Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001349823.2

Sequence Length

2125 nt

GC Content

0.5576

AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCGUGGCUAAGGCUGCUACGAAGCGAGCUUGGGAGGAGCAGCGGCCUGCGGGGCAGAGGAGCAUCCCGUCUACCAGGUCCCAAGCGGCGUGGCCCGCGGGUCAUGGCCAAAGGAGAAGGCGCCGAGAGCGGCUCCGCGGCGGGGCUGCUACCCACCAGCAUCCUCCAAAGCACUGAACGCCCGGCCCAGGUGAAGAACCGAAAAAGAAGAAACAACAGUUGUCUGUUUGCAACAAGCUUUGCUAUGCACUUGGGGGAGCCCCCUACCAGGUGACGGGCUGUGCCCUGGGUUUCUUCCUUCAGAUCUACCUAUUGGAUGUGGCUCAGGUGGGCCCUUUCUCUGCCUCCAUCAUCCUGUUUGUGGGCCGAGCCUGGGAUGCCAUCACAGACCCCCUGGUGGGCCUCUGCAUCAGCAAAUCCCCCUGGACCUGCCUGGGUCGCCUUAUGCCCUGGAUCAUCUUCUCCACGCCCCUGGCCGUCAUUGCCUACUUCCUCAUCUGGUUCGUGCCCGACUUCCCACACGGCCAGACCUAUUGGUACCUGCUUUUCUAUUGCCUCUUUGAAACAAUGGUCACGUGUUUCCAUGUUCCCUACUCGGCUCUCACCAUGUUCAUCAGCACCGAGCAGACUGAGCGGGAUUCUGCCACCGCCUAUCGGAUGACUGUGGAAGUGCUGGGCACAGUGCUGGGCACGGCGAUCCAGGGACAAAUCGUGGGCCAAGCAGACACGCCUUGUUUCCAGGACCUCAAUAGCUCUACAGUAGCUUCACAAAGUGCCAACCAUACACAUGGCACCACCUCACACAGGGAAACGCAAAAGGCAUACCUGCUGGCAGCGGGGGUCAUUGUCUGUAUCUAUAUAAUCUGUGCUGUCAUCCUGAUCCUGGGCGUGCGGGAGCAGAGAGAACCCUAUGAAGCCCAGCAGUCUGAGCCAAUCGCCUACUUCCGGGGCCUACGGCUGGUCAUGAGCCACGGCCCAUACAUCAAACUUAUUACUGGCUUCCUCUUCACCUCCUUGGCUUUCAUGCUGGUGGAGGGGAACUUUGUCUUGUUUUGCACCUACACCUUGGGCUUCCGCAAUGAAUUCCAGAAUCUACUCCUGGCCAUCAUGCUCUCGGCCACUUUAACCAUUCCCAUCUGGCAGUGGUUCUUGACCCGGUUUGGCAAGAAGACAGCUGUAUAUGUUGGGAUCUCAUCAGCAGUGCCAUUUCUCAUCUUGGUGGCCCUCAUGGAGAGUAACCUCAUCAUUACAUAUGCGGUAGCUGUGGCAGCUGGCAUCAGUGUGGCAGCUGCCUUCUUACUACCCUGGUCCAUGCUGCCUGAUGUCAUUGACGACUUCCAUCUGAAGCAGCCCCACUUCCAUGGAACCGAGCCCAUCUUCUUCUCCUUCUAUGUCUUCUUCACCAAGUUUGCCUCUGGAGUGUCACUGGGCAUUUCUACCCUCAGUCUGGACUUUGCAGGGUACCAGACCCGUGGCUGCUCGCAGCCGGAACGUGUCAAGUUUACACUGAACAUGCUCGUGACCAUGGCUCCCAUAGUUCUCAUCCUGCUGGGCCUGCUGCUCUUCAAAAUGUACCCCAUUGAUGAGGAGAGGCGGCGGCAGAAUAAGAAGGCCCUGCAGGCACUGAGGGACGAGGCCAGCAGCUCUGGCUGCUCAGAAACAGACUCCACAGAGCUGGCUAGCAUCCUCUAGGGCCCGCCACGUUGCCCGAAGCCACCAUGCAGAAGGCCACAGAAGGGAUCAGGACCUGUCUGCCGGCUUGCUGAGCAGCUGGACUGCAGGUGCUAGGAAGGGAACUGAAGACUCAAGGAGGUGGCCCAGGACACUUGCUGUGCUCACUGUGGGGCCGGCUGCUCUGUGGCCUCCUGCCUCCCCUCUGCCUGCCUGUGGGGCCAAGCCCUGGGGCUGCCACUGUGAAUAUGCCAAGGACUGAUCGGGCCUAGCCCGGAACACUAAUGUAGAAACCUUUUUUUUUACAGAGCCUAAUUAAUAACUUAAUGACUGUGUACAUAGCAAUGUGUGUGUAUGUAUAUGUCUGUGAGCUAUUAAUGUUAUUAAUUUUCAUAAAAGCUGGAAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-782.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -820.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 739.02

