Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348242.2
Sequence Length
2377 nt
GC Content
0.5776
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGCAUCUCAUCUUGUCUAAACGGGGAGAGUGGCCAUCUGUCCGAUACCCACAUCAAACCUGAUCGUUCCCAGCCUCACAGAGCUGCUUUGUUCCAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-868.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -913.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((....(((.((((...)))).))).)))))))....)))...(((((.((....((((((((((.((((.((((((((..(((((....(((........)))))))))))))......))).)).)).)))).......((((((....))))))((((((.((((.(((((...((((.(...((((((........)))).))....).))))..((((...((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((......((((....))))((((((.......(((.(((......))).)))......))))))((((((.(((...(((((((((...(((((((......(((.(((((((((((.(((.(((...))).)))...(((.(((((((.(((.((..((((.......((((((((((((...(((((((((.......((((....)))).((((((((((((((.((((......))))....))))..(((((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....))))))).)))..(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).)))))......((((((((((.((.(((..((((...)))).))))).)))))((((...(((..(((((((((((((((.((.......))(((........)))))))))))).)))))))))...)))).))))).)))))))))).((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....)))))).................)))))))))......))))))))))))))))..)).)))........)))))))))).((((((..(((((((((.....)))))))))......((..(((....)))..)).....)))))).............))))).)))))).)))...((((.(.(...).).))))................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))........)))))))..)))..(((((...............))))).(((((.........))))).))))..)))))))........))))).....)))).))))))....)))).((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).))))))))))))(((((((...))))))).))))).)))).))))))(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))((((.(((((((((.......(((....)))))))))))).))))............)).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{((((((..,,(((,((((...}})),))}.)))))))...,|||,,,{{{{({((,,{,{(,,,((((,.((,,(((,(((((..(((((...,(((........))))))))))))).}}}..)}..)))),,}|||,|,....((((((....))))))(((({{.{{((,(((({,{,{{{{.{...{{((((........)))).}|,...}.)))},.{{{{.,.((((((.{(((.....((((((((((((...{({(...((((((((((....,{(({{....||}|((((((.......(({.{((......))}.}))......}}})}}|{(((,,{,,{{.(((((((((...(((((((..|,,,{({,((((({{{{||,{{{.,,.....,,.}}},,||||,||||||{,||,,|||.,|||,|,....((((((((((((...(((((((((.......((((....)))).((((((((((((((((..((.((((.((((..(((((.((((,,,||||.{{{.{{.{((((((,,,(((((...({(({(((((..((..(((,({((.((((.....)))).)},)).))).))..))))),,.,,.((((((..{{...((((...))))}},))))))))))}))}.,)),,)))))).))),.,,.))))).)))).)))).))...)))))).((((((((((,.((.{.((((((..,.{|{{..{.{(({...(((......))).}})}||}}|{|{,.}})))),..)),}.,..})),}))))))..(((..{{|||{({....,......{{{{(,((((.......,,..)))),)),))}}..}}|{{(((((((((.,({,..{(({...)))).}))))})))){(((({..(((..{{((((({(((({((,,{......,||(((..,,,,..}},))))}}))),)))})))),}},))))})))))})))))))))).((((((((((((....((((((.({((((........((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))..,|{,.|||...})).}))..}))))).....,...((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......{{({(((((..{....,..))))).....)))}..,..,.....)))))...))))))....)))))).................)))))))))......))))))))))))}))).}}),)},,,,.....}}}}}}},,}.{(((((..{{{((((({,,,.,}}}}}}|}},{{{,,((..(((....)))..}}...,.})})))...,.,.......)}}}},|})))).)}}...,{{(|{,{||||||.}}},......,,,.....,.)))))))...))))))))),}}..)),}},,((((...((((((((.((..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,}....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))).|||}...))))))}..}}}..(((((.,...........,.))))).,{{{{.........,)))}.))})..))))))}........))))).....)))).)))))).,,})))).((((((((((((...{{({({{||,{{(({{{.......}})),..}}}}},(((.((((..((((....)))))))))))....,,||,....,,,...{(((((.{{,|.((((...)))).).,.)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((({{{.||||{({{((({({(({..{{||,....((((((..,....,.))).))}(((,,,(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....,}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,})),,}.}},))))))))})))})}.))))).))))))))).))))))),,,))).)))).)),.)))))))))))),((((((,..||||||}|||}}}.}}}}.))}))){||||||.{{{(((,,.,))|}}}.))))))),}))))}||||,((((((((|.,....,{{|.,,,))}))))))))}.}))),,..........,..)}))).....
Back