Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348239.2
Sequence Length
2348 nt
GC Content
0.5826
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGUAAGAGCCGAUCCGCUCGCGGCCUCCACUGCCAACCUCAGCCUUUUACUGCAGCACCCGCCGCUGCCCGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-855.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -897.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 617.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((....(((.((((...)))).))).)))))))....)))...(((((.((....((((((((((.((((.((((((((..(((((....(((........)))))))))))))......))).)).)).)))).......((((((....))))))((((((.((((.(((((...((((.(...((((((........)))).))....).))))..((((...((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((......((((....))))((((((.......(((.(((......))).)))......))))))((((((.(((...(((((((((...(((((((......(((.(((((((((((.(((.(((...))).)))..((((((((((((((((...)))))))(((.....((((((((((.(((((((((..((((........((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....))))))))))..)))...(((.(..((..((((.((((((..................)))))).))))..))..))))...)))))).)))((.(.(.(((((((((((.((..((.((((.((((..((((((.(((((((.....((((((((........(((((....(((.....)))....))))).(((.......))).....(((((.((((...........)))).)))))....((..(((.....))).))....(((((.(((((((.((((((((...(((.((.(((((((.(((((((((((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))..((((.((((((((.(((....(((((((........)).)).)))(((((((.((..((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...))..)))..))))...........)))..)).)))))).))))((((.((....)))))).)))))))...)).)))...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))(((((.......))))).......)))))))).))).))))......))))))....))))))))))..)).))))..((((......))))........))))))))).))))))))).....)))(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))((...(((((((((.....)))))))))...)).((..(((....)))..)).)))))))))..............))))).)))))).)))...((((.(.(...).).))))................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))........)))))))..)))..(((((...............))))).(((((.........))))).))))..)))))))........))))).....)))).))))))....)))).((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).))))))))))))(((((((...))))))).))))).)))).))))))(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))((((.(((((((((.......(((....)))))))))))).))))............)).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({((((((..,,(((,((((,..}})),))}.})))))}....)))...{{{((,((..,.,{{{{(((({.(({,{((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).}}}..)}..))})}.)))).,.....((((((....))))))((((((.((((.(((({,{,{{{{.{...{{((((........)))).}|,...|.)))},.((((...((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((....,,(({{....||}|((((((.......(((.(((......))).)))......))))))|((((.{(,,({.(((((((((...(((((((..,,{,(((,(((((((((((.(({.{{....,}}.|||,,((((((((((((((((,,.|||||||(((,.,,.((((((((((,({,{{((({{,(({({(({((..((,,(({,({((.((((.....)))).)},)).}}|,|,,.,,})})}}.,..))))||,|||..|||..,{{|||{,{{|,{{((|||{{||.,},,..},..,,},,..))))}}.))))..,,.,{|.,...}}}},,.},,||||.{|{|{|,{{{{({|((,.((.((((.,{{{,.{{((({.{{{{|||.,...((((((((....,|,.{((({....(((.,,..}},....))),}.})|,,}},..}},.....(((((.((((,..........)))).)))))....{{..(((...,.)}}.}}...,(((((.(((((((.((((((((...(((.((.{{(((((,(((((((((((((..,,.((((((..((((.....))))..))))))}.}...))))..((((.{((((((({(((....(((((((........||,|}{||}((((.,{.{,,.((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))...},..))),.)))).,}}.,}.,,}}},..})}}})))).))))((((.((....)))))).)))))))...}},}})...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))|((((.......))))}.......}}}}}}}).|||.}}}}......)))))}....)))))})}}}..)},)),,.,|))|}}}.})))}),....,,)))))}))}}..,))))}}}.....}}}((((({..(((((...((.((......)))).)))))..))))),{...{((((((((.....))))))))),}}}..((..(((....)))..)).}}}}})))),,,,,.,,,,,..,))}}},,))))),))}...,|||,|,,,,,})).}}},.......,........)))))))...))))))))).))..)).))}}((((...((((((((.({..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,,....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))).,,}}...)))))))..)))..(((((.,.............))))).,{(({.........})))}.))))..)))))))........))))).....)))).))))))...,)))).((((((((((((...{(((((({{,{{(({{{.......,})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))).)))).)},.)))))))))))),((((((...)))))))|))))).)))).))))))(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))|{|(.(((((((({......,(((....)))))))))))).))))............,..))))).....
Back