Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001349980.2
Sequence Length
4505 nt
GC Content
0.4211
ACUUGGCAGCUGGACAGGCAGAGUGCUGAUGUGAAAAAUACCACGACAAAACCACCCUAAUGGAGUUUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCACACCAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUUCUCCAAAAUACUUAUCAUUCAGGUUGAAUAAACCAGUUCUACAGACUGCUUCUUCCAUGCAUUUCCCAAUGAUGCUAGCUGCCCUUAAAAUUCUUUCAGAUUUGGAACUGUAUCUGUAUGGAAACAACAGAGUUUUCUUGAAGUACAACUAAGGACAGGUCACCACUAGGCACUAACAUCGCUGACUUGCAUGAUUAUGGAGAUGGUCUAUCUGAUGCUGAAAAUGUCUCUAGUUUUUUGACAACGGCUAAAUAACCAUGGGAUCAAGUGGCCUUGGGAAAGCAGCAACAUUAGAUGAACUGCUGUGCACUUGCAUUGAGAUGUUUGAUGACAAUGGAGAGCUGGAUAAUAGUUAUUUGCCAAGAAUAGUUCUACUGAUGCACCGAUGGUAUUUAUCUUCCACUGAAUUGGCAGAAAAACUUCUCUGCAUGUAUCGAAAUGCCACUGGAGAAAGCUGCAAUGAAUUUCGAUUAAAGAUCUGCUACUUCAUGAGGUACUGGAUUCUGAAGUUUCCUGCAGAGUUUAAUUUGGAUCUUGGUUUGAUUCGUAUGACUGAGGAAUUUCGGGAAGUAGCUAGUCAACUAGGAUAUGAAAAACACGUCAGCCUCAUCGACAUAUCCAGCAUUCCUUCCUAUGACUGGAUGAGAAGAGUCACACAGAGGAAAAAAGUAUCCAAGAAGGGAAAAGCCUGUCUGCUGUUUGACCAUCUGGAGCCCAUUGAAUUGGCUGAGCACCUCACUUUUCUGGAGCAUAAAUCUUUUAGAAGGAUCUCAUUCACUGAUUACCAAAGCUAUGUCAUCCAUGGCUGCCUGGAGAAUAAUCCAACCUUGGAAAGAUCGAUUGCUUUAUUUAAUGGAAUCUCUAAGUGGGUCCAGUUGAUGGUUCUUAGCAAACCAACCCCCCAGCAAAGGGCAGAAGUCAUCACAAAGUUUAUCAAUGUUGCAAAGAAGCUCCUUCAGCUCAAAAAUUUUAACACCCUGAUGGCAGUGGUGGGAGGCCUCAGUCAUAGUUCCAUUUCACGCCUCAAAGAGACCCAUUCUCAUCUUUCUUCAGAAGUUACAAAGAACUGGAAUGAAAUGACAGAGUUGGUCUCCUCCAACGGCAAUUACUGCAAUUACCGCAAGGCCUUUGCCGACUGCGAUGGCUUCAAAAUCCCCAUCCUUGGAGUACACUUGAAAGACUUGAUAGCUGUCCAUGUCAUUUUCCCAGACUGGACAGAGGAGAACAAAGUGAACAUUGUGAAAAUGCACCAGCUCUCCGUUACCCUGAGUGAACUAGUCUCCCUGCAGAAUGCCUCUCACCACUUAGAACCCAACAUGGAUUUGAUCAACCUGCUCACGCUUUCCCUGGACCUCUAUCACACUGAAGAUGAUAUUUACAAACUGUCACUGGUGCUGGAGCCUAGAAAUUCUAAAUCGCCUACCUCCCCUACGACGCCCAACAAGCCUGUGGUACCCCUGGAGUGGGCAUUAGGGGUGAUGCCAAAGCCAGACCCCACGGUCAUCAACAAGCACAUAAGGAAAUUAGUGGAGUCUGUAUUUAGAAACUAUGAUCACGACCAUGAUGGGUACAUUUCCCAAGAGGACUUUGAAAGUAUAGCUGCCAAUUUUCCCUUCUUGGAUUCCUUCUGUGUUCUGGACAAAGAUCAGGAUGGCCUAAUUAGUAAAGAUGAAAUGAUGGCUUACUUCCUGAGAGCUAAAUCCCAACUACACUGUAAAAUGGGACCAGGAUUUAUCCAUAAUUUUCAGGAGAUGACCUAUCUCAAGCCAACCUUCUGCGAACACUGUGCGGGAUUUCUCUGGGGCAUAAUCAAGCAAGGAUACAAAUGCAAAGACUGUGGAGCCAAUUGUCACAAACAGUGCAAAGACCUCCUGGUUCUGGCCUGCAGGAGAUUUGCCCGGGCGCCCUCCUUGAGCAGUGGUCAUGGGUCACUGCCUGGAAGCCCCUCGCUGCCCCCAGCGCAGGAUGAGGUGUUUGAGUUCCCUGGAGUCACUGCUGGACACAGGGAUUUAGACAGCAGAGCCAUCACACUGGUUACAGGCUCUUCUCGCAAGAUCUCUGUGAGGCUACAGAGGGCCACCACCAGCCAGGCCACCCAGACUGAACCUGUCUGGUCAGAGGCUGGCUGGGGGGACUCGGGGUCCCACACCUUCCCUAAAAUGAAAUCCAAGUUCCAUGACAAAGCAGCAAAGGACAAAGGCUUUGCCAAAUGGGAAAAUGAGAAGCCCAGGGUGCAUGCUGGUGUGGAUGUUGUAGACCGGGGCACGGAGUUUGAACUUGACCAGGAUGAAGGAGAAGAGACCAGACAGGAUGGUGAGGAUGGCUGACUUCAGGCUGCGGAAACUGAAGGCAAUAAUGUUGGCUUUUGGAAGGGGCAAGACGAGAAACUCUGAAGAAAGCUCUGACUCUCAGGAAGUUAUCUGGAAAGAUACCUGGAUGUUUACUGCCUUGGGACACUGUGGGAUCUCCAUGUUUGGACUAUGGGACAGAGAAUUGACCCUAACUAACUAACUAUGAACUAUUUAUUUCCUCCUCCCCUACCCCUAGUUAAGUGCCACAAAGACUGUGUUAUGUAGUCAGUACUUUUUUCUCAUGUAUCUUUCUCUAGACCAUUUAUAUACGGGUGAAAUGAAAGCUUUUUUGCAUGUACUUGAUACUCAGUCUGUAAACUCAGACUUCGCUUUUUUUGUGAGACUAUCCUUUCAAUAUUUUUAUAAACUUUUGUGUGUGCUGUGGCAGGGAACAGUUAACAAGGAGUUUAUUUAGAGGGGUUUUUUUCAUUUUUUGUUUUUCUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCUUCUUGGUGUGCUUUUUGGAUGGGACCAGAACUUAACAUUUUCCUGAGGACUAGGAAGCUCAUCAGACACUGGAAUGCAGUGAUUCUUCUAAUGAUGGUCAACUGCAAGGAGAAACUGUUUACAUCCUUCCCACUACACAGUUGCUAUGAUAUGUAACAAGUCACACAUGUAUAUAUCACACAAGUCUUACCAAUUCUGCGUCACUAGGAAGCUAUAGCAUGGUCGUGAAAGCUCUCCUAAUACUUACUUAAAUAGCCAUGGAAGAAAAUUAUGCUUGUCCCUUCUGACUGGGUUAAGCCAUCUUUCUUAAGAUUCCUGAAGUAGAAAUAGCAAUUAAGAAAUUAAUUCAAGUUUUGACGGUUAACAUUUAGCAGAAAAACAAACCAUUGAAUAAGCUACUAGGUGAAAUGCAAAACAACCAUCAAUUUUUUUAAACUCAAUAAUUUUGUGAAAAAAAAAACCACCACCAAACUUUUGGUUGUAAAAGAGAACCCUUGUUCCCUUCCUAAGAAACUGCCUUCCACAAUUAAAGAAUACUCAUAGAAAGAAAAUAAUCAUAAAUCAUAUUUGAUUAACAUUUCAUUUAAGCUUUUAAAAUAUCAAUUUUUUAAAUAGCUCCCAUUUACCCAAAAUAACUAGUUAUGGGUCUAUUUCUUCCAUGAUUAGAGGAGAGAGAACUUGAUUCAAGAUACUGAAAAAUAGAGCUGGGACUGAGCCUGUGAAUGACAGGAAUGAUCUAUUACCAGGUGACUAGUCGGAAACUACACAGACGUGCACUGGUCUGCAUUUGGGGGCUAAAGUGUAUAUAUUCCAUUUAAAAUGGAAUUUGUUUGUAUUUGGGGCAGUCUUCAGUAAAGCCUUUCUCCUUUCUUUUCUCCAUUGAGGACAGUUCUGCUCAGCAAAAUUGUUGAGUACCUGUUCUGGGCAGGUCCCACGCUAUAUGCACAAAGUUAAGAAAAACUUGGUCUUAGCCCUUGGGAGCUGACAGCCCAUGGGCAUUAAGGCAAAGUAGUUCCAGUGAUUUAAAAUACGGUUCCAAAUACGCUAAAACCAACUUGUGCCAACCAGAUUUACAGAUUGGAAAUACUGCAGAUGAUGUGAAGUUAUCAGUUGGAGGAGCUGUGAUUAAGCUGGAUAAUAAGAGAACGUGCCAUCUGUAAAGCACUCAGAAGGCAGCCAUCCCUAGAUGUUGGUUUCAUGUAUAUUACACUAUCUACUACUAUCCAUAAAUGCAAUAAUAUGCAUGUUAACAACAUUAAAAACAGCAAACAGCAAUCUAAGUACAGAAAAGCUUUUUGUGUGUUUAAAAAAAUUGAAGAAAAUUCAGGAAGAAACGUGUUAAUAAACAUUGUACUGUUCUUUUGCUUCUCAAAGGAAUUAUUCACUUGCCACUUUGGUUAUUUUUGAGUUUUCGUACAUAGGAAGUUUUAUAUUGCCAGCCUUCCUGUGAUAAAGAUAUUAAAUGUAACUUGAGUAAAAAAUAAAAAAGAAUAACUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1252.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1338.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 1214.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.((((..(((((((((.((.((((........)))).))((((...((....)).)))))))))))))((((((((.(((((((((((((.((....)))).))))))..)))))))))...))))..((((..(((((((..((((((..(....)..)))))).......((((((........((((.((((((.((((.((...(((((((...(((((...((((((((((((.......)))))...((((.................((((((((((((((......((((((......)))))).((((((..(((((..((((((((.((((....((((..((((((......))..((((((....))))))....(((.((((((...((.(((.(((((((..(((.(((((.....((...))......))))))))))))))).((((((((.((((((((.(.((((....)))).).......(((((((...((((.((((((((..((.((..(((((........((....))........)))))..)).))......(((.(((((((........(((......((((((((..((.((.((....)).)).)).))))))))...)))))))))).)))(((((((..(((((((((.((....)).)))))))))