Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350024.2
Sequence Length
2061 nt
GC Content
0.4304
GUCUAAGCCCCAGCUCCUGGCGGAGCGAGCUAGCCUGCGAAUUUCAGCAUGAGUGUACUGCUGAGGUCAGGUUUGGGGCCGUUGUGUGCCGUGGCGCGCGCAGCCAUUCCUUUUAUUUGGAGAGGGAAAUACUUCAGCUCCGGGAAUGAGCCUGCAGAAAACCCGGUGACGCCGAUGCUGCGGCAUCUUAUGUACAAAAUAAAGUCUACUGGUCCCAUCACUGUGGCCGAGUACAUGAAGGAGGUGUUGACUAAUCCAGCCAAGGGUUAUUAUGUGUACCGUGACAUGCUAGGCGAAAAAGGAGAUUUCAUUACUUCACCUGAAAUAAGUCAAAUCUUUGGGGAGCUACUAGGUAUAUGGUUCAUUAGUGAAUGGAUGGCCACUGGAAAAAGCACAGCUUUCCAGCUGGUGGAACUGGGCCCAGGUAGGGGAACCCUCGUGGGAGAUAUUUUGAGGGUGUUCACUCAACUUGGAUCUGUGCUGAAAAAUUGUGACAUUUCAGUACAUCUGGUAGAGGUAAGCCAAAAAUUAAGUGAGAUUCAAGCAUUGACACUGACUAAAGAGAAGGUCCCGUUAGAGCGAAAUGCUGGAUCCCCAGUGUAUAUGAAAGGUGUCACUAAGUCUGGGAUUCCAAUUUCCUGGUACCGAGAUCUGCACGAUGUUCCAAAAGGGUACAGCUUUUAUCUUGCACAUGAAUUUUUUGAUGUUCUUCCUGUGCAUAAAUUUCAGAAAACACCACAGGGAUGGCGAGAAGUAUUUGUUGACAUUGAUCCACAGGUUUCUGAUAAACUGAGGUUUGUUUUGGCACCUUCUGCCACCCCAGCAGAAGCCUUCAUACAACAUGACGAAACAAGGGAUCAUGUUGAAGUGUGUCCUGAUGCUGGUGUUAUCAUCGAGGAACUUUCUCAACGCAUUGCAUUAACUGGAGGUGCUGCACUGGUUGCUGAUUAUGGUCAUGAUGGAACAAAGACAGAUACCUUCAGAGGGUUUUGCGACCACAAGCUUCAUGAUGUCUUAAUUGCCCCAGGAACAGCAGAUCUAACAGCUGAUGUGGACUUCAGUUAUUUGCGAAGAAUGGCACAGGGAAAAGUAGCCUCUCUGGGCCCAAUAAAACAACACACAUUUUUAAAAAAUAUGGGUAUUGAUGUCCGGCUGAAGAGACUUCAAGGUGGAAGAUAUCAGAGGAAUGCACGUCAGUCAAAACCCUUUGCAUCCGUUGUAGCUGGGUUUAGUGAACUUGCUUGGCAGUGAUAUUUCAGCUUGGACAUUUUACCCUUCAGUCGGCCCAAGAAAUCAAAAUAAAGGAAACACAUUUCAUAUACUGCAGGUAACAAAAGUCAAAGUAUUUUAUCUUUUCACAGCAAGAACAGUCCAUGUUGUAUAUAAUACAACCAACAUUAUAGAACUUUUAGGGUUGUGACUGGCUUUGGUGCAAAUGUGUGCUCAAGCUAAUAAGUUAUUGUGAAACUGAGUUUCCUUUAACUUACAAAGCUAGUUGCCAUAUUUCUAUUUUAUUUUAAAAAGUAAACAUGCGGCUGGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCAUAUCACCUGAGGUCAGCAGUUAAAGACCAGCCUGACCAAAAUGGAGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAACUAGCCGGGUAUGGUGGUACAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGACAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGUGGAGGUUGCGGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGCAAAAAUCCCUCUCAAAAAAAAAAGUAAACAUGGGCACUGAUUGUUUUAAUAAAAAUGGGAAACAGACUAAAUGGCUAUUCACAGGAAACUGAUAAGAUAUAUGUUAUUUUUUUAAAUGAGCUAGGGCAAUAUGUUUUGACAGAAAACUCUCUAAGAUUUAGUAAGUGAAAAAAAGUAGGAUGCAAGAGUUUUUAUAGUUGAUUCCAUUUUUGUUGAAGGAGAAAAACUAAAUAAAUACGAGUAAUUUCAUAGAAACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-602.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -642.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 554.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((..((((((((.((......))))))..(((((((((.(......)))))))))))))).))))))).(((((((((......))))))))).....(((((.(((.((((((((..(((.(((((((((((((.(((((..((((......((((((((((((((....)))))((((((((.................((((....(((.((((.(((.((((((((..(((((......((((((((....((((((.(((.((((((.....((((((......((((((((..(((.(((....))).)))...)))))))).....))..))))...)))))).))))))))).....))))...))))...)))))..)))))......)))..))).)))))))....))))(((((((.((......)).))))))).(((.((((((..(((((((((((((((..........)))))))))...((((........)))).......(((.((..((((...))))..)).))).......)))))).))).))).)))..(((((....)))))))))))))..)))))))))...)))))).)))....))))))).....((((((((....((((((....(((((.........((((((((((.((....)).))))..((((((((...................))))))))..))))))((.((((((.((......)).))))))..))((((...((((((((((..(((((.....)))))..((((((..((....(((.