Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001349981.2
Sequence Length
4383 nt
GC Content
0.4159
ACUUGGCAGCUGGACAGGCAGAGUGCUGAUGUGAAAAAUACCACGACAAAACCACCCUAGUUCUCCAAAAUACUUAUCAUUCAGGUUGAAUAAACCAGUUCUACAGACUGCUUCUUCCAUGCAUUUCCCAAUGAUGCUAGCUGCCCUUAAAAUUCUUUCAGAUUUGGAACUGUAUCUGUAUGGAAACAACAGAGUUUUCUUGAAGUACAACUAAGGACAGGUCACCACUAGGCACUAACAUCGCUGACUUGCAUGAUUAUGGAGAUGGUCUAUCUGAUGCUGAAAAUGUCUCUAGUUUUUUGACAACGGCUAAAUAACCAUGGGAUCAAGUGGCCUUGGGAAAGCAGCAACAUUAGAUGAACUGCUGUGCACUUGCAUUGAGAUGUUUGAUGACAAUGGAGAGCUGGAUAAUAGUUAUUUGCCAAGAAUAGUUCUACUGAUGCACCGAUGGUAUUUAUCUUCCACUGAAUUGGCAGAAAAACUUCUCUGCAUGUAUCGAAAUGCCACUGGAGAAAGCUGCAAUGAAUUUCGAUUAAAGAUCUGCUACUUCAUGAGGUACUGGAUUCUGAAGUUUCCUGCAGAGUUUAAUUUGGAUCUUGGUUUGAUUCGUAUGACUGAGGAAUUUCGGGAAGUAGCUAGUCAACUAGGAUAUGAAAAACACGUCAGCCUCAUCGACAUAUCCAGCAUUCCUUCCUAUGACUGGAUGAGAAGAGUCACACAGAGGAAAAAAGUAUCCAAGAAGGGAAAAGCCUGUCUGCUGUUUGACCAUCUGGAGCCCAUUGAAUUGGCUGAGCACCUCACUUUUCUGGAGCAUAAAUCUUUUAGAAGGAUCUCAUUCACUGAUUACCAAAGCUAUGUCAUCCAUGGCUGCCUGGAGAAUAAUCCAACCUUGGAAAGAUCGAUUGCUUUAUUUAAUGGAAUCUCUAAGUGGGUCCAGUUGAUGGUUCUUAGCAAACCAACCCCCCAGCAAAGGGCAGAAGUCAUCACAAAGUUUAUCAAUGUUGCAAAGAAGCUCCUUCAGCUCAAAAAUUUUAACACCCUGAUGGCAGUGGUGGGAGGCCUCAGUCAUAGUUCCAUUUCACGCCUCAAAGAGACCCAUUCUCAUCUUUCUUCAGAAGUUACAAAGAACUGGAAUGAAAUGACAGAGUUGGUCUCCUCCAACGGCAAUUACUGCAAUUACCGCAAGGCCUUUGCCGACUGCGAUGGCUUCAAAAUCCCCAUCCUUGGAGUACACUUGAAAGACUUGAUAGCUGUCCAUGUCAUUUUCCCAGACUGGACAGAGGAGAACAAAGUGAACAUUGUGAAAAUGCACCAGCUCUCCGUUACCCUGAGUGAACUAGUCUCCCUGCAGAAUGCCUCUCACCACUUAGAACCCAACAUGGAUUUGAUCAACCUGCUCACGCUUUCCCUGGACCUCUAUCACACUGAAGAUGAUAUUUACAAACUGUCACUGGUGCUGGAGCCUAGAAAUUCUAAAUCGCCUACCUCCCCUACGACGCCCAACAAGCCUGUGGUACCCCUGGAGUGGGCAUUAGGGGUGAUGCCAAAGCCAGACCCCACGGUCAUCAACAAGCACAUAAGGAAAUUAGUGGAGUCUGUAUUUAGAAACUAUGAUCACGACCAUGAUGGGUACAUUUCCCAAGAGGACUUUGAAAGUAUAGCUGCCAAUUUUCCCUUCUUGGAUUCCUUCUGUGUUCUGGACAAAGAUCAGGAUGGCCUAAUUAGUAAAGAUGAAAUGAUGGCUUACUUCCUGAGAGCUAAAUCCCAACUACACUGUAAAAUGGGACCAGGAUUUAUCCAUAAUUUUCAGGAGAUGACCUAUCUCAAGCCAACCUUCUGCGAACACUGUGCGGGAUUUCUCUGGGGCAUAAUCAAGCAAGGAUACAAAUGCAAAGACUGUGGAGCCAAUUGUCACAAACAGUGCAAAGACCUCCUGGUUCUGGCCUGCAGGAGAUUUGCCCGGGCGCCCUCCUUGAGCAGUGGUCAUGGGUCACUGCCUGGAAGCCCCUCGCUGCCCCCAGCGCAGGAUGAGGUGUUUGAGUUCCCUGGAGUCACUGCUGGACACAGGGAUUUAGACAGCAGAGCCAUCACACUGGUUACAGGCUCUUCUCGCAAGAUCUCUGUGAGGCUACAGAGGGCCACCACCAGCCAGGCCACCCAGACUGAACCUGUCUGGUCAGAGGCUGGCUGGGGGGACUCGGGGUCCCACACCUUCCCUAAAAUGAAAUCCAAGUUCCAUGACAAAGCAGCAAAGGACAAAGGCUUUGCCAAAUGGGAAAAUGAGAAGCCCAGGGUGCAUGCUGGUGUGGAUGUUGUAGACCGGGGCACGGAGUUUGAACUUGACCAGGAUGAAGGAGAAGAGACCAGACAGGAUGGUGAGGAUGGCUGACUUCAGGCUGCGGAAACUGAAGGCAAUAAUGUUGGCUUUUGGAAGGGGCAAGACGAGAAACUCUGAAGAAAGCUCUGACUCUCAGGAAGUUAUCUGGAAAGAUACCUGGAUGUUUACUGCCUUGGGACACUGUGGGAUCUCCAUGUUUGGACUAUGGGACAGAGAAUUGACCCUAACUAACUAACUAUGAACUAUUUAUUUCCUCCUCCCCUACCCCUAGUUAAGUGCCACAAAGACUGUGUUAUGUAGUCAGUACUUUUUUCUCAUGUAUCUUUCUCUAGACCAUUUAUAUACGGGUGAAAUGAAAGCUUUUUUGCAUGUACUUGAUACUCAGUCUGUAAACUCAGACUUCGCUUUUUUUGUGAGACUAUCCUUUCAAUAUUUUUAUAAACUUUUGUGUGUGCUGUGGCAGGGAACAGUUAACAAGGAGUUUAUUUAGAGGGGUUUUUUUCAUUUUUUGUUUUUCUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCUUCUUGGUGUGCUUUUUGGAUGGGACCAGAACUUAACAUUUUCCUGAGGACUAGGAAGCUCAUCAGACACUGGAAUGCAGUGAUUCUUCUAAUGAUGGUCAACUGCAAGGAGAAACUGUUUACAUCCUUCCCACUACACAGUUGCUAUGAUAUGUAACAAGUCACACAUGUAUAUAUCACACAAGUCUUACCAAUUCUGCGUCACUAGGAAGCUAUAGCAUGGUCGUGAAAGCUCUCCUAAUACUUACUUAAAUAGCCAUGGAAGAAAAUUAUGCUUGUCCCUUCUGACUGGGUUAAGCCAUCUUUCUUAAGAUUCCUGAAGUAGAAAUAGCAAUUAAGAAAUUAAUUCAAGUUUUGACGGUUAACAUUUAGCAGAAAAACAAACCAUUGAAUAAGCUACUAGGUGAAAUGCAAAACAACCAUCAAUUUUUUUAAACUCAAUAAUUUUGUGAAAAAAAAAACCACCACCAAACUUUUGGUUGUAAAAGAGAACCCUUGUUCCCUUCCUAAGAAACUGCCUUCCACAAUUAAAGAAUACUCAUAGAAAGAAAAUAAUCAUAAAUCAUAUUUGAUUAACAUUUCAUUUAAGCUUUUAAAAUAUCAAUUUUUUAAAUAGCUCCCAUUUACCCAAAAUAACUAGUUAUGGGUCUAUUUCUUCCAUGAUUAGAGGAGAGAGAACUUGAUUCAAGAUACUGAAAAAUAGAGCUGGGACUGAGCCUGUGAAUGACAGGAAUGAUCUAUUACCAGGUGACUAGUCGGAAACUACACAGACGUGCACUGGUCUGCAUUUGGGGGCUAAAGUGUAUAUAUUCCAUUUAAAAUGGAAUUUGUUUGUAUUUGGGGCAGUCUUCAGUAAAGCCUUUCUCCUUUCUUUUCUCCAUUGAGGACAGUUCUGCUCAGCAAAAUUGUUGAGUACCUGUUCUGGGCAGGUCCCACGCUAUAUGCACAAAGUUAAGAAAAACUUGGUCUUAGCCCUUGGGAGCUGACAGCCCAUGGGCAUUAAGGCAAAGUAGUUCCAGUGAUUUAAAAUACGGUUCCAAAUACGCUAAAACCAACUUGUGCCAACCAGAUUUACAGAUUGGAAAUACUGCAGAUGAUGUGAAGUUAUCAGUUGGAGGAGCUGUGAUUAAGCUGGAUAAUAAGAGAACGUGCCAUCUGUAAAGCACUCAGAAGGCAGCCAUCCCUAGAUGUUGGUUUCAUGUAUAUUACACUAUCUACUACUAUCCAUAAAUGCAAUAAUAUGCAUGUUAACAACAUUAAAAACAGCAAACAGCAAUCUAAGUACAGAAAAGCUUUUUGUGUGUUUAAAAAAAUUGAAGAAAAUUCAGGAAGAAACGUGUUAAUAAACAUUGUACUGUUCUUUUGCUUCUCAAAGGAAUUAUUCACUUGCCACUUUGGUUAUUUUUGAGUUUUCGUACAUAGGAAGUUUUAUAUUGCCAGCCUUCCUGUGAUAAAGAUAUUAAAUGUAACUUGAGUAAAAAAUAAAAAAGAAUAACUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1197.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1282.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 1039.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(((......)))..)))))).(((........)))............(((((((((((......((((((..((((((.....))))(((((...((((((((((...((((((..((....(((((.(((.((((........(((.((...(((((...((((.((....((((((......))))))....)))))).))))))).))).........))))))).)))))..))..)))))).....)))).))))))((((((((.((......((((..(((....)))...(((((.....((...))......)))))..))))......)).))))))))))))).(.((((....)))).)...))..))))))...)))))))))))...((((((((((.....((((((((((..(((.(((..((((((((...((((((..((((((.(((((........)))))....((((((((..((.((.((....)).)).)).))))))))........((((...(((((.((.((((((((..((((((.(((.(((......((.((((((.......)))))).))..))))))))))))((((((...((((....))))(((.((.....)).)))((((((((.((...