Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348244.2
Sequence Length
2177 nt
GC Content
0.5599
AUUGAGAACGAAAGUACACGCCAUGGUGUGGGAGCAGCCUGACCAUCGGGACUCAGGAGCUUACAGAAUUUUCUGGGGUUUCGAUACUCUAGAGGUUUCCCCUGGUUACUUGGCGAAUAUUCUAUGAAAAUGAAGAGAAUGAAGUGAAGUCAGAGUCAUUUACUCAGAAUGCACCCUACUGUAAAUGGAGAGGAUGCUACUUGGAGUGUGUGGUCUGUAUAAAUGGAGAGGAUGCAUAUGAAGUUACAAAGGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-785.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -823.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 587.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
................(((((....))))).(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...(((((((((......)))))))))(((((((.((((.((((.((...((((((.(........).))))))..)).))))..((((.....))))...((((..(((..(((.(((.((((((((.((.(((((((.(((.((.((((((....((((.....(((..(((..(((((((((((.((......))..(((....))).)))))).))))).)))..))).((((((.(((...(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((...............))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))))))))))))))))).))))(((.....))).........))))))))))))).))).)))..)))..)))))))).)).)))))...((((.((((...((.(((((((...(((((.((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).)))))))))))).((....)).)))))...))))).)).)))))))))).........(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..............,,((({{....))))|,(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...,((((((((......))))))))|((((((({((((.((((.((...((((((.(........}.))))))..)).)))),.((((.....)))).,.{{((,.(((.,(((.,{{.{((({|,|,|,....((((.(((.((.((((((,...{({(.,,,,(({..(((..{((({((((((.((..,,..}}..(((....))).}))))}.))))}.}}}..}}}.{((((,,({,{{.(((((((((...(((((((..{{{{(((,((((({(((({,(({,{,.....,,.|||,{({(((({((((({(((({.,(((((((((((((.(((({{{{(,,,....((((((((.,(((.(({.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)}}..)))..((((((((((..((((.((((((.,..........,}....)))))).)))).....{{......}}........)))).)))))).))).))))),)))).........))))))).....)))))))}}||..(((((.,,|||,|{{((....(((.....}}}....)))}}.}),,|}),,,}}}.....{{{{{,(({(|,..,,,|,..}}}},))))}....||,,,((((((,((,.{{,,.{{{{..,|}}}.{||||{|||,,,|||}}}|||,}||||||||(((({,|{{{|..,,.{{|(((..{{{{..,,.)))),})))}))}}}.||}}|}}}))|}}.|||||||((((...((((((((((((....((((({.({((((........((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))..,||,.|||..,})).}))..}))))).....,...((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......{{{{{((((..{....,..))))).....)))}..,,.},,,..)))))...))))))....))))))...)))}..}},}}},.,||}}|{{{{{......,,,....,,||||||,.}||},|||.,,,))}..)}.,}}}}),))}},}}.}}}}}..,))}}}..})))),)}}...,|||}|}|},,})).}},........,........)))))))...))))))))),))..)),))},{{||...||{{||||.{{...(({{{,,,....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).))))),.,}}))|,....}},,..}).))))))))...)))),..,,...(((.((((((...,,...,,)))))).)))}}})))))))))))),))))..({{{{.,,,.........,.)))))}}})}}.}}}.}}}..)))..))}})))).)).)))))...{{{(.(({{.,.((.(((((({..,{{|{{.((((((((((((...(((((((,{,{{(({{{.......,})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))),)))).)}}.)))))))))))).((({{{|||)}}}||..|}})}.)).)))))))))),,},,....|||||,|||{{.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)}}
Back