Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350025.2
Sequence Length
1980 nt
GC Content
0.4318
GUCUAAGCCCCAGCUCCUGGCGGAGCGAGCUAGCCUGCGAAUUUCAGCAUGAGUGUACUGCUGAGGUCAGGUUUGGGGCCGUUGUGUGCCGUGGCGCGCGCAGCCAUUCCUUUUAUUUGGAGAGGGAAAUACUUCAGCUCCGGGAAUGAGCCUGCAGAAAACCCGGUGACGCCGAUGCUGCGGCAUCUUAUGUACAAAAUAAAGUCUACUGGUCCCAUCACUGUGGCCGAGUACAUGAAGGAGGUGUUGACUAAUCCAGCCAAGCUACUAGGUAUAUGGUUCAUUAGUGAAUGGAUGGCCACUGGAAAAAGCACAGCUUUCCAGCUGGUGGAACUGGGCCCAGGUAGGGGAACCCUCGUGGGAGAUAUUUUGAGGGUGUUCACUCAACUUGGAUCUGUGCUGAAAAAUUGUGACAUUUCAGUACAUCUGGUAGAGGUAAGCCAAAAAUUAAGUGAGAUUCAAGCAUUGACACUGACUAAAGAGAAGGUCCCGUUAGAGCGAAAUGCUGGAUCCCCAGUGUAUAUGAAAGGUGUCACUAAGUCUGGGAUUCCAAUUUCCUGGUACCGAGAUCUGCACGAUGUUCCAAAAGGGUACAGCUUUUAUCUUGCACAUGAAUUUUUUGAUGUUCUUCCUGUGCAUAAAUUUCAGAAAACACCACAGGGAUGGCGAGAAGUAUUUGUUGACAUUGAUCCACAGGUUUCUGAUAAACUGAGGUUUGUUUUGGCACCUUCUGCCACCCCAGCAGAAGCCUUCAUACAACAUGACGAAACAAGGGAUCAUGUUGAAGUGUGUCCUGAUGCUGGUGUUAUCAUCGAGGAACUUUCUCAACGCAUUGCAUUAACUGGAGGUGCUGCACUGGUUGCUGAUUAUGGUCAUGAUGGAACAAAGACAGAUACCUUCAGAGGGUUUUGCGACCACAAGCUUCAUGAUGUCUUAAUUGCCCCAGGAACAGCAGAUCUAACAGCUGAUGUGGACUUCAGUUAUUUGCGAAGAAUGGCACAGGGAAAAGUAGCCUCUCUGGGCCCAAUAAAACAACACACAUUUUUAAAAAAUAUGGGUAUUGAUGUCCGGCUGAAGAGACUUCAAGGUGGAAGAUAUCAGAGGAAUGCACGUCAGUCAAAACCCUUUGCAUCCGUUGUAGCUGGGUUUAGUGAACUUGCUUGGCAGUGAUAUUUCAGCUUGGACAUUUUACCCUUCAGUCGGCCCAAGAAAUCAAAAUAAAGGAAACACAUUUCAUAUACUGCAGGUAACAAAAGUCAAAGUAUUUUAUCUUUUCACAGCAAGAACAGUCCAUGUUGUAUAUAAUACAACCAACAUUAUAGAACUUUUAGGGUUGUGACUGGCUUUGGUGCAAAUGUGUGCUCAAGCUAAUAAGUUAUUGUGAAACUGAGUUUCCUUUAACUUACAAAGCUAGUUGCCAUAUUUCUAUUUUAUUUUAAAAAGUAAACAUGCGGCUGGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCAUAUCACCUGAGGUCAGCAGUUAAAGACCAGCCUGACCAAAAUGGAGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAACUAGCCGGGUAUGGUGGUACAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGACAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGUGGAGGUUGCGGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGCAAAAAUCCCUCUCAAAAAAAAAAGUAAACAUGGGCACUGAUUGUUUUAAUAAAAAUGGGAAACAGACUAAAUGGCUAUUCACAGGAAACUGAUAAGAUAUAUGUUAUUUUUUUAAAUGAGCUAGGGCAAUAUGUUUUGACAGAAAACUCUCUAAGAUUUAGUAAGUGAAAAAAAGUAGGAUGCAAGAGUUUUUAUAGUUGAUUCCAUUUUUGUUGAAGGAGAAAAACUAAAUAAAUACGAGUAAUUUCAUAGAAACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-585.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -625.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 511.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((..((((((((.((......))))))..(((((((((.(......)))))))))))))).))))))).(((((((((......))))))))).....(((((.(((.((((((((..(((.(((((((((((((.(((((..((((......((((((((((((((....)))))((((((((.................((((....(((.((((.(((.............(((.((((((..(((((.(((....)))...))))).)))))).)))...(.((((((((((..(((...))))))))).)))).).))).)))))))....))))(((((((.((......)).))))))).(((.((((((..(((((((((((((((..........)))))))))...((((........)))).......(((.((..((((...))))..)).))).......)))))).))).))).)))..(((((....)))))))))))))..)))))))))...)))))).)))....))))))).....((((((((....((((((....(((((.........((((((((((.((....)).))))..((((((((...................))))))))..))))))((.((((((.((......)).))))))..))((((...((((((((((..(((((.....)))))..((((((..((....(((.(((((((((.........).))))))))..)))....))..))))))