Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350116.1
Sequence Length
2189 nt
GC Content
0.4180
GGCACACUGAUAAUUCUUGUAUCUUGAGAGUGGACCAAGUUUUGGGUGACAUGGCCCAGGGGAAUAAUUAUGGGCAGACCAGCAACGGGGUGGCCGAUGAAUCACCCAACAUGCUGGUGUACAGAAAGAUGACAUGACCUUAUAUGUAGAAGAUCCCAGAGACUUCACAAAAAUUGUUAGAACUUGGAGCAGGAAAAUCAAUGGAAGACGUCAUAGCACGGAUGCAAGAUGAAAAAAAUGGAAUUCCUAUUCGUACGGUCAAAAGCUUUCUUUCCAAGAUACCUAGCGUCUUCUCUGGUUCAGACAUUGUUCAAUGGUUGAUAAAGAACUUAACUAUAGAAGAUCCAGUGGAGGCGCUCCAUUUGGGAACAUUAAUGGCUGCCCACGGCUACUUCUUUCCAAUCUCAGAUCAUGUCCUCACACUCAAGGAUGAUGGCACCUUUUACCGGUUUCAAACCCCCUAUUUUUGGCCAUCAAAUUGUUGGGAGCCGGAAAACACAGAUUAUGCCGUUUACCUCUGCAAGAGAACAAUGCAAAACAAGGCACGACUGGAGCUCGCAGACUAUGAGGCUGAGAGCCUGGCCAGGCUGCAGAGAGCAUUUGCCCGGAAGUGGGAGUUCAUUUUCAUGCAAGCAGAAGCACAAGCAAAAGUGGACAAGAAGAGAGACAAGAUUGAAAGGAAGAUCCUUGACAGCCAAGAGAGAGCGUUCUGGGACGUGCACAGGCCCGUGCCUGGAUGUGUAAAUACAACUGAAGUGGACAUUAAGAAGUCAUCCAGAAUGAGAAACCCCCACAAAACACGGAAGUCUGUCUAUGGUUUACAAAAUGAUAUUAGAAGUCACAGUCCUACCCACACACCCACACCAGAAACUAAACCUCCAACAGAAGAUGAGUUACAACAACAGAUAAAAUAUUGGCAAAUACAGUUAGAUAGACAUCGGUUAAAAAUGUCAAAAGUCGCUGACAGUCUACUAAGUUACACGGAACAGUAUUUAGAAUACGACCCGUUUCUUUUGCCACCUGACCCUUCUAACCCAUGGCUGUCCGAUGACACCACUUUCUGGGAACUUGAGGCAAGCAAAGAACCGAGCCAGCAGAGGGUAAAACGAUGGGGUUUUGGCAUGGACGAGGCAUUGAAAGACCCAGUUGGGAGAGAACAGUUCCUUAAAUUUCUAGAGUCAGAAUUCAGCUCGGAAAAUUUAAGAUUCUGGCUGGCAGUGGAGGACCUGAAAAAGAGGCCUAUUAAAGAAGUACCCUCAAGAGUUCAGGAAAUAUGGCAAGAGUUUCUGGCUCCCGGAGCCCCCAGUGCUAUUAACUUGGAUUCCAAGAGUUAUGACAAAACCACACAGAACGUGAAGGAACCUGGACGAUACACAUUUGAAGAUGCUCAGGAGCACAUUUACAAACUGAUGAAAAGUGAUUCAUACCCACGUUUUAUAAGAUCCAGUGCCUAUCAGGAGCUUCUACAGGCAAAGAAAAAGGGGAAAUCUCUCACGUCCAAGAGGUUAACAAGCCUUGCUCAGUCUUACUAAACGGAUCAUCUUGUAGCAUGAAUGCAGACUGGAGUCACUGCACACACUUUGUAGCUCAAUGUUGUGACCUGGAGCAGAGGACAUUAGAACAAGAUGUUGCAUGAGCAAAGGACCUAAAUUGUUAUUUUUGUGUGUACAUUCCAUCUCCAAUGGACUCUUCCGUCUCAAUGCCUCCAUUCCAAACUGUUGUCUGCUUUCUUUCUCCUUCUACUAUGCUGGAUCUGUGUCUCUUCCUUUUUAACAAGUUCAAGUGAAGUAAAACCUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUCUCAAAGCUUCAGUUAGACACACAGUUCACUGAAAAUUCAGUCAGUCAAAAACUGGAAGAACUGUAAAAGAAAAAAGUAUAUAUCAAUAAGUAUACAUGUGGCUUCACAUUUAUUAAACAAUAAAUUCCGCACAGAAAGUUUCAUUUCACCAAUGUGUCACAGUCAGAAACAAACUCAUGUCUUCGUCUGUUGUCUGUACAUUCUCCGUUAAUGUUUCUCGCAUUUAUUUUUAUACCAUAUUUAAAGAAGAAACACCUUUUACUCCAAAUGUAUUAAAGUUGAUCCCUUCUCUGUAAAUUUGUGUAUGUUUAUAUUGUUGUUUUAUCUUUCAUUAAAAGAUGCAGAAUCUCAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-541.21 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -586.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 664.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((..(((((.((((((((((((((((.(((....(((((......)))))(((((((...((((((((.(((((((...((((((........))))))....)))))))..(((((..((.(((((((.......(((.((((.((.....)))))))))...((((((....((((.((.(((...............((((...(((....)))..)))).........((((....))))...((((((.........((((((((......(((((((((.((((.((........(((.((((((((........)))))))).))))).)))).)))))))))...))))))))......))))))...(((((....(((((((..((((((.....(((((........)))))((((((..........((((...))))...........))))))......))))))...)))).....)))....)))))...))))).))))..))))))((........))..((((((((((.((((.((.(.(((((...))))).)...))))))((((((......((((....)))).(((((((((..(((..((....))....)))))))))))).((((((((((.((((..((((((((((((((((((.....((((((.((((((.((.(((.((....)).))).)).))))))............((((.((((((.....((.(((..((((.(((((....((.........))...(((((....((((((.....((....................................)).....))))))....)))))(((.((((....(((((((...((((((((..........((((.(((((.(((((.................)))))