Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001349116.2

Sequence Length

2224 nt

GC Content

0.6012

GAGCGCAGAGCCAGCGAGCCAGCGAGCGAGCGAGCGGGAGCCGGAGCCUCGCGCCCCCCGCUCCACUCCGAUUCUCUCCGCGCCAGAGCCAGCGCGCCAGAGCCUGGACCCUUGGAACAACAGCCGGAACCCCUGGUUCCGUGAAUUCUGGGAGCAGAGGUUCCGCUGCAGCUUCCGGCAGCGAGACUGCGCAGCCCACUCUCUCCGGGCUGUGCCCUUUGAGCAGGAGUCCAAGAUCAUGUUUGUGGUCAAUGCAGUGUACGCCAUGGCCCAUGCGCUCCACAACAUGCACCGUGCCCUCUGCCCCAACACCACCCGGCUCUGUGACGCGAUGCGGCCAGUUAACGGGCGCCGCCUCUACAAGGACUUUGUGCUCAACGUCAAGUUUGAUGCCCCCUUUCGCCCAGCUGACACCCACAAUGAGGUCCGCUUUGACCGCUUUGGUGAUGGUAUUGGCCGCUACAACAUCUUCACCUAUCUGCGUGCAGGCAGUGGGCGCUAUCGCUACCAGAAGGUGGGCUACUGGGCAGAAGGCUUGACUCUGGACACCAGCCUCAUCCCAUGGGCCUCACCCUCAGCCGGCCCCCUGCCCGCCUCUCGCUGCAGUGAGCCCUGCCUCCAGAAUGAGGUGAAGAGUGUGCAGCCGGGCGAAGUCUGCUGCUGGCUCUGCAUUCCGUGCCAGCCCUAUGAGUACCGAUUGGACGAAUUCACUUGCGCUGAUUGUGGCCUGGGCUACUGGCCCAAUGCCAGCCUGACUGGCUGCUUCGAACUGCCCCAGGAGUACAUCCGCUGGGGCGAUGCCUGGGCUGUGGGACCUGUCACCAUCGCCUGCCUCGGUGCCCUGGCCACCCUCUUUGUGCUGGGUGUCUUUGUGCGGCACAAUGCCACACCAGUGGUCAAGGCCUCAGGUCGGGAGCUCUGCUACAUCCUGCUGGGUGGUGUCUUCCUCUGCUACUGCAUGACCUUCAUCUUCAUUGCCAAGCCAUCCACGGCAGUGUGUACCUUACGGCGUCUUGGUUUGGGCACUGCCUUCUCUGUCUGCUACUCAGCCCUGCUCACCAAGACCAACCGCAUUGCACGCAUCUUCGGUGGGGCCCGGGAGGGUGCCCAGCGGCCACGCUUCAUCAGUCCUGCCUCACAGGUGGCCAUCUGCCUGGCACUUAUCUCGGGCCAGCUGCUCAUCGUGGUCGCCUGGCUGGUGGUGGAGGCACCGGGCACAGGCAAGGAGACAGCCCCCGAACGGCGGGAGGUGGUGACACUGCGCUGCAACCACCGCGAUGCAAGUAUGUUGGGCUCGCUGGCCUACAAUGUGCUCCUCAUCGCGCUCUGCACGCUUUAUGCCUUCAAGACUCGCAAGUGCCCCGAAAACUUCAACGAGGCCAAGUUCAUUGGCUUCACCAUGUACACCACCUGCAUCAUCUGGCUGGCAUUCCUGCCCAUCUUCUAUGUCACCUCCAGUGACUACCGGGUACAGACCACCACCAUGUGCGUGUCAGUCAGCCUCAGCGGCUCCGUGGUGCUUGGCUGCCUCUUUGCGCCCAAGCUGCACAUCAUCCUCUUCCAGCCGCAGAAGAACGUGGUUAGCCACCGGGCACCCACCAGCCGCUUUGGCAGUGCUGCUGCCAGGGCCAGCUCCAGCCUUGGCCAAGGGUCUGGCUCCCAGUUUGUCCCCACUGUUUGCAAUGGCCGUGAGGUGGUGGACUCGACAACGUCAUCGCUUUGAAGACCCCAUACUCCCGCCCUGACACAGCUGCUCCUGGGAACCUAGUGCAGACCCACGUCCAGGGCCAGGAGGAAGUUGGCUGGAGCACUGCAAUAAUUUAUUACCCACCCUAUGUCUGCCCCCAAAGUCACUUACCCACCUCCUUACCCCAGCUCUUCAGACUCAGAAGUCAGGAGCCUUGGCCAGGAGCCUCUGCAGUGGCCACUAACUGCCCUUGUAGCUGUGUUUCCUCCUGGCCAGGCCCAGGGCUCAGAGAGGAGCAAGCCAGGGUUCACUCUGCCCUGGACCCGGGUGGCUGAGGACGGCAGGCCCCAGUCCUAACCAGCAAAGGUGCUUCCAGCCCAGCCCCUCCCCCCAACUAGGGCCUUUUUUAUUUUUUAUAUAAGUUACUCUGGGAUGGGGAGGGUGGUUAUUGUGGGGGCUGCCCCUCCCCCUGCACAGUAGUUUGUCCUGUGGUUUAUUUUGUAUUACCUGUAAAUAAAGUGGCUUUAUUUUAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-903.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -944.20

