Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348149.2
Sequence Length
3247 nt
GC Content
0.5214
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUGGCGCCUUUGUCCUACGGCGGGCAGGUGGGCCGACGCGGAGGCGGCAGCGGCGGGCCUGAGGCGAAGGAGCGGCCGGGAGCCCGCCGCGCUGGUAGCGAUAUUAAUAAGGCAGCGGAAAGAAGAAAUAUGAAUACGGCUCCAUCAAGACCCAGCCCCACACGAAGGGAUCCAUAUGGCUUUGGAGACAGUCGAGAUUCAAGGCGUGAUCGAUCCCCAAUUCGAGGAAGUCCAAGGAGAGAGCCCAGGGAUGGCAGAAAUGGCCGGGAUGCCCGGGACAGCAGAGACAUUCGAGACCCCCGAGACUUGCGGGACCACAGACAUAGUAGAGAUUUGCGGGAUCACAGAGACAGCAGGAGUGUGCGCGACGUUCGGGACGUGAGGGAUCUUAGAGACUUUCGUGAUCUAAGAGACUCUAGGGAUUUUCGAGAUCAGCGAGACCCCAUGUACGACAGAUACAGAGACAUGAGAGACUCCCGAGAUCCUAUGUACAGGAGAGAAGGCUCUUAUGACCGAUACCUACGAAUGGAUGACUAUUGCAGGAGAAAGGAUGACUCUUAUUUUGACCGUUACAGAGAUAGCUUUGAUGGACGGGGCCCUCCAGGCCCAGAAAGUCAGUCUCGUGCAAAAGAGCGUUUGAAACGUGAGGAACGGCGUAGAGAAGAGCUUUAUCGUCAAUAUUUUGAGGAAAUCCAGAGACGCUUUGAUGCCGAAAGGCCCGUUGAUUGUUCUGUGAUUGUGGUCAACAAACAGACAAAAGACUAUGCUGAGUCUGUGGGGCGGAAGGUGCGAGACCUGGGCAUGGUAGUGGACUUGAUCUUCCUUAACACAGAAGUGUCACUGUCACAAGCCUUGGAGGAUGUUAGCAGGGGAGGUUCUCCUUUUGCUAUUGUCAUCACCCAGCAACACCAGAUUCACCGCUCCUGCACAGUCAACAUCAUGUUUGGAACCCCGCAAGAGCAUCGCAACAUGCCCCAAGCAGAUGCCAUGGUGCUGGUGGCCAGAAAUUAUGAGCGUUACAAGAAUGAGUGCCGGGAGAAGGAACGUGAGGAGAUUGCCAGACAGGCAGCCAAGAUGGCCGAUGAAGCCAUCCUGCAGGAAAGAGAGAGAGGAGGCCCUGAGGAGGGAGUGCGUGGGGGCCACCCUCCAGCCAUCCAGAGCCUCAUCAACCUGCUGGCAGACAACAGGUACCUCACUGCUGAAGAGACUGACAAGAUCAUCAACUACCUGCGAGAGCGGAAGGAGCGGCUGAUGAGGAGCAGCACCGACUCUCUGCCUGGUGAGCUACGUGGCAGGGCCGAGGCCCGAUUUCCCGCCAACCACUCGGGGCGACCUCGGGUGCCUCGCUGAAGACACAGCCAAGCUCCCAACCGCUCCAGAGCGGCCAAGUGCUCCCCUCUGCUACACCCACUCCAUCUGCACCCCCCACCUCCCAGCAAGAGCUUCAGGCCAAAAUCCUCAGCCUCUUCAAUAGUGGCACAGUGACGGCCAAUAGCAGCUCUGCAUCCCCCUCGGUUGCUGCCGGAAACACCCCAAACCAGAAUUUUUCCACAGCAGCAAACAGCCAGCCUCAACAAAGAUCACAGGCUUCUGGCAAUCAGCCUCCAAGCAUUUUGGGACAGGGAGGAUCUGCUCAGAACAUGGGCCCCAGACCUGGGGCUCCUUCCCAAGGGCUUUUUGGCCAGCCUUCCAGUCGCCUGGCACCUGCUAGCAACAUGACUAGCCAGAGGCCUGUGUCUUCCACAGGUAUCAACUUUGACAAUCCAAGUGUACAGAAGGCUCUGGAUACCCUGAUCCAGAGUGGCCCUGCUCUCUCCCACCUGGUUAGCCAGACCACAGCACAGAUGGGGCAGCCACAGGCCCCCAUGGGAUCUUACCAGAGGCAUUACUGAAGCUAAAUCUUUCAACUCUCCCCAGUCCCCUCAUCCCCUGGCCUCCUCCCACUUACUUGUUCUAAAUAGAGCUGUUUGGAGGAUGUUCUCUGCGCUCCCAGGCCGGCAUCGAGUGUCAUCAAUUUCUACCACCUGCUCUCUCUUCUGCCCAAGGCUGUGUUGCUUAUUCCUUACAAAGUUUAUACUGCAUUUGGGGCUGUAUCUUUUUUUGUUUUUUGUUUUGUAGAAAAUAAAUAUCUCCGGGGGCAGUACAGGUGUCUGGGCUUGUAUUUGAUGGGGUUUCUCCGGUCCCUGUUUCUACUGGAUUUGGAGCCAGGCCCAGCUAGCCAAGUUUGGAAUGGCAUUUGUCAUGUCAGUAGCCACCACCUUUGUUCAUUGUGAACCUACCAAGGCUUUCCAGCUUCAUACACAUUGACCAGAGCUCAAGCUCCUGCCUGCAACUCCUGCCUAGAGUUGAAGAAAAGCAAACUGGCCUUGGCAGGCACAGUGUCAUCAUACCCUCACCCCAUAUGUUUGGGGUCUGCUUGAGGAUUCAUAAAUCAGCCACUCUGGAUUGUUGAGGAAUGGCCAUGGCAGCCACAGAAAAAAGAAUUUUUCUCUCUGAGCCAAGGUUGUUUUUUGUUUUUUUCUCUUUUCUUUUUUGUUUUCAUUUCAUUGGAAGAUCUCCAAUGGACUGAACAGCUCCAGUCAGCAGCAGUUACCACAAACUGUGAAUCUGGGCCCCACCACUCUUCCCUGUUAACCAGUUCUGUCAGCAUCCCCCUCUCCAGCAGCACUUCCAUGAAGUUGGUUCUGAGACUCUGGCCGUGAACACCCGUUUCUUCAGUGAUUUGUUUUGGGCUUUUGGCUCAAAACCCCAGGCUCUUGUUUUUGUCUAGACUCUUAUUCUGUUUCCUGAGCAGCAGGAGGUAGGGACCACUUUGAUGUCAGACUUCUGGUAGCUGGACAUGUUCUCGAGAUGGGUGGCUGUUCGCGACUUUUGUACCAGAGUGAAAUUGUUAGAAGGAGGGUUUCUGGCUGUGGUUCUAAAUGGAGCCCCAGGAAGCUGCCCUCUCCCCAGGGUUUGUGCUCAGUAGAGCCCUGUGGAUCACAGUCUUGAGGUCCUCUAGCAGGGGUGAGGGAGAGCAGCGACUUCAGCUGAGUCCCUGCCAGUGGUUAAGCAAACAAUGGUUUCAAAAUUCAAGGUCCCCAAAUGGCAGCAUUUUAUGUUCUGACCUGUUUGUGUUAUAUAGUGGUUUUUUUUUUCCUCUUUGGAACUCUUGUGUUGUUAAUAAAAUGAAAUGAUUACUUUUUAAUUAAAAUGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1113.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1174.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 930.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((((.((((((((.((((((((((.(((((((((..(((((..((((......))))))))).)))))).)))...))))....)))))).))))))))..).)))))))))....(((.((....)).))).(((((((((.((((.(((((((((((((........((((((((..((((((((((.........((((((.((...((((((((...........))))))))...)).))))))(((((((.(((((((...((((((.(....((((((((((((.((((((((...)))))(((((.((((......((((((((...((..((((((.((.(((((((.(((..(.(((.((((((...(((.((((((((((.(.(((((..((((.((((((((((((((((.(((.((((((((.(((.(((...))).(((..(((((.......))))).))).(((((....).)))).))))))))))).)))..)))))))).(((.((((((.(((((((((((((.(((.(.((((((...(((((.((.(((((.((((.....(((((....(((((.(((((.(((((....)))))...)))))((((.....)))))))))))))).)))).)))))...)))))))....))).)))).)))))))....)))))))).((.((((....)))).))....(((((...)))))..(((....)))..(((..((((.((((..((((.....))))))))))))..))).....((((((((((..((...((((.....))))((((.(((((((((((((.................)))).)))))))))...))))(((..((((.(((((((((((...)))).)))))))....))))..)))))..)).)))))))).).)))))).))).......)))))))).))))..)))...(((((((((.(.(((.....)))).)))...))))))(((((..(((((((((((....(((..((.....((((((.....(((.((((((((.(((.((((((((((((....((((((.......))))))))))(((((((.(((.(((((((((.((.(((((((((.....((((((((.((.(((..(((((((((((.........((((((......((((((.......(.(((.((..((....)).)).))).)))))))((((.(((((.((((.((.((..((((.(.(((((((.((((..((.(((.(((((..((((..((((....))))......))))....(((((((((...)))))))))....((((......))))..))))))))...))...))))))).....)))).))))).....)).)).)))).)))))...............(((.