Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348339.2
Sequence Length
1896 nt
GC Content
0.3829
AGUGACCGGAGGCGGCGGCGGCGAGCGGUUCCUUGUGGGCUAGAAGAAUCCUGCAAAAAUGUCUCUCUAUCCAUCUCUCGAAGACUUGAAGGUAGACAAAGUAAUUCAGGCUCAAACUGCUUUUUCUGCAAACCCUGCCAAUCCAGCAAUUUUGUCAGAAGCUUCUGCUCCUAUCCCUCACGAUGGAAAUCUCUAUCCCAGACUGUAUCCAGAGCUCUCUCAAUACAUGGGGCUGAGUUUAAAUGAAGAAGAAAUACGUGCAAAUGUGGCCGUGGUUUCUGGUGCACCACUUCAGGGGCUAGUCCAGGCUAAUUCUCCAGCCUCAUUGGUUGGUCUGAGAUUUGGGGACCAAGUACUUCAGAUCAAUGGUGAAAACUGUGCAGGAUGGAGCUCUGAUAAAGCGCACAAGGUGCUCAAACAGGCUUUUGGAGAGAAGAUUACCAUGACCAUUCGUGACAGGCCCUUUGAACGGACGAUUACCAUGCAUAAGGAUAGCACUGGACAUGUUGGUUUUAUCUUUAAAAAUGGAAAAAUAACAUCCAUAGUGAAAGAUAGCUCUGCAGCCAGAAAUGGUCUUCUCACGGAACAUAACAUCUGUGAAAUCAAUGGACAGAAUGUCAUUGGAUUGAAGGACUCUCAAAUUGCAGACAUACUGUCAACAUCUGGGACUGUAGUUACUAUUACAAUCAUGCCUGCUUUUAUCUUUGAACAUAUUAUUAAGCGGAUGGCACCAAGCAUUAUGAAAAGCCUAAUGGACCACACCAUUCCUGAGGUUUAAAAUUCACGGCACCAUGGAAAUGUAGCUGAACGUCUCCAGUUUCCUUCUUUGGCAACUUCUGUAUUAUGCACGUGAAGCCUUCCCGGAGCCAGCGAGCAUAUGCUGCAUGAGGACCUUUCUAUCUUACAUUAUGGCUGGGAAUCUUACUCUUUCAUCUGAUACCUUGUUCAGAUUUCAAAAUAGUUGUAGCCUUAUCCUGGUUUUACAGAUGUGAAACUUUCAAGAGAUUUACUGACUUUCCUAGAAUAGUUUCUCUACUGGAAACCUGAUGCUUUUAUAAGCCAUUGUGAUUAGGAUGACUGUUACAGGCUUAGCUUUGUGUGAAAACCAGUCACCUUUCUCCUAGGUAAUGAGUAGUGCUGUUCAUAUUACUUUAGUUCUAUAGCAUACUUGCAUCUUUAACAUGCUAUCAUAGUACAUUUAGAAUGAUUGCCUUUGAUUUUUUUUUUAAAUUCUGUGUGUGUGUGUGUAAAAUGCCAAUUAAGAACACUGGUUUCAUUCCAUGUAAGCAUUAAACAGUGUAUGUAGGUUUCAAGAGAUUGUGAUGAUUCUUAAAUUUUAACUACCUUCACUUAAUAUGCUUGAACUGUCGCCUUAACUAUGUUAAGCAUCUAGACUAAAAGCCAAAAUAUAAUUAUUGCUGCCUUUCUAAAAACCCAAAAUGUAGUUCUCUAUUAACCUGAAAUGUACACUAGCCCAGAACAGUUUAAUGGUACUUACUGAGCUAUAGCAUAGCUGCUUAGUUGUUUUUGAGAUUUUUUAGUCAACACAUAAUGGAAACUUCUUUCUUCUAAAAGUUGCCAGUGCCACUUUUAAGAAGUGAAUCACUAUAUGUGAUGUAAAAGUUAUUACACUAAACAGGAUAAACUUUUGACUCCCCUUUUGUUCAUUUGUGGAUUAAGUGGUAUAAUACUUAAUUUUGGCAUUUGACUCUUAAGAUUAUGUAACCUAGCUACUUUGGGAUGGUCUUAGAAUAUUUUUCUGAUAACUUGUUCCUUUUCCUGACUCCUCCUUGCAAACAAAAUGAUAGUUGACACUUUAUCCUGAUUUUUUUCUUCUUUUUGGUUUAUGUCUAUUCUAAUUAAAUAUGUAUAAAUAAAGUUACAUUUUAGUCUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-464.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -504.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((.(((((.(((.(((((..(((.(((((.(((((..((..((((((.(((...((((((((..(((...)))..))..))))))............(((......(((.......)))......)))......))).))))))..))..)))))))))(((((......)))))(((.(((..(((((...(((((..(((....)))..))))))))))..))))))......).)))....)).)))...))).))))).))))))))).)))....(((((((((.(((((((((........)))))...(((((((((((((((((((...)))))).).))))))).(((((((...((.(.(((....((((.(((....(((((.....)))))....)))))))))).).))....))))))))))))...).))).))))).))))((((((.....((((...(((((((((.(((((.....))))).)))))))))...))))........((.((((((((.(((((((.((((....))))...((((((((((((((........)))))))........(((((.(((((....((((..((....))..))))...))))).)))))....(((((((.((((((....)))))).(((((..(((((((((((((((........))))..))))))....))))).))))).(((((((((((......)))))....))))))....((((((((((((.((((....(((((........)))))...)))).)))