..)))))))))...........)))))))).........((((((..(((((((..(((..........(((((((.((((....))))))).....)))).......(((..(........)..)))..)))..))))))).))))))..(((((.(((((...((((((((..(((......(((((((..(((...(((((((((((.((((.........)))))).)))))))))...)))..(((((.(((.((..(((.....((((..((((.....)))).))))..((((.((((((...(....)...)))))))))).)))..)).))).)))))....(((((...)))))..............(((((((((.(((((((((((((((((.......((((.(((.((((..((((((.........((.((((((.(((.........))).)))))).)).....))))...))..)))).))).))))...........((((....)))).)))))...)))))......(((((((((((((........))))((((((((.(((....)))...((((.(((.((((.(.((..(((((((.....)))))))..))).))))..))).)))).)))))))).....))))).)))).)))......))))))))))))).....(((((.....)))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))..)))))))))))).))))...)))))......)))))))))))))))).....).))))).))............))))))))))..))))))))))).)))))))))...)))))))))).(((((((((((((((((....)))))((((.....))))...)))))))...........((((((........)))))).(((((......(((((((....))))))).)))))..((((......))))......)))))................))))))).)).))))))))))))).)))))))...(((((.....)))))(((...(((((((.(((((.(((((...((.(((((((.......)))..)))).))....)))))...))))).)).)))))...)))...))).)))).)))))).....))))))))))).)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((..(((({{(((((((,,{{(({{{{(({...,|||{|.,}...|||||,{(,,,,..,|,|||||{.(((((((...((((((........))))))....))))))).},{,(({{(({((,(((({..{,{,{((.((((.((.....}}))))}}}.....|||,.,{{{,{({{((,((({.,,.{(((({.{{.((.{{{((({{{{((,{{{(({{,.,,{((,(((((((((((....(((.((((.((((((({{(({{{......(((((((((.((((.((........(((.((((((((........)))))))).))))).)))).)))))))))...}}}|))},......{{(({(,{..}|||||....|||||..{(((((.,,,,(((((........))))|((((((..........((({...})))...........)))))),.....}})))},,.))}},...{{{.{{.{(({||{,...,,((({.,.......}}}},,,,..)))).}}}))|.||||.|||.{{.,,}}}))),))||||,},,,))),}}))))))).)))).)))..)))))))))))})))),,|,{..{{.,,,||....||...,||{({..((((((((((.((((..(((((((((({{.{,((((((({,{,{{{,{,(((({((,{{(,({.({{{{.,||}))|||||{|{{....,..{{{,..{{{({{........|||,|||}}.,}|.,.......,.......,,}},.||||||||{,||||,......{{||..,.,..}})}},}}...,...,,,,...,...,}}|,|,,,....|||....,|,,|..,,|||.....,,,...........((((({{...{.((((.(((((.{{{{{......{{,,,......}}))),,))))))))).}...((((..,.(((({...}))))...))))....})))))}.,,|...}}}}}..,.,.}}|}||||.,,.}},.||{,{{,.|}}((((((({((.(((...(({{(.({.(((((((((((,,{{(,(({{{{{,{{(((.(((((.,(((((((({.,(((......(((((((..(((,,,(((((((((({.((((,.,......})))}}}}}}))))))..,))),.{((((.(((.((.(((({{...((((.,({{{.....))}}.))))..,,,}}||||,....,.......,}||||||}}|,)))}})),))).))))}....(((((...))))).||,..........((((({{{{.||||||||||{(((({{.,.,,,,,,{(.(({,((((,,({((((,{{{,,,,,,(,{(({{,,(((,,,,.....}}|,|||}}|,||,,...}|||{,.}},,}}}}.))).}))}}...,....,{(({...,|}}},.}}}}}..||||||....,,||||{{{{{||||.,....,,},,.((((((((.{{{....)))...{{{|,|||,||{{.|,||.,|||||{,..,,,))}))},,,)),,)))}..}}|,}|}}.}}}})))),|||.}}}))},,}}.}}}....,})},,})))))))),....{((({.....)))))))))))))))))))))))))}}},)))}}})))))}.}})}}))}}}..}}}}},....}))))).)).)).)))))))))......))))))),,}.}|||,......,,.})))))))))..)))))))))))})}),)}}}}....))))},))}.((({{((((((((((((....)))))((((.....))))...)))))))...........((((((........)))))).((((,...,,,|((((((....))))))}.,,}}|,.((((......)))).....,)))))...,............}},})))}))}))))}}),)))))},})))))}}}.}|,|}}}}.)).},||....{((((((.(((((.(((((..,((.((({(((.......)))..)))).)).,..)))))...))))).)).)))))..})))..})))}.)))})))))..,..)))))))))))).)))........
Back