(((((...((((....((((..(((.((.....)).)))..)).)).))))......))))))))......))))(((((((..(((((.................))))).))))))).....)))))).......((((.((((((((((((((.....(((...((((.((((((((.((((((......)))........(((((((....))))))))))))))))))))))...))).........(((((.(((((....))))).....))))).))))))))))))))))))......((((..((((.((...)).))))))))...)))))))))))...)))....)).))))))))))))))))))).((((....))))............((((((..(((...)))))))))(((((.......((((....((((.......................))))..)))))))))..)))))))))...))).))).))))........))))))))..))).))))).))).)))....))))))))..))))))).))))))).))))).)).).)))))...((((((((.((((.((((..........))))..)))).)).))))))))))).)))...(((((((((((.....))))))))))).))).))).))))..)))..))))))))))))))).))...))))))))((((((((..((....)).))).)))))....(((((((..(((.(((..(((..((((..(((......)))..))))))).))).)))(((((((..(((.((((((((.....((((.............((((((....))).))).((.((((((.......)))))).))..)))).....)))))))).)))))))))).........((((((((((......))))))......))))............((....(((((((((((((((((((((.((((......(((((((....)))))))......)))).)))))))))))...........................((.(((((((((.....))))))))).))))))).)))))...)).((((((......))))))....)))))))......))))...)))))..))).))))))...)))))))))))))....).)))))).)).)))))........(((((((.((((((((((((((((...((((....((((((((((...))))))))))(((.(.((((((((....((..((..(.......)..))..))..)))))))).).)))..))))...(((((((.((......)))).)))))......)))))))))....)))))))((....)).)))))))((((((.((.....)).)))))).))))).)).)))..)))))))).(((....)))(((((.(((((((((((.(((...))))))))))(.(((((.((....)).))))).).....)))).)))))...((((.(((((.....))))).))))((.((..((((((((((..((((............((..((....))..))............))))))))))).)))..)).)))))))))))))))((....))....)))).)))))))))........((((((.....))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,.((((((((((.((((((((.((((((((((.(((((((((..((((,.{((((......))))))))).)))))).))}.,.))))....)))))).))))))))..).))))))))).,..(((.((....)).))).(((((((((.((((.((((((((((((((((((,,,,(((((((.((((..((((((((..((((((((((.((...((((((((..{........))))))))...}}.))))))...}))).((....}}.((((((((({..,(((.(((.((((((((((,.({{((({((((..((((((({{((({.......}},..((((((((....(((((((.({...(((((((((({{((((((..(((((,,,,(((,{.{{{{{{{|,.}||||,.((((((((.(((.((((((((.(((.{{,...,}}.(((..(((((.......))))).))}.(((((....).)))).))))))))))).)))..)))))))).}}},}.,,....((((((((((((.(((.{.((((((..,(((((.((.(((((.((((.....(((((.,..,,,{{.(((((.(((((....))))).,,)}))|((((.....)))))}}},))))).)))).))))).,,,})))))....))),})),.))))))}....)))))))).((.((((....)))).))