Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348699.2
Sequence Length
3304 nt
GC Content
0.3798
GACUACGGCGGGCGCUGUGGGAGUGGAGAAGCUGCAAGUGCUGAGGCGCGGUGGAGGAAAGCAUGGGAGCCAAGAGUAUGAGGAGCUGGUGUCUGUGUCAGAUUUGUAGCUGCGGGCGACAUCAUUGUCCACGUGGAACCACAAGGAUUUAUGAAAAUUCUGGGGUGUUUUGCCCUACAACUGAAUAUUUGGAAAAAUAUCCUAUGUAUGACAAUGUUCUUCCACCUCAGAGUCUUAAAGCCAAGCAAGAAAUUCGAGCAUGCCAUGGUAAAAUGGAAGGAAUAACUACAUUUAAGUCGGAUUAUUGUCCUUAUGAAAUAGUUAAACAGCCUCGCCAUGUGCCAGAAGAAUAUAAACCAAAACAAGGGAAGAUUGAUCUUGGUACUACCUACAAACGGGAUUUGAAUUCGUAUAAAGUGCAGCCUGUGGCAAUAGUCCGGCCUUUGGAGAGACAAGUUAAAAAAGGAAAAUUGGACACUGUCCCAACCUAUAAAGACGAUUAUAGAGCUUGGGACCUUCAUAAAAGUGAACUUUAUAAGCCAGAACAAACUUACCACCCGCCUACUGUGAAAUUUGGAAAUUCAACUACAUUUCAGGAUGAUUUUGUUCCUCAGGAGAUAAAGCCUAGGCAAAGCUUUAAACCCUCCUCUGUGGUCAAACGUUCUACAGCCCCUUUUAAUGGUAUUACAAGUCAUCGCCUUGAUUAUAUACCUCAUCAGCUUGAACUCAAGUUUGAAAGGCCAAAAGAAGUUUACAAACCAACUGACCAACGCUUUGAGGAUCUCACAACUCACCGGUGUGACUUUCAGGGUCUCAUUGGUGAAACUGCAAAACUCUGCAGACCUGUACACACCAGAGUGACCCAGAAUGCUCUGUUUGAAGGAAGCACUGAAUUCCGUGAAAGUUUUCAACCAUGGGAAAUCCCACCACCUGAGGUCAAGAAAGUACCAGAGUAUGUGCCUCCUACAGGUAGCAUGCUGUUAAACAGCACAAGCCAUCUUGACUAUGUUCCAUAUCAGGCCAACCAUGUUGUUCCCAUCAGGCCAGUUUCUCAAAAAAGAAGUAACAAUUUUCCUUUCCAAGGAAAAAGCAUCAUGAAAGAAGAUUUUCCAGCAUGGGAAAGUUGUCGUCAAGGACUUAUUAAGAAGCAGCAGCAGAUUCCCAACCCAUCUGGAAAAUUUGAUGGUUUGAGCACUUUCAGAUCUCACUAUGUGCCACAUGAAUUGAUCCCAACAGAGAGUUGCAAACCUUUAAAUAUUGCUUUUAAGAGUUCUGUUCCAUUUGAUGAUGUAACCAUGUACUCUGUAGAGUACACACCGAAAAGACAGGAAAUUUGCCCAGCCAGCUAUCCCUCUCCUCCAGGUUAUAUUUUCGACAAUACAAAUUCCCAAGGUCAUAAAUUCUUCCGCAAGAUUAUUCCUGCAGUGAAGGCCUUCUAAUAACCAAAAUGUGCUUAAAAGGAAGGUACUAGCAAGUUGUUGUUUUUCCAAGAGAAAACUCAAUUUUUAUAGUUAAAAAAUUUAUGAUAUAAUAAAUCAUUUUUUAUAUUUUUAAACAAGAAAAUUGGAAAAUAUAUUAUAAGAAAUCAGAAUCUUAAAACCAUUUUUUAUUGAUAUUUUAAUCAAGAUUGUUCUUUAAUGUGCAUUUCAGAAGGUUGAAUAAUAUGCAUUCCCAUGAGAACUAUUUUAGUAUUCAACAUACUGCUUAGUAGCUUGUCCCCAGUCUAUUAUCAUUUGUAAUUCUGUUUAUAAUUAUGGCAAUUGUAUGGUUAUUCACAUACCAUUUGUCAUUUAUCAAGCACAUCAGGAUUAUCUAGAACAACAUUGAAAAUGAUACAUGGAUUCCUCUUCCAAGGCAACAGGAUUCAUUAUACUCAGACUUCACGGCAUCUACAUAGCAUCCACUGAAUCAAGUUUUGGUUGGUGGUAUACAGACUGCUGCACUGCUCCUCACCAUGUUCAAGUUAGCAAGAGGCACUGUGGUGUGGCAAGGAAAGGCUCUGUGUGCUGGGAAUCGAAGGACUUGAGUUCAAGUUCUGACUAAUAAUUAUUAUUAUUUUUAGAGACAGGGUCUCACUGUCACCCGUGCUGGAGUCCAGUGGCAUAAUCACAGCUUACUGCAGCCUCAGCCUCCUGAGCUCAAGUGAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAAUAGCUGGGACUACAAGGGUGUGCCACCACACCUGGCUAUUUUUUUUAAACAUACUUUGUAGAGACAGGUUCUUGCUGUAUUAGUCAGGCUGUUCAAUCUAUUGGCCAGGCUGCUAUUGAAUCCCACCUUGGCUUCCCAAAGCACUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUAUACCCAACCUGAGUUUAAGUUCUAAUAAUAUAGAUUUCUAUUUGUACUACCUUAGGCAGUGACUCAUAUCUCUGAGCCUCAGUGUCUUUAUUUGUAAAAUGAUGUCUGUUCUCAAAAAGAGUUUGUUUUGAGCAUCAGACUGUAUGGUACAUUUUAAUCCUUAAAGUACAAAUGUGGAGGAUUUUUUUUUAAAAUUGCUCAAUCUCUUUUUGUACUUGUUUUCUCCUUUUCAAAUUAGGAUAAUUACUUACUCAAUGCUCAUUUUCUGGCCUGUAGCAAGGAUUGUAAAAUAACCUAAUUUGCUUUGAGCUUAUGAGUAGUAUAUACUUCUGAGAGGAGUCUUGUCCUUUAAAACUUCAUGAGCACCUGAGAAAUUCUUAACAGAGAAUGGAAAGCUUGGAAUGGGGUAAAUACAGUGGUUUGAAUAACAGUAUUUGCAGAAAGGAAAAAGUAUUAUUUGCUAGGGUAGUUUUAGGAAGACUGACAGCUCUGAAGAAAUCUUUAGGGUAAAUGUAGGUAAUUUUGCACCUAAUUGCCAGGCCAAGUCACUGUUUAGAGGAAGAACCAGCCCCAGCAGGGGGCAUAAUCACCUGGUUCACCUCUUCCGGUGUGAAGAUAAGUGAUAAGGUAAAGAAUGAUGCCAGUAAGUAUAGUAGAAACACUCUAUUGCAUUUAUAAAUGCUAAAAAUUUCCGAAUGAAUUAAACUCUUAUUGGGUGGUUUCUUUUUUUAAAAAAAUUAAAUAAUUGCAUUAUGGGAGAAUAUGAUUUAUUUUAGCAUAAAGUGAAUUUUAGUCUUUUAUGGCUUCAGAAUUAUUUCAAAAUAUACUUUAUUGAAAAUCAAUAUUUGGUUAUUUUAAUUGUUCAAAAGUAAUUUGUUCUUUACAUUUAUUAGUAAAAGUAUGGUGUGUGAAACUAUAUUUCCAUGCAACAUAAUAAAAUCAAUAAAAGGAAUGGAUUUUCAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-861.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -923.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 748.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....)))))))..((((.....))))....(((((((((....((((((...(((..((((((.(((..((((((((((.((..((((((((((((.((((.(((((.((((((((.((((..(((....)))..))))..))))..(((((((((((..(((.(.((((...((.(((((....)))))))...)))).).)))........)))))))))))((((((((...((..((...))..)).(((((((((...((((.(((..((((((..((((....((((....))))...)))).)))))).....)))..))))((((((((..(((.....((.......))....)))..)).))))))..(((......)))..........((((...)))).))).))))))...(((((((((((...((......))...)))))....))))))...((((((((((((((......)))))).).)))))))..........(((((((((....(((.(((((((.(((((............((((((.(((........))).)))))))).))).)))))))...(((((.((((((.........))))))....)))))((((((.........))))))...........(((((....(((((......)))))..)))))(((..((((((....)))))))))..))).....)))))))))................))))))))...........(((((((((.(((((...))))).)))))))))..(((((......))))).(((...(((((((.((((.(((.((((.((.(((((...(((((....((((.(((((...((((((((...((((....)))).....(((((((..((((((...(.(((((((((((.....))))).)))))).)......((.(((((((((.(((.((((...)))))))((((...................))))..(((((......)))))......((((((((...))))))))..............(((((((((((.(((((......(((......)))..........((....))..........))))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))).(((((...)))))...((((((......(((((((((((....((((...((.((((((((.((((((((...((((.(((((((((.(((((((....)))))))....((..(((..(((...(((......)))...))).)))..))..))))))))).)))).................((((((((((((((((((.((....)).))).).))))(((((((..(((.((.....)).)))...)))))))((((..((((((..((((((......)))))).))))))