(((((((((........))).))))))(((((((((.((((((((((.......((((((((((((((((.....((((((.((((..((.(((((.(((((((((..((.((((...)))))).)))(((((((...(((((((..((((...(((.....))).......(((((((.....)))))))...((((......)))).)))).)))))))....))))))).....((((...))))))))))))))).)).(((((.......))))).........)))).)))))).(((((((....(((..........((...((((...)))).))...........)))....)))))))((((((((((((((((((...((((((...((((.........((((((.(((((..(((((((((...((((......)))).))).)))).)).))))).))))))((((((((((((...((((.......)).))....)))))).....(((((...........))))).)))))).....................(((((((.(((.........)))))))))).(((((.....(((..((((.....)))))))....))))).......)))).))))))......))).))...)))))))))))))....(((((.(((((...((((((....((....)).....((((..(((((...((((..((.(((((.........))))))))))).))))).))))...((((((((.......(.((((((....(((((.....((.(.((...))).))..)))))..)))))).)..((....))(((((.((((............................)))).))))).))))))))....))))))...))))).))))).....(((.....)))..(((..(((...)))..)))))))))))))))))))))).)))))))(((..((...(((.(((....))).))).))..))).....(((((((((...(((((.(.......(((((((......))....)))))))))))...........((((((((((.((((((((.....((.........))((.((((((..((((...(.((.(((((.((((..(((.(....)...))).....((((((.((((.(((.(((.....)))))).((((....)))).))))))))))..))))))))).)).)...))))...)))))).)))))))))))).))))))))..((((((((....))))).)))....(.(((((((((.(((((..(((.(....)))).)))))))))))))).).)))))))))..(((....))))))))))))........)).)))))))).....((....)).((((((((.((..((((((.......))))))...).).)))))))).((((((...))))))....))))))........))))).))))))))))...))))((((((........))))))....((((...........))))..(((((((.((((((((...((((...((((((((.((.....(((((.(.((..(((...(((((((((((((.......))))(((((.((((.(((..(((((((.......(((((((.....(((..(((..((((((((((((((((((((..(((((((((((((...((((.((((((((.(((((((((((((.((((....(((((.((...((((((((((.((.((((....))))....(((.((......)).)))........((((((.(..........................).)))))).)).)))))......)))))....)).)))))......)).)).)))))))..))))))....(((..((((.((((((.........)))))).))))..))).....((((((......))))))((((.......)))))))).))))............((((((((((.(((..(((((........)))))..)))))))))))))..))))))))))))))))......)..))))))))))))).(((((((((....(((..(((((((.((((.((.(((((..((((..((......(((((((.....)))))))......))...))))..((((((((((..((....)).)))).))))))((((.............))))...........(((((((((((((((((.((.((...)).))))))))))................((((((.(((...((((.((....((((((.((..(((...............)))..)).)))))).((((((.....(((((.(((........))).)))))....)))))).)).))))))).)))))))))))))))..(((.....)))..(((((....(((((...)))))...)))))...))))).)).))))))))))).)))..))))))))).......(((((((..((...........))..)))))))....((.(((((....))))).))..(((......)))