).))..))))),..}))))))).}........)))))))))).......,,,{((({{,...,}))))),,(((((.(((((((......((((.(((((.{((.{({....)))}}),|.{((....))}.,........))))).))))......)))).)))))).)),.
Back