Frequency: 0.0000

Diversity: 519.50

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((..((((.((((.(((..(..((.(.(((((((.(((((....(((.....)))....)))))........(((((........)))))...(((((.((((((((((.....((((.((((((.(((.(((((.......))))).))).)))))))))).......((((((((.((((((((.((.((.........((((((((((..((.(((((((((((((((.((((..(((((....(((((((.((((((..(((.....((((......(((.(.((((((..((((....(((((((.((((..((((((((((((((((((((...(((((..((.((......(((.(((....))).)))......)).)).......)))))))))).((((..((((((((...((((((((((((..((((.(((((((((((((....((((((((((((.((((.(...(((((..((((....(((((..(((..((.((((....((((((..((..(((..((((...))))..)))..))..(((((............))))).))))))))))))..))).)))))))))))))))))))...))))))))).)))(((((.((((...))))))))).((((..((((...)))).)))).........((....))(((((..(((((((((.((..((((((.((((.((((((.....((.((((.....)))))).......((((((((..(.....)..))))))))......((((.((((((....)).)))).)))))))..))))))).))))))..))...)))).)))))..)))))))))).))))))))))))))))))))))))...((((((((((....((..(((((....)))))..)))))))..(((....))).)))))....))))))))....(((......))).(((((((.....(((.((((((((..(((((..((...................))..)))))))))))))...)))...)))))))......)))).(((((((((.(((((((((.(((((((((.....))).(((.....)))))))))..)))...))))))..))))))))).)))))..))))).)))))..)))))))))))..))))..)))))).)))).))))...(((.......))))))..)))))))))))))((((((.....(((((((..(((((((((((((....))))..)))))))))...)))))))...)))).)).....((((((.......).))).))...............((((((((.....)))))))).........)))))..)))).))))...))).)))))))).))........(((((.....)))))....)))))))).)).......)).))))).))))).(((..(((((((..((((((((((((((((((((((((.....((((...............))))))))).)))....)).))))))...)))).)))).)))))))..)))..))))))))(((((((........))))))))))))))))))))))...(((.(((((((((....((....)).....))))).))))..)))...(((.((.....)).)))......))))))))))..)...)))))))))))((((((((.((((((..((((.(((((...(((((...((((..((.(((..(((....................))).))))))))).(((.((((.((((((..........((((((..((((....))))))))))((((((((((((((.((((((.(((........))).))))))..).)....)))))))))))).(((((((..((((..((((........)))).)))))))))))....)))))).)))))))(((((.(((((....((((((((...((.(((...))))).))((((((((....((((((...(((.(((.....))).)))...))))))...))))))))))))))...))))).))))))))))))))).)).)).)))))).))).)))))............))))((((((((...)))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.,.((((((((((,(,{((((({((((((,(((((((,(((((,,..,,|,|}..}}))))}..}}}|,...,,{,.(((((........)))))...{{|{{.(((((((((({,,..(((,,((((((.(((.(((((.,....,))))).))).))))))))))..,.}}}|(((((({.{{{{(((((((((.........))))))))).,..{(.(((((((((((((((.((((..(((((...,(((((((.((((((..(((....,((((......(((.(.((((((..((((,,..((((({((((((..(((((((((((.(({{((({...((((((,((((.....|||{,..,|||}}}..{((({.,..})}}},.......,||{{|||}|,,.((({{..((((({{.,,{((((((((,.,((((.(((((((((((((.,,.(({(((((((((.((((.{.,.(((((,.((((,{{,{.((..{.(({{(((((((...{(((..{.,((({{(.....,,...,,))))))..)))}.(((({............)))))...)))))))))).}..)),))).))))))))))))))...))))))))),)))(((({{((((...))))))))).((({..((({...)})),)))}.........{{....))(((((..(((({((((.((..((((((.((((.((((({.....({{((((.....)))))}.......{(((((((,.,.....),.)))))))}..,,..((((.((((({....}}.)))).)))))),.}))))))).))))))..))...)))).}))))..)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).}}.))){{{...))}.,.}}},)}}))))))}}}},.....{((....|||,||.........,}},,||...||,..{,,,}|,,(((((({.....(((.((((((({.,(((((..((...................))..)))))))))))))...)))...}))))))..,,.,}))))(((((((((,(((((({{({((((((.{,.....,,..,{{.....,))))))))..,}),..)))))),.)))))))))})))))))))))),}))))..))))))))))),.))))..)))))).)))).)))).,.(((.......))))))..))))))))))))){{((((...,.(((((((..(((((((((((({....))))..}})))))))...))))))).,.)))).||.....{{...........|||||{||...{,..,,}}|...((((((((.....)))))))).....,...)))))..)))).))))...))).)))))))).}}........(((((.....)))))....}}}}||||,||,{,,,...))),))),}}))).(((..(((((((..((((((((((((((((((((((((.....((((...............)))))))))))))....))},)))))...))))))})).)))))))..)))..}))))))}(((((((........)))))))))))))))))))))).,.|||.|{{{{{{{{,.,,||...,)).|,,,))))),)}})..}}}...(((.((,...,)).)))......((((.((((((((...{((((..((((....)))).)))).,....)),})))))..)))),,,}}},|||||.||{}}||,....................,})}))).,,.,{||{||{{{..,,,||{||||.,...,((((({..{{((..,.}|||.|(.((({{((((((((({..((((((.(((........))).))))))..).,....)))))))))))))})||)))},.}|)}))))|...{{{{{||.......)))))))...{|||,||..((((..(((((.(((((....((((((((...((.(((...))))).))((((((((....((((((.,,(,{.(({.....),).)))...))))))...))))))))))))))...))))).)))))))))})))}}(((((.......,.))))){{{{((............}})})),))))))))))...........