...))))))).))).)))))))))).........................((((.((((((...........))))))...)))).....(((((((((((........))))))).))))((((..(((.........(((((((((((.........))))))))))).......((..((...((((......))))....))..)).(.(((.(((((.((((((.(((............(((((.((.(..(((............)))..))))))))))))))))).)))))..))).)(((.((((((((...)))))))).)))..)))..)))))))))))..)))..)))).)))))....))))))))))))..)).))))))(((((((((....)))))))))))))))))))))))...))))))))))))))).............((((.((((((((((.((((.........)))).))))..)))))).))))...((((((...((((..(((((((((.....(((............)))(((((((((((..((...))..))).)))..((((((.....)))))).))))).))))))))).)))))))))).....((.((...((((.((((.........)))).))))....)).)).(((((((....(((((((((((............................)))))))))))....)))))))..((((((((((.(((..(((......)))...))).))))).)))))...............))))))))))))...(((((....))))).))))))))....)))...)))..)))))))))).......((((.((((((.((((((((((.((.(((((((((...............))))))))))).))))).))))).)))))).)))).............))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((((((((({..,{{.(((.(((((((((..,{(((((({{...........(((((((((((......((((((..({((((.....)))){{{{{...{((((((((({{,((((((..((.,,.(((((.(((,(({(.,,,.....{({{{{{.,{{{({,.({{{,((,{.,({{{{{....,.)))))).,,.})}}}}.,}}}}},,}||,,.......)))}))).))))).})}..)))))).....)))),)))))}{{{{||{{|||....,{(({{..{,,.,,,}}|,.,|||||.....{|.,,})....,,})))},})))),}}}}}}|.|||}}}}}}}}}},{.{(((....)))).},}.)),.))))))...))))))))))).....,{{{{{{{{,..,|||||{{|||..,|,.||,.}}.)))))))}.,(({(,..((((.({(((((........{{{,,....((((((((..((.((.((....)).)).)).))))))))...}}}}}}}}}}.}}}},}}}},,.(((((((((.((....}}.)))))))}}.{{(,,((((((({{{((((.{({(..(((({....)))))...}},,}.))))))))))))).,}},...)))))))))))).,.,.,..,||||||((,,,,,,,.}}}.}|}}}|((((((((((((((((((((,......{((((((((((((((({,{.{({{((((...((((({((((({{((((((((..((.((((...))))},.|||((((({{...{{{||||,,||{(,,{,,,.....,}},...,..(((((((.....)))))))...((((......)))).}}}),))}))))..,.})))}}),,,},|||,..}))))})))))))))},.))))))},,|,||,.,,........,.}}.,,}|||{|..(((((({....(((......,,{{(,...({((,..}}}},)).,,........)))....)))))))((((((((((((((((((...((((((,,,((({.,.......((((((.(((((..({(((((((...{(((......)))).))}.)))).)).))))).))))))((((({((((((...((((.......))},}....))))))...|.(((((...........})))).}))))).....,,,.....,,......(((((((.(((.........)))))))))).(((((.,...(((..((((.....)))))))..}.))))).......})))}))))))......))).))...)))))))))))))..,.(((((.(((((...((((((....(({{.{||{{{{{((((..(((((.,,((({..((.(((((.......,.))))))))))).))))).))))...,{{{{{{,.{{,,,.{,(({{((..,.((({,.....{{.|,{|,..,,,.)),}))))).,)}}}||{}..{{....}},,(((|||,,,},,................})),...,))))}))||}..,,)))}.....))))))...))))).))))).,...,{(,....))}|||||..|||...,))}})..