...)))).....))))))))))((((((....((((((((.((((((......)))))))))))))).))))))..)))..))))))))))))).))...))))(((((......)))))(((.((((((....(((((((((((....)))))....))))))......)))))).))).((((((.....))))))..((((((.(((....))).))))))...)))))))))))((((((((..(((((((.((((((........)))).)).))))))))))).))))......))))))............))))))))....)))))))))..))))).)))))..)).)))).................((((((((..(((.((((.((((((......)))))).)))).)))..))).)))))...((((..................)))).).)))))).)))))))...)))..(((((((((.(.((((((((...((((((((....)))))))).................))))))))).)))))))))...)))).))))))))))))))...)))))))..)))))))........)))))..))).)).))))..))).))))))))))))))).(((((......)))))......(((((((....)))))))..((((((((((((.........(((((((((((((((.(((((((.(((.(((.(((.((((....)))).))).))))))....((((((.....((((....))))..)))))))))).))).)))))....(((((((...((((((((((((.......(((((((((((((.(((((((...(((((.(((((((......))))..))).)))))((((((...)))))).(((((.((((((((........))))))).).)))))....(((((((((((...((((.(((((((((....(((.(.((((....)))).).)))........)))))))))......((((.........))))..((((((((((((............(((((((..((((((..((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....))))).))))((((......))))......(((((.((((.(((((((...(((((.((((.((((.....(((........((((((((.((..........)).))))))))....)))......)))).)))).)))))...)))))))..........))))))))).....)))))))))))).))))).)))))))))))...))))))))))...(((((...(((((..(((((((((((.....))))).........)))))).)))))..))))))).)).))))))))))))...)))))).))))))).)))))))))))))...))))).(((((....)))))...........))))...))))))))...)))))))((((..(((((...)))))..))))........(((((((((.((.(((((((((((...))))))))))).)).)))))))))((((..((((.(((..((((((..(..((((((...))))))...)..))))))))).))))..))))....)).))))))))(((((((......((((((.(((((....)))))..))))))....))))))).....))))))))))))....))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.(((((((....)))))))..{((({{{,,||,|.,{.(((((((((....((((((...(((..((((((.(((..((((((((({,((..((((((((((((.((((.(((((.((((.(((((((.{(((({...,,,.{((((({....})))))|(((((,...,})))},.......{((({{,,..))))))}))))))..))))))).,,({{((({.(((((((((...{({{.((..(,...,}..}).}}|{{||||...||||.{(,..{{(({{.,{{{,.,..((((....))))...,,}}.}))))}..,.{|||{{||||((((({{{..{{{.....((.......})....}}}..}}||)))}}..{{,......|}|,{,,,,,|,,{{.,,,{{{|,||{|{|||||,.,,||||{{(((((,,,{{..,...||...}}}|}....||||}}...((((((((((((((......)))))).).))))))).,,,,,....|||||{{{{....{{{.(((((((.(((((............((((((.(((........))).)))))))).))).)))))))...{((((.{(((((,,.......))))))....})}}}((((((,,,.....,||}}}}..,,,,,,...(((((....(((((......)))))..)))))...,,((((((....))))))))),,))}....,))))))}}}........