Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348240.2
Sequence Length
2272 nt
GC Content
0.5889
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGUAAGAGCCGAUCCGCUCGCGGCCUCCACUGCCAACCUCAGCCUUUUACUGCAGCACCCGCCGCUGCCCGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-839.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -878.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 568.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...(((((((((((....)))))...))))))....))))..((....)).((((..((((((..((..(((.(((((..(((((....(((........))))))))))))).)))..))..))))..))..)))).........((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((......((((....))))((((((.......(((.(((......))).)))......))))))((((((.(((...(((((((((...(((((((......(((.(((((((((((.(((.(((...))).)))..((((((((((((((((...)))))))(((.....((((((((((.(((((((((..((((........((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....))))))))))..)))...(((.(..((..((((.((((((..................)))))).))))..))..))))...)))))).)))((.(.(.(((((((((((.((..((.(((((((((..((((((.(((((((.....((((((((........(((((....(((.....)))....))))).(((.......))).....(((((.((((...........)))).)))))....((..(((.....))).))....(((((.(((((((.((((((((...(((.((.(((((((.(((((((((((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))..((((.((((((((.(((....(((((((........)).)).)))(((((((.((..((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...))..)))..))))...........)))..)).)))))).))))((((.((....)))))).)))))))...)).)))...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))(((((.......))))).......)))))))).))).))))......))))))....))))..)))))))..)).))))..((((......))))........))))))))).))))))))).....)))(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))((...(((((((((.....)))))))))...)).((..(((....)))..)).)))))))))..............))))).)))))).)))...((((.(.(...).).))))................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))........)))))))..)))..(((((...............))))).(((((.........))))).))))..)))))))........))))).....)))).))))))...))))).((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).)))))))))))).((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((({..{{((({(((({..,,))})),.}))))))...,||||..((,.{{{{{((((,.{(((((..((..(((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).)))..)}..)))),.))|,}))}.,{,.....((((((.((((.....((((((((((((...((((...(({(((((((....,,(({,....}}}|((((((.......(((.(((......))).)))......))))))|((((.,(,,{(.(((((((((...(((((((..,,,,(((.(((((((((((.(({.{{....,}}.|||..({(((({(((((((((,..||}}}}}(((.....((((((((((,({{(((((,,.(((({(((((..((..(((,({((.((((.....)))).)},)).))).}}..}))))}},.}.,||||{,,{{,.,(({,...||}|,,{||}|||||||||)).})},.,)},,},||}..}}}}},,}|||,.{{,{{{.|...}|||,,.},,,,{(,({({({{((((((,((..((.((((({(((..((((((.(((((((.....((((((((.....,,.(((({....(((.,,,.,},....)))}}.|}|..}}...,},.....(((((.((((...........)))).)))))....{{..(((.....))).)}....(((((.(((((((.((((((((...(((.((.(((((((.(((((((((((((..,,.((((((..((((.....))))..)))))),.}...))))..((((.((((((((,(((....(((((((........)).)),|}}((((,,(,{{,.((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))...},..))),.)))).,}}.}}.,,}})}..))}}})))).))))((((.((....)))))).)))))))...)).)))...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))(((((.......))))).......)))))))).))).))))......))))))....)))}..)))))))..)).}))),.|||,.}},}}))}),.....}))))),))))..,))))))).....))}((((({..(((((...((.((......)))).)))))..))))),{...(((((((((.....))))))))).}}}..((..(((....)))..)).})))))))),...,.,,,,,...))})},,))))),))}...,|||,|,,,..})).}}},.......,........)))))))...))))))))).))..)).))},((((...((((((((.({..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,}....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))).,,}}...))))))).,))}..(((((.,...........,.))))).{{{{{.........,)))}.))))..)))))))........))))).....)))).))))))..,}})}}.((((((((((((...{{((({(|{{{{(({{,.......,})),..}}|||.({{.{(({,,{(((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))).)))).)),.)))))))))))).((((((({.((((((.(((..{{{...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....))))),.....})))))..))))).))))){{{((.|,,,..))))).............}.)))}))}.
Back