Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001348238.2

Sequence Length

2241 nt

GC Content

0.5805

GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-827.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -864.30

Frequency: 0.0000

Diversity: 673.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((....(((.((((...)))).))).)))))))..(((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((..(((((....(((........)))))))))))))...((.((((......)))).)).....(((((....)))))((((((((((((.............(((((((((((........)))).((((....((((....))))))))((((((((..((.((((....)))))).)))).))))(((....))).((((((((((.........((..((((.((..((.(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).))))...((.((((((((((..(....)..))))).....))))))).....)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...))))))))).))..)).))))..)).))))))))))..))))))))))))))..(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).)))))....))))).(((((..(((..((((((((((.((((..((((..(((.((((((..........)))))).)))..........(((...(((((((.....)))........(((((((...(((((..(((((...(((((........((((((.......(((..((.(((((.((....(((((((((((..(((.(((((((........(((((((..((((...((((.(..((((...((.((((........)))).))))))..).))))..)))))))))))...)))))))..))))))))).)))))...)).))))).))..)))....(((((......))))).....))))))((((.....))))..))))).....)))))..))))).....)))))))(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..))))..)))(((((((......))))))).))))..))))..)).).)))))))..)))))))))))))))).(((....)))))).)))))))..)))))))))))..((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,{((((((....(((.((((...}))).))}.)))))))..,{((({{{(((,((((({((((.,,{(((,.(({{(((,(((((..(((((...,(((........))))))))))))).}}|..}}..)))),.))||,|,....((((((....)))))){(((((,((((.,,,,,.,,,,.,((({({(((((,.,....,||}}.,,,({{{{((((,...,,,,}|||(((((((,..,,.((((....))))||{|||}.},,,{((,.,,|}}.,{{|||{|||......},}||,|((((.{(..((.(((((((((...(((((((..(((((({{(((((,((({{,{{,,|,........{{{,((,(((({(((((,(((((.,(((((((((((((.(((({{{{(,,,....((((((((..(((.(({.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)})..)))..((((((((((..((((.((((((............,}....)))))).)))).....{(......)}........)))).)))))).))).))))),)))).........))))))).....)))))))}}||..(((((.,.})}}|{{({,..,(((.,,..}},,,..|||,,.,)||,}}|,,}},.....{{{{{,(({(|,..,,,|,..}}}},)))}}....||,.,((((((,((,.{{{,.{{{,...||}}.|||||{|||,,,|||}}}|||,}||||||||(((({,|{{{|..,,.{{|(((..{{{{..,,.)))),})))}))}}}.||}}|}}}))}}}.|||||},((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))...{{,.|||...})).}))..}))))).,.......((((..(((((((.((....)))))).))).))))...,,.((((((((((..{....,..))))).....)))))}}.....)))))...))))))....))))))...)))}..,},}},..,}|}}|{{{{,......((((({..(((((...((.((......)})).)))))..))))).......{((((((.....)))))))))}))..,||,.{{{....)))..)).,},,}).))))})).})))).,})),},..}))))})}}....})}}}),},,))).,},........,........)))))))...))))))))).))..)).)))},{||.,}||||||||.,|,}}||}|||||,,..(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))....}))},.,{,{|..,,|}.||||||||,,.||||..{{{,..(((.((((((...,,...,,)))))).))).,,||...}}|}}},.,},|,|}}}}}.)))}......,||{{{{|,..{|||,..,||||...|||{(,.,{,,.,(({({,.....,||{,||,..|,||,|({{{,.{,|||||||((,{((({(((({{{,,,,,,{,{{{{((,,,,,.....}})},..}}}|}.({(.{(((..{(((....)))}))))))).,..|||,,.,,}},,,..{{{{||,||,|.{|||,,,)))},),,,},.)))))),|{||{((,({{{{((((,..{{{{|||,|||||{||||||({(({..{,||,...,||||{{...,,,,,.})),))}{{{.}}|||,,((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).}))),.)))}.})),)}))})))}},,))))),))))))))).}}}})))},}))).))))}))..))))))))))),,(((((({..||||||,{||,,|,|,,,,)),))),||||||.,,,((({{.{||||,|{|||||||{|,,,,,)))|}{,,,,,|||}}}..}}|||.}}}))|||||,}}},.,)))}}.............}.))),,,,.