Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001347946.2
Sequence Length
2608 nt
GC Content
0.3995
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCCUGGGGGGUGGGGAAACGGUUUCGUGAGGAGAAUUUGAGUUAAAAUUAUAAGACCUAAUUAUGAGUGAUCAAAUUAAAUUCAUUAUGGACAGUCUCAAUAAGGAGCCCUUUAGGAAGAACUAUAAUUUAAUCACGUUUGAUUCCUUGGAGCCAAUGCAACUAUUACAAGUUCUCAGUGAUGUUCUGGCUGAGAUUGACCCAAAGCAACUUGUGGAUAUCAGAGAGGAGAUGCCAGAGCAGACAGCCAAACGAAUGUUGAGCCUUCUUGGUAUUCUUAAGUACAAACCUUCAGGAAAUGCCACAGAUAUGAGUACUUUUCGUCAGGGUUUGGUGAUUGGAAGUAAACCUGUAAUUUACCCAGUGCUCCACUGGCUUCUUCAGAGGACUAAUGAACUGAAGAAAAGAGCAUAUUUAGCUCGUUUUUUAAUAAAACUUGAGGUACCAAGUGAGUUUCUUCAGGAUGAAACUGUGGCUGACACCAAUAAACAGUAUGAAGAGUUAAUGGAAGCCUUUAAAACUUUGCAUAAAGAAUAUGAGCAGCUCAAGAUAUCUGGAUUUUCUACAGCAGAAAUAAGAAAGGAUAUCAGUGCAAUGGAAGAAGAAAAGGAUCAGCUCAUUAAGAGAGUUGAACAUUUGAAGAAAAGGGUUGAGACAGCUCAGAAUCAUCAAUGGAUGCUUAAAAUAGCAAGGCAACUUCGAGUUGAAAAAGAGAGAGAAGAAUAUCUUGCACAACAGAAACAGGAACAAAAGAAUCAGCUAUUUCAUGCAGUGCAAAGAUUGCAAAGAGUACAAAACCAGCUGAAAAGCAUGCGCCAAGCUGCAGCAGAUGCAAAGCCUGAAAGUUUAAUGAAGAGGCUAGAGGAGGAGAUAAAAUUUAAUUUAUAUAUGGUAACUGAAAAAUUUCCUAAAGAAUUAGAAAAUAAGAAAAAGGAAUUACAUUUUUUACAAAAAGUAGUUUCAGAGCCAGCUAUGGGCCAUUCUGAUCUUCUUGAACUUGAAUCUAAAAUAAAUGAAAUAAACACAGAAAUUAACCAGUUGAUUGAAAAGAAAAUGAUGAGAAAUGAGCCCAUUGAAGGCAAACUCUCACUGUAUAGGCAACAGGCAUCUAUCAUUUCCCGUAAAAAAGAAGCCAAAGCUGAGGAACUUCAGGAGGCCAAGGAGAAGUUAGCCAGCCUAGAGAGAGAAGCAUCAGUAAAGAGAAAUCAGACCCGUGAAUUUGAUGGUACUGAAGUUUUAAAGGGAGAUGAGAGACAGGAUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCGGUGGUGUGAUCAUGGCUUACUGCAGCCUGAAACUCCUAGGCUCAAGUGAUCCUCCUACCUCAGCCUCCUGAGAAGCUCGGACUACAGGCACGAGCCACCAUGCCCAGCUAAUUUUCUUUUUUUGUUUUGUUUUGUAGAGAUGUGGUCUCACUAUGUUUCCCAGGCUGGUCUUAAACUCCCGGCCUCAAGCAGUCCUCCCACUUCGGCCUCCUGAAGUGUUAGGAUUACAGGCGUGAGCCUGCGCCUGGCUGUAAUUACUAUACCCAGUUUUUACAGAUAAAGGAUCUGAGACAUGCAGAGGUUUUAAGCUGACUUGCCUGACACCCCAUUGCUAGUAAGUAGUAGAACCAGGAGUUGGAUUUAGCAGUCUGGCUGUAGAGUCAUCAAUAGUUUGCACAUGACAGAAAGCUGGAAGAAAUAGUCAACCUGAAACACAUGAUGGAAUUAUAAUUCAGAAUCAUCUUGGUAGAUAGGGGCACUGUGCUUAAACAAAAUGCCAUUAAUGGGAUUAUAAUAAAUAUAAUGUGGUAGAAUUCAAGUUUUGUUUGCCAAUUCAACACAUCAUCUGUUACUAACGCAGCUUUAAAAAAUGCAUAAACGAUUAUACUACAUUAAUUUUUUUAAAAAGUAUCCUGUUUAUGGUCUGAUUAUGCCUGGAGUAUUAUUUUAUAUUUUUGACUUCAUGUUUUAAGAGACAAUCAUGCCAGAGUCCCACAUGAGGGUGACUAAAAUGGACAAAAAGUCUGGAAACUUUCAUAUCAAUAAUUGAUUAUGUAUUAACUGAAACAAAAGACUAGAGAAAGACACAGUGGGAAUUGAUUAUGUAUUAACUGAGGAAUAAAAGACUGAAGAAAGACAUAAUAAAUAGUUAAAGGAUUAUGGAAAAGAUGGUGUUCAGAAAAAAAUUAACAUGCAGGCCUGAGACUGCUAUCCCUAGAAAGGUCUGCUUGCAAAGUUGGCCCUUGGCUGGCAUCUGGGGGAACUUGGUUCUUGGAUGGAUUCCUGCCAUUCACUGAUAAGAAUGGCUCACCUUGCCUAAAGUAUAUGAAGAGUGUGCUUUAUGUCGAGCUCCUGCUUGCUUGCCUCUUUCUUUGUCUUUCUUUCUUUUCCUUCCUCCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUCUCUCUCUCUCUUUCUUUCUUUCUUCUUUCUGGAAUUUUGGUACAGGCUAGGCAGAAUGUGCCUAGAUGAUCAGCUCCUAGUAAAAACCUUGAGAACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-696.