}},}}|,,}|||||}||,,,,,.....(((((((((.(((({...})))).)))))))))..(((((......))))).(((,,.(((({((,((((.{{,.{{{{,{||||{{{,..(((((.,..({{,{(((((,..((((((({...((((....)))}.....(((((((..((((((...,.(((((((((((.....))))},)))))),|......((.(((((((((.(((.((((...)))))))((((....,{(.,,....},...)))).,(((((......})))}..,,..((((((({...)))))))).....,......,.(((((((((((.(((((.,.,,,(({......}}},,......,,|{....)).,.}......))))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))}.{(((({,.,,}}|...,||||,...,,,{|{{{{((({,....{{{{...((.((((((((,((((({{,...((((.(((((((((.(((((((....)))))))....{{..(((..(((...,,({.....,})...))).)))..)}..))))))))).)))).................{(((((((({(((({(((.((....)).))).}.))))(((((((..{((.({.....}}.}}}...)))))))((((..((((((..(((((({...,,))))}}.))))))...)))).....}))))))))},,,{{{....{(((((((.((((((......))))}))))))))),}}}}}},.}}}..))))))))))))).)).,.)))},((((......)))}|(({.((((((....(((((((((({....}))))....))))))......)))))).})),{(((((.....)))))}..{{((((,{{{....}}}.}}}}}}...}}}))))}})}|||,,{{,..(((((((.{(((((........))))).).))))))),}}}.}}))}}}}.,)}}}}},...,.......})))))))..}.))))))))}.,))))).,}},)}}))))}}).........,,,.,,,.{(((((((..(((.(({(.((((((......)))))).)))).)))..))).))))),,,|||,.,,......|||..,}..}))}.,.)))))},)))))))}}.,)).))))))))).),).})))).....((((((((....))))))))....((((({....)))))}....(((((...)))))..)))).)))))))))}))))...)))))))..)))))))........)))))..))).)).))))..))).))))))))))))))),{((((......))))}...,..(((((((....))))))),,{(({((((((({..,,.....|||((((((,(((((.((((((,.(((.(((.(((.((({....}))).))).))))))...{((((((.,,{{(,,,.,,,))),..))))))))))}})).)))))....{((((((...(((((((({(((.......((((((((((({{{((((({{...(((((.(((((((......))))..))).))))){{{{{,...,}}}}}.(((((.,(((((((........))))))).}.)))))....(((((((((((...(((({(((((((((.,.,(((,({(((,....)))),).)))...,.}..)))))))))......((((.........))))..{(((((((,({,...........,(((((((..((((((..((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....))))}.}}||((((......)))),,....(({({.{(((.{(((((..{(((((....}}}}})......|||,,......((((((((.((..........)).))))))))...........{{|{...,,)))),,||{{{||||,,.,}}})),.}.))))))})).....}))))))))))).))))).))))))))))}..}))))))))))...(((((...(((((..(((((((((((.....))))}........,)))))).)))))..))))),)}}),))))))))))))...)))))).))))))},}))))))))))))...))))).(((((....)))))...............))}))))))))...)))))))||||.,{{,{{,,,,}}}}..},,.....,...(((((((((.{{.(((((((((((...))))))))))).}}.)))))))))((((..((((.({{..((((((..(..((((((...))))))...),.))))))})}.))))..)))).,,,}}|}))))))}{((((((......((((((.(((((....}))))..))))))....)))))}}.....}))))))))))).,},))......
Back