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((...((((((.((((((((.((..((.((...(((.(((((((........)))))))..((((((((((...((((.((((.((((((((((((.((.(.((((((((.......(((((((((((((((((((....)))))).)))..(((((((((((..(((((.(((.((((((.(((((((........)))).))).))......((((..(((((.((.((((..(((.(.(((...(((((((((((((....)))))((((...(((...))).))))..((((((...))))))(((((..((.....))..))))))))))))).))).).)))))))...)).)).)))))))))))))))))))..)))))...)).))))))))).))))).....))))))))).))...).))))...))))))).)))).............((((((....(((((((((((...(((((((((........)))).....(((((((((((.(((.............)))..))).............))))))))(((....)))..........((((((..((...))..))))))..(((((....)))))((((..((((((((((....((((....))))..))).)).))))).)))).((((((((((.....))).))...)))))(((((((....)))))))))))).)))))))))))(((((..((((...........))))..))))))))))).))))...))))).......))))).....((((((..........))))))..(((.....)))....)))...)).))..)).)))))))))))))).)))).(((((((((((((..(((((((((((.((((.(((.((((.((((((((((((((.............(((((((((..((((..........(((...((((((......(((((((((((...((((........((((........((.((((((((((((.....(((......))))))))))))))))).......)))).((.((........))))....(((.(((...((((.........))))...))))))....))))..............((((.(((((((......((((.((..(((.(((((.((((((((((((((((((..(((.(((..((.((((((.........)))))).))..))).)))....)))).....))))))))...))))))((((((((.(((....))).))))))))))))).))).)).))))..))))))).))))...(((((.((((((..(((.((((((((((......)))......(((((.......((((......((...(((....)))...))....))))......))))).............((((((((((....)))).))))))....)))))))..)))..)))).)))))))(((((...)))))..))))))))))).))))))...))).))))..))))))))))).)))))))......)))))))))..))).))))..)))))).))))).......(((((((((((((..(((((..(((((.((((((....))))))..........(((((((((((((((.((..((((...(((((.(((.(.((((((..(((.(((.(((((.......(((((((........))).))))((((((.((...)))))))).))))))))))).....)))...........))).).))))))))))))..)).)))).))))..)))))))..((((((...))))))....))))))))))....))))))))))))).((.(((..(((...............))).))).))...(((((...)))))........)))))))............)))))).....(((((((.((((..(((.((((((((((((.....))).))))))))))))..)))).)))))))...................(((....))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{{.{{...,|,}{{,,,(({{({{{((((((,,.((((.(((((((.{((({.,((({(({..,,}||{|||||(((((({(((({((((,,,(((((,(((({{.,{{|,,|||.{(({((({.....(((.{((((|||||||,{{((....,((((((((.(({{,{((((((((((...}))))))|}}..,{{{{{({..{,{{{{.,{{,,(({,.(({,{{,,.(((({,(((.{.({{...(((((((((((((....))))),(((,..{{{..,))}.,}||{{((((((...})))}.|||||}},{{{{{,},}}))}}})))))))).))),}.|}}|,,,..}))},,,|||||{|||||||.}|||||||,..,||}}.}}}}.....}}))|||}.|}},((({{(,,..,.{{({..{{{,||,}}},.,,||{....))}..|}}},,.))},}}}|,,(((({{{,...,||||,|||}...}}}})),,.|}}}}.)))}}}...}||,,.}}}}},...(((({,((((...{........)))))))))(((....))).,{,{{,,..{{,,{{..,,...||{{||||||..{{{||,..,})}}},{((..((((({((({....(({,....})}}..))).)).})))),)))|{{{{{((.((({{{..,||{|,.{{|{||||(((((||||,},})))),))))})),}}))),|||,{{...{{||.,||.,{{{{.,|,|{{||||{{|{.||,.......{{{{|....}.}))).......((((((..........))))))..,,,....,.,))}}}}|....}}))...,))))|{{{{{{|,{{{{..,,{,........,,}}.}))),))}))})}||||.{{{,|{||,{||{||||||||||||,..........|||||{{{{.,||||||....,,,.,,,...{(((((...{{{({({{{{{||||..|||||,...............,,.|||{{{{||||||||,.}..|||.,,}},))))))))))))|||,...||,..}},,,{{.{{.......,)))),...({,{(((...((((.........))))...))))))....)))},....,{{{{{{.{(....)),|||}}}}..,{{{{.{{,.{((.{(((({((((((((((((((((((..(((.(((..((.((((((.........)))))).))..))).)))...,)})).....))))))))},,||}}}}{(((((((.(((....})).)))))))),,},,.}}}.},.))}|,,}|||||}.||||||..,,.,}},,{{{|||.{.{|||||,...,..,.})))},,,|,{,.,.....},,}}}|,,...}}},}}))},.}})))},,)).,}.||||{{{{,,.|||},,,,,..,,,,,,(({((({{{|.,.,)))).}})))),,}||||||},..)))))}||,{{|||,,|((,,..}})},))}})}))))}}}}||||}},),,.,}|,||}|..|||||}}}}|}.||}|||||,,..,||}}}}})),,))),)))),}))))),)))))})).,,,.(((((((((((((,.(((((..(((((.((((((....))))))........{.((((((((((({(((.((..((((...(((({{(((.{{(({(((..{{{{(((.{((((..,,,,.(((((((........))).))))(((((||((...)))))))).)))))))))))..,..))},,}{{,....})),.}.))))))))))))..)}.)))}.)))}.,))))))),,{{{{{{...))))))....)))))))))).,..))))))))))))).))))..}.))))))).},)))..,,.))))}),.}}}.,(((((...))))),....,,..((((((((......)))))))).}}....(((((((.((((..(((.((((((((((((.....))).))))))))))))..)))).))))))).,,................)))))...)).