......(((((((((.((((.((((..(((((....)))))...)).)).))))))))))))).(((........)))))))))).....)))))))).))))(((((....(((..(((......)))..))))))))..............(((......))).((((((.((((..((.(((((.(((((((((..((.((((...)))))).)))(((((((...(((((((..((((...(((.....))).......(((((((.....)))))))...((((......)))).)))).)))))))....))))))).....((((...))))))))))))))).)).(((((.......))))).........)))).)))))).)))))))...))))))))))))))))..))).))...)))))))))................))))..))))))))..)))))..))).)))))..)))))).(((.....((((((.(((((..(((((((((...((((......)))).))).)))).)).))))).)))))).......)))((((((((.((((((.((((((((((((((..(((((((((...........)))))(.((((....(((((.............(((((((.(((.........)))))))))).(((((.....(((..((((.....)))))))....)))))...((((((((..........(((((.(((...((((((...........(((((.(((((...((((((....((....)).....((((..(((((...((((..((.(((((.........))))))))))).))))).))))...((((((((.......(.((((((....(((((.....((.(.((...))).))..)))))..)))))).)..((....))(((((.((((............................)))).))))).))))))))....))))))...))))).))))).......(((((((((..(((..(((...)))..)))...)))..))))))..(((((((.((((...)))).)))..))))((((((.................(((((((((...(((((.(.......(((((((......))....)))))))))))...........((((((((((.((((((((.....((.........))((.((((((..((((...(.((.(((((.((((..(((.(....)...))).....((((((.((((.(((.(((.....)))))).((((....)))).))))))))))..))))))))).)).)...))))...)))))).)))))))))))).))))))))..((((((((....))))).)))....(.(((((((((.(((((..(((.(....)))).)))))))))))))).).)))))))))..(((((....(((((((((((((.......))))))......)))))))...)))))..)))))).((((((.......))))))..))))))...))).))))))))))))).........................))))))))).).....))))....)).))))))))))))....((((...........))))..(((((((.((((((((...((((...((((((((.((.....(((((.(.((..(((...(((((((((((((.......))))(((((.((((.(((..(((((((.......(((((((.....(((..(((..((((((((((((((((((((..(((((((((((((...((((.((((((((.(((((((((((((.((((....(((((.((...((((((((((.((.((((....))))....(((.((......)).)))........((((((.(..........................).)))))).)).)))))......)))))....)).)))))......)).)).)))))))..))))))....(((..((((.((((((.........)))))).))))..))).....((((((......))))))((((.......)))))))).))))............((((((((((.(((..(((((........)))))..)))))))))))))..))))))))))))))))......)..))))))))))))).(((((((((....(((..(((((((.((((.((.(((((..((((..((......(((((((.....)))))))......))...))))..((((((((((..((....)).)))).))))))((((.............))))...........(((((((((((((((((.((.((...)).))))))))))................((((((.(((...((((.((....((((((.((..(((...............)))..)).)))))).((((((.....(((((.(((........))).)))))....)))))).)).))))))).)))))))))))))))..(((.....)))..(((((....(((((...)))))...)))))...))))).)).))))))))))).)))..))))))))).......(((((((..((...........))..)))))))....((.(((((....))))).))