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -750.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 606.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((.........((((((((((((.....((((((.....))))))((((.((.....((((((..(((((((((((((.......((((((.......)))))).........))))))))(((((((....(((....((((...))))..)))....)))))))...((((....)))))))))))))))......(((......)))(((((((.(.....).))))))))).)))).......(((((((((.((((((((((((....((((.((((((((((((....))).......((((((((.(((((((.((((((((.(.(((((((((......)).)))..)))).).))))))))((((.....((.....)).....))))((((((...)))))).((((((((............))))))))..((((.......)))).............)))))))))))))))..((((((........)))))).)))))).................((((((.....(((((...........((((((........((((...)))).(((((((....(((((.....))))).......))))))).)))))).((((((((..((((((((((((.......)))))))......((((..((((((((((....)))))...((((....)))).........((((((...((((...((......))....))))....))))))...........(((((.(((((((((((((((((..((((((......))))))..))))........))))))...(((.((.....))))).((....)).......(((((...((.((((((((..(((.(((((......((((((((......((..............))....))))))))...........(((((((.(((((........((((..(((((((((((((((.((((((((((((..(((((((((.((((((.((((((..((((((((((.(((.........(((((.......((.((..(((((....((((((((((((.((((.........(((.((((((.(((((.((((((.........((((((((((....(((((.((...((((((((((..(((((.((...((.(((((((.(((.(((((.((((((..(.(((.(((......))).)))..)..)))))).)))))..(.((((.(((((.......))))))))).)....(((((((.((((.(((.(((....))).))))))).)))))))...))))))))))...))....)).)).)))..))))))))))..(((((..((...))..))))).......)))))))...))))))))))..............((((((((((...))))))))))..(((((((..........))))))).....((((((..((((((((....))))))))..)))))).(((((((......))))))).((((((..(((......)))..))))))........((((.......))))(((.(((.((......)).))).)))....(((((.....)))))..((((((((((((.........(((((((.....((((((((....)))...)))))....)))))))........)))))(((((....(((((...)))))..))))).....))))))).)))))).)).))))))))).)))...)))).))))))))((((((.....)))))).(((((((............))))))).)))).....)))))..)).))....))))).........((((((.((((((((..(((...((((((...))))))....))).))))))).).)))))))))..)).)))))))))))))).)).)))).).))))))))......((((((...((((((((((((((..((.....((((.....))))))..))))))))(((((...)))))..........((........))................))))))....(((((((.....((..((.........))..))....)))))))..((((((....))))))........))))))))))))...........(((((((...(((((.(((....)))...))))))))))))....)))))).)))))))).)))))))..)))).......))))))))))))(((((((........)))))))....(((((.((((((((((.....)))))))))).).))))))))).)))....)))))))).))...))))).)))))))..)))))))))).))))..))))).))).))))).......................))))).....)))).))..))))))).....)))))))))))).)))....))))))(((((((.....)))))))..)))).))))))))......)))))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..(((((...,...,,(((((((({(((,.,.,({{|{||.,,{||||||{(((,{{{,..,{(((((({((({{{(((((((.,,,...((((((.......)))))).|,,}}}}}))..,)))|}|||||,,.,||||...,{{{.,,))))}}})}.,..,}}}}}},,,{|{|...,))}))}}}}}}}||}......,,,....,,|||(((((((.{.....).))))))),}..,,}......,||||||{{{.((((((((((((.,..((((.{({((((((.,,..,,,||{{{.{{,(((((((,{(((((((.((((((((.{.(((((((({......)).)))..)))).}.))))))))(((({{(.,.{.....,}.}}},)}))((((((...)))))).((((((((............))))))))..((((.......))))..,..........))))))))))))))).}||{{{|..},,.,,}}}}}}.)))))).................({((((.....(((((...........{{{({{,.......{(((...)))}.(((((((....(((((.....))))}..,,..,))))))).}}}}}}.((((((((..((((((((((((.......)))))))......((((..(((((,{(((.{{{|||,|,..{,||....},|(((......}))|,{,,,,|||,,)))))..,{(({((({(({{....{(({{{,,..,,|{,..{(||...,,,,,.{{{{{{,|||,.|{{{|{,,....)))))}..|}}}........}}|}}}...{{,.((,....}}|||,||...}))..,||..{,,{|..,,,.((((((((..(((.(((((,,,,..,,,,,|||,|....{{..........,{|{,|{{,.,,,)))),,,.........(((((((.(((((...,,...((((..(((((((((((((((.(((((({(((((,{{((((((((.((((((.{(((({.,((((((((((.(((...,{{,..{((((..,....,,...,{((((,,...(((,((((((((.((((.........(((.(((((,,(((((.{(((((..,,{{.,,{(((((((((....(((((.((...{(((((((((..(((((.,(,,,{{.(((((((.(((.(((((.((((((..,.(((.(((......))).)))..)..)))))).)))))..,.((((.(((((.......))))))))).)....(((((((.((((,{((,(({....))).))}}))).)))))))...))))))))))...}),,..)),)).)))..))))))))))..(((((..({...))..))))).......)))))))...)))))))))}.,{((((({.(({.((((((((((...)))))))))){(((((((({,,..{{{{{|,}||,,...}}((((((..((((((((....))))))))..)))))).(((((((.....}))))))).((((((..(((......)))..)))))).....,,.((((.......))))((((((,.(((,,(((((.,(.({......})}..))))))))))))))).}}}}}|||||....}})))))|(({{.{{,,,,||,},},,}}},}}).))))}},.}},))),,....,,}},.,,||,.,,.,(,((({{,{{....,})).,..,)))}.)))}.)))))}.)).))))))))).)))...)))).))))))))((((((.....)))))).(((((((...,,.....,,))))))).,))}.,.}}))))},.|,.......))))}.........((((((.((((((((..(((...((((({...})))))....))).))))))).).)))))))))..)).)))))))))))))).)).)))).))))))))))|,.,,,,,,(({...((((((((((((((..((.....((((.....))))))..)))))))){(((,...})))}..,{,.,,..{{............,.............)))))).}}.(((((((.....{(.{(,.........))..,,....)))))))..{{{(({....))))}),,.....,)}))},)))))}.........{,{((((((,,.{{{((.,{,....}})..,)))))))}))}}....)))))).)))))))).)))))))..)))).,,....))))))))))))(((((((........)))))))....(((({.((((((((((.....)))))))))).).))))))))).)))....)))))))),})}},)))))})))))))..))),,))))).})))..,,.,,.,,}.,}},}}},}}},}}},},},,,,.,...}}}}),},,.}}}}}}}},))}}})}.....)))))))))))).}}}..,,|}}}}}(((((((.....)))))))..)))).))))))))......)))))..)))...
Back