}))))))))))))))))))}}))))))(((..,,..,||{{(((,.,,||}.|||.||..,,,.....{{{((({{{...{{{{|,{.......(((((,,,,,...)),...))))),,,|||....,}}....{(((((((((.((((((((.....{,.........}}({.((((((.{((((...{.((.(((((.((((..(((.{....,...))).....((((((.((((.(((.(((.....)))))).((((....)))).))))))))))..))))))))).)).}...)))).}.)))))).}))))))))))).)))))))}..((((((((....))))).)))....(.((((((((,{(((((..(((.(....)))).)))))))))))))).).}||||}}},..,||}},.,.)))))))))),.....,{{((((|....))))))}|||,.||.((((((((,((..((((((.......))))))...,.)}))))))))|(((({|.,{||},,,...,}}}}}},.....,..}}}},.}|||||||.,..|||.{{{{{(.......,)))))}...,}))}}...{(((((((.....(((((((.((((((((,,.((((...((((((((.((.....(((({,(.((..(((,..(((((((((((((.......)))}(((((.((((.(((..(((((((.......(((((((.....(((..(((..((((((((((((((((((((..{(((((((((((((,,{{{{,((({{({{.(((((((((((((.((((.,..(((((.((.,.((((((((((.{,.((((....))))....(((.{{{.,...}}.}}}........,,..,,.,...........,.....,,,,.....,.})))}}.)).)))))......)))))....)).)))))......)).)).)))))))}}},,))}.,..,,...,.{{|||{,,{,|,,,{,..,}}}}),},}},,}}},,...((((((......)))))){(((.......))))}}}}.}}}}........,,..((((((((((.(((..(((((........)))))..)))))))))))))..))))))))))))))))......)..))))))))))))).{((((((((....(((..(((((((.((((.((.(((((..((((..,,......(((((((.....))))))}......||...))))..{((((((({{,.((....)).)))),}))))|((((,.,..........))))}..........{((((((((((((((({,((.((...)).)))))))))),...............((((((.{{,.,(((((.((....((((((.{{..{{{...............}}}..}}.)))))).((((((.....(((((.(((........))).))))).},.)))))).}).})))))}.))))))))))))))}..{,,.....}}}..(((((....(((({...}))))...)))))...))))).)).))))))))))).)))..))))))))).......{((((((...{.{{{.....}}),},})))))},...{(.(((((....))))).))..,,{,{....))}..,))))))).))).))))))))))..........,,....,,...{{{.((((.((((((...........))))))...)))).,,,.(((((((((((........))))))).))))((((..{{({{{{{,,..{((((({({({{{{.{{{{{{|,,,,,,,,)}}}}}}.}}..|||..|{|{......}}}}...,,,,.|||{{{{{,,{(((((,{,,{}|||}.....}}..,,,||}}}||.|,}|||.........,|,|||{{{(((||((((.{....).)))))..)))))}}..((((((((...)))))))).}))}}))}..)))))))))))..)))..)))).)))))...,))))))))))))..)).))))))(((((((((....))))))))))))))))))))))),,.)))))))))))))))...,,,.......{|||.((((((((((.((((.........)))).))))..)))))).,)))...((((((...({{{..(((((((((.....,,,.....{{{{.{,|||{{,,,,,{,{{|,||,.}))}.,,,.}}},,({((((,....}})))),))))}.))))))))).))}}))))))....,(({(({{,((((.((((.........)))).))))....}}....(((((((....(((((((((((...,,,.................,}...)))))))))))....)))))))..((((((((((.(((..(((......)))...))).))))).))))).......,((((.....))))}|,,,..{{(((((....))))},))..})))))))))))))))).,))))),.,},..,))))((((.((((((.((((({{(((.{(.(((((((((............,,.)))))))))}).})))}.))))).)))))).))))..........................
Back