..(((......)))...))))))).))).)))))))))).........................((((.((((((...........))))))...)))).....(((((((((((........))))))).))))((((..(((.........(((((((((((.........))))))))))).......((..((...((((......))))....))..)).(.(((.(((((.((((((.(((............(((((.((.(..(((............)))..))))))))))))))))).)))))..))).)(((.((((((((...)))))))).)))..)))..)))))))))))..)))..)))).)))))....))))))))))))..)).))))))(((((((((....)))))))))))))))))))))))...))))))))))))))).(((((......))))).((((((((((.((((.........)))).))))..))))))...)))))).))))))))....)))))))))))))).........((((.(((((...........))))).)))).......))))...))).))))....)))))...))))))))).)))).)))))).)))))))))).((((.((((.........)))).))))..........(((((((....(((((((((((............................)))))))))))....)))))))..((((((((((.(((..(((......)))...))).))))).)))))........((((.....)))))))))))..))))................(((((((((.....)))))))))..)))).)))))((((.((((((.((((((((((.((.(((((((((...............))))))))))).))))).))))).)))))).))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{((((((((,..{(((((((.,.((.((((({........{((((,,,{..,((....)).)),,..,,.))))}(((((((.(((((((((((((.((....)))).))))))..}))))))))...))))))))).)).,.}))))))))))}.{{{{{,|,.,,|||||...,,{(((((({,......((((,(,,({({((,,...}}}|(((({,...({((({{{(({{(((((({{{{.,,.,{||{,((({((({,,.......,{{{,{{,{{{{({{{(({{{(({({.((((((..|||{||||||.{|,|||||,.,},,||.{||{{{.,{....}}},}}}.}||}|,||,..}}||}|...,{||||||||}},,|{{|||{|{|....{{{{,{,|{,....,}||,.,|||{{,,,..(({{,||{{{,,{|||}|||||,|||{|{{{{.{{{,,,}}},,|}}|}||{{..,{||||{{,,,|,,,}}))},}}}))})}}|||{,...,|||||,|}|,}}}}|,,,{{{{||,}}||}{,,}},|||||||}}}||{,{{,.,|,,.|,(((((........))))).,..((((((((..((.((.((....)).)).)).))))))))....}}}}||||},}|||,|}||,,{{||||||||,{|||||||,|||}{{{|..,.((((((,,,,,,,||||}|,,|,,|||||}}}})))|||{{|},,||||}}}}))))|||.|{.....,,.||}{((((({(.{{..,(((((((((........))).))))))((((((((({((((((((((,......{(((((((((((((((,,{.{({{((((...((((({((((({{((((((({..((.((((...))))},.|||((((({{...{{{||||,,||{(,,{,,,.....,}},...,..(((((((.....)))))))...((((......)))).}}}),))}))))..,.})))}}},,,,,|||,..}))))})))))))))}..))))))},,|,||,.,,........,.}}.,,}|||{|..(((((({....(((......,,{{(,...({((,..}}}},)).,.........)))....)))))))((((((((((((((((((...((((((,,,((({.,.......((((((.(((((..({(((((((...{(((......)))).))}.)))).)).))))).))))))((((({((((((...((((.......))},}....))))))...|.(((((...........})))).}))))).....,,,.....,,......(((((((.(((.........)))))))))).(((((.,...(((..((((.....)))))))..}.))))).......})))}))))))......))).))...)))))))))))))..,.(((((.(((((...((((((....(({{.{||{{{{{((((..(((((.,,((({..((.(((((.........))))))))))).))))).))))...,{{{{{{,.({,{,.{{(({{((,.,.((({,.....{{.|,{|,..,,,.)),}))))).,)}}}||{}..{{....}},,(((|||,,,},,................})),...,))))}))||}..,,)))}.....))))))