(((((((((.........).))))))))..)))....))..))))))..........(((((...)))))..((((..((.....((((((((((((.....(((.(((((....))))....).))).....))).)))))))))...))..))))...))))))))))...)))).....)))))..))))))))))))))...)))))).)))(((((..((((((((((.(((..(((((........)).)))..)))(((((................(((((...)))))..(((((..((((((((((((((....((((......))))((((((..(....(((.((((.(..((((((.(((((.....)))))..))))))).)).)).)))....)..)))))))))))).)))))))).))))).......))))).................((((....))))......))))))))))..)))))((((........))))(((((((...((.((((.(((((((((...))))))).......)).).))).))...))))))).((((((.((((((....)))))).)))))).(((((((..(.(((((...))))))..)))))))....(((.((((((..........(((((((....)))))))..(((((((((((......))))).))).)))..(((((....)))))(((((((((((((....((.((...(((((((.(((...)))..).)))))).....)).))...))))))))...............(((..((((((..((((((.....(((((.....(((((........)))))..)))))...))))))...))))))..)))((((..(((((((.((.........)))))))))))))))))).))))))...))).....))))))))..))).)))))......)))))......(.(((((((((((((((((....(((((...((((.....(((....)))........(((.((((((((((..((..((((((.......(((((.....))))).........))))))..))..)))))))))).)))....))))....)))))..))))))))))))))))).)((((.(((...........)))..))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((((({{((,,,,||}||.....,|||||,..(((((((((.{......,)))))))))))))}))))))).(((((((((......))))))))){,{,,(((({.{{{,((((((((..{{(.((((({{(((({|||,({({,((({...{,,((((((((((((((....)))))((((((((.........,{,{,{((((((((((((({(((({.((((.....{(((((,.{{|||..(((.{{{.,|}|||,,(((({....|,|,)})),||{|||......|||,,,,|},,||,|||.|||}||.,,},,.}}}})))).},..,}..}},,)))).)))},))}}))))},)))..))))}(((((,.,(((...))))))))).,)))),.||||||,((({({.(({|{(((((({.||,.....}},))))))}.,||.}}},}|}}||,,,((((((((((..........)))))))))}..((((........)))).......,,,.,({{(({{{{,{|||,.||{|{|........}})),.)))}),).,.}}}|||||},,,)))))))}}))}}..))))))))}..,}|||||,,,,....})))))).....((((((((....((((((....(((((..,,...,,(({(((((({{((,...,,.,,)),,{{{{||||,.......,,,,,,....,|}}}}|||{|}|||}||,.,.||||}|,,,,,..}},.,|))}}}}}||,,...((((((((((..{((((.....))))},.((((((..((....(((.(((((((((.........}.))))))))..})),}..))..)))))).|,.......(((({...}))))..((((..((.,,..((((((((((((...,.(((.({,(({,,.,,,)}}},).)))...}.))).))))))))).,,))..))))...)))))))))).}}))}}.....)))))..))))))))))))))...}))))}.)}}(((((..((((((((({.,{,..(((((........)).))),,|}|(((((................,{{||....}},,..(((((..((((((((((((((....((((......))))((((((..(....(((.((((.{..((((((.(((((.....)))))..))))))}.))}}).)))....)..))))))))))))}}))))))).))))).......)))))},},............,{{{,....}))).,....))))))))))..))))){{{(........}}}}(((((((...,,.{(({,{{((((({{...,}}}}}},......,..}.}}}.,}...))))))}.((((((.((((((....}))))).)))))).(((((((..(.(((((...))))))..)))))))....(((.((((((.......,,,((((({,....}))))}}..{{{((((((({,,,..,||}}}.))).}},.{(((({....}))))|((|{{((((((,....||}||}..(((((((.({{...,}}..)}}))))).....||,|,.,,||||||||...,.............|,,((((((..((((((.|.,.(((({..,{.(((((.{......))))).)))))).,.))))))...})))))}|)}|||{|,,|((((((.((,,....}}.))))))))})))))}))}.))))))..,})).....})))))))..},,.}}}}).....,}}}}}.....,{,(((((((((((((((((....(((((.,.(({{.,,..(((....)))........{((.((((((((((..((..((((((.......(((((.....))))).........))))))..))..)))))))))).)))....)))}.}}.)))))..))))))))))))))))).}|,...,||..........,||,...})).}}}}......
Back