....{((((...)))))..(((....)))..{{{..{((||((((..{(((...,.)}},)))))))}..))),.)}}}|,,||||||,,((((.((((.....}}||((((.{((({(((((({(,,,{{{,.........,)))},)))}})})}}..)))}{{(..((((.(((((((((((...))))))))))))..},)})).,)))),..}},,,,,}}}.})))))))))).))))...,,.)))))))....)))))))).((,{.,,.,,||}|.((((((((((((((((((.((((...))))..)))))).))))..,,((,,((((((..(((((.(((...((((((.(((((((.....}|||(,.,.((((((.......)))))),))),{(...((((((({({{((((((((((.(((({,({{((((((....,|||||{|.,,,{{(({{,,..,,.,,,{|||||.,,.,..(((({{..,,...{.{{{.{{{.((,,..}}.}}.}},..}}}))).,,{.(((((.((((.((.((..((((,(,((({({(.{{((,,((.(((.(((((...{((|.|(({,{,{||||{,..,,,{|||...{,{{{||||,}.,,))))},}},},||{{......)})),,)))))))}..,)),..}))))))....}))))}})))).....)).)).)))).)))))..,,,,,,},,....{{.{(((((.,.((((....{{((..(((.((.....)).)))..)).)}.))))....}.)))))))).}}}})))))|(((((((.(((((............,....)))))...))))))}...,,,.((((.....((((.((((((((((((((..,,.({{...((({.,{{{({((.{(((((,.....}}|,......{(((((((....)))))))))})))))))})}}}...)))...,,,,,,,{{|(,{((((....)))))}....})),}.))))))))))))))))))....))))....,((({({,,....,,}))).},}},}|{(((((({......})))))))))))))).)))))))...,||(({,..,,,),}}.........((((((..(((...)))))))))(({,.....,}||{({{.....,,,,}},...,})}}}...,,)}},}}))).))))))..}},,.}))}))},),,,)})))))|||....,,,.)))))))).)))))))))))))..)))).}},,))))))..).))))}...})))).))))))))))))))))}}|||,,||||.{{{{.|{{{.,,,,,....,|||..,})),}}..,))))))})..}}}}..{((((((((((.....))))))))))).......{||{|{{{(((((((......))))))))),|||||||,..,{||{||}|,,||....,}{|||{(((((((((..,...((({{(({.,..{((..((((,,.,{..,},,)),,,|||||,,....{{..(((((((..(((.((((((((.....(((({{.......}}..{{((((....)))}.}).((.((((((.......)))))).})..}))).....)))))))).)))))))))).,,.,...((((((((((........((((..((({,{(((({{,,..,.,{,{.,,,,{|{{,||,.|(((((((((((.((((....,.(((((((....}))))))...,,.)))).))))))))))}.....................,{,.,(((.(((((((((.....))))))))).))))}}|{.{{((...,|,((((((......))))))|,,.)}||}}....,,,.......{,{,,..,|||,|||{,|||||,|||||{(({{((.{,(({{((...)}})}}}}},}||||({(((((.(({((((({({({{((...,{,|....((((((((((...)))))))))),{{.,,{{{,||||,.||{|||||,||,,,..{{|{{{{{{|,,.,}))))))}},))),.,,,,.,},||{|||,,..}})},)))))))}},,..,..))))))))}}}.})))))))||....}}.)))))))}....{{{{{{{.(((((((..((..(((.((((((....)))))).)))..)}..))))))),,.((((((((.{((...))})))))))).||{{{.{{....)),)))))))})))))))))))))).{.((((.(((((.....))))).)))),.,)))))},))...,..)))))))}}},}}},,||||}}}..}}|}.|}),,}},})))},}||||},,,|}}}}},,}},..}))))))))))))).|...,}}....,))).)))))))))....,,,,.,,,,,..,,,}},,,.....,,.....
Back