..........(((((...)))))..((((..((.....((((((((((((.....(((.(((((....))))....).))).....))).)))))))))...))..))))...))))))))))...)))).....)))))..))))))))))))))...)))))).)))(((((..((((((((((.(((..(((((........)).)))..)))(((((................(((((...)))))..(((((..((((((((((((((....((((......))))((((((..(....(((.((((.(..((((((.(((((.....)))))..))))))).)).)).)))....)..)))))))))))).)))))))).))))).......))))).................((((....))))......))))))))))..)))))((((........))))(((((((...((.((((.(((((((((...))))))).......)).).))).))...))))))).((((((.((((((....)))))).)))))).(((((((..(.(((((...))))))..)))))))....(((.((((((..........(((((((....)))))))..(((((((((((......))))).))).)))..(((((....)))))(((((((((((((....((.((...(((((((.(((...)))..).)))))).....)).))...))))))))...............(((..((((((..((((((.....(((((.....(((((........)))))..)))))...))))))...))))))..)))((((..(((((((.((.........)))))))))))))))))).))))))...))).....))))))))..))).)))))......)))))......(.(((((((((((((((((....(((((...((((.....(((....)))........(((.((((((((((..((..((((((.......(((((.....))))).........))))))..))..)))))))))).)))....))))....)))))..))))))))))))))))).)((((.(((...........)))..))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((((({{((,,,,||}||.....,|||||,..(((((((((.{......,)))))))))))))}))))))).(((((((((......))))))))){,{,,(({{{.{{{,((((((((..,{{,{{{((||{{({||||,({({,(((,...{,,((({{(((((((((....)))))((((((((.........{{{{,((((((((((((((((((((.((((....,(,.{{{((((.......)))),...)).,,..)))).)))}}))}}))))},)))..))))}(((((,.,(((...))))))))).,)))),.||||||,((({({.((({{(((((({.||,.....}}.))))))}..}}.))).)}}}||,,,((((((((((..........)))))))))}..((((........))))...........,({{(({{{({({|,,.||{{(|........}}))..)))}).},,.}}}|||||}}}})))))))}}}}}|..}))})))}}..|||||||,,,,....,))))))..,..((((((((....((((((....(((((..,,...,,(({(((((({{((,...,,.,,)),,{{{{||||,.......,,,,,,....,|}}}}|||{|}|||}||,.,.||||}|,,,,,..}},.,|))}}}}}||,,...((((((((((..{((((.....))))},.((((((..((....(((.(((((((((.........}.))))))))..})),}..))..)))))).|,.......(((({...}))))..((((..((.,,..((((((((((((...,.(((.({,(({,,.,,,)}}},).)))...}.))).))))))))).,,))..))))...)))))))))).}}))}}.....)))))..))))))))))))))...}}}}}|.}}}{{(({,.(({((((((,.,{,..(((((........)).))),,|}|(((((................,{{||....}},,..(((((..((((((((((((((....((((......))))((((((..(....(((.((((.{..((((((.(((((.....)))))..))))))}.))}}).)))....)..))))))))))))}}))))))).))))).......)))))},},............,{{,,....}))).,,,.,)))))))}}}..}}))}{{{(........}}}}(((((((...,,.{(({,{{((((({{...,}}}}}},......,..}.,}}.,}...))))))}.((((((.((((((....}))))).)))))).(((((((..(.(((((...))))))..)))))))....(({.((((((.......,,,((((({,....}))))}}..{{{((((((({,,,..,||}}}.))).}},.{(((({....}))))|((|{{((((((,....||}||}..(((((((.({{...,}}..)}}))))).....||,|,.,,||||||||...,.............|,,((((((..((((((.|.,.(((({..,{.(((((.{......))))).)))))).,.))))))...})))))}})}|||{|,,|((((((.((,,....}}.))))))))})))))}))}.))))))..,})).....})))))))..},,.}}}}).....,}}}}}.....,{,(((((((((((((((((....(((((.,.{({{.,,..(((....)))........{((.((((((((((..((..((((((.......(((((.....))))).........))))))..))..)))))))))).)))....)))}.}}.)))))..))))))))))))))))).}|,,..,||..........,||....})).}}}}......
Back