..............))).))))))....)))))))((.(((........)))))..)))))))...))))))).)))))))).))((((((((((..((((((((((........))))))..............((((.......))))...(((..(.(((((((((.((.((...........)))).))).)))))).)..)))((((((((((((.....((((((..((((((.((.....))))))))))))))((((((((.((((((((((.((((.......))))...(((((.((((((....((((...))))...)))))))))))((((.((..((((((...(((((...((((((((.((.............)).)))))))).)))))...))))))..)).))))...........)))))))...))))))).))))..........)))).))))))))..))))..)))).)))))).........................((((((((...((.......))....)))))))).(((((...(((((((((..........(((((.(((...........))).)))))...(((((((.(((...((..(....)..))...))).))))))).....(((((((...(((...)))))))))).........((((....))))..((((((.(((....(((...(((((((((((.((....)).)))))).))))).)))...))))))))).(((((......))))).....(((((((((...((((((..(.(((((((((..(((((((((((((......))))))))))..)))..)))....(((((((((....(((((.....))))))))))))))(((((..((......))..))))).......................)))))).)..))))))...))))))))).............)))))))))..))))).......((((.(((((..........))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((.(((((.((((((((({.,,,,((((({,{{{{..,,,{{{,,...{((((.{((.,,{{..({{...)))..}),})),)))}}..|,..,}}.|||}},}}}})))}.,{{{((({{...{({.......)))..)))).))))}||||||}}||({(((......))))){,,.(((..(((((...(((((..(((....}))..))))))))))..))),}}......},,}}....,|,,.,...,)).))))).))))))))).)))....{{..((((((({..{((((........))))|{{{,.(((((((((((((((((...)))))).}})))))))))),}|}}..,{{|{,,|||||{((((.(((....(((((.....)))))....))))))}},{(((((((((({.((,.{((({..((((.((((((({{{{.,.((.......||,,.}}.|}}}...)).}))..}})).))))}|||{{{||....|||}|.......,,.((((((((.((((({(.{{{{.,,,||||{{.((((((((((((((........)))))))........(((((.(((((..,,{((({,{(....})}}),}).,,))))).)))))....(((((((.((((((....)))))).{((((..((((({(((({,{{{........}})),.))))))....}}))).}}))}.(((((((((((......)))))....))))))....((((((((({{(.((({,,{,{{{{{.,,,,.,,))|||.|,}}}}.})).,||..........))).))))))....))))))){.,{((,......,)))))..))))))),}}))))))).)))))))).)))}}))))).)))))}.((((((........))))))..,.....,,}},,|}}},|||||,((((((.(((..|.(((((((((.((,((.........,,)}}}.))).)))))).}..))))))))}{{{{((({...{{{{{(..{((({,,{{.....}})))))}))))}}{{..,(.((((((((((((.((((.......))))...(((({,((((((....({{,...})}}...)))))))))))((((.((..((((((...(((((...((((((((.{(........,,,..,,.)))))))).)))))...))))))..)).))))...........))))))))))).,,}.}})))),,,,.}}}||({{{{((((((...(((((..((((.,....{{{,...,}}}..,.,.)))).....{{(((({{.,.{{.,.,,,,||...}))))))},.{{{{,...,|{|...(({{....)})}||||,.,,|}},.........,..}}}}}}))))...}})))}..,}}))))))))))).},{(((.,,{{{(..(({{(((((((...(((...)))))))))).,,...,,,{{{{..,.}}}},.{{{({{.{((..,.{({{,.(({{(((((((.((....)).))))))}})))).}}|||{|,,},})))}|((({......}))),...,.(((((((((...((((((..(.((((((({{..(((((({{(((((,,....|||,||||||{,|}}..,}....,||||||||,}},.,,{{|}}}},},||||||||,|||(((.....}}}}}}..},,,}}))}.......,......,...},,})))))).)..))))))...)))))))))...............,,}|{{{{{{,,{{{,.......}}}|,|}}}}}}}.})))..)))).,}}.)))}.
Back