...))))).))))).,...,{(,....))}|||||..|||...,))}})..}))))))))))))))))))}}))))))(((..,,..,||{{(((,.,{||}.|||.||..,,,.....|{{{|||{{...{{{{||{,,.....(((((,,,,,...))....))))),,,|||....,}}....{(((((((((.((((((((.....{,.........}}({.((((((.{((((...{.((.(((((.((((..(((.{....}...))).....((((((.((((.(((.(((.....)))))).((((....)))).))))))))))..))))))))).)).}...)))).}.)))))).}))))))))))).)))))))}..((((((((....))))).)))....(.((((((((,{(((((..(((.(....)))).)))))))))))))).).}|||||}},..,||}},.,.))))))))))......,.}),)))))))),,.,,({,{,.||.((((((((,((..((((((.......))))))...,.)}))))))))||||{||,,{||}}}}....}}})))......,,,}})),,)})}}}}},...}}},((((((........))))))....||||,...,,,,,,|)}},..(((((((.((((((((,,.((((...((((((((.((.....(((({,(.((..(((,..(((((((((((((.......)))}(((((.((((.(((..(((((((.......(((((((.....(((..(((..((((((((((((((((((((..{(((((((((((((,,{{{{,{(({{{{{.(((((((((((((.{(((.,..(((((.((.,.((((((((((.{,.((((....))))....(((.{({.,...}}.}}}........,,..,,.,...........,.....,,,,.....,.))))},.)).)))))......)))))....)).))))}......)).}}.)))))))}}},,})}.,..,,...,.{{||{{,,{,|,,,{,..,,}}}),},}},,}},,,...((((((......)))))){(((.......))))|},}.}}}}........,,..((((((((((.(((..(((((........)))))..)))))))))))))..})))))))))))))))......)..})))))))))))).{((((((((....(((..(((((((.((((.((.(((((..((((..,,......(((((((.....))))))}......||...))))..{((((((({{,.((....)).)))),}))))|((((,.,..........))))}..........{((((((((((((((({,((.((...)).)))))))))),...............((((((.{{,.,(((((.((....((((((.{{..{{{...............}}}..}}.)))))).((((((.....(((((.(((........))).))))).},.)))))).}).})))))}.))))))))))))))}..{,,.....}}}..(((((....(((({...}))))...)))))...))))).)).))))))))))).)))..))))))))).......{((((((...{.{{{.....}})}},})))))},...{(.(((((....))))).))..,,{,|....))),,,))))))).))).))))))))))..........,,....,,...{{{.((({.((((((...........))))))...)))).,,,.(((((((((((........))))))).))))((({..{{({{{{{,,..{((((({((({{{,.{{{{{||,,,,,,},)}}}}}}.}}..|||..|{||.,....}}},...,,,,.|||{{{{{,,{(((((,{,,{||||}...,.}}..,,,||}}}||.|,}|||.........,|,|||{{(((({{((((,{,,,,).)))))..}))})}}..((((((((...)))))))).}))}}))}..)))))))))))..)))..)))).)))))...,))))))))))))..)).))))))(((((((((....))))))))))))))))))))))),,.))))))))))))))).,{{{{..,,...||||.((((((((((.((((.........)))).))))..)))))).,))}..,||{{{|,,,||,,..|||{|||||,,,,.,,,.....{{{{.{{{{|,,,,,,.,,,,}}|}}.}))).....,}}|||,{{||}.,,,),}}})}))))}.))))))))).))))}))))),.,,,|||{{,,,((((.((((.........)))).))))....}}....(((((((....(((((((((((...,,,.................,}...)))))))))))....)))))))..((((((((((.(((..(((......)))...))).))))).)))))........((((.....)))))}}}}},,,(((({....})))},}}..,|||||||||,...,))}}))))),,})),.,))))((((.((((((.((((({{(((.{(.(((((((((............,,.)))))))))}).})))}.))))).)))))).))))..........................
Back